genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28842977--28843050	29	2.5	30	86	10	107	40	2	0	56	1.13
28843005--28843038	18	1.9	17	94	5	59	35	2	0	61	1.11
28842991--28843043	11	5.2	11	70	25	53	43	1	0	54	1.11
28842987--28843067	29	2.8	28	85	9	90	35	3	0	60	1.15
28844842--28845035	102	1.9	102	81	6	236	29	14	22	32	1.94
28846188--28846233	16	2.8	17	74	6	51	32	2	17	47	1.60
28854444--28854533	34	2.6	34	89	0	135	41	16	10	32	1.82
28856182--28858131	876	2.2	874	82	5	2356	28	15	14	40	1.87
28861897--28862099	27	7.5	27	76	1	183	37	21	18	21	1.94
28861896--28862099	80	2.5	81	84	2	241	38	21	18	21	1.94
28862122--28862169	24	2.0	24	95	0	87	22	8	20	47	1.77
28862129--28862185	24	2.4	24	87	0	78	21	8	22	47	1.78
28862311--28862363	26	2.0	26	85	0	70	13	22	28	35	1.92
28862369--28862536	32	5.3	32	85	0	203	20	19	20	39	1.92
28867078--28867712	324	2.0	324	84	5	836	29	17	12	40	1.87
28877742--28877797	29	1.9	29	100	0	112	33	3	25	37	1.73
28880193--28880223	12	2.6	12	94	0	53	25	38	25	9	1.86
28884897--28884939	22	2.0	22	90	0	68	39	6	11	41	1.68
28887721--28887760	17	2.4	17	100	0	80	15	27	37	20	1.92
28893498--28893548	19	2.8	18	85	5	66	27	7	1	62	1.33
28893734--28893758	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
28895065--28895115	21	2.4	21	96	0	93	31	27	29	11	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28898784--28898846	31	2.0	32	96	3	119	31	9	15	42	1.79
28900370--28900399	10	3.0	10	90	0	51	40	23	0	36	1.55
28902858--28902887	10	3.0	10	90	0	51	40	23	0	36	1.55
28904706--28905118	221	1.8	226	86	6	599	40	29	8	21	1.83
28915174--28915368	98	2.0	98	93	0	336	36	24	10	28	1.88
28916856--28916966	19	5.8	19	89	0	177	35	14	11	38	1.83
28916833--28916965	38	3.4	37	87	6	158	37	13	10	38	1.79
28922333--28922401	34	2.0	34	100	0	138	42	31	5	20	1.76
28923221--28923286	30	2.2	30	91	0	105	31	13	0	54	1.39
28923587--28923625	20	2.0	20	89	0	60	28	10	12	48	1.74
28923572--28923637	34	1.9	34	84	6	89	33	9	12	45	1.73
28929480--28929525	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
28930579--28930655	37	2.1	37	95	0	136	33	7	6	51	1.56
28930739--28930781	23	1.9	23	95	4	79	65	2	2	30	1.18
28937818--28938009	100	1.9	98	84	8	253	54	13	9	22	1.68
28943755--28943940	98	1.9	98	87	6	279	43	11	17	27	1.83
28946709--28946743	6	5.8	6	86	0	52	14	45	0	40	1.45
28946696--28946743	24	2.0	24	87	0	69	12	41	4	41	1.62
28948602--28948627	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28949181--28949220	21	2.0	21	85	14	57	60	2	0	37	1.11
28950489--28950567	18	4.5	17	87	10	106	40	24	11	24	1.87
28950487--28950559	9	8.2	9	88	8	114	42	23	10	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952703--28952758	9	6.1	9	82	14	62	41	0	0	58	0.98
28952710--28952775	8	7.6	8	71	15	51	42	0	0	57	0.98
28952694--28952775	25	3.0	29	79	13	86	42	0	0	57	0.98
28952654--28952800	36	4.0	37	80	14	155	38	1	0	60	1.05
28952683--28952784	11	9.4	11	74	19	72	41	1	0	56	1.10
28952731--28952788	25	2.3	23	81	16	71	37	1	0	60	1.07
28953089--28953132	18	2.4	18	88	0	61	18	0	40	40	1.50
28956185--28956274	27	3.3	27	73	11	85	25	27	13	33	1.93
28956190--28956295	54	2.0	54	86	0	149	27	29	13	30	1.94
28956229--28956301	27	2.7	26	74	17	69	26	30	12	31	1.92
28956199--28956312	54	2.1	54	83	3	140	26	29	12	31	1.92
28968218--28968283	27	2.4	27	92	5	107	27	21	18	33	1.96
28968218--28968302	27	3.2	26	83	6	89	25	22	17	34	1.96
28969789--28969831	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
28972912--28973092	27	6.7	28	86	8	234	32	16	14	36	1.89
28972912--28973092	81	2.2	82	87	5	262	32	16	14	36	1.89
28974372--28974402	12	2.5	12	94	5	53	64	0	0	35	0.94
28975077--28975116	21	1.9	21	100	0	80	62	0	5	32	1.17
28975078--28975247	31	5.8	31	72	19	141	61	0	2	35	1.11
28975078--28975248	72	2.3	72	87	7	231	60	0	2	36	1.12
28975090--28975238	41	3.6	41	94	3	248	61	0	2	36	1.11
28976733--28976803	34	2.2	33	89	5	108	28	23	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28980836--28981269	114	3.8	112	77	8	371	24	22	26	26	2.00
28981543--28981580	14	2.7	14	84	12	51	13	5	34	47	1.65
28981910--28981962	28	1.9	27	88	11	81	15	3	33	47	1.63
28981917--28981982	28	2.4	28	79	5	71	19	3	28	48	1.64
28982433--28982666	115	2.0	114	92	0	387	27	18	21	32	1.97
28982718--28982948	73	3.2	73	72	15	249	22	15	22	39	1.92
28982696--28982969	147	1.9	147	95	0	494	22	16	22	38	1.93
28983007--28983346	173	2.0	169	88	3	511	23	39	9	28	1.85
28985001--28985514	9	58.8	9	68	17	203	47	18	2	30	1.63
28984998--28985144	44	3.5	40	79	13	152	49	16	2	31	1.59
28985076--28985441	16	22.8	16	67	18	124	47	19	2	30	1.62
28985064--28985112	25	2.0	24	84	4	62	51	14	2	32	1.54
28985109--28985183	12	6.3	12	81	9	91	49	14	1	34	1.52
28985232--28985479	25	9.9	25	81	6	259	44	20	3	31	1.67
28985251--28985439	99	1.9	99	92	2	317	43	21	3	31	1.70
28985507--28985554	25	1.9	25	87	8	71	62	18	0	18	1.33
28989506--28989571	21	3.1	21	87	8	98	34	21	42	1	1.62
28989536--28989583	12	4.2	12	74	15	57	37	20	41	0	1.53
28990020--28990313	42	6.9	42	87	3	322	26	23	19	31	1.98
28990019--28990313	85	3.5	84	84	4	335	26	23	19	31	1.98
28993350--28993403	19	2.8	20	88	5	76	68	1	3	25	1.16
28993350--28993404	20	2.8	19	86	8	74	67	1	3	27	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29001657--29001694	20	2.0	19	85	10	51	31	31	7	28	1.86
29003609--29003742	42	3.1	43	75	8	137	24	15	26	33	1.95
29004330--29004366	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
29015084--29015440	131	2.7	131	95	0	624	31	13	15	40	1.85
29026003--29026040	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
29026019--29026128	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
29041383--29041415	16	2.1	16	94	0	57	33	9	24	33	1.87
29041473--29041506	17	1.9	18	88	5	52	2	14	8	73	1.19
29041473--29041509	16	2.2	18	85	9	51	2	16	8	72	1.19
29041545--29041575	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
29041740--29041772	14	2.3	15	94	5	59	72	0	0	27	0.85
29041922--29041974	21	2.4	23	81	6	65	41	1	5	50	1.36
29042345--29042369	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
29049314--29049593	139	2.0	139	96	0	515	26	13	21	38	1.91
29052971--29052996	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
29053582--29053779	38	5.2	38	84	3	254	34	30	19	15	1.93
29054550--29054577	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
29055660--29055753	29	3.2	29	73	5	91	21	25	31	21	1.98
29055663--29055774	58	1.9	58	88	0	170	19	23	33	24	1.97
29055672--29055784	29	3.9	29	77	4	111	16	23	33	26	1.96
29058171--29058214	22	2.0	22	86	0	61	56	2	9	31	1.43
29060392--29060444	24	2.3	23	87	6	72	56	3	7	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29060398--29060444	24	2.0	24	91	0	76	55	4	8	31	1.49
29061893--29062312	132	3.2	132	90	1	635	23	26	19	31	1.98
29074175--29074221	23	2.1	22	84	7	60	57	2	8	31	1.41
29076328--29076379	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
29078602--29078637	15	2.3	16	95	4	65	5	50	36	8	1.56
29078656--29078714	24	2.4	25	80	11	68	28	1	0	69	0.98
29081623--29081738	60	1.9	60	82	3	144	40	2	14	42	1.60
29083161--29083204	21	2.1	21	82	0	52	31	11	9	47	1.71
29085725--29085749	5	5.0	5	100	0	50	20	0	40	40	1.52
29091574--29091628	28	2.0	27	82	3	65	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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