genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14469537--14469576	15	2.7	14	85	11	53	32	0	0	67	0.91
14469543--14469584	14	2.9	14	83	13	50	38	0	0	61	0.96
14473120--14473185	4	17.0	4	74	16	59	68	0	31	0	0.90
14473111--14473185	20	3.7	20	92	3	114	66	0	33	0	0.92
14482061--14482174	36	3.2	36	81	9	119	27	33	16	22	1.96
14482149--14482253	52	2.0	52	92	0	174	30	34	13	21	1.92
14496009--14496111	38	2.6	39	84	6	129	25	18	35	20	1.95
14497585--14497770	96	2.0	89	92	7	309	31	20	17	30	1.95
14501394--14501429	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
14501672--14501698	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14501558--14501778	117	1.9	117	93	0	379	34	15	10	39	1.82
14525508--14525620	43	2.6	43	83	2	138	23	36	15	23	1.94
14528527--14528617	46	2.0	46	93	0	155	21	6	23	48	1.73
14533973--14534025	20	2.6	21	74	14	58	60	9	0	30	1.28
14551304--14551369	34	2.0	33	93	0	105	10	9	40	37	1.72
14583890--14583953	28	2.2	29	83	2	76	45	18	7	28	1.77
14592963--14593006	11	3.9	11	82	14	54	47	9	22	20	1.78
14596354--14596401	15	3.1	15	82	8	60	77	2	2	18	0.97
14596643--14596680	20	1.9	20	100	0	76	21	0	5	73	1.02
14598112--14598200	21	4.2	21	86	1	115	25	20	15	38	1.92
14606254--14606286	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
14609602--14609649	21	2.3	20	79	10	60	14	22	6	56	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14609607--14609647	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
14612632--14612676	19	2.3	19	84	3	54	31	4	24	40	1.75
14616278--14616549	136	2.0	135	99	0	535	39	8	22	29	1.83
14616981--14617018	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
14625729--14625766	20	1.9	20	84	10	51	13	21	5	60	1.52
14626129--14626166	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
14633039--14633076	20	1.9	20	84	10	51	13	21	5	60	1.52
14633330--14633385	28	2.0	28	89	6	87	26	21	21	30	1.98
14633432--14633477	20	2.3	20	88	0	65	41	23	4	30	1.74
14653963--14654171	39	5.4	39	77	0	175	30	21	18	30	1.96
14653973--14654171	78	2.6	78	77	3	202	29	21	18	30	1.97
14657311--14657359	20	2.5	20	82	0	53	22	2	8	67	1.28
14657330--14657369	20	2.0	20	85	5	53	20	2	5	72	1.15
14667165--14667196	13	2.5	13	94	0	55	21	3	0	75	0.95
14667220--14667278	9	6.2	10	75	18	63	77	3	1	16	0.98
14667224--14667276	17	2.9	17	88	8	70	81	3	1	13	0.92
14677967--14678070	43	2.4	44	82	4	131	21	31	18	28	1.96
14682598--14682889	42	7.0	42	88	1	397	25	32	19	22	1.98
14682598--14682889	84	3.5	84	89	0	442	25	32	19	22	1.98
14682597--14682889	126	2.3	126	87	3	437	25	32	19	22	1.98
14691025--14691054	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
14696798--14696857	23	2.6	23	86	0	75	33	36	3	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14696854--14696985	43	3.1	43	80	0	147	21	37	17	24	1.94
14700528--14700580	2	26.0	2	92	3	88	50	0	1	47	1.12
14700588--14700720	54	2.4	54	87	1	203	23	43	14	18	1.87
14703525--14703687	60	2.7	60	80	3	177	32	19	20	27	1.97
14711843--14711961	43	2.8	43	84	2	141	21	36	18	24	1.95
14713682--14713714	12	2.8	12	100	0	66	0	15	0	84	0.61
14720372--14720520	35	4.5	32	74	12	129	36	26	12	24	1.91
14720389--14720500	35	3.3	34	76	12	131	32	25	13	29	1.93
14720345--14720520	67	2.6	67	90	1	273	35	26	13	25	1.92
14725482--14725590	37	2.9	37	88	0	182	24	34	10	30	1.88
14732869--14733017	35	4.5	32	74	15	131	36	27	12	22	1.91
14732842--14733017	67	2.6	67	90	3	266	36	26	12	24	1.91
14735119--14735158	20	2.0	21	90	5	64	70	7	2	20	1.24
14735614--14735650	14	2.8	13	88	8	56	32	0	10	56	1.34
14739200--14739331	43	3.1	43	82	4	142	23	18	37	21	1.94
14741022--14741046	7	3.6	7	100	0	50	36	0	32	32	1.58
14741082--14741122	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
14744081--14744107	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14744132--14744230	42	2.3	43	81	5	112	22	32	19	26	1.97
14753900--14753949	24	2.1	24	100	0	100	40	12	28	20	1.87
14754297--14754338	11	3.8	11	87	9	59	59	2	7	30	1.37
14754369--14754399	16	1.9	16	93	0	53	32	3	3	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14754370--14754408	16	2.4	16	86	0	51	38	2	2	56	1.27
14754662--14754697	18	1.9	19	88	5	56	44	5	8	41	1.58
14754644--14754733	18	5.3	18	69	21	54	46	8	4	40	1.55
14754762--14754817	29	1.9	28	82	13	69	44	7	3	44	1.48
14756743--14756811	34	2.0	35	85	2	95	30	27	11	30	1.92
14770582--14770943	181	2.0	180	98	0	706	32	22	6	38	1.80
14773103--14773221	37	3.2	37	89	4	186	23	36	10	30	1.88
14779681--14779726	19	2.4	19	85	0	56	60	0	0	39	0.97
14788142--14788174	11	2.8	12	90	4	50	0	24	9	66	1.20
14792662--14792696	19	1.9	19	88	11	56	51	5	17	25	1.67
14798917--14798959	21	2.1	21	86	4	61	25	2	9	62	1.37
14802649--14802716	21	3.2	21	80	2	73	35	19	20	25	1.96
14804167--14804244	11	7.4	10	76	20	54	62	10	0	26	1.27
14804181--14804210	13	2.4	12	94	5	51	76	3	0	20	0.92
14804167--14804242	32	2.4	33	80	12	88	64	10	0	25	1.25
14804216--14804244	11	2.6	11	100	0	58	55	13	0	31	1.39
14805973--14806032	30	2.1	29	81	6	68	31	8	20	40	1.82
14817007--14817053	22	2.1	23	84	11	62	34	6	10	48	1.63
14820019--14820168	32	4.5	32	77	14	153	26	26	12	34	1.92
14820019--14820237	101	2.2	101	80	4	228	26	25	11	36	1.90
14820091--14820338	69	3.7	69	75	2	218	26	25	11	36	1.90
14823331--14823373	17	2.5	17	100	0	86	48	0	25	25	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14826647--14826761	49	2.3	49	88	4	169	21	33	20	23	1.97
14828849--14828909	30	2.0	30	93	0	104	36	21	16	26	1.94
14829686--14829728	14	2.9	14	83	10	50	9	6	0	83	0.80
14829702--14829733	8	4.0	8	95	0	55	15	0	0	84	0.63
14829701--14829739	20	2.0	19	85	5	51	17	0	0	82	0.68
14829805--14829918	16	7.1	15	67	15	50	63	7	1	27	1.32
14829776--14829842	29	2.4	28	80	7	82	67	2	1	28	1.14
14829805--14829859	18	2.9	18	83	5	56	69	3	1	25	1.15
14829789--14829888	48	2.1	48	83	12	127	65	6	2	27	1.27
14843091--14843158	21	3.2	21	73	8	66	38	20	16	25	1.92
14843368--14843405	12	3.2	12	84	0	58	57	0	21	21	1.40
14849451--14849491	20	2.0	21	85	4	57	24	2	7	65	1.30
14849467--14849507	21	1.9	22	85	5	57	34	2	2	60	1.23
14851997--14852057	11	5.7	11	86	5	81	0	14	0	85	0.60
14851989--14852070	27	3.0	26	84	12	103	0	18	0	81	0.69
14851988--14852070	4	21.5	4	77	18	70	0	18	0	81	0.68
14854193--14854258	5	13.0	5	81	9	62	18	1	1	78	0.90
14854198--14854242	8	5.8	8	81	5	56	17	0	0	82	0.68
14854198--14854245	16	3.1	16	84	3	71	18	0	0	81	0.70
14854202--14854256	26	2.1	26	86	6	76	16	0	1	81	0.77
14854397--14854516	34	3.4	35	78	5	127	29	38	6	25	1.81
14855637--14855665	9	3.2	9	100	0	58	0	24	10	65	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14865021--14865133	58	2.0	58	92	1	192	36	5	9	48	1.59
14869244--14869380	69	2.0	67	92	2	229	45	12	10	30	1.76
14870738--14870787	20	2.4	20	86	6	64	58	2	2	38	1.21
14872705--14872813	55	2.0	55	94	0	191	16	13	16	53	1.74
14886254--14886379	42	3.0	42	85	1	144	25	19	34	20	1.96
14888952--14889009	21	2.8	21	81	0	62	51	17	1	29	1.55
14890892--14890937	2	23.0	2	95	0	83	50	0	2	47	1.13
14890937--14890969	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
14891088--14891117	15	2.1	15	93	6	53	56	6	16	20	1.62
14894844--14894934	43	2.1	43	81	0	101	26	19	31	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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