genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  55  of  106  ( 12678 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20704309--20704393	21	4.2	21	63	14	61	24	24	18	31	1.98
20705557--20705595	15	2.5	15	91	4	60	0	28	0	71	0.86
20705544--20705590	15	3.1	16	87	6	62	0	31	0	68	0.90
20708543--20708598	20	2.7	21	83	5	69	69	0	30	0	0.89
20708543--20708599	14	3.8	15	81	11	64	70	0	29	0	0.88
20709778--20709850	35	2.1	35	82	5	85	26	8	35	30	1.85
20718816--20718856	20	2.0	20	95	0	73	41	0	14	43	1.45
20718825--20718874	25	2.0	25	84	7	66	44	0	20	36	1.52
20719207--20719257	20	2.4	22	77	16	61	45	0	7	47	1.32
20719214--20719259	20	2.3	20	92	0	74	45	0	6	47	1.28
20719223--20719261	20	2.0	20	100	0	78	46	0	7	46	1.31
20722327--20722502	90	2.0	89	100	0	343	38	9	19	32	1.84
20729258--20729303	15	3.1	15	81	12	58	56	17	2	23	1.52
20730693--20730717	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
20733160--20733229	30	2.4	28	79	11	77	35	10	21	32	1.87
20742492--20742618	42	3.0	42	89	3	193	24	34	16	24	1.95
20751314--20751375	26	2.4	26	94	0	106	32	40	3	24	1.71
20751610--20751690	42	1.9	42	94	0	144	22	34	22	20	1.97
20753702--20753743	22	1.9	22	90	0	66	19	16	16	47	1.83
20755800--20755881	38	2.2	38	86	8	114	24	7	9	58	1.55
20760303--20760357	15	3.5	15	75	18	58	36	3	10	49	1.56
20760296--20760450	32	4.6	32	75	10	157	36	4	12	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20760296--20760466	71	2.5	68	85	6	224	35	4	13	46	1.64
20771916--20772024	37	2.9	37	91	0	173	22	37	11	28	1.88
20771919--20772037	37	3.2	36	86	4	157	24	36	10	28	1.88
20773258--20773304	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
20781061--20781242	37	5.0	37	88	4	280	22	35	12	29	1.91
20781061--20781254	74	2.6	74	95	1	356	23	35	11	28	1.90
20791369--20791410	15	2.6	17	77	11	52	45	9	0	45	1.36
20808524--20808554	16	1.9	16	93	0	53	0	35	3	61	1.12
20819821--20819866	24	2.0	22	87	8	65	4	28	0	67	1.10
20819936--20819982	20	2.3	20	86	13	62	70	0	29	0	0.88
20821121--20821259	39	3.6	39	78	3	147	28	12	31	27	1.93
20822712--20822789	40	2.0	40	92	0	129	19	23	21	35	1.96
20828102--20828134	16	2.1	17	88	11	52	24	6	6	63	1.40
20828816--20828854	14	2.9	14	88	3	53	61	10	0	28	1.28
20833331--20833505	86	2.0	86	87	2	253	21	16	38	23	1.93
20833331--20833492	43	3.8	43	85	1	209	21	17	37	22	1.94
20834473--20834619	37	4.0	37	87	2	206	30	10	36	23	1.88
20835805--20836905	182	6.1	180	77	6	925	36	12	14	37	1.83
20835805--20836851	363	2.9	361	78	5	1040	36	12	14	37	1.83
20836722--20837113	212	1.8	213	80	2	475	35	11	14	38	1.83
20836914--20837659	182	4.1	180	75	6	569	36	12	14	37	1.83
20836157--20837885	756	2.3	749	83	4	2085	36	12	13	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20836939--20837653	364	2.0	364	79	2	792	36	12	14	36	1.84
20837303--20838124	391	2.1	393	92	0	1371	36	11	13	38	1.81
20843556--20844783	181	6.8	180	79	6	1111	36	11	13	37	1.82
20843548--20844783	363	3.4	362	79	5	1271	36	11	13	37	1.82
20843574--20844783	544	2.2	545	81	5	1367	36	11	13	37	1.82
20846922--20846999	37	2.1	37	92	0	129	25	35	10	28	1.89
20851291--20851352	26	2.4	26	88	0	88	33	37	3	25	1.72
20851372--20851513	42	3.4	42	88	3	196	23	31	22	21	1.98
20856479--20856540	26	2.4	26	94	0	106	32	40	3	24	1.71
20856560--20856701	42	3.4	42	85	3	205	21	32	23	23	1.98
20861850--20861906	2	29.0	2	96	3	107	49	0	0	50	1.00
20861939--20862100	42	3.9	41	85	4	200	22	19	37	19	1.94
20865190--20865223	2	17.0	2	87	0	50	50	2	2	44	1.32
20866131--20866824	170	4.1	169	76	7	559	39	14	13	32	1.86
20866816--20868160	171	7.9	170	73	6	708	37	13	14	33	1.86
20867123--20867899	341	2.3	335	80	5	805	37	13	15	33	1.86
20868249--20868307	15	3.8	15	73	8	55	18	0	11	69	1.18
20869615--20871729	339	6.2	341	77	7	1739	37	14	14	33	1.87
20869615--20871747	171	12.5	169	77	5	1751	36	14	15	33	1.88
20870966--20871001	10	3.7	10	85	7	56	50	5	0	44	1.25
20883302--20883400	34	2.9	34	80	10	87	33	27	11	28	1.91
20884451--20884541	34	2.6	35	84	6	123	25	26	6	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20891041--20891207	42	4.0	42	81	3	165	25	20	31	23	1.98
20893154--20893300	42	3.5	42	83	3	170	23	17	33	25	1.96
20899239--20899352	56	2.0	56	100	0	228	38	7	21	32	1.81
20902495--20902547	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
20902592--20902637	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
20910525--20912763	171	13.2	171	77	5	1819	37	14	13	34	1.85
20913105--20914740	329	4.9	328	79	6	1466	38	14	13	33	1.85
20912785--20914740	170	11.6	170	75	8	1313	37	14	13	34	1.86
20914744--20914840	33	2.9	33	98	0	185	31	14	13	40	1.85
20914858--20916322	171	8.6	171	74	8	952	38	13	13	34	1.84
20915013--20916269	682	1.8	681	79	6	1454	38	13	13	34	1.84
20927633--20927669	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
20928549--20931765	171	18.9	170	76	5	2396	37	14	14	34	1.86
20928549--20931765	341	9.5	339	76	7	2212	37	14	14	34	1.86
20931778--20932425	182	3.6	181	78	3	622	35	12	14	36	1.84
20933249--20933289	21	1.9	22	95	5	75	53	7	21	17	1.67
20933248--20933295	21	2.2	21	85	3	69	60	6	18	14	1.55
20934062--20934115	28	1.9	29	88	7	85	25	22	20	31	1.98
20935318--20935345	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20938162--20945675	182	41.3	181	78	5	6535	35	12	15	37	1.84
20947292--20947428	42	3.3	42	83	4	186	24	19	30	24	1.98
20948809--20948848	19	2.2	19	86	4	55	50	0	2	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20948831--20948860	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
20949809--20949863	22	2.5	22	81	0	65	21	18	27	32	1.96
20950150--20950285	43	3.2	42	78	4	146	23	33	16	26	1.95
20954039--20954081	22	2.0	22	95	0	77	30	9	23	37	1.86
20957401--20957504	38	2.6	40	85	7	133	20	15	42	22	1.89
20966657--20966773	41	2.9	39	82	8	128	18	33	23	23	1.97
20966699--20966809	42	2.7	41	80	6	127	20	33	21	24	1.97
20970524--20970583	28	2.1	30	84	6	79	40	20	8	31	1.82
20971362--20972444	361	3.0	359	78	5	1058	36	12	14	37	1.83
20971356--20972444	182	6.0	181	79	5	1071	36	12	13	37	1.83
20975243--20975337	35	2.7	35	78	3	111	36	31	11	20	1.88
20981255--20982201	171	5.5	170	84	2	1112	33	14	14	37	1.87
20981289--20982201	341	2.7	340	84	2	1159	33	14	14	37	1.87
20982619--20982656	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
20992233--20992316	27	3.2	27	83	5	100	11	26	14	47	1.78
20992382--20992429	22	2.2	22	88	0	69	12	41	10	35	1.77
20992564--20992642	34	2.3	34	79	12	90	36	27	11	24	1.90
20994109--20994265	52	3.0	52	88	1	226	30	33	15	21	1.94
21000080--21000125	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
21000085--21000125	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
21001795--21001835	12	3.3	12	86	3	55	82	0	14	2	0.76
21001802--21001846	18	2.4	18	85	3	54	80	2	15	2	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21003063--21003111	25	2.0	25	83	0	62	42	22	6	28	1.77
21005696--21005751	28	1.9	29	85	7	78	25	17	21	35	1.95
21009868--21009910	21	2.0	21	81	0	50	30	9	34	25	1.87
21010300--21010362	22	2.9	22	95	0	108	44	22	3	30	1.68
21015124--21015306	70	2.6	69	81	6	190	27	18	19	34	1.95
21016691--21016894	64	3.2	64	90	0	302	26	30	12	29	1.93
21029994--21030206	114	1.9	112	84	7	261	43	8	4	43	1.55
21031728--21031810	30	2.7	31	75	18	93	42	2	0	55	1.13
21033567--21033628	26	2.4	26	94	0	106	32	40	3	24	1.71
21033863--21033985	42	2.9	42	92	0	210	22	33	21	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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