genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  51  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20894743--20894789	7	6.4	7	80	14	51	53	0	2	44	1.12
20902460--20902499	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
20910695--20911479	72	10.9	70	75	8	548	15	30	12	41	1.84
20910682--20911485	144	5.6	143	78	5	699	15	30	12	41	1.84
20910767--20911477	216	3.3	215	81	2	827	15	31	12	40	1.84
20912343--20912495	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
20912602--20913214	144	4.3	143	80	4	693	14	31	12	41	1.83
20912602--20913214	282	2.2	284	86	3	858	14	31	12	41	1.83
20912628--20913214	72	8.2	72	81	5	629	14	30	12	42	1.83
20913147--20915737	117	22.0	110	70	15	912	14	28	14	42	1.85
20913954--20914187	129	1.8	129	85	7	332	14	29	13	42	1.84
20914430--20915738	123	11.0	121	79	8	1369	15	28	14	42	1.86
20913150--20915715	714	3.6	713	88	5	3305	14	28	14	42	1.85
20913147--20915715	954	2.7	946	85	4	3303	14	28	14	42	1.85
20913147--20915740	240	11.0	235	82	5	2755	14	28	14	42	1.85
20917166--20917240	30	2.5	30	80	4	89	34	16	5	44	1.70
20929623--20929710	44	2.0	44	93	0	149	47	10	6	35	1.64
20930165--20930245	22	3.5	22	76	17	60	30	2	0	66	1.05
20930185--20930243	31	1.9	30	86	10	84	28	0	0	71	0.87
20930185--20930246	15	4.1	15	78	17	74	30	0	0	69	0.89
20930209--20930259	23	2.2	24	82	10	61	35	1	0	62	1.06
20930923--20930960	16	2.4	16	90	0	58	36	2	31	28	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20934129--20934169	20	2.0	21	90	4	66	36	0	0	63	0.95
20935407--20935435	11	2.6	11	100	0	58	20	27	6	44	1.77
20935442--20935485	12	3.8	12	81	3	54	40	0	0	59	0.98
20936390--20936438	21	2.3	21	79	6	55	32	36	28	2	1.69
20936653--20936955	138	2.2	137	84	4	387	47	25	0	26	1.55
20936655--20936955	23	13.1	23	78	9	276	47	25	0	25	1.55
20936949--20937193	115	2.1	117	93	2	413	39	8	6	45	1.61
20940211--20940584	124	3.0	125	92	1	606	32	22	16	28	1.95
20941665--20941704	19	2.1	19	95	0	71	25	0	15	60	1.35
20941764--20941813	11	4.5	11	80	12	50	50	6	0	44	1.26
20941762--20941802	21	1.9	22	90	5	66	53	4	0	41	1.22
20946990--20947027	5	7.6	5	93	0	67	57	0	0	42	0.98
20947692--20947746	25	2.2	26	78	12	62	14	20	5	60	1.54
20964163--20964280	21	5.7	21	70	6	96	14	22	20	43	1.87
20964224--20964305	21	3.9	21	78	0	83	14	20	19	45	1.85
20964163--20964303	42	3.4	42	82	6	171	15	21	19	43	1.88
20984968--20985958	201	5.0	201	89	4	1377	19	30	19	30	1.96
20985794--20986089	162	1.8	162	91	1	486	21	31	20	26	1.98
20988766--20988822	27	2.1	28	83	9	73	50	0	3	45	1.18
20991817--20991841	12	2.1	12	100	0	50	64	0	16	20	1.30
20991988--20992044	26	2.2	26	87	6	80	43	17	14	24	1.86
20994688--20994712	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21000574--21000718	64	2.2	64	84	8	186	39	2	11	46	1.54
21000604--21000760	64	2.5	61	81	12	169	38	2	13	45	1.57
21006884--21006975	40	2.2	41	84	3	114	54	9	1	34	1.41
21012193--21012236	23	2.0	23	82	13	56	38	0	20	40	1.53
21012449--21012602	37	4.2	37	76	3	139	19	14	27	38	1.90
21027632--21027669	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21028636--21028748	43	2.7	43	84	4	140	31	24	16	26	1.96
21032721--21032755	17	2.2	17	90	10	56	20	34	31	14	1.92
21037149--21037210	19	3.2	19	71	17	56	27	3	6	62	1.35
21039627--21039680	29	1.9	27	85	7	72	55	0	3	40	1.17
21043963--21043991	14	2.0	15	93	6	51	0	37	6	55	1.27
21047698--21047748	20	2.6	19	84	9	66	41	15	15	27	1.88
21048465--21048501	12	3.0	13	76	15	51	56	0	0	43	0.99
21050283--21050345	24	2.6	24	92	2	99	39	19	25	15	1.91
21050787--21050829	21	2.0	21	90	0	68	39	18	0	41	1.51
21052223--21052280	11	5.2	11	80	10	64	46	0	1	51	1.11
21052226--21052278	12	4.7	11	77	11	54	45	0	1	52	1.11
21052675--21052723	10	5.3	9	86	11	64	73	2	0	24	0.94
21052668--21052722	19	2.8	20	86	10	71	72	1	0	25	0.94
21053445--21053481	18	2.1	18	94	0	65	59	2	13	24	1.47
21056857--21056889	15	2.2	15	100	0	66	39	0	18	42	1.50
21064126--21064151	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21068215--21068253	21	1.9	20	84	5	51	64	2	15	17	1.41
21069150--21069268	25	4.8	24	71	11	80	18	23	21	36	1.95
21069222--21069351	25	5.3	25	71	17	85	19	26	20	33	1.96
21069222--21069329	49	2.2	49	86	6	148	19	27	20	32	1.97
21076902--21076961	29	2.1	29	93	0	102	16	25	33	25	1.96
21077873--21077925	17	3.2	16	92	7	88	45	5	26	22	1.74
21081450--21081499	17	2.9	17	87	0	73	42	4	26	28	1.73
21095625--21096814	641	1.9	641	82	4	1497	38	9	17	34	1.82
21101267--21101344	24	3.2	24	75	12	86	17	29	21	30	1.97
21104322--21104365	14	3.1	14	86	3	61	45	11	29	13	1.79
21119350--21119388	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
21125828--21125939	27	4.2	27	93	2	190	17	18	21	41	1.90
21125828--21125939	53	2.1	54	94	1	199	17	18	21	41	1.90
21141282--21141754	31	15.6	29	65	18	96	28	9	19	43	1.81
21141218--21141889	180	3.7	183	87	4	933	28	9	19	42	1.82
21169032--21169304	108	2.6	106	81	2	307	33	20	18	27	1.96
21169517--21169577	29	2.1	29	82	14	72	63	3	9	22	1.39
21170090--21170135	20	2.4	19	77	19	51	56	2	6	34	1.37
21175321--21175593	108	2.6	106	81	2	307	33	20	18	27	1.96
21175806--21175866	29	2.1	29	82	14	72	63	3	9	22	1.39
21176379--21176424	20	2.4	19	77	19	51	56	2	6	34	1.37
21177887--21178414	44	12.3	43	74	12	437	22	19	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21177911--21178416	87	5.9	85	80	9	403	22	20	23	32	1.98
21177911--21178413	171	2.9	169	81	6	534	22	20	24	32	1.98
21178130--21178438	127	2.4	129	80	6	304	25	21	21	31	1.98
21177887--21178414	43	12.3	41	72	15	331	22	19	24	32	1.97
21178602--21179040	134	3.3	134	95	1	765	27	22	21	28	1.99
21178432--21179036	44	13.6	44	69	12	310	27	22	20	28	1.99
21180249--21180304	7	8.1	7	80	11	62	10	17	1	69	1.26
21180249--21180304	13	4.1	14	77	11	62	10	17	1	69	1.26
21180251--21180305	28	2.0	28	85	7	76	9	16	1	72	1.18
21181280--21181351	22	3.2	22	82	9	74	12	8	4	75	1.18
21181312--21181351	12	3.3	12	100	0	80	15	15	0	70	1.18
21181312--21181351	18	2.2	18	100	0	80	15	15	0	70	1.18
21181319--21181369	18	2.8	18	87	0	66	17	11	3	66	1.38
21185240--21185300	29	2.1	29	82	14	72	63	3	9	22	1.39
21185812--21185857	20	2.4	19	77	19	51	56	2	6	34	1.37
21189298--21189570	108	2.6	106	81	2	307	33	20	18	27	1.96
21189858--21189918	29	2.1	29	82	14	72	63	3	9	22	1.39
21190431--21190476	20	2.4	19	77	19	51	56	2	6	34	1.37
21203365--21203461	48	2.0	48	100	0	194	31	26	4	37	1.76
21204514--21204543	14	2.2	13	94	5	51	60	0	0	40	0.97
21210814--21210927	58	2.0	58	98	0	219	35	21	18	24	1.95
21212819--21212855	17	2.2	17	100	0	74	40	5	5	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21213707--21213781	33	2.3	34	76	6	82	33	1	0	65	1.01
21219631--21219668	13	2.7	14	88	8	51	55	5	23	15	1.61
21220368--21220421	26	2.1	26	92	0	90	25	18	5	50	1.69
21223123--21223228	52	2.0	52	94	0	185	37	15	2	44	1.61
21224599--21224903	56	5.8	53	84	5	340	26	21	28	23	1.99
21224599--21224903	50	5.8	50	86	2	322	26	21	28	23	1.99
21227946--21228194	50	4.8	50	88	3	309	25	22	29	21	1.99
21230884--21231049	27	6.6	24	72	10	91	33	17	25	22	1.96
21230941--21231049	27	4.1	27	76	15	102	36	14	24	23	1.93
21231102--21231202	25	4.1	25	79	2	71	36	16	23	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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