genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24756110--24756162	22	2.4	22	90	0	79	30	22	30	16	1.96
24762908--24762980	37	2.0	37	91	5	121	28	8	15	47	1.73
24763959--24764005	21	2.3	21	75	14	53	63	8	0	27	1.23
24771808--24771842	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
24780707--24780773	22	3.0	22	69	16	66	50	0	4	44	1.22
24780687--24780791	44	2.4	44	81	7	126	47	0	4	46	1.30
24787590--24787619	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
24790338--24790375	14	2.7	14	84	11	51	28	2	18	50	1.61
24809674--24809860	68	2.7	69	85	4	218	35	9	15	39	1.79
24811058--24811105	15	3.1	15	81	3	51	27	2	10	60	1.41
24811623--24811656	15	2.5	13	90	9	50	5	14	0	79	0.91
24814890--24815015	42	3.0	42	90	0	198	19	19	35	25	1.95
24823670--24823715	22	2.1	22	88	8	67	52	15	4	28	1.61
24833297--24833321	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24834509--24834559	15	3.4	14	91	5	75	31	1	15	50	1.55
24843956--24844193	28	8.3	28	82	6	289	39	10	12	37	1.76
24843956--24844203	57	4.3	57	84	4	293	39	10	11	38	1.76
24843956--24844189	86	2.7	89	82	7	284	40	10	11	37	1.76
24851648--24851831	36	5.2	36	78	6	164	44	14	5	35	1.68
24851645--24851831	71	2.7	71	81	4	211	44	14	5	35	1.68
24854277--24854318	13	3.2	13	80	13	50	64	7	2	26	1.32
24859303--24859360	25	2.3	25	100	0	116	43	12	8	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24859323--24859356	18	1.9	17	88	5	50	44	11	8	35	1.72
24862021--24862251	29	8.0	29	82	5	279	39	9	13	36	1.79
24862021--24862251	57	4.0	57	81	9	254	39	9	13	36	1.79
24869804--24869963	82	2.0	82	88	0	239	33	20	7	38	1.81
24878693--24878854	43	3.8	43	91	1	245	22	20	37	19	1.95
24878853--24878915	20	3.2	20	90	2	101	25	3	41	30	1.71
24891277--24891319	21	2.0	21	81	0	50	30	9	34	25	1.87
24894250--24894302	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
24894347--24894392	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
24902288--24902340	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
24902385--24902430	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
24910327--24910379	28	1.9	27	88	3	79	26	18	20	33	1.96
24910432--24910469	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
24924252--24924427	32	6.2	28	75	16	116	30	14	15	39	1.88
24924275--24924426	26	5.3	29	77	17	142	29	15	15	38	1.89
24924275--24924427	32	5.4	30	75	19	141	29	16	15	38	1.90
24924321--24924394	24	2.9	24	82	9	85	24	17	17	40	1.91
24924411--24924507	45	2.2	45	88	0	140	26	20	20	31	1.97
24924298--24924472	76	2.2	78	85	6	237	28	17	17	37	1.92
24924449--24924649	69	2.9	70	87	4	293	24	19	19	36	1.95
24924554--24924604	24	2.1	24	81	0	57	19	11	23	45	1.83
24924506--24924767	114	2.3	114	90	0	398	26	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24924578--24924694	45	2.6	45	87	0	162	25	17	20	35	1.95
24924623--24924763	69	2.0	69	89	2	212	24	17	21	36	1.95
24929461--24929528	13	5.4	13	69	11	52	36	0	4	57	1.19
24929442--24929527	38	2.3	38	89	0	136	39	0	5	53	1.25
24931146--24931182	19	1.9	19	88	0	56	48	2	18	29	1.62
24939930--24939998	2	35.0	2	88	2	104	47	1	0	49	1.10
24942644--24942707	30	2.1	30	94	0	110	50	9	17	23	1.75
24956861--24956886	9	2.9	9	100	0	52	11	30	0	57	1.34
24959379--24959423	21	2.1	23	88	12	69	28	0	8	62	1.25
24959908--24959951	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
24960031--24960056	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24960250--24960301	2	26.5	2	88	3	70	44	1	3	50	1.31
24961030--24961067	12	3.2	12	85	3	51	23	0	0	76	0.79
24970259--24970305	22	2.0	24	84	15	64	19	25	6	48	1.72
24979013--24979144	43	3.1	43	81	4	160	22	18	37	20	1.94
24979507--24979633	60	2.1	60	92	0	209	24	21	22	32	1.98
24982274--24982349	37	2.1	37	92	0	125	38	5	30	26	1.78
24986903--24987024	43	2.8	43	87	0	172	24	18	36	20	1.94
24987253--24987540	123	2.3	123	92	3	465	26	21	27	25	1.99
24987502--24987668	60	2.8	60	85	0	217	24	21	19	34	1.96
24987841--24987895	22	2.5	22	75	0	65	25	23	29	21	1.99
24992639--24992695	19	3.0	19	100	0	114	42	31	0	26	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25005361--25005398	18	2.1	19	85	5	51	44	5	15	34	1.69
25009070--25009139	21	3.3	21	95	0	122	22	22	25	28	1.99
25015412--25015455	22	2.1	20	87	8	61	27	25	11	36	1.90
25018303--25018329	13	2.1	13	100	0	54	18	29	22	29	1.97
25020314--25020967	328	2.0	325	87	2	952	30	24	13	31	1.93
25023222--25023361	55	2.6	54	83	9	166	18	17	40	24	1.91
25023257--25023361	55	1.9	56	92	2	176	20	17	38	24	1.93
25023262--25023349	28	3.2	28	62	20	67	20	17	38	23	1.93
25024831--25024934	31	3.4	31	83	2	138	20	18	7	53	1.68
25024875--25024963	31	2.8	32	80	11	96	21	19	4	55	1.61
25025192--25025311	44	2.7	44	88	0	177	32	16	11	39	1.85
25035622--25035757	67	2.0	67	95	0	245	40	8	15	35	1.78
25036522--25036640	32	3.5	33	75	12	118	28	14	23	33	1.94
25036500--25036642	67	2.1	67	84	7	184	25	13	24	36	1.93
25036537--25036698	67	2.4	68	82	6	188	29	13	24	32	1.93
25040686--25040723	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
25042941--25043000	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
25046478--25046518	15	2.7	16	88	7	59	29	4	19	46	1.71
25052059--25052140	3	28.7	3	76	14	84	73	0	1	25	0.91
25052066--25052141	28	2.6	29	87	10	102	75	0	1	23	0.89
25066863--25066998	67	2.0	67	95	0	245	39	8	14	36	1.78
25070709--25070815	35	3.1	34	75	15	105	28	10	26	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25070687--25070881	67	2.9	67	80	5	171	26	11	25	37	1.89
25072160--25072666	189	2.6	194	79	9	520	32	13	8	45	1.72
25072954--25073004	3	17.7	3	80	8	61	29	0	1	68	1.00
25072954--25073011	14	4.1	14	82	4	73	27	0	1	70	0.97
25072986--25073028	10	3.8	11	79	14	52	25	2	0	72	0.97
25072960--25073028	16	3.9	17	76	14	59	27	1	1	69	1.05
25072953--25073048	14	6.7	14	71	24	58	26	3	1	69	1.09
25072953--25073064	29	3.9	28	71	16	79	25	3	0	70	1.09
25073018--25073062	21	2.1	21	84	8	56	22	8	0	68	1.16
25073003--25073048	15	3.1	15	78	3	58	21	6	0	71	1.08
25076694--25076807	45	2.6	44	79	9	126	48	0	5	45	1.31
25076826--25076897	22	3.2	22	69	11	65	51	5	1	41	1.34
25080580--25080672	2	47.0	2	81	2	107	49	1	4	45	1.29
25083238--25083397	81	2.0	79	86	4	225	23	8	15	53	1.69
25084344--25084405	17	3.6	17	80	2	61	48	3	8	40	1.49
25090935--25090996	25	2.5	24	94	2	106	40	25	16	17	1.90
25092533--25092568	12	3.2	12	77	22	51	36	16	13	33	1.89
25095842--25095952	44	2.6	43	88	1	150	26	14	26	33	1.94
25098190--25098232	15	2.7	16	89	7	61	72	2	0	25	0.97
25100600--25100652	13	4.0	13	80	2	61	45	22	1	30	1.63
25102007--25102053	21	2.2	21	85	7	60	51	6	0	42	1.27
25111134--25111366	110	2.1	110	88	3	346	25	6	14	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25120198--25120281	42	2.0	42	92	0	141	19	32	23	25	1.97
25122288--25122332	18	2.5	18	92	0	72	40	26	4	28	1.75
25129523--25129628	28	3.6	28	80	12	140	46	7	12	33	1.70
25129539--25129653	33	3.6	33	83	11	168	43	6	14	34	1.73
25129523--25129653	61	2.1	61	94	0	226	44	7	13	34	1.73
25130590--25130686	36	2.7	36	87	3	142	23	15	19	41	1.90
25133943--25134209	73	3.7	73	84	2	313	25	20	14	38	1.91
25136861--25137077	49	4.4	48	84	3	272	28	17	31	23	1.97
25136861--25137078	98	2.2	98	86	3	321	27	17	31	22	1.97
25137350--25137426	21	3.8	20	65	14	50	29	22	24	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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