genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66160994--66161035	22	1.9	22	90	0	66	57	4	21	16	1.58
66161636--66161681	22	2.1	22	100	0	92	43	8	13	34	1.74
66162814--66162933	5	24.6	5	70	11	63	65	0	35	0	0.93
66162814--66162976	31	5.0	33	72	16	115	66	0	33	0	0.92
66162821--66162983	41	3.9	41	88	6	197	68	0	31	0	0.90
66162814--66162982	71	2.4	71	83	8	195	66	0	33	0	0.92
66162815--66162959	10	14.3	10	72	17	79	67	0	32	0	0.91
66162860--66162982	10	12.2	10	67	11	72	70	0	29	0	0.87
66163079--66163104	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
66166383--66166517	40	3.2	42	75	18	113	50	12	4	32	1.60
66166782--66166846	27	2.4	27	100	0	130	18	27	30	23	1.97
66167123--66167170	22	2.2	22	89	10	73	35	4	6	54	1.45
66174851--66174895	24	2.0	24	82	8	58	66	2	0	31	1.04
66176814--66176839	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
66178322--66178351	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
66180485--66180541	19	2.8	20	78	14	64	31	1	7	59	1.34
66180973--66181024	12	4.1	12	80	9	59	28	1	7	61	1.34
66180972--66181005	13	2.7	13	86	4	52	23	5	8	61	1.47
66180972--66181035	25	2.6	25	85	7	78	29	4	6	59	1.42
66187204--66187271	9	7.6	9	93	0	118	32	30	10	26	1.90
66187204--66187271	27	2.5	27	100	0	136	32	30	10	26	1.90
66187278--66187412	17	7.4	17	66	19	67	49	14	3	31	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66187269--66187416	37	4.0	37	90	0	224	47	15	4	32	1.64
66187269--66187321	20	2.9	18	75	8	54	49	16	1	32	1.57
66187276--66187433	37	4.3	37	90	4	221	48	15	4	31	1.64
66189909--66189950	20	2.1	20	100	0	84	66	0	4	28	1.12
66190179--66190224	22	2.1	22	95	0	83	32	15	13	39	1.85
66190174--66190227	22	2.3	25	75	18	69	35	12	11	40	1.79
66190431--66190484	25	2.2	25	80	12	58	33	1	1	62	1.16
66191179--66191222	17	2.6	17	92	0	70	22	2	29	45	1.65
66193559--66193596	14	2.9	14	80	11	53	34	0	5	60	1.19
66195750--66195786	19	1.9	19	89	10	58	32	0	10	56	1.34
66198569--66198683	50	2.4	46	77	10	113	37	14	24	23	1.93
66198622--66198738	50	2.3	49	78	9	112	36	14	25	23	1.93
66198666--66198782	50	2.3	50	79	2	128	29	15	30	23	1.95
66199869--66199903	17	2.1	16	94	5	61	31	17	14	37	1.89
66201608--66201694	43	2.0	43	97	0	165	33	18	17	31	1.94
66221066--66221139	18	3.9	18	79	10	85	17	24	20	37	1.93
66222426--66222544	22	5.4	22	88	0	166	32	14	26	26	1.94
66223211--66223587	51	7.4	50	76	4	328	26	17	26	29	1.97
66223266--66223541	101	2.7	100	79	4	293	25	18	26	30	1.98
66223207--66223587	152	2.5	152	90	0	602	27	17	26	29	1.97
66223211--66223587	101	3.7	99	75	7	292	26	17	26	29	1.97
66225374--66225422	25	2.0	25	87	0	71	55	4	8	32	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66225543--66225621	39	2.0	39	95	0	140	22	7	8	60	1.52
66226151--66227045	132	6.8	132	95	0	1601	29	24	18	28	1.98
66226197--66226974	44	17.7	44	63	12	202	29	24	18	27	1.98
66228391--66228438	19	2.5	19	83	9	62	2	2	10	85	0.77
66228391--66228438	13	3.6	13	77	5	51	2	2	10	85	0.77
66233182--66233236	25	2.3	24	87	6	76	58	3	7	30	1.43
66233188--66233236	25	2.0	25	91	0	80	57	4	8	30	1.47
66234136--66234214	39	2.0	39	100	0	158	25	7	7	59	1.51
66236368--66236498	67	2.0	67	96	0	244	26	31	19	22	1.98
66244575--66244629	20	2.6	20	78	18	58	47	9	0	43	1.35
66247057--66247158	38	2.7	38	81	0	114	50	7	3	37	1.50
66248828--66248854	14	1.9	14	100	0	54	55	7	14	22	1.64
66248838--66248875	20	1.9	20	94	0	67	57	5	21	15	1.57
66249688--66249911	24	9.7	24	69	16	132	33	7	4	54	1.49
66249712--66249834	46	2.7	46	75	13	119	34	7	2	55	1.41
66249687--66249815	70	1.9	68	83	6	170	33	7	3	55	1.47
66249758--66249911	69	2.2	69	79	8	172	35	7	4	53	1.49
66249877--66249935	24	2.4	23	77	22	59	35	1	3	59	1.24
66263165--66263210	17	2.7	18	83	12	53	17	6	6	69	1.32
66266344--66266429	45	1.9	45	88	4	129	40	13	20	24	1.89
66269700--66269725	11	2.4	11	100	0	52	19	30	0	50	1.48
66274086--66274193	27	4.0	27	70	9	76	34	18	26	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66277290--66277318	9	3.0	10	90	10	51	17	20	0	62	1.33
66279073--66279193	31	3.9	31	83	0	152	40	4	20	33	1.74
66279078--66279198	62	2.0	62	86	0	170	39	4	22	33	1.73
66281745--66281781	9	4.0	9	86	6	56	54	13	0	32	1.40
66283613--66283657	24	1.9	23	90	4	72	66	0	11	22	1.22
66288721--66288808	45	2.0	45	93	0	149	32	22	18	26	1.97
66288819--66289005	51	3.7	50	79	4	223	31	29	17	22	1.96
66288817--66289001	101	1.8	101	88	3	282	31	29	17	22	1.96
66291319--66291359	21	2.1	19	86	13	57	39	24	4	31	1.76
66300177--66300260	42	2.0	42	92	0	141	36	28	15	19	1.92
66305906--66305952	21	2.2	21	77	7	51	44	0	2	53	1.12
66312646--66312728	41	2.0	40	90	2	130	26	1	27	44	1.62
66312659--66312743	41	2.1	41	82	6	102	35	2	23	38	1.68
66312745--66312862	34	3.4	34	74	15	100	39	2	14	43	1.59
66312942--66312996	16	3.4	16	92	0	92	34	7	29	29	1.84
66312978--66313071	44	2.1	46	88	7	140	31	5	26	36	1.79
66313146--66313174	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
66313177--66313285	58	1.9	57	88	1	164	50	2	2	44	1.30
66313175--66313313	58	2.4	58	81	4	156	50	2	2	44	1.28
66315685--66315937	126	2.0	126	83	3	321	40	15	16	27	1.89
66329200--66329246	25	1.9	25	86	4	69	21	0	34	44	1.52
66329322--66329360	21	1.9	20	89	5	60	12	2	33	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66329344--66329389	7	6.7	7	82	5	58	17	0	36	45	1.49
66329329--66329389	27	2.2	28	88	2	88	18	1	36	44	1.59
66329695--66330475	147	5.3	146	75	7	512	26	17	21	34	1.95
66330709--66330755	18	2.6	18	93	0	76	17	46	14	21	1.83
66330999--66331033	14	2.5	14	90	0	52	20	8	14	57	1.63
66331008--66331034	14	1.9	14	100	0	54	14	7	18	59	1.58
66332119--66332163	9	5.2	9	84	10	58	48	17	2	31	1.59
66332119--66332164	16	2.8	16	90	6	65	47	17	2	32	1.60
66334179--66334471	43	6.8	43	84	0	336	28	18	29	24	1.98
66334162--66334471	129	2.4	128	82	3	372	28	17	29	25	1.97
66348618--66348653	17	2.1	17	89	5	54	66	0	11	22	1.22
66351335--66351386	19	2.8	18	78	21	54	53	5	0	40	1.25
66352815--66352897	30	2.7	31	73	10	73	38	2	18	40	1.63
66356657--66356770	41	2.9	41	85	3	135	35	30	18	15	1.92
66356669--66356801	38	3.4	38	85	5	142	34	30	20	14	1.92
66358220--66358280	3	20.3	3	93	0	95	4	0	27	67	1.11
66361969--66362019	17	2.9	18	82	5	61	35	1	0	62	1.06
66362888--66362954	26	2.5	27	80	9	75	29	1	2	65	1.16
66373464--66373500	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
66382678--66382725	19	2.5	19	100	0	96	29	18	12	39	1.88
66389158--66389187	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
66405168--66405202	18	1.9	18	94	0	61	34	34	0	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66409657--66409834	88	2.0	88	92	2	295	26	27	8	36	1.87
66414077--66414115	10	3.9	10	96	0	69	53	7	0	38	1.30
66415974--66416013	15	2.7	15	100	0	80	20	27	7	45	1.78
66417630--66417815	51	3.7	50	81	4	230	31	27	16	24	1.97
66417626--66417812	101	1.8	101	87	5	279	31	27	16	24	1.96
66420231--66420259	13	2.3	13	94	5	51	10	48	0	41	1.37
66423487--66423555	26	2.7	26	100	0	138	44	14	11	28	1.80
66424784--66424951	4	42.0	4	100	0	336	25	0	25	50	1.50
66431458--66431558	40	2.6	40	76	4	118	30	23	19	25	1.98
66434001--66434057	26	2.2	26	84	6	71	42	8	14	35	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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