genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17510667--17510703	19	1.9	19	94	0	65	18	10	0	70	1.16
17513776--17513968	93	2.1	94	82	7	234	35	17	13	34	1.88
17516038--17516160	4	30.8	4	100	0	246	24	0	25	50	1.50
17516636--17516667	8	3.8	9	88	12	50	90	9	0	0	0.45
17516636--17516667	17	1.9	16	93	6	55	90	9	0	0	0.45
17517762--17517807	18	2.6	18	85	0	65	41	19	8	30	1.82
17517920--17517944	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
17519143--17519169	8	3.4	8	100	0	54	11	11	62	14	1.53
17522473--17522519	23	2.0	24	83	4	60	34	31	19	14	1.92
17522876--17522907	8	3.9	8	95	4	55	50	0	0	50	1.00
17522877--17522916	17	2.4	17	87	4	55	52	0	2	45	1.14
17525230--17525278	6	7.8	6	84	6	62	48	14	18	18	1.80
17531238--17531486	50	4.8	50	87	3	327	26	22	28	21	1.99
17533029--17533077	6	7.8	6	84	6	62	48	14	18	18	1.80
17533069--17533144	34	2.3	34	88	6	111	38	19	18	23	1.93
17534876--17534933	29	2.0	29	83	6	73	37	15	18	27	1.92
17543931--17543991	13	4.7	13	87	0	77	36	27	9	26	1.88
17565658--17565705	23	2.2	23	88	7	73	75	4	8	12	1.18
17566173--17566204	16	1.9	17	93	6	57	46	0	3	50	1.17
17566173--17566241	27	2.6	27	88	4	95	46	0	1	52	1.09
17570387--17570467	22	3.7	22	84	0	117	27	14	27	30	1.95
17576550--17576593	22	2.0	22	90	0	70	13	22	18	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17578712--17578762	22	2.4	21	87	6	68	68	1	1	27	1.11
17581093--17581132	17	2.4	17	82	0	53	52	0	5	42	1.23
17593124--17593174	18	2.7	18	84	6	57	41	15	17	25	1.89
17593390--17593434	7	6.3	7	79	5	54	15	15	13	55	1.69
17593684--17593744	17	3.4	17	68	12	50	32	3	13	50	1.57
17593678--17593786	37	2.9	37	90	0	173	34	4	13	46	1.64
17593785--17593855	9	8.0	9	85	3	99	30	11	25	32	1.91
17593795--17593856	26	2.3	26	91	2	97	30	9	24	35	1.87
17594015--17594039	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
17601484--17601671	36	4.9	36	82	12	232	37	13	19	29	1.90
17601448--17601638	82	2.3	82	94	0	328	37	12	21	28	1.90
17602213--17602400	36	4.9	36	81	14	225	38	13	19	29	1.89
17602177--17602367	82	2.3	81	92	1	310	37	12	20	28	1.90
17601201--17602647	729	2.0	729	99	0	2831	38	12	20	29	1.89
17608201--17608247	20	2.3	21	82	10	62	31	0	4	63	1.13
17609082--17609153	35	2.1	35	100	0	144	29	11	12	47	1.76
17609869--17609906	19	2.1	18	90	5	58	76	2	5	15	1.08
17609873--17609906	6	5.5	6	86	6	50	76	2	2	17	1.04
17609873--17609906	13	2.8	12	86	8	50	76	2	2	17	1.04
17610358--17610405	22	2.2	22	100	0	96	43	16	8	31	1.78
17613055--17613083	15	1.9	15	100	0	58	48	17	13	20	1.81
17614238--17614262	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17636943--17636986	3	14.3	3	85	4	52	25	65	0	9	1.21
17644400--17644431	16	2.0	16	100	0	64	56	25	18	0	1.42
17648234--17648360	63	2.0	63	96	0	236	34	11	13	40	1.81
17652043--17652151	54	2.0	54	90	0	173	24	22	19	33	1.97
17659587--17659642	13	4.8	11	74	18	51	17	5	0	76	0.96
17662565--17662650	30	3.2	25	75	16	91	27	6	15	50	1.69
17662569--17663131	31	18.8	29	73	15	169	30	7	18	43	1.78
17662624--17663130	61	8.4	60	77	12	407	30	8	18	43	1.79
17662645--17663128	92	5.3	92	86	4	590	30	8	18	42	1.79
17662993--17663045	25	2.1	25	86	6	72	28	13	13	45	1.80
17663239--17663400	43	3.7	43	89	1	234	31	17	30	20	1.96
17673160--17673187	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
17679058--17679092	2	17.5	2	87	0	52	42	0	0	57	0.99
17679055--17679095	6	6.8	6	94	0	55	41	0	0	58	0.98
17679055--17679095	12	3.4	12	89	0	64	41	0	0	58	0.98
17679717--17679776	30	2.0	30	100	0	120	40	0	16	43	1.48
17684004--17684061	19	3.0	18	74	20	55	53	0	0	46	1.00
17688781--17688813	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
17697788--17697828	17	2.4	17	87	4	55	65	2	2	29	1.18
17697797--17697839	17	2.6	16	82	10	50	60	2	4	32	1.30
17697941--17697983	22	2.0	22	85	0	59	62	4	0	32	1.15
17700809--17700838	4	7.2	4	96	3	51	46	23	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17701155--17701182	4	7.0	4	100	0	56	25	25	50	0	1.50
17707803--17707839	20	1.9	19	89	10	58	43	0	32	24	1.55
17708167--17708203	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
17708256--17708286	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
17719823--17719849	14	1.9	14	100	0	54	85	0	14	0	0.61
17725222--17725259	20	1.9	20	88	0	58	52	13	5	28	1.61
17725208--17725274	34	1.9	35	87	3	100	47	11	7	32	1.68
17729535--17729583	24	2.0	24	84	0	62	63	4	8	24	1.40
17736106--17736141	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
17742294--17742323	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
17743712--17743825	40	2.8	39	72	13	97	36	4	13	45	1.63
17743828--17744303	150	3.2	147	83	9	579	30	11	6	51	1.63
17744634--17744738	4	25.5	4	73	22	69	0	27	0	71	0.92
17744625--17744729	17	6.1	17	75	19	83	0	28	0	69	1.01
17744617--17744736	52	2.3	53	81	11	140	0	28	0	70	0.99
17744670--17744738	24	3.1	24	86	10	94	0	27	0	72	0.85
17744606--17744734	39	3.5	35	72	21	111	1	26	0	71	1.00
17744625--17744746	39	3.2	39	79	14	137	0	29	0	68	1.00
17747027--17747051	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
17748561--17748595	7	5.0	7	96	0	61	40	0	2	57	1.14
17752953--17753008	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
17752984--17753023	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17753096--17753132	9	4.1	9	100	0	74	32	0	10	56	1.34
17753229--17753272	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
17762714--17762759	15	3.2	15	75	6	51	23	0	4	71	1.03
17765404--17765442	18	2.2	18	90	9	62	58	5	7	28	1.47
17765706--17765745	17	2.3	18	86	4	55	45	0	0	55	0.99
17765706--17765750	18	2.6	17	85	3	54	42	0	0	57	0.98
17768220--17768534	116	2.7	116	79	9	324	26	14	17	41	1.88
17773202--17773298	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
17781826--17781856	6	5.2	6	92	0	53	48	0	0	51	1.00
17782033--17782059	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
17783784--17783854	9	7.3	9	71	20	54	29	2	1	66	1.15
17783814--17783852	20	2.0	21	90	10	64	30	0	2	66	1.05
17783784--17783854	31	2.4	29	73	15	74	29	2	1	66	1.15
17783794--17783858	21	3.1	21	77	16	64	33	3	1	61	1.21
17784277--17784309	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
17786993--17787029	18	2.1	18	90	5	58	72	0	0	27	0.84
17786988--17787042	25	2.2	26	80	9	69	63	0	0	36	0.95
17792234--17792291	30	1.9	31	89	3	91	18	18	10	51	1.74
17793614--17793669	25	2.3	25	79	17	64	48	10	1	39	1.49
17794223--17794300	28	2.7	28	86	7	95	39	10	5	44	1.60
17803942--17803985	20	2.2	20	91	0	70	22	6	29	40	1.80
17807089--17807125	18	2.1	18	89	0	56	67	0	29	2	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17811289--17811313	10	2.5	10	100	0	50	92	8	0	0	0.40
17817741--17817915	88	2.0	90	87	3	255	41	7	25	26	1.81
17821832--17821872	21	2.0	21	85	9	57	65	4	0	29	1.13
17822672--17822745	37	2.0	37	100	0	148	35	2	16	45	1.61
17825672--17825708	18	2.1	18	94	0	65	27	18	18	35	1.95
17832255--17832362	45	2.4	44	74	10	112	46	2	6	44	1.43
17833462--17833490	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
17833990--17834040	22	2.3	23	89	3	77	50	1	1	45	1.24
17834054--17834105	23	2.2	23	83	13	61	46	3	1	48	1.31
17833986--17834107	63	1.9	64	80	8	142	47	3	3	45	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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