Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  5  of  226  ( 27023 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1726494--1726541
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24
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33
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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2.0
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0
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0
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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48
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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63
0
0
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0.95
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10
50
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0
0
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100
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13
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0
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28
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11
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0
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19
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2
16.5
2
93
0
57
3
0
48
48
1.17
2201957--2202004
24
2.0
23
84
4
60
31
2
6
60
1.33
2209473--2209515
23
1.9
22
86
13
61
62
4
2
30
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2215505--2215535
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
2218348--2218405
19
2.9
19
80
10
55
53
1
1
43
1.21
2220163--2220396
72
3.3
72
92
2
375
55
14
5
24
1.60
2220831--2220878
18
2.7
18
96
0
87
39
12
12
35
1.81
2223728--2223759
16
2.0
16
93
0
55
15
12
9
62
1.54
2249826--2249979
52
3.0
52
92
0
254
46
13
21
18
1.84
2256188--2256282
42
2.2
42
96
1
172
34
13
23
28
1.93
2264732--2264767
16
2.1
18
90
10
58
41
0
0
58
0.98
2280048--2280184
70
1.9
72
92
2
233
44
11
14
29
1.81
2281104--2281149
23
2.0
23
83
8
58
17
8
15
58
1.61
2281355--2281403
11
4.4
11
76
5
53
34
2
0
63
1.06
2281713--2281777
19
3.4
19
67
23
55
30
7
7
53
1.57
2281711--2281788
38
2.1
38
90
4
122
28
10
6
55
1.58
2283581--2283617
18
2.1
18
100
0
74
24
10
5
59
1.52
2298676--2298718
2
21.5
2
100
0
86
48
0
0
51
1.00
2299801--2299844
23
1.9
23
90
0
70
61
4
2
31
1.28
2300893--2300958
31
2.2
30
83
5
80
36
3
9
51
1.49
2314465--2314509
21
2.1
21
88
12
65
51
4
0
44
1.21
2314465--2314510
22
2.1
22
84
8
58
52
4
0
43
1.21
2314455--2314520
23
2.8
24
74
25
68
53
4
1
40
1.31
2314490--2314563
29
2.6
29
77
8
80
58
2
2
36
1.27
2314633--2314667
17
2.0
18
94
5
63
34
14
0
51
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2321274--2321336
30
2.1
30
93
0
108
44
4
23
26
1.73
2338660--2338691
10
2.8
12
81
18
50
50
0
0
50
1.00
2357496--2357600
10
10.3
10
68
11
52
32
1
2
62
1.20
2357496--2357532
18
2.1
18
89
0
56
29
0
2
67
1.04
2357512--2357558
23
2.0
25
83
8
62
40
4
0
55
1.19
2357535--2357589
19
2.8
20
81
8
60
34
1
3
60
1.25
2357551--2357597
20
2.3
20
77
0
58
36
0
4
59
1.17
2367701--2367749
24
2.1
23
85
11
64
34
6
4
55
1.44
2394923--2394948
13
2.0
13
100
0
52
38
30
23
7
1.83
2399017--2399076
24
2.4
26
91
5
97
41
6
0
51
1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226