genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27579087--27579239	43	3.6	43	85	1	200	23	16	37	21	1.93
27588027--27588179	74	2.1	73	82	6	184	35	24	12	28	1.91
27588027--27588154	37	3.5	37	89	4	188	33	25	13	28	1.93
27590379--27590512	35	3.8	35	79	2	144	31	8	35	24	1.86
27595014--27595070	15	3.8	15	85	0	69	36	8	22	31	1.85
27595303--27595342	15	2.6	16	84	11	57	32	0	0	67	0.91
27595337--27595437	30	3.3	30	79	8	89	28	4	0	65	1.20
27595372--27595437	30	2.1	33	86	13	95	27	3	1	68	1.13
27596745--27596798	19	2.8	19	76	13	58	27	3	11	57	1.50
27598019--27598059	17	2.6	15	85	11	55	29	0	12	58	1.34
27628447--27628537	43	2.1	42	81	2	101	20	32	19	26	1.97
27632017--27632221	43	4.8	43	82	3	216	24	18	35	21	1.96
27634392--27634422	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
27634391--27634426	8	4.5	8	92	0	54	50	8	0	41	1.33
27639419--27639517	43	2.3	43	75	0	108	27	34	12	26	1.92
27640110--27640149	20	2.0	20	90	0	62	42	7	32	17	1.77
27644713--27644873	75	2.2	73	84	8	200	36	25	12	26	1.91
27650729--27650776	23	2.0	25	88	8	73	62	4	16	16	1.48
27651656--27651690	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
27654054--27654091	19	2.0	20	89	5	60	39	15	23	21	1.92
27655640--27655692	23	2.3	21	82	17	70	24	24	24	26	2.00
27661747--27661822	17	4.2	17	88	11	107	42	0	15	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27661747--27661822	36	2.1	37	97	2	145	42	0	15	42	1.47
27681709--27681810	38	2.6	39	84	7	127	23	20	35	20	1.96
27682396--27682437	18	2.3	18	100	0	84	28	19	23	28	1.98
27683144--27683183	20	2.1	19	90	4	62	40	12	15	32	1.84
27687489--27687559	32	2.2	32	92	0	115	22	12	25	39	1.89
27696092--27696277	72	2.6	72	80	4	212	38	20	17	24	1.93
27696702--27696797	35	2.9	34	73	10	99	25	12	25	37	1.91
27708355--27708440	36	2.4	37	80	2	102	30	24	12	32	1.92
27709101--27709260	54	3.0	54	89	0	239	26	37	13	21	1.91
27710166--27710216	23	2.2	23	82	6	59	1	25	1	70	1.08
27710183--27710214	15	2.2	14	94	5	55	0	18	3	78	0.89
27710373--27710483	35	3.2	35	79	5	136	27	22	4	45	1.72
27710576--27710670	45	2.0	46	90	10	147	8	37	6	47	1.59
27712527--27712621	36	2.6	36	88	6	131	18	38	18	23	1.93
27714338--27714378	21	1.9	22	85	14	59	21	9	17	51	1.74
27716200--27716238	21	1.9	21	89	5	62	28	17	7	46	1.76
27719196--27719237	20	2.2	19	84	16	52	30	2	26	40	1.69
27719232--27719350	37	3.2	37	85	2	168	27	10	36	26	1.88
27719625--27719667	22	2.0	22	85	0	59	32	11	23	32	1.90
27727502--27727550	15	3.4	15	73	15	50	65	0	30	4	1.11
27727607--27727723	24	4.8	24	67	20	66	64	0	33	1	1.03
27727614--27727730	32	3.8	30	72	19	80	64	0	33	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27727634--27727699	15	4.3	15	73	19	57	60	0	36	3	1.12
27727652--27727731	14	5.7	14	68	20	60	65	0	33	1	1.01
27727615--27727984	184	2.0	183	98	0	713	60	2	33	3	1.27
27727800--27727915	14	8.1	14	72	16	69	64	0	33	1	1.04
27727818--27727883	15	4.3	15	73	19	57	60	0	36	3	1.12
27729850--27729909	30	2.0	30	96	0	111	16	25	26	31	1.96
27733340--27733475	43	3.2	43	81	7	170	27	16	32	24	1.96
27734810--27734866	20	2.7	21	89	5	80	66	0	33	0	0.92
27735756--27735919	72	2.3	72	92	0	274	33	13	21	31	1.92
27745318--27745436	43	2.8	43	85	2	159	21	18	37	21	1.94
27746958--27747000	22	2.0	22	85	0	59	34	18	13	32	1.90
27747114--27747240	36	3.5	36	79	10	125	30	37	9	22	1.86
27747114--27747276	72	2.4	67	81	9	168	29	39	10	20	1.85
27752973--27752997	9	2.8	9	100	0	50	68	8	12	12	1.40
27754521--27754553	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27754648--27754759	54	2.1	54	94	0	197	21	13	41	24	1.89
27758227--27758554	68	4.8	67	82	5	345	34	19	10	35	1.87
27762920--27763022	38	2.7	38	87	3	134	22	37	17	22	1.94
27764329--27764524	68	2.9	68	79	1	232	35	18	9	36	1.84
27765742--27765772	16	1.9	16	93	0	53	67	16	3	12	1.35
27768004--27768056	19	2.8	19	94	0	88	52	0	7	39	1.30
27768678--27768706	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27768767--27768800	17	1.9	18	88	5	52	70	8	20	0	1.13
27769299--27769338	15	2.8	13	85	14	53	75	2	17	5	1.10
27769326--27769408	27	3.1	27	89	3	123	50	18	24	7	1.71
27787055--27787094	21	1.9	21	94	0	71	40	20	20	20	1.92
27790148--27790185	9	4.2	9	86	0	58	0	7	5	86	0.69
27793702--27793769	21	3.2	21	91	4	102	36	20	16	26	1.93
27794249--27794293	23	2.0	22	91	4	72	22	0	0	77	0.76
27795716--27795746	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
27801651--27801676	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
27803855--27803954	37	2.6	38	80	4	112	24	39	18	19	1.92
27807327--27807363	19	1.9	19	100	0	74	27	0	29	43	1.55
27808572--27808596	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
27810150--27810190	20	2.1	20	90	4	66	7	4	21	65	1.37
27811468--27811515	20	2.4	20	85	0	60	22	4	6	66	1.32
27811487--27811526	20	2.0	20	90	5	62	22	2	5	70	1.19
27812719--27812748	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
27812761--27812823	20	3.2	20	84	2	83	28	39	4	26	1.76
27812822--27812983	43	3.8	43	86	1	209	22	35	19	22	1.96
27815262--27815300	20	2.0	20	84	0	51	23	2	15	58	1.49
27817457--27817495	20	2.0	20	84	0	51	33	15	20	30	1.94
27820752--27820914	60	2.7	60	82	0	173	31	19	22	25	1.98
27821235--27821349	42	2.7	43	77	5	126	21	36	17	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27835362--27835399	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
27838053--27838111	29	2.1	29	93	3	102	42	8	15	33	1.77
27838096--27838138	21	2.0	22	86	9	61	51	6	11	30	1.65
27856801--27856845	21	2.1	21	84	12	56	40	17	4	37	1.70
27861690--27861734	23	2.0	22	91	4	72	11	33	8	46	1.70
27862522--27862627	38	2.7	40	86	2	144	21	17	38	21	1.93
27865026--27865068	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
27865068--27865100	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27865154--27865231	37	2.1	37	95	0	138	24	35	11	28	1.90
27865254--27865296	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
27865296--27865328	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27865021--27865478	228	2.0	228	99	0	900	37	31	5	25	1.79
27865382--27865459	37	2.1	37	95	0	138	24	35	11	28	1.90
27865460--27865513	23	2.3	25	75	18	62	44	25	3	25	1.71
27865477--27865520	23	1.9	23	81	9	54	45	22	4	27	1.72
27868214--27868274	22	2.9	21	80	7	79	34	16	13	36	1.87
27869250--27869513	68	3.9	66	78	10	250	39	9	16	34	1.82
27869452--27870028	287	2.0	287	89	2	892	31	14	21	32	1.94
27870915--27870946	2	16.0	2	93	0	55	46	50	3	0	1.17
27876560--27876597	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
27879989--27880042	28	2.0	27	85	3	72	29	20	18	31	1.96
27880086--27880123	19	2.0	19	94	0	67	39	31	2	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27882792--27882885	35	2.7	35	83	6	111	25	32	12	28	1.93
27887947--27887972	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27891978--27892017	19	2.0	20	95	4	73	42	27	0	30	1.56
27896494--27896576	35	2.4	35	82	6	89	27	31	6	34	1.81
27896530--27896614	35	2.4	36	80	9	104	29	34	7	29	1.84
27896558--27896624	35	1.9	35	90	6	109	28	34	8	28	1.87
27899557--27899586	14	2.1	14	93	0	51	60	3	0	36	1.14
27900087--27900166	33	2.4	33	85	0	97	36	20	10	33	1.86
27903904--27903949	23	2.0	22	83	4	56	6	26	17	50	1.70
27907200--27907236	18	2.0	19	94	5	67	0	29	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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