genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8072142--8072199	18	3.2	18	77	0	62	39	24	17	18	1.92
8075960--8076019	23	2.6	23	91	0	93	33	40	1	25	1.66
8076078--8076181	43	2.4	43	90	0	154	24	36	12	26	1.91
8082157--8082260	51	2.0	51	98	0	199	23	27	15	33	1.95
8089065--8089381	162	2.0	161	84	0	418	44	10	8	37	1.69
8091620--8091651	1	32.0	1	93	0	55	96	3	0	0	0.20
8091653--8091688	2	18.0	2	88	0	54	50	5	0	44	1.25
8099572--8099603	13	2.5	13	100	0	64	37	6	21	34	1.79
8105668--8105853	55	3.4	56	79	8	193	13	15	29	41	1.85
8105874--8105917	23	2.0	21	87	12	63	22	20	34	22	1.97
8105882--8105942	23	2.7	23	86	0	86	26	21	29	22	1.99
8105931--8105997	31	2.2	31	83	5	82	22	16	23	37	1.94
8110132--8110501	31	12.0	31	79	3	370	36	20	17	26	1.94
8110140--8110501	93	3.9	93	87	2	469	35	20	16	26	1.94
8111493--8111539	23	2.2	20	82	14	51	48	2	12	36	1.53
8111515--8111560	13	3.1	15	75	18	51	47	2	10	39	1.51
8111493--8111618	52	2.4	53	79	7	134	46	5	11	35	1.64
8111591--8111638	16	3.1	16	81	6	71	47	2	14	35	1.56
8111591--8111642	15	3.4	16	82	10	65	50	1	13	34	1.53
8111588--8111642	14	3.7	14	77	17	58	50	1	12	34	1.51
8111590--8111657	16	4.4	16	76	14	63	48	1	13	36	1.51
8113124--8113422	31	9.6	31	77	5	291	41	19	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8113153--8113433	93	3.0	93	87	1	375	41	19	17	20	1.90
8113787--8114271	156	3.1	156	84	1	623	29	19	18	32	1.95
8115907--8116137	31	7.5	31	84	2	187	37	22	17	23	1.94
8115937--8116141	62	3.3	62	89	0	284	37	22	17	22	1.94
8115952--8116141	93	2.0	93	88	2	283	36	23	17	22	1.94
8116610--8116715	53	2.0	52	83	5	133	30	29	16	24	1.96
8116718--8117136	47	8.9	47	78	4	380	22	31	18	27	1.97
8116726--8117135	94	4.4	94	82	1	482	22	31	17	27	1.97
8116772--8117113	187	1.8	188	88	1	526	22	32	17	27	1.97
8120335--8120443	2	55.5	2	92	3	186	47	0	0	50	1.07
8120531--8120618	36	2.4	36	84	0	113	25	29	12	32	1.92
8121310--8121358	22	2.3	22	85	3	64	75	2	0	22	0.90
8124969--8125008	2	20.0	2	89	0	62	0	50	0	50	1.00
8130005--8130373	185	2.0	185	95	0	657	28	16	21	32	1.96
8140423--8140463	21	2.0	21	85	9	57	68	2	26	2	1.15
8149951--8150026	36	2.1	36	100	0	152	43	15	19	21	1.88
8155262--8155286	13	1.9	13	100	0	50	68	8	0	24	1.16
8175748--8175785	19	2.0	20	84	5	51	50	5	5	39	1.48
8177438--8177469	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8178088--8178191	33	3.2	33	67	20	92	42	8	6	42	1.62
8182847--8183882	348	3.0	342	85	3	1247	30	16	20	33	1.94
8185551--8185589	19	2.1	19	95	0	69	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8192889--8192929	22	1.9	21	85	5	55	43	24	14	17	1.86
8201696--8201820	62	2.0	62	96	0	232	50	11	4	33	1.59
8202617--8202660	10	4.8	9	88	8	54	22	4	0	72	1.02
8202628--8202660	10	3.4	10	95	4	59	21	6	0	72	1.05
8215021--8215050	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8218944--8219000	28	2.1	28	86	3	80	54	15	17	12	1.71
8218935--8219104	84	2.0	84	96	0	313	48	15	19	15	1.81
8221519--8221598	40	2.0	40	97	0	151	26	12	13	47	1.79
8230235--8230281	22	2.1	22	88	0	67	42	6	12	38	1.69
8231920--8231950	7	4.3	7	95	4	53	51	16	32	0	1.44
8244176--8244231	2	28.0	2	92	0	94	46	1	50	1	1.22
8244280--8244328	2	26.0	2	88	12	77	51	0	48	0	1.00
8244187--8244368	98	1.8	99	94	3	323	38	11	38	10	1.77
8254359--8254643	86	3.3	87	88	5	438	37	7	18	36	1.79
8257157--8257217	29	2.1	29	84	6	79	40	3	4	50	1.40
8257167--8257239	30	2.4	29	82	8	85	32	4	6	56	1.45
8264554--8264593	21	1.9	21	85	10	55	27	50	0	22	1.50
8266093--8266144	20	2.6	20	81	6	61	75	0	1	23	0.91
8267742--8268104	188	1.9	188	87	2	525	29	19	17	33	1.95
8269422--8269480	30	2.0	30	86	6	84	1	27	0	71	0.96
8269553--8269605	13	3.8	13	75	18	52	0	33	0	66	0.92
8273960--8274011	22	2.4	22	77	6	52	25	7	19	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8274186--8274265	22	3.6	22	73	6	72	18	5	33	42	1.72
8274161--8274282	44	2.8	44	85	0	154	20	6	33	39	1.78
8274208--8274282	22	3.4	22	73	0	78	18	5	37	38	1.74
8277335--8277391	29	2.0	29	82	0	69	19	26	7	47	1.74
8277354--8277418	29	2.3	29	81	2	69	21	24	4	49	1.68
8283266--8283354	46	1.9	46	95	4	162	24	23	7	43	1.80
8285283--8285326	22	2.0	23	90	4	72	18	15	27	38	1.91
8285888--8285948	30	2.0	30	96	0	113	22	14	29	32	1.94
8286574--8287104	111	4.7	111	88	1	747	17	10	26	46	1.80
8286895--8287190	118	2.5	118	82	0	349	18	10	26	44	1.81
8292856--8292906	23	2.2	23	100	0	102	39	25	17	17	1.92
8292856--8292935	23	3.5	23	84	0	88	35	27	17	20	1.95
8295426--8295482	26	2.3	23	78	18	69	59	5	12	22	1.53
8295433--8295482	26	1.9	26	95	0	91	60	6	12	22	1.53
8297032--8297136	39	2.5	44	71	18	103	22	31	15	30	1.95
8297041--8297130	39	2.3	39	86	0	126	23	33	14	28	1.94
8298995--8299058	22	2.9	22	79	6	67	46	23	7	21	1.77
8299141--8299214	23	3.2	22	81	7	85	40	28	16	14	1.88
8299320--8299345	13	2.0	13	100	0	52	46	15	23	15	1.83
8302616--8302929	156	2.0	156	97	0	592	49	10	9	30	1.69
8302397--8303214	375	2.2	375	97	0	1519	47	12	9	30	1.74
8303833--8303874	2	21.0	2	90	0	66	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8309925--8309964	21	1.9	21	85	10	55	27	50	0	22	1.50
8316432--8316477	25	1.9	23	83	16	58	43	0	2	54	1.12
8316442--8316480	21	2.0	18	85	14	51	41	0	0	58	0.98
8316468--8316541	25	2.8	26	81	4	78	39	2	0	58	1.13
8316548--8316578	14	2.1	15	94	5	55	19	6	6	67	1.35
8316560--8316601	17	2.5	17	88	0	57	11	4	2	80	0.95
8318136--8318161	7	3.7	7	100	0	52	11	0	46	42	1.40
8318832--8318910	38	2.1	38	97	0	149	40	18	15	25	1.90
8324715--8324754	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8324761--8324787	12	2.2	12	100	0	54	40	0	25	33	1.56
8326649--8326687	15	2.4	16	87	8	53	82	2	12	2	0.89
8333420--8333452	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
8342365--8342429	23	2.8	23	77	11	62	50	6	0	43	1.27
8348761--8348799	17	2.3	17	100	0	78	53	7	17	20	1.68
8364276--8364346	37	1.9	37	91	0	115	42	23	11	22	1.86
8365085--8365129	24	2.0	22	90	4	63	24	31	20	24	1.98
8368356--8368430	21	3.6	21	81	0	87	29	24	17	29	1.97
8368347--8368515	42	4.0	42	73	3	133	30	27	17	24	1.97
8368395--8368492	21	4.7	21	72	0	61	33	29	14	22	1.93
8370260--8370320	32	1.9	32	86	0	86	22	16	21	39	1.92
8370421--8370492	30	2.4	30	85	0	90	13	8	26	51	1.70
8370878--8370913	18	2.0	18	94	0	63	25	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8379812--8379849	20	1.9	20	89	10	60	42	7	15	34	1.76
8390064--8390093	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
8390273--8390299	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
8391096--8391177	31	2.6	31	94	0	146	21	18	12	47	1.81
8402374--8402431	30	1.9	30	86	6	82	67	0	0	32	0.91
8413146--8413226	42	1.9	42	94	0	144	34	24	9	30	1.88
8413157--8413224	21	3.2	21	64	22	52	33	25	10	30	1.89
8436370--8436444	39	1.9	39	94	0	132	41	20	10	28	1.85
8437810--8437839	1	30.0	1	93	0	51	0	3	0	96	0.21
8440913--8441216	151	2.0	151	92	2	504	22	12	19	45	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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