genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7007290--7007369	26	3.5	22	79	15	90	27	0	6	66	1.16
7007730--7007792	30	2.0	32	87	6	94	60	3	1	34	1.22
7007736--7007800	30	2.1	31	85	2	87	66	1	1	30	1.10
7007817--7007872	27	2.1	27	87	12	80	66	3	1	28	1.19
7007885--7007920	19	1.9	19	88	5	56	69	5	0	25	1.10
7010213--7010657	246	1.8	242	82	6	565	25	18	13	42	1.86
7013821--7014044	112	2.0	111	91	0	358	28	16	11	44	1.81
7022132--7022201	21	3.3	21	80	9	88	61	0	0	38	0.96
7022177--7022271	29	3.4	28	81	9	122	63	0	2	34	1.07
7022133--7022191	11	5.4	11	78	13	68	59	0	0	40	0.97
7022177--7022266	30	3.1	29	86	9	114	65	0	2	32	1.05
7024768--7024862	37	2.6	37	90	3	149	24	23	15	36	1.94
7031129--7031192	28	2.4	25	79	10	65	37	0	1	60	1.06
7031129--7031192	26	2.3	27	86	7	85	37	0	1	60	1.06
7031192--7031222	15	2.1	15	93	0	53	3	32	54	9	1.49
7035991--7036078	46	1.9	46	83	4	115	32	11	20	35	1.88
7053902--7053926	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
7074254--7074297	20	2.2	20	83	0	52	45	9	18	27	1.79
7074333--7074402	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
7080173--7080533	46	8.6	44	82	14	353	29	21	13	35	1.92
7080306--7080492	36	4.9	36	79	12	196	30	20	11	37	1.88
7080216--7080533	82	3.9	82	79	10	371	29	21	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7080262--7080497	118	2.0	117	90	2	366	29	20	13	36	1.91
7080427--7080497	35	2.0	36	94	2	126	26	19	15	38	1.92
7085892--7085935	2	22.0	2	90	0	70	50	0	2	47	1.13
7085993--7086038	19	2.4	19	86	13	60	65	0	6	28	1.17
7086052--7086128	31	2.5	31	80	16	88	53	5	1	40	1.32
7086085--7086134	22	2.4	21	78	15	52	54	6	2	38	1.37
7088054--7088089	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
7100081--7100121	20	2.0	20	90	0	64	56	4	7	31	1.48
7100949--7100985	17	2.2	17	90	0	56	35	0	16	48	1.46
7101129--7101172	19	2.2	21	92	8	74	11	25	20	43	1.85
7101391--7101434	18	2.5	17	88	3	61	40	0	18	40	1.50
7109098--7109291	105	1.8	105	84	4	266	34	19	22	24	1.97
7109929--7109968	19	2.1	19	100	0	80	50	5	25	20	1.68
7110879--7110920	22	1.9	22	90	0	66	50	0	0	50	1.00
7112304--7112457	4	38.5	4	100	0	308	50	24	0	25	1.50
7113014--7113084	21	3.4	21	92	0	115	46	15	23	14	1.82
7119532--7119600	21	3.3	21	69	15	70	49	7	24	18	1.73
7119529--7119615	42	2.1	42	100	0	174	48	9	26	16	1.76
7125773--7125825	24	2.4	21	84	12	63	60	3	1	33	1.26
7125919--7125971	25	2.2	24	83	6	63	49	15	3	32	1.62
7131203--7131231	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
7133486--7133542	3	19.0	3	92	0	96	63	0	3	33	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7138367--7138539	86	2.0	86	94	0	301	26	15	23	34	1.95
7148100--7148163	31	2.1	31	100	0	128	34	15	18	31	1.93
7154026--7154054	7	4.3	7	95	4	51	86	0	0	13	0.58
7155969--7156009	12	3.7	12	78	18	52	34	7	4	53	1.50
7165873--7165922	20	2.6	19	80	3	64	34	0	4	62	1.14
7166486--7166526	20	2.0	20	90	0	64	58	4	0	36	1.20
7178180--7178222	17	2.7	16	82	7	52	53	0	2	44	1.13
7178849--7178895	21	2.2	21	85	7	60	57	6	0	36	1.24
7179379--7179538	19	8.4	19	64	20	59	39	1	1	57	1.18
7179433--7179474	22	1.9	22	85	0	57	40	2	0	57	1.12
7179450--7179515	33	1.9	35	90	9	109	43	0	0	56	0.99
7179461--7179515	17	3.3	17	71	2	58	43	0	0	56	0.99
7180147--7180189	22	1.9	22	85	4	59	58	9	16	16	1.63
7193200--7193449	106	2.4	106	87	2	371	55	14	0	29	1.40
7193460--7193484	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
7193412--7193536	65	2.0	63	86	10	179	60	15	0	24	1.34
7194474--7194541	27	2.5	26	83	9	91	17	17	35	29	1.93
7199011--7199258	121	2.0	122	92	2	410	37	16	12	32	1.87
7203378--7203430	21	2.7	19	76	5	52	52	0	3	43	1.19
7203411--7203460	23	2.3	22	80	16	59	42	0	2	56	1.11
7203386--7203462	21	3.6	21	74	17	61	45	0	3	50	1.20
7206436--7206460	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7217728--7217752	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
7228056--7228124	34	2.0	34	91	0	111	21	26	24	27	1.99
7231434--7231485	27	2.0	26	81	11	61	50	0	3	46	1.20
7231461--7231508	17	2.9	17	90	3	71	58	0	0	41	0.98
7231472--7231513	19	2.4	17	88	8	57	59	0	0	40	0.97
7243939--7243964	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7249358--7249395	20	1.9	20	88	0	58	34	7	2	55	1.43
7249505--7249534	15	1.9	15	93	6	51	36	0	3	60	1.14
7249703--7249749	24	1.9	25	86	4	69	46	4	2	46	1.34
7259684--7259737	21	2.6	21	76	2	65	50	1	3	44	1.30
7265260--7265297	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
7266441--7266479	20	2.0	21	85	10	55	38	7	5	48	1.54
7266795--7266844	19	2.6	19	87	6	66	60	0	2	38	1.09
7269670--7269730	28	2.1	29	84	3	79	27	8	6	57	1.53
7291553--7291599	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
7292125--7292179	21	2.6	22	91	8	96	23	9	40	27	1.85
7292292--7292332	19	2.2	19	86	0	55	60	7	0	31	1.24
7292400--7292521	36	3.8	34	72	28	124	51	6	1	40	1.38
7296999--7297038	15	2.7	15	96	0	71	25	47	12	15	1.80
7299710--7299957	46	5.7	46	85	10	342	29	22	15	33	1.94
7299845--7299917	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
7299799--7299957	82	1.9	82	93	0	273	30	21	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7303582--7304830	673	1.8	675	83	6	1648	38	15	9	36	1.80
7319788--7319852	33	2.0	33	84	6	87	30	23	9	36	1.86
7323249--7323314	26	2.5	26	72	0	60	37	21	6	34	1.78
7326922--7326946	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
7328248--7328302	21	2.5	23	85	11	71	76	5	5	12	1.13
7328573--7328623	22	2.5	20	81	15	59	41	1	3	52	1.31
7340069--7340098	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7346869--7346950	43	1.9	43	87	0	119	24	19	18	37	1.94
7353119--7353144	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7354529--7354637	28	4.0	27	77	5	112	46	6	6	40	1.55
7354561--7354648	28	3.1	27	83	4	77	46	6	3	43	1.47
7369164--7369318	50	3.1	50	85	0	193	17	25	26	30	1.97
7370422--7370612	42	4.5	41	82	3	195	34	18	21	25	1.96
7370422--7370612	84	2.3	84	84	1	240	34	18	21	25	1.96
7372354--7372379	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
7379785--7379832	21	2.3	21	92	3	80	39	22	6	31	1.79
7380204--7380259	21	2.8	20	83	5	67	33	10	14	41	1.80
7380911--7380954	20	2.2	20	84	12	54	43	9	9	38	1.68
7381895--7381921	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7382551--7382594	23	1.9	24	90	9	74	54	2	20	22	1.56
7382842--7382888	24	2.0	23	84	12	60	51	4	14	29	1.62
7383136--7383194	27	2.2	26	79	8	64	25	0	27	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7386474--7386513	19	2.1	19	90	9	64	62	0	2	35	1.09
7401025--7401101	40	1.9	39	86	2	109	25	20	18	35	1.95
7409702--7409742	19	2.2	18	91	8	64	36	9	17	36	1.82
7416650--7416730	41	2.0	41	100	0	162	33	12	4	49	1.62
7426444--7426473	3	10.0	3	92	0	51	0	36	33	30	1.58
7429166--7429199	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7429427--7429505	41	2.0	40	87	2	113	27	16	17	37	1.91
7434720--7434750	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
7436045--7436124	40	2.0	40	83	9	101	31	22	3	42	1.71
7436873--7436903	12	2.6	12	94	0	53	0	25	3	70	1.02

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