genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25209505--25209682	27	6.6	26	66	24	77	33	2	2	62	1.20
25209952--25209997	23	2.0	24	91	4	76	63	6	2	28	1.31
25220165--25220205	10	4.1	10	87	6	57	39	0	2	58	1.11
25220759--25220810	26	2.0	27	88	3	79	44	13	19	23	1.86
25221894--25221920	6	4.5	6	100	0	54	37	0	14	48	1.45
25226760--25226796	15	2.6	14	87	8	56	8	27	5	59	1.48
25226760--25226819	28	2.1	28	87	9	86	8	28	6	56	1.54
25226990--25227045	21	2.6	21	91	5	85	21	30	1	46	1.62
25227981--25228102	65	1.9	65	86	3	174	48	5	23	22	1.72
25232068--25232115	24	2.0	24	84	8	62	66	0	4	29	1.10
25235009--25235033	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
25236799--25236826	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
25240022--25240102	29	2.9	28	75	19	89	28	19	8	43	1.81
25249103--25249255	37	4.2	37	91	5	242	24	22	15	37	1.93
25249103--25249255	73	2.1	71	90	6	236	24	22	15	37	1.93
25259600--25259630	16	1.9	16	93	0	53	22	3	22	51	1.62
25262992--25263023	14	2.3	14	100	0	64	31	21	18	28	1.97
25264026--25264102	31	2.5	31	85	8	97	42	0	1	55	1.07
25280413--25280441	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
25281849--25282089	116	2.1	116	96	0	439	43	8	11	36	1.72
25283425--25283455	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
25283605--25283643	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25285061--25285108	18	2.6	18	76	3	51	50	0	12	37	1.41
25286436--25286474	15	2.4	17	87	12	64	58	2	12	25	1.47
25287004--25287036	16	2.1	16	94	0	57	6	9	6	78	1.08
25287710--25287775	3	21.0	3	75	9	60	37	3	3	56	1.30
25287727--25287764	20	1.9	20	88	0	58	31	5	5	57	1.43
25288084--25288160	18	4.1	19	70	14	61	37	10	0	51	1.36
25291693--25291811	1	119.0	1	71	0	85	85	13	0	0	0.64
25291694--25291812	7	17.0	7	81	16	140	84	14	0	0	0.66
25292243--25292296	17	3.0	17	84	10	63	77	1	18	1	0.95
25292256--25292297	6	6.7	6	80	20	50	80	0	16	2	0.81
25292243--25292299	20	3.0	20	85	12	68	75	1	19	3	1.04
25293296--25293681	87	4.4	87	68	13	211	29	19	24	26	1.98
25293207--25293782	131	4.4	131	89	1	850	28	18	25	27	1.98
25293210--25293676	44	10.7	44	68	12	237	28	18	25	27	1.98
25293605--25294182	220	2.6	220	86	0	798	29	19	24	26	1.99
25294397--25294600	85	2.4	85	86	1	266	30	17	20	31	1.96
25294451--25294596	44	3.4	43	76	12	147	30	15	22	31	1.95
25294447--25294687	85	2.8	84	85	1	302	29	16	22	31	1.96
25294555--25294682	41	3.0	43	72	15	120	31	16	21	30	1.95
25294640--25294937	130	2.3	130	91	0	479	32	17	19	31	1.95
25294855--25295184	139	2.4	138	79	5	369	30	20	20	28	1.98
25295828--25295861	17	2.1	16	88	5	50	8	8	5	76	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25296823--25296888	2	33.5	2	80	8	73	43	4	1	50	1.32
25296860--25296950	20	4.5	20	73	9	69	37	7	1	53	1.37
25296959--25297035	18	4.1	19	70	14	61	37	10	0	51	1.36
25298466--25298664	51	4.0	51	79	9	223	27	17	19	35	1.94
25298568--25298688	44	2.8	44	84	0	143	29	15	16	38	1.90
25298585--25299053	44	10.6	44	72	11	226	32	17	15	34	1.91
25298632--25299012	88	4.3	88	89	1	480	34	17	14	33	1.91
25298585--25299053	132	3.5	132	77	4	453	32	17	15	34	1.91
25300170--25300202	3	11.0	3	93	0	57	3	30	0	66	1.06
25301132--25301157	13	2.0	13	100	0	52	23	7	38	30	1.83
25301457--25301496	3	13.3	3	94	0	71	0	30	0	70	0.88
25305785--25305829	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
25305919--25305972	21	2.6	20	82	11	56	72	3	1	22	1.10
25306123--25306157	17	2.0	18	88	5	54	71	8	2	17	1.23
25309189--25309220	14	2.3	14	94	0	55	37	0	6	56	1.25
25316485--25316551	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
25317145--25317183	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
25317395--25317447	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
25329624--25329755	38	3.5	36	82	12	151	46	3	10	39	1.57
25330894--25330918	6	4.2	6	100	0	50	0	16	16	68	1.22
25350071--25350109	4	10.0	4	91	5	62	46	0	25	28	1.53
25351888--25351925	20	1.9	20	84	10	51	15	28	21	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25352117--25352149	7	4.7	7	100	0	66	39	0	0	60	0.97
25352780--25352818	16	2.4	16	95	0	69	38	0	2	58	1.12
25365335--25365468	44	3.1	44	66	12	125	31	15	25	27	1.96
25365052--25365407	132	2.7	132	92	1	610	30	17	21	29	1.97
25365322--25365491	84	2.0	84	96	0	313	30	17	25	27	1.97
25365322--25365437	44	2.8	42	69	11	103	31	17	25	25	1.97
25365190--25365623	216	2.0	216	93	0	742	30	17	23	29	1.97
25365409--25365851	132	3.4	131	87	2	609	29	17	23	29	1.97
25365061--25365755	348	2.0	345	92	0	1138	30	17	23	29	1.97
25367438--25367498	18	3.4	17	84	9	68	31	3	6	59	1.39
25367461--25367507	18	2.7	18	90	9	71	27	2	8	61	1.36
25367509--25367536	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25369058--25369179	58	2.2	55	86	4	163	47	12	13	26	1.78
25376429--25376561	33	4.0	33	69	7	108	33	16	24	25	1.96
25383564--25383760	105	1.9	105	80	2	234	34	16	23	25	1.96
25383918--25383956	18	2.2	18	100	0	78	25	0	10	64	1.25
25388671--25388780	34	3.4	33	67	14	93	52	9	5	32	1.56
25388691--25388788	30	3.2	30	65	18	83	55	7	6	31	1.52
25389461--25389492	14	2.4	13	94	5	55	34	0	0	65	0.93
25389630--25389668	16	2.5	15	87	4	51	61	10	0	28	1.28
25393528--25393575	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
25394821--25394856	16	2.2	16	90	0	54	22	13	13	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25398086--25398206	1	121.0	1	66	0	62	83	9	6	0	0.81
25398102--25398207	8	12.8	8	76	14	81	83	10	6	0	0.82
25398089--25398205	18	6.3	18	80	10	112	82	10	6	0	0.83
25398089--25398205	27	4.2	26	72	18	76	82	10	6	0	0.83
25398089--25398194	56	1.9	55	84	9	144	83	10	6	0	0.82
25398087--25398207	56	2.2	56	81	11	142	82	10	6	0	0.83
25399965--25400428	177	2.6	177	88	1	660	25	25	25	23	2.00
25399965--25400428	89	5.2	88	89	2	633	25	25	25	23	2.00
25400453--25400832	131	2.9	130	85	4	476	26	19	24	30	1.98
25402526--25402564	2	19.5	2	91	0	60	43	0	2	53	1.14
25429202--25429368	89	1.9	89	82	6	214	38	14	7	39	1.73
25429741--25429819	37	2.1	37	81	13	90	24	2	5	68	1.22
25429899--25430006	56	1.9	56	87	9	159	25	2	19	51	1.60
25441085--25441128	8	5.3	9	76	17	51	68	0	31	0	0.90
25441085--25441124	16	2.5	16	91	0	62	70	0	30	0	0.88
25444107--25444148	20	2.1	20	95	0	75	9	21	26	42	1.83
25451290--25451396	27	4.5	24	78	11	89	49	8	14	28	1.71
25451307--25451353	12	3.8	13	82	2	53	46	6	19	27	1.74
25451336--25451397	22	2.8	23	80	9	76	54	8	14	22	1.66
25454493--25454549	22	2.7	22	82	15	75	33	0	36	29	1.58
25454798--25454826	7	4.3	7	91	8	51	75	0	0	24	0.80
25454802--25454826	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25461651--25461783	27	5.4	24	75	15	96	49	9	15	25	1.74
25461697--25461757	22	2.8	23	83	11	85	54	9	14	21	1.69
25461659--25461783	12	10.1	13	68	21	65	52	9	14	24	1.71
25462181--25462236	21	2.8	20	74	17	53	39	10	3	46	1.56
25468680--25468709	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
25472356--25472405	23	2.0	23	81	11	55	56	12	12	20	1.67
25476852--25476900	14	2.8	19	68	31	54	36	0	0	63	0.95
25479981--25480008	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25481144--25481451	100	3.1	99	84	2	384	25	25	20	28	1.99
25481168--25481460	50	5.9	50	69	0	163	25	26	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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