genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22174543--22174706	59	2.8	59	83	6	194	39	10	9	41	1.71
22174543--22174703	29	5.5	28	77	10	144	39	10	8	40	1.71
22177682--22177754	37	2.0	37	86	0	101	21	34	10	32	1.89
22187887--22188055	42	4.0	42	88	0	221	21	19	35	23	1.96
22187887--22188048	84	1.9	85	88	1	245	21	19	35	23	1.96
22191750--22191791	22	1.9	22	100	0	84	19	7	33	40	1.78
22197985--22198027	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
22198176--22198215	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
22214257--22214294	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
22234870--22234970	51	2.0	51	100	0	202	39	3	16	39	1.68
22235563--22235682	58	2.1	57	90	1	186	32	10	19	38	1.85
22240072--22240201	36	3.6	36	87	0	170	23	39	19	18	1.93
22242338--22242367	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22242357--22242492	68	2.0	67	95	4	247	41	22	8	27	1.83
22243739--22243778	15	2.7	15	88	3	55	72	2	25	0	0.97
22244956--22245010	23	2.4	23	81	6	67	78	5	16	0	0.93
22244973--22245011	20	2.0	20	85	10	53	79	7	12	0	0.93
22245463--22245509	24	1.9	25	83	12	62	27	12	25	34	1.92
22245606--22245653	22	2.2	22	92	0	78	37	12	43	6	1.68
22245717--22245776	31	1.9	32	86	3	86	46	13	23	16	1.82
22245717--22245784	31	2.1	32	83	5	84	48	13	23	14	1.79
22253318--22253377	28	2.1	30	84	6	79	41	25	5	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22268217--22268310	36	2.6	36	91	0	143	22	40	17	20	1.91
22268217--22268322	36	2.9	35	84	5	131	23	37	17	20	1.94
22271015--22271060	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
22271088--22271210	43	2.9	42	85	7	149	21	36	14	26	1.93
22271998--22272041	19	2.3	19	80	0	61	43	11	31	13	1.80
22273552--22273638	28	2.8	31	80	11	99	44	9	5	40	1.60
22273600--22273667	29	2.4	29	85	7	86	42	14	8	33	1.77
22282267--22282351	42	2.0	42	88	0	125	21	22	30	25	1.98
22282269--22282389	42	2.9	42	80	2	118	21	21	31	25	1.98
22285838--22285971	71	1.9	71	100	0	268	17	23	17	41	1.90
22286469--22286508	21	1.9	21	94	0	71	22	20	22	35	1.96
22293791--22293818	11	2.5	11	100	0	56	53	14	0	32	1.41
22299767--22299824	21	2.8	20	71	5	53	31	15	6	46	1.72
22301913--22302104	73	2.6	72	83	8	219	19	18	17	44	1.87
22328467--22328655	71	2.7	70	86	4	236	44	12	6	35	1.68
22328469--22328655	36	5.2	37	83	7	235	44	12	6	36	1.69
22342209--22342426	71	3.1	70	82	3	276	36	7	14	42	1.73
22342168--22342393	35	6.5	35	80	4	235	35	7	13	43	1.72
22345910--22345950	22	1.9	22	85	5	57	26	17	4	51	1.65
22347883--22348151	135	2.0	134	99	0	520	36	14	13	35	1.85
22354568--22354645	37	2.1	37	92	4	131	28	10	37	24	1.88
22361087--22361301	36	6.1	35	74	10	163	35	6	14	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22361080--22361299	72	3.1	72	71	13	197	35	6	14	43	1.72
22365768--22365947	63	2.9	63	92	0	306	29	13	33	23	1.93
22368347--22368401	28	2.0	29	85	7	78	29	25	18	27	1.98
22376561--22376830	62	4.4	62	86	0	319	32	21	22	23	1.98
22377116--22377205	36	2.5	36	80	1	101	27	38	11	22	1.88
22377998--22378029	16	1.9	17	93	6	57	62	0	31	6	1.20
22378006--22378054	21	2.3	20	80	13	55	67	0	28	4	1.09
22392633--22392669	19	1.9	19	94	0	65	18	16	29	35	1.93
22393129--22393305	42	4.1	44	82	7	231	25	32	16	25	1.96
22393130--22393305	86	2.1	85	88	5	257	25	32	16	25	1.96
22397288--22397322	11	3.3	11	88	8	54	0	22	11	65	1.24
22401922--22401969	18	2.9	16	85	14	62	79	0	18	2	0.84
22401923--22401972	16	3.2	16	80	8	59	78	0	20	2	0.86
22403178--22403245	25	2.7	25	88	0	100	27	19	30	22	1.97
22404938--22405056	37	3.2	37	84	9	170	24	36	9	29	1.86
22422846--22422882	18	2.0	19	89	5	58	21	29	24	24	1.99
22426493--22426543	27	2.0	25	84	7	66	50	7	11	29	1.67
22430362--22430441	21	3.9	21	77	4	74	36	15	12	36	1.85
22433136--22433239	39	2.7	39	82	4	113	22	13	38	25	1.91
22440812--22440868	29	2.0	29	89	0	87	49	21	10	19	1.78
22443326--22443362	19	1.9	19	88	0	56	32	2	10	54	1.49
22449461--22449615	67	2.3	67	82	4	170	27	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22451126--22451182	29	1.9	30	86	10	82	26	22	5	45	1.73
22463812--22463989	27	6.5	27	83	7	189	35	17	12	34	1.88
22463797--22463989	55	3.6	54	81	11	200	35	18	12	33	1.89
22463811--22463989	82	2.2	83	88	3	263	35	17	12	34	1.88
22465506--22465596	27	3.3	27	80	3	110	43	20	4	30	1.71
22465506--22465636	28	4.8	28	77	3	106	42	18	4	34	1.71
22465510--22465657	27	5.4	27	77	3	98	40	16	6	35	1.75
22465506--22465636	55	2.4	55	86	0	181	42	18	4	34	1.71
22468988--22469051	10	6.4	10	77	0	56	45	10	3	40	1.55
22469274--22469299	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
22478075--22478110	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22485028--22485059	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22485437--22485477	18	2.2	19	86	4	57	43	9	4	41	1.59
22490293--22490396	37	2.8	37	86	2	147	41	9	15	33	1.80
22493019--22493227	55	3.8	54	85	5	249	24	12	34	28	1.92
22500080--22500130	15	3.4	15	84	10	68	50	19	1	27	1.58
22504835--22504909	2	36.0	2	89	5	105	45	2	2	48	1.30
22504835--22504923	45	2.0	44	97	0	160	42	5	4	46	1.47
22504933--22505065	42	3.1	42	86	5	178	22	32	17	27	1.96
22510094--22512326	171	13.1	170	75	6	987	37	13	14	35	1.85
22510083--22512326	342	6.6	339	76	6	1726	37	13	14	34	1.85
22513228--22513267	21	1.9	21	100	0	80	27	27	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22513190--22513321	60	2.2	59	85	9	178	31	24	18	25	1.98
22514896--22521044	343	17.9	342	76	7	4686	38	13	13	34	1.85
22514896--22521054	172	35.9	170	77	6	4647	38	13	13	34	1.85
22525175--22525271	43	2.3	43	83	5	124	21	31	18	27	1.97
22526612--22527476	172	5.1	169	74	10	692	36	13	14	34	1.86
22529906--22529946	21	1.9	21	85	5	55	17	24	9	48	1.76
22533211--22533244	15	2.3	15	89	0	50	29	2	14	52	1.56
22539696--22540261	172	3.3	172	80	4	590	36	13	15	34	1.87
22539696--22541692	171	11.8	169	73	9	1119	37	14	14	34	1.86
22540273--22541690	171	8.3	172	78	7	1237	38	14	13	34	1.85
22540339--22541692	345	3.9	339	78	7	1152	37	14	13	34	1.86
22544926--22545631	171	4.1	169	81	6	741	36	12	16	34	1.86
22550144--22550311	42	4.0	42	82	3	185	22	19	35	23	1.96
22554494--22554531	20	1.9	20	88	0	58	44	15	0	39	1.47
22554110--22557994	170	22.8	169	78	7	3285	38	13	14	34	1.85
22557767--22558228	242	1.9	241	81	1	548	38	14	14	32	1.87
22558008--22559537	172	8.9	173	79	5	1373	38	14	13	33	1.85
22557999--22559539	343	4.5	342	80	5	1550	38	14	13	33	1.85
22558000--22559539	515	3.0	513	85	2	1914	38	14	13	33	1.85
22560900--22560959	19	3.2	19	67	9	59	23	43	13	20	1.86
22562469--22567492	170	29.5	171	75	7	3642	38	12	14	34	1.84
22562469--22567493	343	14.8	342	78	7	3924	38	12	14	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22567597--22570104	171	14.7	171	77	7	2155	37	13	13	35	1.84
22570502--22570539	19	2.0	20	89	5	60	26	26	13	34	1.93
22571334--22571455	43	2.8	43	81	4	131	24	15	37	22	1.93
22571470--22571504	10	3.5	10	88	0	52	42	0	8	48	1.33
22575258--22575525	134	2.0	133	97	0	500	30	17	22	29	1.96
22579750--22579917	60	2.8	60	79	0	201	26	20	20	32	1.98
22582375--22584443	173	12.1	170	79	7	1914	38	13	13	34	1.84
22582375--22584460	172	12.2	171	80	6	2049	38	13	13	34	1.84
22586971--22587026	28	1.9	29	85	7	78	28	17	17	35	1.93
22587802--22588719	172	5.3	172	80	6	932	38	13	13	34	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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