genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16737882--16737964	23	3.7	23	85	6	109	44	20	16	18	1.87
16738122--16738154	17	1.9	17	93	0	57	27	21	3	48	1.64
16739406--16739549	33	4.3	33	68	13	105	27	23	16	31	1.96
16739380--16739619	101	2.4	101	90	1	356	27	22	16	33	1.95
16743991--16744109	58	2.1	58	93	0	202	47	13	24	15	1.81
16749755--16749945	101	1.9	101	84	0	256	34	15	21	28	1.94
16749755--16749967	101	2.1	101	80	3	232	35	15	20	27	1.94
16762427--16762496	28	2.5	26	79	6	68	45	5	2	45	1.41
16765532--16765660	64	2.0	64	95	0	231	24	23	15	37	1.93
16775704--16775735	5	6.4	5	92	0	55	62	15	0	21	1.32
16776963--16776987	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
16777860--16777886	13	2.1	13	100	0	54	29	18	22	29	1.97
16784494--16784558	22	3.0	22	83	0	94	18	18	18	44	1.87
16788242--16788282	22	1.9	21	90	5	64	26	12	36	24	1.91
16792350--16792642	50	5.8	50	87	0	406	27	22	29	20	1.98
16795297--16795360	26	2.4	27	82	10	78	40	17	3	39	1.65
16813776--16813804	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
16814490--16814537	21	2.2	22	77	3	53	16	2	8	72	1.18
16814663--16814699	17	2.1	19	90	10	60	67	0	0	32	0.91
16817088--16817113	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16822792--16822830	19	2.1	19	85	4	53	41	0	5	53	1.23
16826794--16826819	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16827392--16827432	22	1.9	21	90	5	64	21	4	17	56	1.60
16829221--16829246	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16829718--16829991	41	6.7	41	90	2	374	29	20	26	23	1.99
16829728--16829991	82	3.2	82	91	0	420	29	20	26	23	1.99
16829718--16829991	123	2.2	123	90	0	413	29	20	26	23	1.99
16832437--16832463	12	2.2	12	100	0	54	59	11	7	22	1.56
16834744--16834847	49	2.1	49	87	0	145	29	9	8	51	1.64
16836362--16836461	44	2.3	43	80	12	109	37	29	4	30	1.76
16836373--16836465	44	2.1	46	87	4	136	37	27	4	30	1.76
16837376--16837422	21	2.2	21	81	7	60	21	2	8	68	1.27
16839882--16839919	11	3.5	11	85	0	58	47	0	0	52	1.00
16840056--16840105	25	2.0	25	92	0	82	28	22	34	16	1.95
16847904--16847944	19	2.1	20	86	4	57	51	2	7	39	1.43
16871389--16871433	23	2.0	23	100	0	90	40	20	8	31	1.83
16873253--16873346	46	2.0	46	93	4	163	31	26	8	32	1.86
16876682--16876733	25	2.1	25	85	3	70	34	21	28	15	1.94
16877524--16877731	46	4.6	46	92	1	323	29	23	13	33	1.93
16881867--16881904	17	2.2	17	86	9	51	57	5	0	36	1.21
16882760--16882790	16	2.0	15	93	6	53	51	0	3	45	1.17
16883144--16883192	20	2.5	19	75	15	55	55	2	2	40	1.23
16883131--16883191	24	2.7	23	70	19	56	52	1	4	40	1.33
16883148--16883191	20	2.2	21	84	8	56	56	2	2	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16890622--16890670	26	1.9	26	91	4	82	34	10	24	30	1.89
16896462--16896526	34	1.9	34	83	0	85	49	12	16	21	1.79
16906900--16907101	100	2.0	100	100	0	404	24	16	14	44	1.86
16913261--16913301	22	1.9	21	90	5	64	60	2	0	36	1.10
16917294--16917328	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
16928851--16928932	43	1.9	43	84	0	110	40	14	7	37	1.74
16932983--16933139	41	3.8	41	88	1	208	33	28	19	19	1.96
16937666--16937797	42	3.1	42	82	2	113	42	18	22	15	1.89
16937693--16937796	42	2.5	42	85	1	129	40	19	24	16	1.91
16937693--16937813	42	2.9	42	82	1	109	41	18	22	18	1.90
16940617--16940886	46	5.6	46	72	18	219	28	23	14	33	1.94
16940617--16940830	108	2.0	107	95	0	383	28	24	14	32	1.94
16946662--16946706	21	2.2	20	80	11	54	48	4	2	44	1.35
16949201--16949240	20	2.0	20	86	13	57	77	5	7	10	1.11
16961954--16961981	3	9.3	3	100	0	56	0	0	64	35	0.94
16961912--16962058	45	3.1	45	84	8	150	12	6	55	25	1.59
16961912--16962014	54	1.9	54	100	0	206	9	3	58	28	1.48
16970052--16970170	57	2.1	58	95	1	213	27	5	15	50	1.67
16978583--16978631	20	2.4	21	83	10	57	34	0	10	55	1.34
16982191--16982249	25	2.4	24	83	8	75	23	28	10	37	1.88
16996589--16996763	21	8.3	21	91	0	233	16	24	16	44	1.86
17003023--17003098	22	3.5	22	87	0	107	27	15	27	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17006383--17006417	6	5.8	6	100	0	70	0	17	51	31	1.45
17006386--17006428	18	2.4	18	88	0	59	2	16	53	27	1.55
17015485--17015511	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
17024040--17024212	46	3.8	46	89	0	274	37	9	22	30	1.86
17025789--17025831	2	20.5	2	82	17	52	44	4	2	48	1.36
17025796--17025834	19	2.1	19	100	0	78	43	5	5	46	1.48
17040383--17040409	4	6.8	4	100	0	54	22	25	25	25	2.00
17058681--17058737	29	1.9	29	85	3	78	45	21	10	22	1.82
17064428--17064497	31	2.2	32	82	12	92	24	10	17	48	1.77
17064611--17064653	18	2.3	19	84	8	52	6	11	2	79	1.02
17074875--17074946	21	3.4	21	82	0	99	44	13	19	22	1.86
17074858--17074953	42	2.3	41	92	3	158	42	16	19	20	1.89
17074998--17075080	21	4.0	21	75	6	78	42	15	20	21	1.89
17074983--17075063	42	1.9	42	87	0	117	41	16	20	20	1.89
17077910--17077945	17	2.2	16	90	5	54	11	5	13	69	1.34
17080384--17080413	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
17080498--17080526	9	3.2	9	100	0	58	31	10	10	48	1.71
17083286--17083325	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
17083274--17083340	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
17092642--17092777	73	1.9	71	93	3	236	54	10	12	22	1.68
17126300--17126407	51	2.1	51	84	8	139	29	20	7	42	1.79
17129363--17129401	21	1.9	21	89	5	62	41	7	10	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17129363--17129409	21	2.3	21	85	3	60	40	6	8	44	1.60
17141244--17141295	16	3.3	15	74	12	50	19	26	0	53	1.45
17156170--17156274	41	2.7	40	72	13	101	34	26	18	20	1.96
17159508--17159650	33	4.3	33	71	7	117	27	25	16	30	1.97
17159413--17159652	101	2.4	101	93	1	401	27	26	15	30	1.96
17161846--17161891	22	2.1	22	84	8	58	47	2	15	34	1.57
17166852--17166907	21	2.6	22	81	15	73	58	3	0	37	1.15
17166854--17166910	20	2.8	20	84	12	71	63	1	0	35	1.05
17166868--17166920	10	5.4	10	80	10	56	64	1	0	33	1.05
17167024--17167098	20	3.7	20	70	8	62	64	5	2	28	1.29
17167213--17167255	8	5.4	8	91	0	59	25	0	2	72	0.97
17167557--17167622	17	3.6	18	71	18	55	39	3	4	53	1.37
17167585--17167638	20	2.7	20	82	8	56	37	1	5	55	1.34
17167606--17167685	35	2.3	35	81	10	92	35	0	2	62	1.09
17167625--17167682	19	3.3	17	75	13	55	31	0	1	67	1.01
17167632--17167708	35	2.2	36	84	15	99	36	0	1	62	1.04
17185578--17185674	23	4.2	23	90	0	158	23	21	25	28	1.99
17185574--17185674	46	2.2	46	96	0	184	23	20	24	30	1.99
17186972--17187082	55	2.0	55	92	0	186	17	18	20	43	1.88
17187029--17187115	21	4.1	21	74	0	75	17	22	18	41	1.90
17187033--17187125	42	2.2	42	92	0	150	13	23	19	43	1.87
17187033--17187145	42	2.7	42	88	0	145	13	23	20	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17188756--17188812	30	1.9	30	89	3	89	40	3	24	31	1.72
17189025--17189056	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
17193748--17193789	21	2.0	22	85	4	59	23	0	4	71	1.05
17193748--17193804	28	2.0	27	80	12	62	26	0	7	66	1.17
17196765--17196790	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
17197604--17197664	30	2.0	31	90	3	97	36	0	44	19	1.51
17198214--17198274	15	4.1	15	73	10	54	26	11	3	59	1.48
17202242--17202285	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
17202662--17202694	13	2.5	13	100	0	66	6	15	6	72	1.24
17202897--17202967	5	14.6	5	75	21	71	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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