genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27012368--27012413	24	1.9	24	82	8	58	60	4	6	28	1.40
27042848--27042874	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
27044206--27044239	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
27044369--27044411	5	8.4	5	84	5	50	65	0	0	34	0.93
27045127--27045175	9	5.4	9	92	0	62	24	6	24	44	1.76
27046810--27046841	15	2.0	17	88	11	50	34	9	0	56	1.32
27047667--27047727	28	2.2	28	87	0	86	49	16	4	29	1.66
27047689--27047729	14	2.9	14	81	0	55	51	9	2	36	1.48
27047683--27047740	28	2.1	28	90	0	89	53	12	3	31	1.54
27047980--27048035	29	1.9	29	89	7	87	23	16	19	41	1.90
27048979--27049034	29	1.9	29	85	7	78	41	17	16	25	1.89
27055080--27055124	22	2.0	22	100	0	90	22	13	4	60	1.51
27065484--27065528	23	2.0	23	82	8	56	53	6	8	31	1.58
27071325--27071370	21	2.4	18	82	10	56	45	0	2	52	1.13
27071316--27071363	21	2.3	21	83	13	64	47	2	2	47	1.25
27073555--27073606	24	2.2	24	89	0	77	55	5	1	36	1.35
27074008--27074041	18	1.9	17	94	5	59	55	2	0	41	1.15
27078355--27078410	19	2.8	19	87	12	62	64	0	5	30	1.16
27078361--27078410	19	2.4	21	90	9	77	60	0	6	34	1.21
27079712--27079916	91	2.3	91	84	7	256	34	20	10	35	1.87
27079950--27080052	36	2.8	36	77	9	102	63	3	1	31	1.24
27080066--27080187	19	6.5	19	66	17	69	60	1	4	32	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27080394--27080433	21	2.0	21	90	5	64	35	0	0	65	0.93
27080463--27080673	88	2.4	89	83	4	248	33	8	20	38	1.82
27081875--27081955	36	2.2	36	84	4	101	35	4	8	50	1.55
27082125--27082191	33	2.0	33	88	0	98	61	8	8	20	1.53
27082129--27082211	33	2.6	32	76	3	87	56	12	9	21	1.64
27087326--27087381	21	2.7	21	91	5	87	30	8	32	28	1.88
27094336--27094395	15	4.1	15	77	16	54	56	0	1	41	1.09
27094337--27094376	15	2.6	16	88	4	55	57	0	0	42	0.98
27094341--27094408	29	2.3	30	75	12	70	58	1	1	38	1.16
27094416--27094458	14	3.2	13	77	9	50	69	2	9	18	1.26
27097304--27097337	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
27102989--27103065	29	2.5	31	83	4	95	25	11	14	48	1.78
27116478--27116530	27	1.9	28	80	3	63	18	30	37	13	1.89
27116971--27117856	155	5.7	155	88	5	1299	51	7	11	29	1.65
27116971--27117856	308	2.9	309	89	4	1351	51	7	11	29	1.65
27117769--27117806	20	1.9	20	88	0	58	50	0	7	42	1.31
27123604--27123647	18	2.4	19	84	3	54	18	0	6	75	1.02
27131159--27131206	23	2.1	23	92	0	78	27	6	10	56	1.57
27132849--27133013	21	8.0	21	72	7	115	44	18	22	15	1.86
27132866--27133022	42	3.7	42	85	3	226	45	17	22	15	1.85
27133878--27133938	32	1.9	32	96	0	113	55	21	1	21	1.52
27143562--27143644	39	2.2	38	82	6	96	13	33	27	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27146683--27146727	19	2.3	19	88	3	63	73	2	2	22	1.05
27146673--27146730	11	5.5	11	75	19	52	70	1	1	25	1.06
27146734--27146778	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
27147005--27147067	30	2.2	30	86	11	87	38	0	1	60	1.07
27147004--27147037	16	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
27147182--27147263	41	2.0	41	100	0	164	17	9	29	43	1.80
27147096--27147331	129	1.8	127	85	5	330	27	9	24	38	1.87
27148873--27148936	26	2.5	25	87	7	92	48	3	4	43	1.39
27148878--27148919	12	3.2	13	74	12	50	42	4	4	47	1.45
27153548--27153685	64	2.2	64	94	0	240	42	15	19	22	1.89
27157754--27157800	15	3.1	15	72	9	51	44	2	4	48	1.34
27157843--27157882	20	2.1	19	90	9	64	52	0	5	42	1.23
27159845--27159914	16	4.4	16	92	0	95	32	0	34	32	1.58
27160129--27160171	22	1.9	23	85	4	61	58	4	2	34	1.32
27160043--27160782	123	6.1	121	97	0	1315	52	4	1	42	1.29
27160517--27160581	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
27160544--27160581	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
27160640--27160704	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
27160667--27160704	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
27160780--27160818	20	2.0	20	84	0	51	43	2	12	41	1.56
27167998--27168028	15	2.1	14	94	5	53	35	22	0	41	1.54
27168355--27168417	29	2.2	29	88	0	90	15	30	31	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27168700--27168748	24	2.0	24	96	0	89	59	18	4	18	1.53
27169408--27169438	15	2.1	15	93	0	53	38	6	16	38	1.74
27170585--27170725	40	3.6	39	78	8	126	25	17	25	31	1.97
27179326--27179387	30	2.2	30	82	8	76	30	3	0	66	1.08
27179341--27179387	15	3.1	15	79	8	60	27	2	0	70	0.99
27184895--27184927	17	1.9	17	93	0	57	57	9	15	18	1.63
27185499--27185524	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
27185818--27185865	21	2.3	21	88	0	69	25	31	8	35	1.85
27185811--27185851	18	2.3	18	86	0	55	21	31	4	41	1.74
27195813--27196094	40	7.1	40	85	0	350	14	29	18	37	1.91
27195814--27196092	20	13.9	20	66	6	136	14	29	18	37	1.90
27195814--27196101	80	3.6	80	86	0	389	14	29	18	37	1.91
27195918--27196112	20	9.8	20	69	8	83	15	30	16	36	1.91
27201163--27201201	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
27201428--27201548	23	5.3	23	86	4	163	21	21	25	31	1.98
27201427--27201548	46	2.7	46	90	0	199	22	21	25	31	1.98
27208007--27208041	18	1.9	18	100	0	70	40	11	11	37	1.77
27212709--27212766	6	9.3	6	90	7	80	20	1	18	58	1.48
27221098--27221158	31	2.0	31	87	6	88	42	13	9	34	1.77
27221712--27221759	18	2.6	18	76	6	51	64	25	2	8	1.32
27223046--27223115	34	2.1	34	94	0	122	44	24	21	10	1.82
27234844--27234874	16	1.9	16	93	0	53	51	6	19	22	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27236018--27236207	67	2.8	69	85	3	253	44	25	7	22	1.80
27237156--27237186	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27240942--27240968	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27243685--27243732	18	2.7	17	81	9	60	43	0	14	41	1.45
27244048--27244128	25	3.2	25	74	6	67	37	13	16	33	1.87
27247460--27247495	17	2.1	18	89	5	56	36	13	8	41	1.75
27251454--27251552	39	2.5	38	83	8	126	48	28	2	21	1.61
27251625--27251701	9	8.4	9	81	8	84	23	9	25	41	1.84
27251860--27251884	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
27253929--27254104	24	7.3	24	74	6	142	31	38	11	18	1.86
27253929--27254104	48	3.7	48	81	3	194	31	38	11	18	1.86
27253929--27254089	72	2.2	72	82	2	189	30	38	11	19	1.87
27255434--27255519	39	2.2	39	97	0	163	16	26	2	54	1.54
27255496--27255579	39	2.2	39	97	0	159	32	27	4	35	1.78
27258247--27258292	18	2.6	18	78	0	65	23	13	8	54	1.66
27258454--27258486	15	2.2	15	89	10	50	39	27	6	27	1.80
27259844--27259889	15	3.1	15	80	17	51	69	0	28	2	1.00
27262317--27262382	24	2.8	23	81	4	78	51	19	6	22	1.69
27264546--27264587	20	2.0	21	86	4	59	35	19	0	45	1.50
27273105--27273137	10	3.4	10	91	8	59	60	0	0	39	0.97
27274701--27274815	25	4.6	24	76	7	79	32	21	26	20	1.98
27274717--27274866	25	5.9	24	73	8	86	32	22	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27277987--27278029	20	2.2	20	91	4	70	60	20	4	13	1.51
27277997--27278035	19	2.1	18	85	4	51	61	17	2	17	1.46
27279393--27279430	20	1.9	19	85	15	51	18	2	0	78	0.86
27284122--27284162	21	2.0	21	85	0	55	7	29	12	51	1.66
27284132--27284173	21	2.0	21	85	0	57	4	28	16	50	1.66
27285010--27285039	13	2.2	14	94	5	53	30	10	6	53	1.60
27293053--27293094	20	2.1	20	95	0	75	42	11	0	45	1.41
27296108--27296165	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
27296377--27296408	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
27298198--27298277	26	3.1	25	67	16	65	36	28	11	23	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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