Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  32  of  226  ( 27023 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Indels
Score
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1.99
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233
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25
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
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(0-2)
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38
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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10.0
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17
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0
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0
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2
15.0
2
92
0
51
0
3
46
50
1.18
14337343--14337405
31
2.0
31
84
0
81
44
11
12
31
1.78
14343415--14343454
21
1.9
21
89
0
62
65
17
2
15
1.39
14350142--14350187
20
2.4
19
85
10
58
58
6
21
13
1.57
14353295--14353338
21
2.0
22
86
4
63
38
2
2
56
1.24
14353310--14353347
15
2.4
16
86
4
51
34
0
0
65
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14358444--14358478
3
11.7
3
100
0
70
31
0
0
68
0.90
14368862--14368886
5
5.0
5
100
0
50
20
0
80
0
0.72
14369371--14369399
6
4.8
6
100
0
58
17
0
17
65
1.27
14369355--14369412
18
3.0
20
82
12
66
22
3
12
62
1.45
14369445--14369489
18
2.5
18
96
0
81
15
0
44
40
1.47
14376231--14376400
37
4.7
35
67
20
100
43
1
6
48
1.39
14376289--14376334
16
2.9
16
78
12
51
45
0
2
52
1.13
14376229--14376439
107
2.0
108
97
0
397
43
1
5
49
1.35
14376396--14376437
15
2.7
16
82
14
52
45
0
2
52
1.13
14376387--14376428
15
2.9
15
82
10
52
47
0
0
52
1.00
14376650--14376695
16
2.9
16
93
0
74
26
32
0
41
1.56
14376652--14376705
16
3.4
16
89
0
72
31
31
0
37
1.58
14376940--14376964
3
8.3
3
100
0
50
64
0
36
0
0.94
14381203--14381246
22
2.0
22
90
0
70
31
9
11
47
1.71
14402813--14402875
30
2.1
30
93
0
108
57
14
3
25
1.52
14410588--14410620
16
2.1
16
88
5
50
36
0
0
63
0.95
14421894--14421962
24
2.7
28
72
21
69
46
15
8
28
1.76
14426039--14426085
22
2.1
22
100
0
94
21
8
17
53
1.70
14426563--14426622
3
20.0
3
100
0
120
66
0
0
33
0.92
14428332--14428403
26
2.8
26
80
12
87
33
23
26
16
1.96
14428495--14428542
24
2.0
24
83
0
60
31
20
27
20
1.98
14430177--14430232
21
2.7
20
78
8
58
16
17
16
50
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14430203--14430282
42
1.9
42
81
0
97
20
20
15
45
1.86
14430248--14430305
21
2.8
21
83
0
89
17
27
17
37
1.92
14431755--14431795
14
2.9
14
100
0
82
36
4
21
36
1.75
14433770--14433806
2
18.5
2
94
0
65
48
0
2
48
1.15
14440610--14440644
16
2.2
16
90
10
54
5
17
0
77
0.96
14445318--14445343
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3
100
0
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0
30
0
0.89
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31
1.9
31
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6
95
36
15
38
10
1.80
14458799--14458903
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2.0
52
100
0
210
40
3
7
48
1.50
14460772--14460813
15
2.5
17
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18
52
30
4
0
64
1.14
14462034--14462067
17
2.0
17
88
0
50
23
0
5
70
1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226