genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59223883--59223933	23	2.2	23	86	6	68	80	0	1	17	0.81
59223884--59223942	27	2.2	26	84	6	73	81	0	3	15	0.82
59223885--59223948	16	3.9	16	84	10	67	81	0	4	14	0.85
59223880--59223951	20	3.5	20	79	9	65	80	0	5	13	0.88
59224500--59224558	28	2.1	27	81	9	66	40	0	10	49	1.37
59227759--59227908	79	1.9	79	87	2	221	38	12	19	30	1.88
59228442--59228499	24	2.3	26	88	8	86	36	18	22	22	1.95
59240846--59240879	15	2.2	16	89	5	52	64	0	0	35	0.94
59240985--59241024	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
59240973--59241038	35	1.9	34	90	6	107	46	13	7	31	1.71
59243341--59243397	26	2.2	26	90	0	87	45	12	31	10	1.76
59248908--59248956	25	2.0	25	87	0	71	32	18	16	32	1.93
59253406--59253480	37	2.0	37	100	0	150	62	5	2	29	1.31
59254274--59254462	28	6.8	28	79	6	161	26	15	8	49	1.73
59254346--59254398	27	1.9	28	84	3	72	26	15	7	50	1.70
59254270--59254482	28	7.7	27	77	10	139	26	16	7	48	1.73
59254276--59254436	83	1.9	84	87	3	236	27	16	8	47	1.75
59254289--59254434	55	2.6	56	77	5	152	26	17	8	47	1.75
59254276--59254490	83	2.6	81	81	9	213	26	15	7	49	1.72
59254874--59254939	21	3.1	21	72	12	62	24	22	16	36	1.94
59254882--59254984	21	4.8	21	72	14	75	27	23	14	34	1.94
59258815--59259006	91	2.1	88	83	4	233	31	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59267106--59267134	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
59277893--59277922	7	4.4	7	95	4	53	30	0	0	70	0.88
59277897--59277961	3	21.3	3	73	20	55	30	0	3	66	1.07
59277893--59277961	14	5.3	13	75	20	56	30	0	2	66	1.06
59278078--59278123	17	2.6	17	86	3	65	41	10	0	47	1.38
59278260--59278351	30	3.1	29	76	14	89	33	2	5	58	1.33
59283298--59283327	12	2.5	12	100	0	60	80	6	13	0	0.91
59284556--59285322	88	8.7	88	82	2	842	27	24	24	23	2.00
59284557--59285322	176	4.4	176	86	1	953	27	24	24	23	2.00
59284558--59285322	264	2.9	263	84	2	935	27	24	24	23	2.00
59285348--59285700	117	3.0	117	93	0	607	25	18	29	26	1.98
59285685--59285784	44	2.3	44	82	3	121	34	19	23	24	1.97
59286596--59286626	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
59286726--59286779	27	2.1	27	86	6	76	40	11	1	46	1.50
59286742--59286785	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
59286921--59287012	30	3.1	29	76	14	89	33	2	5	58	1.33
59291215--59291298	25	3.4	25	83	3	98	28	22	21	27	1.99
59291453--59291513	31	2.0	30	84	9	79	39	6	18	36	1.76
59296591--59296629	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
59296855--59296968	23	5.0	23	80	0	138	22	21	24	30	1.99
59296855--59296968	46	2.5	45	90	5	174	22	21	24	30	1.99
59304566--59304610	21	2.1	21	83	0	54	28	15	17	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59307309--59307343	17	2.0	18	88	5	54	45	2	8	42	1.49
59322960--59323012	6	8.3	6	84	12	70	1	18	1	77	0.96
59322954--59322994	18	2.2	19	86	4	57	7	17	0	75	1.02
59323600--59323709	54	2.0	54	100	0	220	37	5	29	28	1.79
59324491--59324537	16	2.8	17	90	6	69	23	14	2	59	1.46
59327861--59327924	21	3.2	19	82	10	74	50	1	1	46	1.20
59328233--59328284	7	7.6	7	79	12	54	67	0	21	11	1.22
59342550--59342582	17	1.9	17	100	0	66	24	24	12	39	1.89
59345082--59345119	20	1.9	20	89	10	60	28	2	5	63	1.30
59345094--59345118	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
59348625--59348685	25	2.8	20	73	21	59	19	0	60	19	1.36
59348624--59348678	25	2.2	25	100	0	110	16	0	63	20	1.31
59348684--59348742	30	2.0	30	86	6	84	40	0	40	18	1.51
59354709--59354916	44	4.7	44	68	13	131	30	20	25	23	1.99
59354616--59355021	132	3.1	132	91	1	638	30	22	22	24	1.99
59359940--59359992	18	2.9	18	78	10	54	67	3	7	20	1.31
59361889--59361940	21	2.5	22	75	6	54	55	3	7	32	1.46
59362426--59362463	16	2.3	17	81	9	51	10	13	0	76	1.02
59366453--59366491	19	1.9	20	85	15	53	58	7	0	33	1.26
59368128--59368228	42	2.4	42	93	3	168	20	18	18	41	1.90
59368547--59368598	21	2.5	21	87	6	70	3	46	21	28	1.69
59373709--59373751	18	2.2	19	84	12	52	55	2	0	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59373738--59373885	61	2.4	61	79	4	165	47	8	4	40	1.52
59373816--59373855	16	2.6	15	76	7	53	47	7	0	45	1.31
59373864--59373896	17	1.9	17	93	0	57	51	9	3	36	1.49
59374697--59374728	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
59376210--59376241	14	2.3	14	100	0	64	28	6	6	59	1.46
59379438--59379510	6	12.2	6	100	0	146	32	0	0	67	0.91
59379960--59379992	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
59380129--59380188	28	2.1	28	100	0	120	66	3	16	13	1.37
59382849--59382880	17	1.9	16	93	6	55	21	6	12	59	1.55
59383372--59383400	15	1.9	15	100	0	58	34	10	0	55	1.34
59389130--59389160	12	2.6	12	100	0	62	54	0	16	29	1.42
59398659--59398706	21	2.3	21	89	3	71	37	27	14	20	1.92
59398729--59398771	22	2.0	22	90	0	68	37	16	11	34	1.85
59399735--59399761	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
59412855--59412899	21	2.1	21	87	0	63	35	8	6	48	1.61
59413604--59413636	14	2.4	14	94	0	57	27	9	6	57	1.53
59414618--59414643	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59419083--59419261	85	2.1	86	86	8	249	26	7	15	50	1.70
59419552--59419608	28	2.0	28	100	0	114	59	7	10	22	1.54
59419559--59419604	14	3.3	14	72	22	51	58	6	10	23	1.55
59442840--59443213	125	3.0	124	85	4	475	29	16	21	32	1.95
59446452--59446483	9	3.7	9	95	4	57	56	9	0	34	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59446869--59446908	18	2.2	18	90	0	62	40	5	30	25	1.77
59447559--59447584	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
59447754--59447791	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
59448818--59448883	11	5.9	11	80	16	66	42	3	30	24	1.70
59451371--59451402	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
59452604--59452696	40	2.3	40	85	3	125	38	21	22	17	1.93
59453501--59453543	21	2.1	20	91	4	68	2	0	46	51	1.13
59453504--59453550	21	2.2	20	82	10	58	4	2	46	46	1.34
59453540--59453587	21	2.2	22	85	10	64	22	4	22	50	1.67
59453539--59453621	7	11.9	7	74	3	51	20	2	28	48	1.62
59453555--59453601	21	2.2	21	80	0	58	23	2	23	51	1.59
59453902--59454677	147	5.3	147	74	8	532	26	17	21	33	1.96
59454148--59454746	292	2.0	295	82	4	719	25	18	21	34	1.96
59454955--59454986	6	5.3	6	100	0	64	15	50	15	18	1.79
59455204--59455230	14	1.9	14	100	0	54	18	7	14	59	1.58
59456308--59456449	69	2.1	69	93	0	239	45	4	3	45	1.42
59456533--59456610	12	6.4	12	71	21	56	48	14	0	37	1.43
59456530--59456583	28	1.9	28	88	7	83	50	16	0	33	1.46
59456545--59456859	9	34.7	9	69	20	135	47	17	1	33	1.57
59456556--59456881	16	17.6	20	65	22	78	46	17	1	34	1.57
59456655--59456751	34	2.7	34	79	6	86	47	17	2	32	1.59
59456689--59456877	25	7.0	25	69	17	87	48	16	0	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59456701--59456786	34	2.4	36	90	7	131	48	13	0	37	1.43
59462393--59462443	21	2.4	21	86	0	66	35	15	45	3	1.65
59462381--59462509	67	1.9	67	87	0	186	37	18	34	10	1.85
59462661--59462718	26	2.2	26	90	6	91	32	3	0	63	1.11
59462661--59462716	7	8.6	7	77	18	50	33	1	0	64	1.04
59462661--59462714	19	2.8	20	76	20	53	33	1	0	64	1.04
59462825--59463115	43	6.8	43	89	0	384	24	18	31	25	1.98
59467272--59467328	19	3.1	19	84	2	53	33	0	8	57	1.29
59467278--59467328	19	2.6	19	87	3	75	31	0	7	60	1.25
59470144--59470475	102	3.3	102	89	2	465	28	15	26	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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