genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70713020

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13373002--13373026	13	1.9	13	100	0	50	40	16	28	16	1.89
13373215--13373240	12	2.2	12	100	0	52	53	7	38	0	1.30
13374627--13374697	23	3.1	23	91	0	124	22	21	23	32	1.98
13374832--13374904	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
13375907--13375968	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
13376408--13376434	14	1.9	14	100	0	54	44	7	7	40	1.60
13396440--13396481	21	2.0	21	85	0	57	38	0	19	42	1.51
13397124--13397195	25	2.9	25	72	0	63	20	25	22	31	1.98
13398325--13398371	23	2.0	25	87	8	71	29	2	14	53	1.53
13403297--13403344	24	2.0	24	91	0	78	37	8	16	37	1.79
13406629--13406669	22	1.9	21	85	5	55	46	2	0	51	1.14
13421812--13421837	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13435805--13435843	20	2.0	21	85	10	55	35	0	12	51	1.40
13437569--13437616	25	2.0	24	87	4	69	39	12	2	45	1.54
13454096--13454217	33	3.7	33	75	6	113	33	16	22	27	1.95
13454090--13454235	66	2.2	66	90	0	220	35	16	21	26	1.94
13454090--13454235	33	4.5	31	71	10	103	35	16	21	26	1.94
13458454--13458483	13	2.3	13	94	0	51	33	3	13	50	1.58
13458576--13458818	50	4.8	50	88	0	342	27	23	29	20	1.99
13458576--13458818	100	2.4	100	90	0	378	27	23	29	20	1.99
13461453--13461486	17	1.9	18	94	5	61	73	2	11	11	1.20
13461454--13461494	17	2.4	17	88	8	57	75	2	14	7	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13468380--13468543	44	3.6	44	85	11	238	30	26	14	28	1.95
13468424--13468536	51	2.2	51	91	0	181	29	28	13	29	1.94
13480250--13480280	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
13480255--13480288	14	2.4	14	90	0	50	29	0	0	70	0.87
13483559--13483693	45	2.9	46	88	4	191	35	5	28	29	1.81
13488491--13488555	10	7.1	9	73	13	53	41	3	1	53	1.25
13488774--13488809	11	3.0	13	80	19	51	30	0	0	69	0.89
13488891--13488953	30	2.1	31	90	3	101	57	14	3	25	1.52
13490510--13490609	46	2.2	46	92	0	173	29	27	9	35	1.87
13495708--13495775	23	2.9	23	95	2	118	39	30	7	22	1.81
13496446--13496494	18	2.5	21	80	9	59	61	10	2	26	1.39
13496752--13496782	15	2.0	16	93	6	55	16	0	45	38	1.47
13497039--13497077	20	2.0	20	89	0	60	2	2	38	56	1.27
13497544--13498046	230	2.2	231	90	1	776	27	17	20	33	1.96
13498387--13498430	19	2.3	19	84	0	61	31	43	2	22	1.66
13500449--13500992	20	28.9	20	63	17	121	46	9	4	39	1.58
13500482--13500616	37	3.6	37	87	0	189	48	9	5	36	1.58
13500533--13500863	94	3.5	93	74	8	321	46	9	5	38	1.59
13500468--13500800	131	2.5	131	93	1	544	47	9	4	38	1.58
13500629--13500750	37	3.3	37	89	0	190	48	10	5	35	1.62
13500687--13500994	113	2.7	113	93	0	528	45	10	4	39	1.59
13500687--13500994	56	5.5	56	86	1	445	45	10	4	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13501465--13501673	57	3.7	57	83	5	289	45	11	5	36	1.64
13501552--13501581	9	3.3	9	90	0	51	46	16	0	36	1.47
13501461--13501693	112	2.1	112	100	0	466	46	12	5	36	1.63
13501664--13501844	9	20.9	9	71	12	128	43	19	3	33	1.68
13501740--13501816	33	2.3	34	93	4	138	38	20	5	35	1.75
13502809--13502884	40	1.9	40	86	0	107	36	23	19	19	1.95
13502978--13503214	41	5.8	40	85	4	305	21	21	29	27	1.99
13502976--13503206	81	2.8	81	86	5	322	20	21	29	28	1.98
13502979--13503209	122	1.9	123	89	4	360	21	21	29	28	1.98
13503743--13503787	14	3.2	14	87	6	65	22	0	42	35	1.54
13505584--13505620	17	2.2	17	90	0	56	27	2	18	51	1.60
13506370--13506509	46	3.0	45	91	4	226	32	8	28	30	1.87
13535438--13535480	7	5.9	7	81	8	50	58	0	2	39	1.11
13535968--13536013	17	2.7	17	83	6	58	47	0	6	45	1.28
13536779--13536889	36	3.0	35	72	15	98	45	5	1	46	1.36
13536866--13536911	20	2.2	21	92	3	76	45	0	0	54	0.99
13541098--13541166	33	2.1	33	97	0	129	37	15	27	18	1.92
13542662--13542707	20	2.3	20	92	0	74	63	2	0	34	1.07
13556823--13557139	157	2.0	157	96	0	589	43	3	5	47	1.43
13556893--13557142	76	3.1	82	65	22	222	47	3	4	45	1.37
13556894--13557224	157	2.1	154	80	7	355	46	3	4	45	1.41
13557289--13557336	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13557244--13557472	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
13559974--13560049	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
13560092--13560178	37	2.4	37	94	0	147	35	8	14	41	1.76
13563238--13563264	7	3.9	7	100	0	54	44	0	44	11	1.39
13574324--13574447	53	2.3	53	92	0	203	40	5	7	46	1.55
13574619--13574737	22	5.5	22	91	3	197	23	0	29	47	1.52
13574619--13574737	43	2.8	44	92	2	197	23	0	29	47	1.52
13574754--13574786	8	4.2	8	88	3	50	48	0	3	48	1.17
13574754--13574786	16	2.1	15	94	5	57	48	0	3	48	1.17
13574978--13575017	21	1.9	21	85	10	55	2	17	45	35	1.62
13575969--13575994	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
13576163--13576200	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
13577128--13577225	51	1.9	50	87	8	144	47	2	24	25	1.62
13585338--13585558	40	5.5	40	95	0	388	29	19	22	28	1.98
13590471--13590656	46	4.0	45	85	4	246	35	7	26	30	1.84
13590471--13590656	92	2.0	92	88	2	275	35	7	26	30	1.84
13592462--13592524	31	2.0	31	100	0	126	31	6	15	46	1.71
13594324--13594364	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
13594487--13594532	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
13596037--13596196	46	3.6	46	87	5	231	35	14	20	29	1.92
13596037--13596196	44	3.6	45	87	7	229	35	14	20	29	1.92
13596135--13596260	62	2.0	64	89	6	195	35	11	23	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13596197--13596305	45	2.4	46	89	4	161	35	12	22	29	1.91
13600675--13600928	46	5.6	46	90	1	406	28	21	14	35	1.93
13602359--13602392	16	2.1	17	88	5	52	14	0	8	76	1.01
13610131--13610210	39	2.1	39	100	0	160	10	2	32	55	1.47
13613067--13613120	22	2.4	23	84	12	76	64	1	31	1	1.14
13618067--13618108	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
13618145--13618225	37	2.2	38	86	6	112	39	2	4	53	1.36
13618259--13618379	60	2.0	60	84	4	156	54	14	0	29	1.46
13618420--13618639	27	9.0	25	76	20	207	55	13	0	30	1.43
13618367--13618643	48	5.7	48	85	5	373	54	14	0	31	1.43
13618367--13618643	97	2.9	97	88	5	395	54	14	0	31	1.43
13618420--13618652	70	3.3	67	79	18	233	54	13	0	30	1.43
13618442--13618777	97	3.8	89	80	13	351	55	13	0	30	1.40
13618538--13618744	83	2.4	84	83	9	253	56	13	0	30	1.38
13618538--13618778	83	2.8	84	74	14	251	56	12	0	31	1.37
13618702--13618779	20	3.8	20	81	8	86	55	11	0	33	1.36
13621543--13621590	19	2.6	18	80	12	53	4	20	2	72	1.11
13622720--13622796	29	2.5	31	87	4	104	46	12	14	25	1.80
13622835--13622867	3	11.0	3	93	0	57	30	0	3	66	1.06
13635200--13635246	25	2.0	23	87	8	67	57	2	0	40	1.11
13639864--13639902	20	2.0	20	84	0	51	25	0	10	64	1.25
13643385--13643491	49	2.2	49	100	0	214	28	19	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13643662--13643691	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
13643731--13643772	21	2.0	21	81	9	50	69	4	2	23	1.20
13644418--13644446	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
13650209--13650234	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
13651257--13651293	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
13652247--13652306	20	2.8	21	72	23	54	46	0	11	41	1.40
13654872--13655003	67	2.0	67	96	0	246	27	34	18	19	1.96
13655130--13655238	57	1.9	57	88	7	168	24	27	18	29	1.98
13658571--13658663	32	3.0	31	69	25	95	43	17	10	29	1.82
13658497--13658716	63	3.2	67	82	9	241	42	16	10	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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