genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19755296--19755330	12	2.9	12	95	0	61	45	0	45	8	1.34
19755860--19755905	17	2.6	18	76	13	51	63	0	0	36	0.95
19755870--19755905	12	2.8	13	87	8	56	63	0	0	36	0.94
19761480--19761520	18	2.2	20	82	8	50	19	2	12	65	1.36
19762457--19762508	3	17.0	3	96	4	95	65	0	0	34	0.93
19767806--19767853	26	1.9	26	87	8	73	25	0	6	68	1.12
19773260--19773377	42	2.8	42	84	1	128	15	24	17	42	1.88
19773306--19773368	21	3.0	21	78	0	63	14	26	19	39	1.90
19776260--19776304	21	2.1	22	87	4	65	42	15	13	28	1.85
19776260--19776655	47	8.5	47	92	1	582	40	14	12	32	1.84
19776893--19776941	15	3.2	15	85	8	55	48	20	0	30	1.50
19777648--19777771	43	2.9	43	81	11	137	31	30	19	18	1.96
19779620--19779733	42	2.7	42	82	2	104	17	23	17	41	1.90
19779681--19779749	21	3.3	21	79	0	75	14	23	20	42	1.89
19779653--19779755	42	2.5	42	88	0	134	14	24	18	42	1.87
19782532--19782729	50	3.8	50	87	4	252	21	29	23	25	1.99
19782539--19782729	106	1.9	100	87	6	283	20	29	23	25	1.99
19782824--19782855	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
19783067--19783124	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
19784651--19784709	30	1.9	30	82	3	73	40	0	38	20	1.53
19784924--19784951	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
19785004--19785034	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19787995--19788033	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
19790951--19790988	18	2.1	19	85	5	51	50	2	0	47	1.15
19791312--19791368	23	2.5	23	79	0	69	14	8	15	61	1.56
19792439--19792471	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
19792586--19792646	29	2.1	30	96	3	115	59	11	3	26	1.48
19793903--19793955	20	2.5	22	78	9	56	66	3	1	28	1.20
19794480--19794583	28	3.6	29	69	8	77	34	2	2	59	1.27
19802966--19803017	7	7.4	7	93	0	77	67	0	32	0	0.91
19802966--19803017	21	2.5	21	93	0	86	67	0	32	0	0.91
19814744--19814823	40	2.0	40	100	0	160	25	25	5	45	1.73
19825522--19825549	6	4.7	6	100	0	56	35	0	14	50	1.43
19826722--19826774	23	2.2	24	78	21	58	35	1	5	56	1.34
19827313--19827361	22	2.2	23	85	10	66	22	0	6	71	1.08
19829568--19829678	58	1.9	58	81	7	136	53	10	4	31	1.56
19829815--19829851	18	2.1	18	94	0	65	54	13	5	27	1.61
19829990--19830025	18	1.9	19	88	5	56	22	30	0	47	1.52
19832496--19832525	16	1.9	16	93	6	53	43	0	16	40	1.48
19837106--19837131	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19838144--19838187	16	3.0	15	78	15	56	43	0	0	56	0.99
19839899--19839932	15	2.3	15	89	0	50	44	0	20	35	1.52
19845954--19846142	99	1.9	98	86	5	265	27	10	19	43	1.82
19858412--19858457	24	1.9	23	86	8	65	32	0	4	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19858736--19858820	30	2.8	30	73	3	82	50	8	10	30	1.66
19858748--19858809	29	2.1	29	82	5	72	54	11	11	22	1.67
19861989--19862014	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
19862104--19862129	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
19864932--19864962	7	4.4	7	100	0	62	74	12	0	12	1.08
19868619--19868684	33	1.9	35	84	6	91	30	16	13	39	1.87
19869201--19869264	30	2.1	31	83	13	80	32	9	10	46	1.71
19876446--19876485	17	2.3	17	95	4	71	12	10	32	45	1.75
19876446--19876493	17	2.8	17	90	6	62	16	8	27	47	1.75
19878474--19878590	21	5.6	21	91	0	171	16	23	17	41	1.89
19887482--19887553	31	2.3	29	80	13	81	43	8	9	38	1.68
19889698--19889742	23	2.0	23	95	0	81	37	20	11	31	1.87
19890347--19890413	33	2.1	31	83	5	80	25	1	7	65	1.27
19897053--19897090	15	2.4	16	86	4	51	50	21	7	21	1.74
19901999--19902028	7	4.3	7	100	0	60	13	13	30	43	1.82
19910945--19910971	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
19917123--19917181	23	2.4	24	77	11	66	59	11	1	27	1.42
19933653--19933947	128	2.3	127	84	3	387	53	7	2	36	1.43
19934648--19934738	30	3.0	30	95	0	164	27	10	19	41	1.85
19945833--19945926	47	2.0	47	100	0	188	40	17	17	25	1.90
19947917--19947947	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
19947910--19947957	18	2.6	18	71	15	53	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19948026--19948092	35	1.9	35	90	6	109	53	2	0	43	1.16
19957945--19957980	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
19959619--19959666	24	2.0	25	87	4	71	60	0	10	29	1.30
19974287--19974329	18	2.4	18	92	7	70	44	0	0	55	0.99
19979901--19979977	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
19979917--19979956	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
19979905--19979971	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
19983721--19983761	17	2.4	17	100	0	82	34	7	14	43	1.73
19993212--19993240	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
19993890--19993921	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
19995032--19995090	28	2.0	31	83	9	79	45	1	3	49	1.28
19995944--19996101	41	3.8	41	81	7	176	22	18	28	30	1.98
19995947--19996101	83	1.9	84	84	11	212	22	18	29	29	1.98
19996263--19996294	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
20001197--20001654	161	2.9	158	71	9	401	31	12	7	48	1.69
20002147--20002182	17	2.1	18	94	5	65	66	5	0	27	1.13
20002194--20002250	31	1.9	28	86	10	78	1	28	0	70	0.98
20002204--20002274	36	1.9	38	86	11	103	1	30	0	67	0.99
20002245--20002327	4	21.0	4	75	18	68	0	31	0	68	0.90
20002199--20002328	41	3.1	40	77	14	104	0	32	0	66	0.97
20002213--20002326	59	1.9	59	82	12	144	0	29	0	69	0.95
20002207--20002326	31	4.0	30	78	13	113	0	30	0	68	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20002370--20002473	27	3.9	27	90	0	154	14	25	29	29	1.95
20002520--20002589	27	2.6	26	88	6	104	47	1	10	41	1.46
20002890--20003800	95	9.6	95	91	0	1453	26	21	21	30	1.98
20002890--20003810	50	19.3	50	73	13	664	26	21	21	30	1.98
20004901--20005006	43	2.5	43	82	3	124	26	29	14	30	1.95
20005093--20005141	15	3.3	15	85	5	64	0	22	0	77	0.77
20010121--20010166	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
20010220--20010250	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
20011260--20011299	21	1.9	21	89	0	62	52	2	0	45	1.14
20011470--20011600	3	43.7	3	88	6	194	65	0	2	31	1.10
20012296--20012332	12	3.2	12	92	3	58	81	2	0	16	0.81
20012296--20012332	11	3.3	11	88	7	56	81	2	0	16	0.81
20016880--20016923	22	2.0	23	82	13	56	40	9	9	40	1.68
20017456--20017492	8	4.8	8	96	3	67	51	27	0	21	1.48
20017539--20017639	43	2.3	43	93	0	166	28	23	13	33	1.93
20017635--20017667	7	4.7	7	100	0	66	15	30	12	42	1.83
20021208--20021243	17	2.1	18	89	5	56	11	5	25	58	1.54
20024507--20024533	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
20031117--20031184	25	2.7	25	79	0	73	36	16	23	23	1.94
20031369--20031425	25	2.3	26	76	11	66	35	14	24	26	1.93
20031586--20031627	21	2.0	21	85	0	57	42	21	0	35	1.53
20033116--20033151	19	1.9	18	88	5	54	22	2	0	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20033412--20033453	19	2.2	20	83	12	52	19	2	7	71	1.20
20036077--20036396	165	1.9	165	95	0	577	47	4	17	30	1.66
20044336--20044374	19	2.1	19	95	0	69	0	46	10	43	1.37
20046668--20046875	91	2.3	91	92	0	335	46	3	4	45	1.41
20046790--20046850	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
20046708--20046850	44	3.2	43	68	20	112	46	2	3	47	1.34
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20046891--20047183	120	2.4	120	95	1	525	41	1	5	51	1.32

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