genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7653118--7653158	21	1.9	22	90	5	66	48	0	2	48	1.14
7653159--7653252	43	2.2	43	79	9	104	52	3	0	44	1.17
7653185--7653235	15	3.6	14	75	15	52	54	0	0	45	0.99
7653218--7653275	26	2.1	28	87	6	84	51	1	1	44	1.21
7653199--7653293	26	3.7	26	74	13	74	54	1	1	43	1.14
7669863--7669907	21	2.1	22	83	4	56	40	0	6	53	1.27
7669958--7670018	32	2.0	30	84	12	79	42	0	1	55	1.09
7669992--7670049	15	4.3	15	79	18	65	43	0	0	56	0.99
7670720--7670767	15	2.9	17	82	14	57	77	4	2	16	1.03
7670724--7670777	9	5.9	9	81	10	56	75	1	1	20	0.98
7671091--7671170	20	4.0	20	79	9	83	18	16	43	21	1.88
7671091--7671170	40	2.0	40	85	0	106	18	16	43	21	1.88
7675313--7675368	5	10.4	5	78	17	51	76	1	0	21	0.87
7675313--7675370	22	2.6	22	83	5	73	75	1	0	22	0.89
7675313--7675373	17	3.6	17	77	18	58	77	1	0	21	0.86
7675325--7675371	3	17.3	3	79	16	50	74	2	0	23	0.93
7675337--7675388	11	4.8	11	84	11	63	75	0	1	23	0.91
7675330--7675385	10	5.9	10	78	16	57	76	0	1	21	0.87
7675313--7675373	8	7.5	8	78	21	65	77	1	0	21	0.86
7675315--7675381	27	2.5	26	81	13	84	74	1	1	22	0.98
7675313--7675388	18	4.3	18	75	16	63	76	1	1	21	0.94
7681844--7681914	30	2.4	30	92	0	115	43	15	12	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7683506--7683547	15	2.6	16	81	11	50	78	0	21	0	0.75
7697320--7697375	14	4.3	13	80	15	71	55	1	0	42	1.10
7697320--7697375	2	31.0	2	75	20	52	55	1	0	42	1.10
7700256--7700338	44	1.9	44	95	2	150	45	9	24	20	1.80
7700309--7700427	58	2.1	57	93	1	202	35	12	20	31	1.90
7733106--7733257	79	1.9	77	90	2	241	40	9	13	36	1.78
7735734--7735791	26	2.2	26	81	6	62	53	5	3	37	1.40
7743189--7743222	13	2.5	13	90	4	50	26	0	0	73	0.83
7744287--7744316	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
7744302--7744405	27	3.6	27	67	26	70	38	0	1	58	1.09
7744348--7744372	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7744167--7744470	153	2.0	145	83	11	344	39	0	3	55	1.24
7744502--7744562	32	2.0	30	84	12	79	42	0	1	55	1.09
7744491--7744594	16	7.3	14	71	21	56	43	0	1	54	1.11
7744564--7744594	16	1.9	16	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7759302--7759334	11	3.0	11	91	8	50	45	0	0	54	0.99
7759334--7759458	43	2.9	43	90	4	180	52	0	4	43	1.20
7767654--7767694	2	20.5	2	89	0	64	46	2	2	48	1.28
7803905--7803944	17	2.3	18	86	4	55	32	0	0	67	0.91
7813756--7813856	51	2.0	51	100	0	202	31	8	17	41	1.81
7815032--7815083	2	26.0	2	96	0	95	50	1	0	48	1.12
7818427--7818591	85	1.9	85	86	0	231	24	16	15	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7821156--7821238	29	2.9	29	80	5	89	51	2	10	34	1.50
7822607--7822635	13	2.2	13	100	0	58	48	0	37	13	1.43
7826325--7826355	2	15.5	2	93	0	53	45	0	54	0	0.99
7841646--7841714	34	2.0	34	100	0	138	23	37	8	30	1.85
7858490--7858569	33	2.4	32	77	4	79	36	10	10	43	1.72
7858896--7858920	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7865212--7865251	19	2.1	19	85	4	53	62	0	0	37	0.95
7865768--7865834	34	2.0	34	96	0	125	32	10	1	55	1.43
7865837--7865888	27	1.9	27	88	0	77	34	0	0	65	0.93
7880856--7880928	36	2.0	36	100	0	146	42	0	24	32	1.55
7893674--7893799	67	1.9	67	93	3	218	32	13	21	32	1.92
7906524--7906587	29	2.2	29	100	0	128	18	23	14	43	1.86
7908418--7908470	23	2.2	24	83	12	65	45	0	0	54	0.99
7909771--7909980	78	2.7	78	85	2	264	34	16	13	34	1.89
7915548--7915590	23	1.9	22	86	13	61	60	2	6	30	1.35
7915721--7915795	20	3.8	20	74	13	64	32	0	0	68	0.90
7915744--7915791	6	7.5	6	81	9	51	25	0	0	75	0.81
7915730--7915822	32	2.8	33	83	8	118	31	1	0	67	0.98
7915730--7915822	33	2.8	32	85	6	116	31	1	0	67	0.98
7915736--7915835	32	3.0	32	84	7	112	29	2	0	69	1.00
7918229--7918309	2	40.5	2	76	14	51	46	1	4	45	1.32
7921727--7921928	51	4.0	51	83	1	235	21	34	10	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7926393--7926432	5	8.2	5	89	10	57	0	17	0	82	0.67
7926393--7926438	24	1.9	24	82	8	58	0	15	4	80	0.86
7934355--7934392	19	2.0	19	94	0	67	50	26	7	15	1.72
7938152--7938215	32	2.0	32	93	3	112	42	29	3	25	1.70
7951908--7951936	15	1.9	15	100	0	58	27	24	13	34	1.93
7959456--7959526	34	2.3	29	83	11	79	35	1	4	59	1.26
7961018--7961083	29	2.3	29	89	0	96	25	9	25	39	1.85
7965395--7965460	29	2.3	29	84	5	80	27	7	24	40	1.82
7965490--7965528	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
7970252--7970281	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
7979084--7979150	24	2.8	24	81	4	73	53	0	0	46	1.00
7979084--7979157	25	3.1	24	75	11	71	54	0	0	45	1.00
7979785--7979828	24	1.9	22	81	9	52	6	13	6	72	1.25
7980363--7980432	35	2.0	35	94	0	122	31	2	12	52	1.54
7980496--7980649	69	2.2	69	94	4	267	38	11	11	38	1.77
7980851--7980907	28	2.0	28	96	0	105	61	1	10	26	1.38
7993077--7993126	25	1.9	27	88	8	77	8	2	18	72	1.19
8001582--8001674	14	6.8	15	74	19	64	46	1	0	52	1.07
8001650--8001713	24	2.9	21	72	17	58	42	0	3	54	1.16
8001731--8001850	8	14.5	8	69	19	59	46	1	2	49	1.25
8001723--8001847	48	2.5	49	80	12	132	47	1	2	48	1.24
8001619--8001850	16	14.1	16	66	18	68	44	0	2	52	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8001762--8001856	8	11.4	8	72	11	66	44	0	2	53	1.12
8003014--8003047	16	2.2	16	94	5	61	32	0	0	67	0.91
8014478--8014568	44	2.1	44	87	0	128	28	14	9	47	1.76
8014720--8014801	29	2.8	29	87	3	85	32	14	19	32	1.92
8014748--8014912	28	5.8	28	86	2	188	28	13	17	40	1.88
8016194--8016240	23	2.0	23	88	8	69	61	10	10	17	1.55
8016237--8016264	9	3.1	9	100	0	56	67	0	32	0	0.91
8016546--8016581	16	2.2	16	90	0	54	66	16	5	11	1.40
8019474--8019653	43	4.2	42	82	2	189	25	21	32	21	1.97
8019474--8019653	86	2.1	85	81	6	211	25	21	32	21	1.97
8023345--8023404	30	2.1	29	81	6	68	30	8	23	38	1.84
8026260--8026346	32	2.8	31	87	3	95	43	17	6	32	1.75
8026275--8026353	32	2.5	32	87	0	122	45	20	6	27	1.75
8033814--8033842	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
8036285--8036386	31	3.3	31	88	0	150	20	22	34	22	1.97
8036288--8036405	62	1.9	62	82	3	148	22	22	32	22	1.98
8037734--8037814	31	2.6	31	86	7	103	24	17	7	50	1.71
8038178--8038203	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
8039269--8039307	21	2.0	21	85	10	55	35	5	5	53	1.45
8039658--8039705	22	2.0	24	84	11	64	45	4	6	43	1.48
8039658--8039724	24	2.9	24	82	8	68	41	2	8	46	1.50
8053172--8053223	26	2.0	25	88	3	77	30	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053526--8053936	136	3.0	136	91	1	657	36	9	8	46	1.67
8057479--8057532	15	3.4	17	76	23	71	35	14	5	44	1.69
8057475--8057536	31	2.0	31	100	0	124	35	16	6	41	1.74
8058721--8058792	37	1.9	38	82	2	92	38	12	11	37	1.79
8059426--8059464	6	6.3	6	94	5	69	48	35	0	15	1.45
8060359--8060402	17	2.6	18	78	10	56	45	4	0	50	1.22
8071598--8071647	21	2.2	23	86	10	68	48	0	0	52	1.00
8071596--8071673	36	2.2	36	83	4	95	47	0	1	51	1.09
8071690--8071749	27	2.2	25	78	16	66	46	1	1	50	1.21
8072015--8072118	25	4.1	26	76	4	115	41	13	15	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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