genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15313706--15313744	17	2.2	18	86	4	53	38	0	2	58	1.12
15315630--15315668	16	2.4	16	84	16	53	61	0	0	38	0.96
15319926--15319959	13	2.5	13	85	4	50	26	0	2	70	1.01
15321594--15321649	22	2.5	22	74	8	69	76	0	23	0	0.78
15321713--15321738	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
15321805--15322067	19	14.2	19	69	22	132	32	1	11	55	1.43
15321807--15321873	22	3.2	22	83	10	86	29	1	8	59	1.37
15321788--15321974	101	1.9	101	89	2	295	30	1	11	56	1.42
15321939--15322067	27	5.1	26	80	16	164	33	0	12	53	1.44
15321800--15322067	101	2.7	99	81	9	235	32	1	11	54	1.43
15321939--15322063	50	2.5	49	92	1	214	32	0	12	53	1.45
15322108--15322220	60	1.9	60	88	3	174	34	0	11	53	1.43
15322260--15322340	37	2.2	37	97	2	153	54	2	2	40	1.27
15322382--15322418	16	2.4	15	90	4	56	35	2	2	59	1.26
15323347--15323390	16	2.8	15	83	10	61	59	2	2	36	1.23
15323685--15323952	19	14.5	19	70	20	160	55	12	0	31	1.43
15323664--15323815	27	6.0	27	79	16	189	54	13	0	31	1.43
15323616--15323850	50	4.9	49	76	17	235	53	14	0	31	1.47
15323768--15323950	40	4.5	40	74	17	180	56	13	0	30	1.41
15323784--15323969	101	1.9	100	94	1	327	56	13	0	29	1.42
15323685--15323952	40	6.2	40	74	18	156	55	12	0	31	1.43
15323784--15324023	101	2.3	101	86	4	295	55	12	1	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15324019--15324044	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
15324111--15324150	3	13.3	3	84	10	55	0	30	0	70	0.88
15339445--15339502	31	2.0	30	83	10	75	43	1	20	34	1.62
15341450--15341589	57	2.3	60	84	9	180	31	21	24	22	1.98
15342674--15342707	17	2.1	17	88	5	52	50	0	17	32	1.47
15343575--15343674	42	2.4	42	87	0	146	36	9	27	28	1.87
15348322--15348347	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15367181--15367216	12	3.0	12	91	0	54	0	50	11	38	1.38
15369441--15369517	13	5.9	13	84	0	91	25	9	28	36	1.87
15372378--15372497	64	1.9	64	82	3	152	22	20	24	32	1.98
15379413--15379443	12	2.7	11	90	9	53	0	19	0	80	0.71
15379575--15379641	32	2.1	32	86	2	91	43	10	13	32	1.78
15385869--15385908	22	1.9	21	85	10	55	27	10	5	57	1.52
15390350--15390481	65	2.0	64	97	1	246	31	14	18	35	1.91
15394232--15394322	45	2.0	45	95	0	164	48	14	8	28	1.73
15405925--15405992	13	5.2	13	71	7	57	33	19	1	45	1.59
15405927--15405980	27	2.0	27	85	0	72	33	20	1	44	1.62
15405884--15405992	53	2.1	53	84	6	141	34	17	2	44	1.63
15411125--15411813	82	8.4	81	89	2	893	22	20	25	31	1.98
15411125--15411814	246	2.8	245	89	3	1016	22	20	25	31	1.98
15411923--15412255	46	7.4	46	66	16	194	29	24	21	25	1.99
15411819--15412322	136	3.7	136	94	1	863	28	23	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15412222--15412402	95	1.9	97	94	2	321	30	22	18	28	1.97
15412086--15412544	231	2.0	233	94	0	814	30	23	19	27	1.98
15412322--15412585	136	2.0	134	91	1	429	30	23	19	26	1.98
15413555--15413597	7	5.5	8	78	15	54	0	9	4	86	0.71
15413556--15413597	22	1.9	23	90	9	70	0	9	4	85	0.72
15414046--15414133	22	4.3	20	71	23	69	2	12	7	77	1.08
15414036--15414113	10	7.5	10	73	22	63	1	11	8	78	1.03
15414056--15414139	36	2.3	35	80	13	89	2	11	8	77	1.08
15414092--15414122	8	3.8	8	95	4	53	0	12	9	77	0.99
15421665--15421717	8	7.0	8	79	12	58	39	28	0	32	1.57
15421669--15421709	21	2.0	21	95	0	73	36	31	0	31	1.58
15441775--15441803	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
15443479--15443512	10	3.5	10	84	8	52	32	0	0	67	0.91
15444045--15444532	114	4.3	114	82	3	554	32	18	23	25	1.97
15444120--15444532	227	1.8	226	90	0	664	31	18	23	26	1.97
15444461--15444606	74	2.0	73	82	6	179	30	17	23	28	1.97
15444312--15444709	188	2.1	188	89	0	609	31	17	22	27	1.97
15444501--15444850	114	3.1	112	79	8	395	30	18	23	28	1.97
15444517--15444867	113	3.1	112	78	9	372	30	18	23	26	1.98
15449833--15449898	21	3.2	20	82	8	78	36	18	40	4	1.71
15450348--15450599	43	5.9	42	87	4	276	25	23	21	29	1.99
15450348--15450597	85	2.9	85	84	4	299	25	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15450391--15450617	43	5.3	43	89	1	296	25	24	20	29	1.99
15450391--15450600	85	2.5	85	88	1	305	24	24	20	30	1.98
15451054--15451159	34	3.2	33	77	10	126	52	0	2	43	1.22
15460251--15460275	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15460666--15460703	12	3.1	12	88	3	58	26	15	36	21	1.93
15466521--15466545	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15467438--15467471	2	17.0	2	93	0	50	50	5	0	44	1.26
15473161--15473198	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
15482326--15482361	12	3.0	12	100	0	72	8	41	0	50	1.33
15487404--15487444	3	14.0	3	94	5	75	68	0	31	0	0.90
15492872--15492899	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15503666--15503726	25	2.5	25	78	10	72	68	6	8	16	1.35
15503715--15503745	16	1.9	16	93	0	53	80	6	9	3	0.99
15506293--15506326	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15507509--15507638	69	1.9	69	96	0	242	40	15	17	26	1.90
15512796--15512825	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
15514086--15514114	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
15520738--15520794	25	2.4	24	82	8	71	49	3	5	42	1.42
15530069--15530133	15	4.3	15	73	7	51	40	6	3	50	1.43
15534872--15534933	24	2.5	24	84	2	70	19	9	4	66	1.39
15535049--15535082	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
15538350--15538383	16	2.1	16	88	5	50	70	0	20	8	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15553992--15554049	30	1.9	30	85	0	80	41	3	24	31	1.71
15554261--15554292	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
15554387--15554628	50	4.7	50	87	3	313	26	23	29	20	1.99
15554387--15554636	100	2.4	103	88	5	371	26	23	29	21	1.99
15565453--15565501	23	2.1	23	84	3	62	34	0	6	59	1.22
15565468--15565531	23	2.8	22	80	15	76	35	0	3	60	1.12
15572328--15572380	3	17.7	3	100	0	106	0	33	0	66	0.92
15577148--15577322	81	2.1	81	94	2	305	37	9	22	30	1.87
15581513--15581556	14	3.1	14	84	15	63	40	0	0	59	0.98
15581514--15581555	3	14.0	3	81	18	52	38	0	0	61	0.96
15581514--15581556	11	3.9	11	91	8	70	39	0	0	60	0.97
15581922--15581989	21	3.3	21	68	15	61	32	8	20	38	1.84
15581882--15581989	40	2.7	40	82	5	119	32	7	19	40	1.79
15582193--15582288	45	2.1	45	88	3	140	21	17	18	41	1.90
15584904--15584965	21	2.9	22	72	15	58	32	3	6	58	1.40
15584905--15584973	21	3.2	21	71	18	54	30	4	5	59	1.40
15586121--15586347	43	5.2	42	79	12	226	25	25	19	28	1.99
15586121--15586343	86	2.5	85	81	11	261	26	25	19	29	1.98
15586680--15586747	21	3.2	21	87	0	100	4	42	17	35	1.69
15587359--15587428	16	4.4	16	67	16	56	50	21	1	27	1.57
15587362--15587437	23	3.3	23	73	23	86	48	22	1	27	1.58
15587843--15588190	41	8.5	41	89	4	517	37	27	20	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15587791--15588186	123	3.2	120	85	6	480	36	25	20	17	1.94
15608147--15608177	6	5.2	6	96	0	53	3	16	48	32	1.62
15613134--15613170	18	2.1	18	89	0	56	51	2	0	45	1.15
15614223--15614289	30	2.3	29	81	2	80	58	11	0	29	1.34
15615113--15615138	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
15618271--15618352	40	2.0	40	97	0	155	39	17	4	39	1.71
15618612--15618819	48	4.3	48	83	0	236	22	29	22	26	1.99
15619169--15619202	16	2.1	16	89	10	52	38	0	5	55	1.24
15619326--15619356	12	2.5	13	89	10	55	48	0	0	51	1.00
15619522--15619553	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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