genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22896037--22896074	14	2.6	14	84	15	51	86	10	2	0	0.66
22897455--22897684	44	5.2	44	79	4	241	28	16	26	28	1.97
22897483--22897684	88	2.3	88	93	0	341	29	15	27	27	1.96
22897750--22898231	50	9.6	50	67	2	268	30	21	20	26	1.98
22897733--22898292	100	5.6	100	84	1	683	30	21	21	25	1.99
22898445--22898641	40	4.7	41	71	15	143	31	23	20	23	1.98
22898299--22898692	127	3.1	127	90	2	594	34	23	18	23	1.96
22900266--22900308	20	2.2	20	92	8	72	44	18	0	37	1.50
22908423--22908475	16	3.5	16	76	23	60	39	3	3	52	1.37
22910103--22910153	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
22932448--22932757	167	1.8	171	84	5	430	35	17	11	34	1.87
22933566--22933633	19	3.4	19	78	13	75	51	0	1	47	1.09
22935525--22935649	25	4.5	26	71	19	92	45	18	34	1	1.59
22936088--22936116	15	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
22937630--22937676	21	2.2	21	81	7	60	48	17	12	21	1.79
22938587--22938699	22	5.1	22	87	0	154	27	25	14	32	1.94
22938888--22938926	20	1.9	20	84	5	51	46	17	2	33	1.62
22939685--22939821	42	3.3	42	83	2	150	45	17	21	15	1.84
22939740--22939801	21	3.0	21	76	7	72	50	19	19	11	1.77
22945923--22946082	21	7.6	21	68	8	74	44	17	21	16	1.87
22945925--22946038	42	2.7	41	85	4	140	46	18	20	14	1.84
22948645--22948693	13	3.6	13	78	10	62	55	0	8	36	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22948625--22948708	28	3.0	28	92	1	132	53	0	7	39	1.28
22948629--22948680	14	3.5	15	76	12	63	55	0	5	38	1.24
22952323--22952347	11	2.3	11	100	0	50	24	0	12	64	1.27
22952636--22952678	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
22952695--22952740	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
22953050--22953103	16	3.4	16	86	0	81	25	31	3	38	1.74
22953388--22953426	21	1.9	20	84	5	51	48	2	5	43	1.38
22954256--22954300	11	4.4	11	81	16	60	42	4	0	53	1.21
22955055--22955095	20	2.0	20	86	9	57	60	4	0	34	1.18
22955575--22955608	18	1.9	17	88	5	50	38	5	14	41	1.70
22960195--22960221	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
22969179--22969445	37	7.0	37	86	9	358	36	14	20	27	1.93
22969292--22969487	82	2.4	81	93	2	324	34	15	21	27	1.94
22973551--22973617	33	2.0	33	82	5	82	67	0	1	31	1.00
22973606--22973640	16	2.1	18	89	10	56	42	0	0	57	0.99
22974640--22974681	4	10.5	4	100	0	84	50	26	0	23	1.50
22976723--22976791	30	2.3	30	80	16	81	40	0	5	53	1.25
22976732--22976821	27	3.2	26	81	13	83	40	0	5	54	1.24
22976777--22976848	27	2.6	27	91	2	108	33	0	4	62	1.14
22976808--22976853	18	2.6	18	78	0	56	34	0	2	63	1.07
22976810--22976934	10	13.3	10	67	19	56	32	1	3	63	1.20
22976807--22976924	36	3.2	38	78	15	106	33	1	3	61	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22976864--22976937	18	4.1	17	78	13	76	33	0	2	63	1.09
22978802--22979035	114	2.1	111	89	7	357	24	17	14	44	1.85
22987685--22987760	37	2.0	39	82	10	95	53	6	1	38	1.35
23004435--23004505	35	2.0	35	100	0	142	35	14	22	28	1.93
23007382--23007424	21	2.0	21	82	8	52	20	34	0	44	1.52
23011681--23011714	16	2.1	16	94	0	59	35	0	0	64	0.94
23015693--23015738	24	1.9	24	95	0	83	47	6	0	45	1.28
23015815--23015881	27	2.5	27	90	0	98	29	26	26	16	1.97
23015927--23016051	4	31.0	4	77	16	109	70	0	29	0	0.88
23015928--23016057	34	4.0	31	75	15	122	70	0	29	0	0.87
23015932--23016092	84	1.9	89	86	10	219	70	0	29	0	0.88
23015937--23016117	84	2.2	82	83	7	217	69	0	30	0	0.89
23016756--23016895	74	1.9	75	83	7	187	48	5	7	38	1.54
23016885--23016930	24	1.9	24	95	0	83	43	8	0	47	1.34
23016941--23017028	46	1.9	46	83	4	115	38	6	25	29	1.81
23017560--23017625	23	2.6	25	86	9	91	48	0	9	42	1.35
23021411--23021505	29	3.2	29	62	11	75	38	14	11	34	1.83
23021431--23021545	31	3.8	31	68	14	96	32	14	10	42	1.80
23021392--23021527	60	2.3	60	97	1	256	33	12	11	42	1.79
23025731--23025929	99	2.0	99	100	0	398	46	3	4	46	1.37
23025906--23025961	15	3.6	15	88	9	69	55	0	0	44	0.99
23031304--23031354	23	2.2	24	85	3	68	27	3	3	64	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23032835--23032887	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
23042313--23042339	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
23045589--23045690	46	2.2	46	96	0	186	23	21	12	42	1.87
23053425--23053483	23	2.5	23	75	10	57	61	1	1	35	1.16
23059521--23059546	6	4.3	6	100	0	52	15	69	15	0	1.20
23066327--23066406	15	5.2	16	72	11	78	27	20	6	46	1.74
23066311--23066404	30	3.1	30	89	1	134	27	22	6	43	1.77
23071936--23071961	8	3.2	8	100	0	52	26	0	0	73	0.84
23075450--23075485	15	2.3	15	90	4	54	66	0	16	16	1.25
23081693--23081723	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
23081818--23082060	50	4.8	50	87	0	333	26	22	30	20	1.99
23085744--23085904	58	2.7	59	83	6	193	35	22	3	37	1.73
23085737--23085895	30	5.4	29	81	6	187	33	23	3	38	1.73
23085737--23085904	87	1.9	87	84	7	225	34	22	4	38	1.74
23086361--23086415	4	14.5	4	82	17	73	74	0	25	0	0.82
23086365--23086414	15	3.3	15	84	15	68	74	0	26	0	0.83
23086362--23086424	7	8.6	7	86	8	81	71	0	28	0	0.86
23086536--23086585	20	2.4	20	86	6	64	80	10	10	0	0.92
23086536--23086585	21	2.3	21	86	10	66	80	10	10	0	0.92
23086524--23086573	25	2.0	26	88	4	75	76	12	12	0	1.04
23087176--23087481	18	16.4	18	71	16	144	33	12	9	43	1.76
23087169--23087254	37	2.3	38	87	2	120	39	10	8	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23087175--23087479	19	16.3	19	71	16	165	34	12	9	43	1.76
23087176--23087284	17	6.0	18	72	18	75	33	13	9	44	1.76
23087259--23087310	27	2.0	25	85	7	68	21	13	13	51	1.74
23087412--23087497	36	2.3	38	83	13	108	32	11	10	45	1.75
23090304--23090398	30	3.2	29	82	8	111	35	22	2	40	1.66
23092577--23092746	87	2.0	86	95	1	304	27	14	14	44	1.83
23092741--23092827	43	2.0	43	84	4	113	40	21	1	36	1.61
23096223--23096276	25	2.2	25	96	0	99	48	14	7	29	1.71
23096271--23096481	113	1.9	113	88	3	318	45	11	3	39	1.58
23103748--23103781	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
23104898--23104935	2	20.0	2	84	10	53	47	0	0	52	1.00
23106518--23106588	5	14.4	5	98	1	135	40	0	0	59	0.98
23108366--23108403	19	2.0	19	85	10	51	36	0	5	57	1.21
23108628--23108665	20	1.9	20	88	0	58	26	7	5	60	1.46
23129639--23129707	31	2.3	30	83	11	88	30	8	11	49	1.69
23130708--23130787	29	2.6	30	84	5	90	52	12	3	31	1.57
23139199--23139223	6	4.2	6	100	0	50	16	20	48	16	1.82
23143151--23143188	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
23145702--23145731	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
23164879--23164911	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
23164980--23165020	20	2.0	20	90	0	64	21	7	4	65	1.37
23165104--23165136	15	2.1	16	88	5	50	48	12	18	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23165257--23165299	16	2.7	16	92	0	68	55	11	0	32	1.36
23165306--23165347	16	2.6	16	96	0	75	45	7	0	47	1.30
23174326--23174364	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98
23174719--23174748	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
23174740--23174774	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23174502--23174899	117	3.3	120	92	3	644	41	3	5	49	1.42
23175039--23175149	45	2.6	44	81	8	133	31	30	5	32	1.80
23175127--23175196	16	4.4	16	96	0	104	32	35	0	31	1.58
23176525--23176576	23	2.3	23	93	0	86	34	0	15	50	1.45
23186204--23186253	23	2.2	23	92	3	84	40	0	10	50	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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