genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23190301--23190353	25	2.1	25	100	0	106	39	7	20	32	1.81
23190568--23190612	17	2.6	18	89	10	67	31	4	2	62	1.27
23190562--23190626	16	4.0	16	82	4	67	33	3	1	61	1.21
23190580--23190638	14	3.9	14	79	20	50	38	6	0	54	1.27
23198852--23198931	28	2.9	27	82	14	92	67	0	6	26	1.14
23198858--23198935	10	8.2	10	72	18	51	67	0	6	25	1.14
23198858--23198935	38	2.1	38	82	4	95	67	0	6	25	1.14
23199241--23199294	22	2.4	21	79	11	63	29	3	0	66	1.09
23199298--23199478	90	2.0	91	80	3	204	34	9	18	38	1.83
23209143--23209229	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
23209321--23209533	67	3.2	66	64	19	159	46	3	4	46	1.38
23209277--23209542	137	1.9	138	90	2	428	46	4	4	44	1.41
23209425--23209459	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23209287--23209723	156	3.1	136	82	11	434	46	5	3	44	1.44
23209401--23209728	156	2.1	156	97	0	611	46	6	3	42	1.47
23209581--23209629	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
23209581--23209635	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
23209780--23209870	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
23209851--23209903	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
23210950--23211005	18	3.1	17	77	10	58	60	3	3	32	1.31
23214861--23215268	77	5.4	76	70	12	214	42	16	14	27	1.86
23214821--23215123	152	2.0	153	80	8	350	40	15	15	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23215433--23216210	94	8.5	94	78	8	676	39	13	22	24	1.91
23215611--23215783	23	7.4	23	65	17	79	40	19	21	19	1.92
23215453--23216206	140	5.5	139	72	11	397	39	13	23	23	1.90
23215433--23216206	46	16.8	45	70	12	380	39	13	22	23	1.91
23215860--23216206	23	14.8	24	66	14	73	39	12	24	24	1.89
23215685--23215926	128	1.9	126	84	5	326	39	12	24	23	1.90
23216021--23216193	23	7.4	23	69	14	86	41	12	23	22	1.88
23226328--23226389	24	2.6	24	82	5	72	19	17	22	40	1.91
23229893--23229923	13	2.3	14	94	5	55	35	0	0	64	0.94
23237892--23237919	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23243500--23243586	43	2.0	43	100	0	174	43	13	18	24	1.86
23253841--23253900	23	2.8	22	82	9	70	60	8	3	28	1.42
23253866--23253912	23	2.2	23	81	11	55	53	8	2	36	1.44
23254452--23254508	21	2.7	21	91	0	87	38	8	8	43	1.67
23255803--23256305	251	2.0	252	94	0	873	30	10	19	39	1.86
23259073--23259098	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
23264744--23264770	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23266718--23266742	12	2.1	12	100	0	50	40	8	20	32	1.81
23269653--23269709	25	2.3	25	85	11	73	57	17	0	24	1.39
23270329--23270418	26	3.4	26	68	17	67	41	8	2	47	1.47
23276136--23276174	16	2.4	16	86	0	60	33	17	5	43	1.72
23283958--23284018	2	30.5	2	93	0	104	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23285368--23285432	16	3.8	18	78	17	50	52	4	0	43	1.22
23285402--23285434	12	2.6	13	85	4	50	63	0	0	36	0.95
23302281--23302338	20	2.9	20	76	0	62	29	17	36	17	1.92
23307137--23307220	30	2.8	30	87	0	123	29	19	7	44	1.77
23307142--23307222	15	5.3	16	71	16	73	29	18	6	45	1.73
23308208--23308269	19	3.5	19	69	26	55	38	0	1	59	1.07
23308214--23308283	32	2.2	32	97	0	131	41	0	1	57	1.08
23311919--23311969	25	2.1	24	82	10	59	15	7	0	76	1.00
23311933--23311983	24	2.1	25	82	10	61	13	9	0	76	1.02
23313339--23313377	19	1.9	19	90	10	60	48	0	5	46	1.24
23313699--23313731	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
23318505--23318532	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
23320399--23320467	33	2.0	33	83	8	84	26	7	10	56	1.58
23322475--23322538	24	2.7	23	80	4	65	34	21	29	14	1.93
23322571--23322671	26	4.0	26	72	12	84	34	19	24	20	1.96
23325425--23325516	46	2.0	46	95	0	166	27	26	8	38	1.85
23327254--23327294	18	2.3	18	95	0	73	26	24	12	36	1.91
23328429--23328496	33	2.1	33	94	0	118	26	25	19	29	1.98
23333399--23333459	26	2.3	26	83	5	70	31	19	26	22	1.98
23336359--23336387	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23340603--23340684	41	2.0	41	100	0	164	39	14	26	19	1.90
23341903--23341972	29	2.3	29	90	4	104	34	10	14	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23341903--23341982	31	2.6	30	88	5	108	32	8	13	45	1.75
23341903--23341991	29	3.0	29	85	8	90	32	10	13	43	1.77
23342123--23342209	31	2.9	30	79	5	104	39	13	12	34	1.83
23354474--23354525	19	2.7	20	85	14	65	34	0	5	59	1.21
23364699--23364840	73	1.9	73	91	0	230	35	19	18	26	1.94
23365190--23365340	43	3.7	41	70	17	109	48	1	13	37	1.51
23365256--23365340	39	2.2	38	81	8	100	47	2	12	37	1.55
23365532--23365563	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
23365598--23365681	41	2.0	42	93	2	143	57	4	4	33	1.41
23365598--23365702	41	2.6	41	86	4	124	56	3	3	36	1.36
23366255--23366302	13	3.9	13	86	13	75	39	50	0	10	1.37
23366405--23366462	9	6.4	9	79	0	62	27	12	22	37	1.89
23366405--23366462	18	3.2	18	82	4	73	27	12	22	37	1.89
23367841--23367901	31	2.0	31	90	0	95	31	16	11	40	1.84
23367903--23367934	16	2.0	16	93	0	55	18	15	12	53	1.73
23370298--23370494	96	2.1	96	92	0	322	34	19	9	36	1.84
23370509--23370533	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
23374754--23374816	30	2.1	30	90	0	99	53	15	3	26	1.57
23380626--23380663	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
23382886--23383102	4	54.2	4	98	0	398	24	1	24	48	1.61
23384434--23384461	12	2.3	12	100	0	56	57	14	0	28	1.38
23388286--23388404	61	2.0	61	96	0	220	27	9	9	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23394738--23394777	17	2.4	16	84	8	53	75	2	0	22	0.93
23396020--23396047	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
23403555--23403637	3	27.7	3	82	9	98	65	3	2	28	1.22
23405885--23406078	110	1.8	105	86	7	282	51	6	8	33	1.58
23406331--23406370	20	2.0	21	90	5	64	45	27	5	22	1.73
23406330--23406377	20	2.3	21	82	3	62	43	33	4	18	1.69
23406196--23406492	151	2.0	151	85	4	411	40	30	6	22	1.79
23406500--23406541	14	3.0	14	83	16	52	26	0	30	42	1.55
23406490--23406540	21	2.5	22	81	12	63	25	0	31	43	1.55
23409929--23409967	20	2.0	20	90	5	62	30	23	2	43	1.67
23415270--23415641	144	2.6	144	96	0	681	29	23	18	28	1.97
23425036--23425074	19	2.2	18	86	9	53	20	5	0	74	1.01
23425030--23425075	19	2.4	19	76	20	51	21	4	0	73	1.00
23427607--23427669	30	2.1	29	88	8	92	68	0	1	30	0.99
23428795--23428870	33	2.4	32	86	4	109	30	2	0	67	1.05
23428832--23428857	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
23428795--23428880	33	2.7	32	83	3	93	27	2	3	66	1.20
23431243--23431267	9	2.8	9	100	0	50	56	20	12	12	1.67
23431781--23431861	41	2.0	41	100	0	162	19	28	4	46	1.70
23439517--23439557	16	2.6	16	92	0	64	56	2	7	34	1.40
23439566--23439635	31	2.2	31	82	5	86	52	1	8	37	1.41
23442950--23443067	60	2.0	60	89	0	182	29	20	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23443792--23443829	16	2.4	16	95	0	67	36	2	34	26	1.71
23443811--23443903	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
23443811--23443916	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
23444155--23444227	10	7.9	10	66	17	50	56	1	0	42	1.08
23444042--23444278	120	2.0	118	93	3	406	51	4	1	42	1.30
23446266--23446292	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
23448365--23448642	153	1.8	154	87	3	418	43	15	10	30	1.80
23449307--23449382	31	2.5	31	89	4	118	26	17	14	42	1.87
23458909--23458964	25	2.2	25	83	0	67	26	19	5	48	1.70
23458917--23458965	25	2.0	25	87	0	71	24	16	6	53	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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