genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28284193--28284355	78	2.1	78	98	1	317	23	14	6	56	1.60
28291272--28291388	25	4.7	25	74	13	91	32	23	25	18	1.97
28293187--28293228	22	1.9	22	85	9	59	69	9	2	19	1.28
28294263--28294305	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
28294326--28294381	20	2.7	21	81	13	53	69	7	12	10	1.36
28294337--28294381	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
28295034--28295079	21	2.1	22	84	4	58	36	15	8	39	1.78
28297171--28297350	34	5.3	34	85	2	227	39	16	25	18	1.91
28297192--28297284	17	5.5	17	65	14	57	39	15	26	18	1.90
28297191--28297354	69	2.4	68	88	1	238	39	17	25	17	1.91
28298315--28298346	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
28300226--28300265	17	2.3	18	86	4	55	52	15	2	30	1.55
28303383--28303434	26	2.0	26	96	0	95	34	9	5	50	1.59
28303445--28303488	22	2.0	22	100	0	88	31	18	22	27	1.97
28304296--28304709	106	3.9	106	89	1	612	33	19	17	29	1.95
28313070--28313132	31	2.0	31	100	0	126	38	20	6	34	1.78
28313403--28313438	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
28317753--28317778	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
28317784--28317917	39	3.4	40	78	5	141	38	20	20	20	1.94
28317941--28318225	41	7.0	41	92	1	441	16	23	33	26	1.96
28318581--28318617	14	2.6	14	91	0	65	24	0	29	45	1.53
28318910--28318969	14	4.3	13	81	12	66	26	0	40	33	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28318910--28318969	28	2.1	28	85	11	79	26	0	40	33	1.57
28323583--28323784	43	4.7	43	92	0	314	21	16	32	28	1.96
28323843--28323887	22	2.1	21	91	4	72	42	28	17	11	1.84
28326358--28326433	35	2.2	35	87	0	107	22	27	23	26	1.99
28339641--28339700	28	2.1	28	100	0	120	40	10	21	28	1.85
28344178--28344220	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
28348263--28348339	38	2.0	38	100	0	154	28	11	18	41	1.85
28366920--28366960	20	2.0	20	90	0	64	34	0	0	65	0.93
28372522--28372566	24	1.9	24	95	4	83	64	17	4	13	1.44
28374495--28374529	18	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
28377312--28377371	15	4.0	14	74	20	50	48	8	1	41	1.43
28378507--28378572	28	2.4	28	84	2	89	51	7	10	30	1.64
28390325--28390365	21	2.0	21	90	0	64	14	68	0	17	1.22
28390322--28390370	24	2.0	24	92	0	80	16	67	0	16	1.24
28390322--28390386	6	10.8	6	86	0	67	16	64	1	16	1.37
28390432--28390494	15	4.2	15	79	0	63	14	63	3	19	1.43
28390436--28390495	30	2.0	30	86	0	84	13	63	3	20	1.43
28390436--28390494	9	6.6	9	77	11	50	13	64	3	18	1.42
28390504--28390545	12	3.5	12	83	0	57	28	45	11	14	1.80
28390565--28390614	6	8.3	6	84	0	55	12	66	0	22	1.24
28390651--28390697	24	2.0	24	91	8	78	38	38	6	17	1.75
28390701--28390756	15	3.7	15	82	0	58	14	62	0	23	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28392340--28392397	30	2.0	30	83	6	75	43	5	1	50	1.35
28396284--28396364	19	4.3	19	73	21	71	32	0	3	64	1.11
28396274--28396348	37	2.0	37	84	5	98	29	1	4	65	1.19
28396264--28396355	48	1.9	47	80	12	107	29	1	4	65	1.19
28396285--28396394	29	3.8	30	76	14	90	30	0	4	63	1.20
28396373--28396426	27	2.0	27	85	7	74	33	0	1	64	1.04
28396283--28396496	9	22.8	9	65	21	50	30	2	5	61	1.30
28396472--28396519	23	2.1	23	84	7	62	22	2	4	70	1.15
28402088--28402116	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28421687--28421726	18	2.1	18	86	9	53	62	0	0	37	0.95
28421948--28421995	24	2.0	25	87	4	71	72	4	0	22	1.01
28424131--28424179	23	2.1	24	81	11	57	26	2	6	65	1.27
28425239--28425288	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
28429917--28431048	569	2.0	569	96	0	2104	26	19	23	31	1.98
28434908--28434950	19	2.2	20	88	8	63	37	0	23	39	1.55
28435603--28435672	26	2.7	26	90	0	113	10	27	24	38	1.87
28435999--28436075	38	2.0	38	100	0	154	37	10	18	33	1.85
28437080--28437183	52	2.0	52	100	0	208	28	23	25	23	1.99
28437706--28437738	15	2.2	15	94	0	57	57	0	36	6	1.23
28438197--28438385	95	2.0	95	100	0	378	39	20	15	24	1.92
28439412--28439512	51	2.0	51	98	0	193	45	11	15	26	1.81
28440748--28441278	263	2.0	263	97	0	1001	39	15	10	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28447760--28447789	3	10.3	3	92	7	53	0	0	63	36	0.95
28450344--28450391	25	1.9	25	95	0	87	58	4	16	20	1.55
28451868--28451936	11	6.4	10	79	14	75	24	27	1	46	1.61
28451868--28451936	22	3.2	21	86	10	86	24	27	1	46	1.61
28451981--28452013	13	2.5	13	90	9	50	33	0	0	66	0.92
28453773--28453815	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
28454057--28454117	21	2.9	21	85	4	61	29	42	21	6	1.78
28457511--28457918	125	3.3	126	91	1	633	26	20	19	33	1.96
28457951--28458254	96	3.2	93	80	4	304	39	18	4	37	1.71
28460246--28460276	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
28460576--28460605	12	2.6	12	94	5	53	73	0	0	26	0.84
28460974--28461019	19	2.4	19	85	0	56	50	0	10	39	1.38
28461323--28461386	31	2.2	30	81	13	71	32	9	4	53	1.54
28464898--28464927	12	2.5	12	94	0	51	6	43	26	23	1.78
28464975--28465190	65	3.3	65	82	3	254	25	22	26	25	2.00
28465203--28465467	133	2.0	133	94	1	469	27	26	20	25	1.99
28470084--28470154	24	3.0	24	85	4	81	14	28	25	32	1.94
28470095--28470173	24	3.2	25	83	5	83	16	25	24	34	1.95
28475760--28475894	54	2.5	54	87	4	202	27	30	23	18	1.98
28478679--28478867	95	2.0	95	93	0	324	37	4	21	36	1.73
28479326--28479384	12	5.1	12	75	19	54	49	1	1	47	1.21
28479440--28479489	25	2.0	24	84	7	64	44	8	10	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28484145--28484202	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
28484540--28484788	50	4.8	50	83	3	291	26	21	28	22	1.99
28492455--28492546	21	4.3	21	91	2	139	27	0	15	57	1.38
28492460--28492546	43	2.0	42	95	2	156	26	0	14	58	1.37
28492611--28492695	26	3.3	24	71	22	66	35	0	9	55	1.32
28492757--28492837	37	2.2	38	88	4	128	54	1	2	41	1.21
28492874--28492915	16	2.7	15	85	7	57	35	2	4	57	1.33
28496547--28496600	22	2.4	23	84	12	76	1	31	1	64	1.14
28496540--28496600	24	2.7	22	77	7	61	3	31	1	63	1.20
28498808--28498888	36	2.2	36	80	8	94	41	0	23	34	1.55
28503363--28503396	18	1.9	17	88	5	50	29	0	5	64	1.17
28512980--28513055	38	1.9	38	84	7	98	36	1	0	61	1.04
28515026--28515070	9	5.0	9	80	0	54	4	66	20	8	1.36
28515027--28515091	6	10.8	6	84	0	76	3	66	16	13	1.38
28515042--28515101	18	3.3	18	80	0	66	8	63	15	13	1.51
28518932--28518967	12	3.0	12	84	15	56	36	0	25	38	1.56
28521010--28521046	17	2.2	17	95	0	65	32	2	0	64	1.07
28524117--28524326	43	4.9	43	80	4	217	32	24	18	24	1.97
28524167--28524324	86	1.8	86	89	5	248	32	23	19	24	1.98
28529696--28529733	18	2.1	18	100	0	76	10	7	36	44	1.68
28532272--28532459	43	4.3	43	85	4	261	27	30	19	22	1.98
28532272--28532441	86	2.0	86	94	3	297	25	31	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28532268--28532458	87	2.2	86	88	2	303	27	29	18	23	1.98
28532640--28532676	19	1.9	19	94	0	65	59	2	10	27	1.44
28535859--28535890	16	2.0	16	100	0	64	25	6	6	62	1.42
28536290--28536316	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28536591--28536639	22	2.2	22	85	0	71	36	42	0	20	1.52
28536646--28536691	21	2.2	21	84	0	56	32	41	0	26	1.56
28537054--28537366	41	7.6	41	85	2	405	29	28	23	18	1.98
28541210--28541593	37	10.2	37	78	6	362	36	18	16	28	1.92
28541210--28541586	149	2.5	147	84	3	450	36	18	16	28	1.93
28541217--28541557	112	3.0	111	82	5	368	36	18	16	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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