genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  162  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51975930--51976002	3	24.3	3	88	5	112	35	0	1	63	1.04
51976109--51976139	16	1.9	16	93	0	53	41	6	3	48	1.45
51976524--51976566	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
51976656--51976950	42	7.0	42	81	4	301	30	20	21	27	1.98
51977373--51977412	12	3.3	12	92	0	53	2	37	17	42	1.63
51977397--51977475	21	3.8	21	86	0	113	3	43	20	32	1.70
51981651--51981921	9	32.1	9	72	14	184	29	2	20	47	1.62
51981649--51981868	25	8.7	25	82	3	244	30	2	21	45	1.64
51981644--51981884	16	14.4	16	72	13	143	29	2	21	46	1.62
51981649--51981906	50	5.3	50	81	8	275	29	2	20	46	1.63
51981644--51981906	75	3.6	75	82	7	312	29	2	20	47	1.62
51981787--51981901	41	2.8	40	88	5	133	31	1	19	47	1.59
51981752--51981942	25	7.6	24	78	8	102	30	2	17	49	1.59
51982402--51982483	24	3.2	24	67	29	71	43	3	6	46	1.46
51982373--51982485	52	2.2	51	98	1	217	43	3	5	47	1.43
51982523--51982555	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
51990206--51990916	215	3.3	213	83	7	828	32	17	14	35	1.90
51990206--51990915	106	6.5	107	81	8	791	32	17	14	35	1.90
51993310--51993563	17	14.1	18	74	12	166	45	9	12	32	1.74
51993453--51993513	20	3.2	20	84	6	65	44	6	8	40	1.60
51993514--51993607	45	2.1	43	84	11	118	48	11	12	26	1.75
51993532--51993587	27	2.0	29	89	6	89	48	14	10	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51993560--51993615	18	3.1	19	82	7	80	46	10	8	33	1.70
51993310--51993612	17	17.4	17	70	21	132	44	9	12	33	1.75
51993559--51993648	34	2.5	36	87	5	121	40	10	13	36	1.78
51993561--51993648	17	5.0	18	75	8	83	39	10	12	37	1.77
51994317--51994349	18	1.9	17	88	11	50	12	12	21	54	1.69
51994329--51994384	27	2.2	26	84	9	71	5	16	33	44	1.70
51994439--51994527	11	8.1	11	77	13	85	2	20	0	77	0.87
51994484--51994527	4	11.5	4	80	9	56	0	20	0	79	0.73
51994475--51994530	23	2.4	24	90	6	96	0	23	0	76	0.78
51994439--51994524	23	3.3	26	75	22	92	2	19	0	77	0.87
51994611--51994672	21	2.9	21	90	4	88	0	33	0	66	0.92
51994607--51994669	4	14.0	5	76	21	52	0	36	0	63	0.95
51995148--51995235	31	2.9	31	83	8	94	44	4	18	32	1.70
51995148--51995248	29	3.4	30	81	9	100	46	4	16	31	1.69
51995615--51996473	75	11.4	73	83	8	1062	34	21	17	26	1.95
51995615--51996473	148	5.7	149	88	5	1144	34	21	17	26	1.95
51995615--51996473	73	11.4	74	83	8	1049	34	21	17	26	1.95
51997338--51997407	28	2.5	28	83	0	77	2	5	7	84	0.86
51997357--51997407	19	2.6	19	87	9	68	1	1	9	86	0.73
51997365--51997395	12	2.5	12	94	5	53	3	0	6	90	0.55
52001816--52001883	16	4.4	16	76	10	61	2	5	7	83	0.88
52001815--52001871	17	3.4	16	83	13	71	3	3	8	84	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52001814--52001872	25	2.3	25	85	2	73	3	3	8	84	0.84
52001824--52001871	8	5.8	8	85	7	60	2	2	10	85	0.77
52007613--52008044	18	23.1	18	70	16	154	45	10	11	32	1.74
52007597--52007741	18	8.0	18	74	14	95	44	10	13	32	1.77
52007744--52007784	19	2.2	18	95	4	73	48	4	2	43	1.37
52007783--52007833	25	2.0	25	88	7	75	50	15	9	23	1.73
52007651--52008000	171	2.1	167	89	4	533	45	10	11	32	1.74
52007810--52008129	36	9.0	36	67	20	131	44	10	12	32	1.75
52007968--52008006	8	4.8	8	81	6	51	58	7	12	20	1.58
52007913--52008095	63	2.9	63	80	7	192	46	9	10	32	1.72
52007994--52008088	45	2.1	44	86	9	129	48	11	12	27	1.76
52008013--52008068	27	2.0	29	89	6	89	48	14	10	26	1.76
52008040--52008128	18	5.0	18	74	9	76	40	11	13	34	1.80
52008827--52008864	18	2.2	16	90	9	58	7	13	26	52	1.67
52008841--52008897	27	2.2	26	87	9	82	3	15	36	43	1.64
52008982--52009024	20	2.2	19	87	4	59	0	23	0	76	0.78
52008989--52009031	19	2.2	20	87	4	61	0	25	0	74	0.82
52009111--52009173	21	2.9	21	83	11	74	0	33	0	66	0.92
52009130--52009171	12	3.8	12	78	18	54	0	30	0	69	0.89
52009650--52009737	29	2.9	30	83	8	90	42	4	20	32	1.72
52009674--52009760	30	2.9	30	83	9	90	41	3	21	33	1.70
52010086--52010135	23	2.2	23	82	7	57	76	2	12	10	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52010236--52010272	19	1.9	19	94	0	65	83	0	2	13	0.74
52011333--52011366	14	2.4	14	100	0	68	0	0	38	61	0.96
52011520--52011561	16	2.4	18	78	21	54	30	9	21	38	1.85
52014498--52014759	92	2.9	88	76	9	206	36	16	12	34	1.86
52014620--52014796	91	2.0	91	86	3	250	41	21	11	25	1.86
52014962--52015078	9	12.4	9	72	13	67	66	1	2	29	1.14
52014977--52015078	19	5.3	18	74	16	89	64	1	1	31	1.15
52014976--52015072	20	4.9	20	73	10	85	63	2	2	31	1.17
52014976--52015078	39	2.7	38	76	11	102	65	1	1	31	1.15
52014962--52015126	17	9.0	17	71	18	84	64	1	3	30	1.21
52015163--52015214	18	2.7	19	73	8	61	69	0	1	28	0.99
52015049--52015217	9	17.9	9	66	23	55	61	4	4	29	1.35
52015418--52015460	21	2.1	20	91	4	68	30	6	0	62	1.21
52015388--52015462	19	3.8	19	74	6	69	30	5	2	61	1.32
52018164--52018229	33	2.0	33	100	0	132	24	24	15	36	1.93
52019406--52019444	20	1.9	21	89	5	62	25	10	25	38	1.87
52019630--52019855	96	2.4	96	78	5	223	44	17	12	26	1.84
52019973--52020041	20	3.5	20	76	13	63	60	1	2	34	1.20
52020062--52020119	18	3.3	18	76	13	59	62	1	10	25	1.37
52020062--52020119	17	3.3	17	74	13	55	62	1	10	25	1.37
52022664--52022952	95	3.1	95	75	13	294	40	3	16	39	1.65
52022687--52022951	87	2.9	96	75	16	279	41	3	15	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52022999--52023410	125	3.3	126	92	1	675	33	20	20	25	1.97
52023637--52023670	15	2.3	15	100	0	68	44	8	26	20	1.81
52027711--52027920	116	1.8	117	85	5	300	48	6	5	39	1.53
52028496--52028573	29	2.6	30	81	4	95	14	15	38	32	1.87
52036535--52036668	56	2.4	56	86	8	177	44	18	11	25	1.83
52037305--52037340	16	2.2	16	95	0	63	52	13	2	30	1.55
52038303--52038342	20	2.0	20	90	9	64	55	0	0	45	0.99
52038957--52038990	18	1.9	17	88	5	50	35	11	0	52	1.38
52040200--52040240	18	2.3	18	87	8	57	19	4	2	73	1.13
52040200--52040239	17	2.3	18	86	4	55	20	5	2	72	1.15
52043552--52043595	18	2.4	18	82	14	54	15	2	2	79	0.93
52044165--52044207	22	1.9	23	95	4	79	37	23	20	18	1.94
52044327--52044382	18	3.2	18	76	16	55	41	17	0	41	1.50
52044880--52044951	3	24.3	3	70	13	51	62	1	1	34	1.13
52048325--52048389	33	2.0	33	82	11	80	60	3	7	29	1.40
52048674--52048719	21	2.1	22	88	4	67	47	6	2	43	1.41
52048974--52049008	11	3.1	11	88	8	52	0	14	0	85	0.59
52048974--52049007	17	2.1	17	94	5	61	0	14	0	85	0.60
52048974--52049008	6	6.2	6	90	9	56	0	14	0	85	0.59
52057198--52057244	18	2.6	18	83	12	53	46	2	0	51	1.13
52057202--52057244	17	2.5	17	82	17	54	44	2	0	53	1.13
52058102--52058148	22	2.1	23	85	14	64	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52060443--52060490	23	2.1	23	81	11	55	43	6	2	47	1.40
52060846--52060879	16	2.1	17	88	5	52	17	5	14	61	1.52
52061936--52061987	3	17.3	3	95	0	95	65	0	1	32	1.04
52062025--52062073	20	2.5	20	77	16	57	24	4	4	67	1.26
52066290--52066518	105	2.2	105	86	1	316	28	24	14	31	1.95
52067623--52067648	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
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52068259--52068390	35	3.7	35	81	8	142	45	8	12	33	1.72
52068215--52068399	35	5.3	35	75	12	125	45	9	13	31	1.76
52068677--52068710	16	2.2	15	94	5	59	61	0	2	35	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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