genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24292146--24292185	20	2.0	20	85	0	53	2	42	20	35	1.65
24297547--24297585	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24307767--24307930	57	2.8	58	81	4	179	40	15	11	32	1.83
24311250--24311274	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24314066--24314107	17	2.5	16	85	14	50	69	21	9	0	1.17
24336901--24336938	19	2.0	19	94	0	67	42	23	0	34	1.55
24339863--24340027	77	2.1	77	86	2	224	39	7	14	38	1.75
24345107--24345261	54	2.9	54	95	0	265	24	41	13	20	1.88
24345371--24345395	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24350045--24350180	43	3.0	46	84	8	147	25	34	15	25	1.95
24350088--24350180	43	2.2	43	92	0	150	22	34	17	25	1.96
24358819--24359122	8	37.9	8	89	0	374	41	0	8	50	1.32
24358818--24359124	14	21.1	14	86	7	398	41	0	8	49	1.34
24358818--24359122	22	13.8	22	90	3	425	41	0	8	49	1.33
24359239--24359341	38	2.6	40	80	11	124	23	17	36	22	1.94
24359365--24359403	20	2.0	20	84	0	51	25	2	17	53	1.56
24374312--24374363	2	26.0	2	92	0	86	46	0	3	50	1.20
24377341--24377457	43	2.7	43	88	2	173	18	37	21	22	1.94
24385093--24385127	16	2.2	16	89	0	52	48	8	2	40	1.49
24386348--24386385	19	2.0	19	89	0	58	42	23	2	31	1.68
24396376--24396420	14	3.1	15	81	15	58	0	24	0	75	0.80
24396387--24396422	17	2.0	19	89	10	58	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24396577--24396669	34	2.7	34	86	6	118	31	29	12	26	1.93
24396598--24396669	35	2.1	34	87	7	101	29	30	12	27	1.93
24396581--24396698	34	3.4	35	82	4	107	32	30	11	25	1.92
24399446--24399476	12	2.6	12	94	0	53	32	32	0	35	1.58
24399929--24399971	1	43.0	1	90	0	68	2	2	0	95	0.32
24399924--24399971	17	2.7	18	83	6	71	2	6	0	91	0.48
24399929--24399971	19	2.3	19	95	0	77	2	2	0	95	0.32
24415484--24415546	20	3.2	20	88	2	92	30	39	3	26	1.72
24415545--24415654	43	2.6	43	88	2	159	20	36	19	24	1.95
24421026--24421128	37	2.8	37	88	5	156	23	35	10	30	1.89
24421160--24421203	22	2.0	22	86	8	63	40	22	2	34	1.67
24424108--24424146	19	2.1	19	85	9	53	25	15	0	58	1.37
24428242--24428279	5	7.6	5	90	0	58	39	21	0	39	1.53
24428311--24428349	11	3.5	11	92	0	60	48	17	2	30	1.61
24433848--24433885	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
24436659--24437840	596	2.0	597	98	0	2278	48	4	28	18	1.69
24437921--24438043	36	3.4	36	89	3	167	40	8	30	21	1.82
24439463--24440136	338	2.0	335	97	0	1258	27	17	17	37	1.93
24447018--24447231	106	2.0	103	85	4	286	35	6	14	43	1.71
24447018--24447231	71	3.1	69	82	9	265	35	6	14	43	1.71
24447021--24447233	35	6.1	35	85	3	263	34	6	14	44	1.71
24448413--24448452	21	1.9	21	85	10	55	20	17	17	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24448353--24448511	71	2.2	72	88	1	230	22	19	14	44	1.87
24450755--24450818	31	2.1	31	81	0	74	18	9	23	48	1.77
24457969--24458091	51	2.4	50	90	5	192	36	13	19	30	1.91
24457993--24458084	27	3.5	27	70	14	84	38	11	20	29	1.89
24458581--24458617	19	1.9	19	88	0	56	16	27	24	32	1.96
24459325--24459378	24	2.3	23	83	3	63	68	24	1	5	1.21
24459891--24459934	21	2.1	21	84	16	56	45	2	6	45	1.42
24459957--24459999	19	2.3	19	87	0	59	46	0	0	53	1.00
24460665--24460711	14	3.4	14	70	5	51	42	8	10	38	1.70
24460652--24460713	27	2.3	27	100	0	124	37	12	12	37	1.82
24460663--24460725	27	2.3	27	88	0	90	38	11	14	36	1.81
24474466--24474496	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
24479651--24479675	6	4.2	6	100	0	50	84	16	0	0	0.63
24480702--24480762	19	3.1	19	76	19	61	52	0	0	47	1.00
24480711--24480776	16	4.6	14	76	18	57	54	0	1	43	1.09
24480818--24480880	16	4.0	15	76	15	65	68	1	0	30	0.99
24480929--24480984	27	2.0	27	86	3	76	58	1	0	39	1.08
24481015--24481167	42	3.5	42	74	18	166	50	1	3	43	1.31
24481049--24481193	49	3.1	48	71	22	164	48	2	4	44	1.38
24481083--24481135	27	2.0	26	92	3	88	45	5	0	49	1.26
24481026--24481217	91	2.1	90	97	0	357	47	2	4	45	1.35
24481026--24481259	90	2.6	89	89	4	283	50	2	4	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24481433--24481509	11	5.8	13	73	24	56	53	1	0	45	1.08
24483807--24483844	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
24487720--24487754	16	2.2	16	89	0	52	48	8	2	40	1.49
24488887--24488952	28	2.3	29	84	2	80	43	21	7	27	1.79
24490525--24490584	20	3.0	20	80	7	70	53	0	6	40	1.27
24499898--24499943	15	3.1	15	81	12	58	56	17	2	23	1.52
24500298--24500356	20	3.0	20	78	9	61	52	0	6	40	1.28
24502245--24502288	11	4.3	11	81	18	51	0	22	9	68	1.18
24503108--24503145	18	2.0	20	90	10	62	0	26	2	71	1.00
24505608--24505644	10	3.6	10	89	7	56	27	0	24	48	1.51
24601027--24601079	28	1.9	27	88	3	79	28	18	18	33	1.95
24601124--24601169	20	2.3	20	92	0	74	43	23	4	28	1.73
24601523--24601602	34	2.3	34	89	6	117	36	32	11	20	1.88
24607621--24607645	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24608800--24608859	29	2.1	29	81	3	68	41	20	10	28	1.84
24615255--24615300	20	2.3	20	96	0	83	32	4	19	43	1.71
24619686--24619710	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24620914--24620954	15	2.7	16	88	7	59	26	2	19	51	1.59
24620910--24620955	15	3.1	15	81	9	58	23	2	17	56	1.52
24620990--24621022	14	2.3	15	94	5	59	39	0	21	39	1.53
24620991--24621030	19	2.1	19	90	0	62	35	2	25	37	1.69
24620990--24621022	5	6.8	5	93	6	59	39	0	21	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24637739--24637782	17	2.5	18	85	3	54	45	9	4	40	1.56
24637756--24637789	17	1.9	18	88	5	52	41	11	2	44	1.56
24653444--24653478	17	2.1	17	100	0	70	48	5	17	28	1.69
24654480--24654881	200	2.0	199	89	2	610	38	10	20	30	1.87
24657525--24657556	5	6.4	5	92	0	55	56	0	3	40	1.15
24657397--24657651	128	2.0	125	89	2	384	34	9	8	48	1.65
24666714--24666738	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24668864--24668902	11	3.5	11	89	0	60	46	17	5	30	1.70
24668896--24668961	22	3.0	22	86	0	87	42	21	6	30	1.77
24672638--24672760	52	2.4	52	90	2	194	48	15	11	24	1.77
24672638--24672781	52	2.8	52	80	10	145	50	15	12	21	1.77
24672902--24673032	33	3.9	33	84	5	147	32	19	16	32	1.94
24672901--24673046	68	2.1	68	81	7	172	30	18	16	34	1.93
24677422--24677585	60	2.7	60	82	3	179	27	22	21	28	1.99
24679360--24679400	20	2.0	20	95	0	73	43	14	0	41	1.45
24699358--24699400	22	2.0	22	86	9	61	65	9	9	16	1.47
24705527--24705579	28	1.9	27	88	3	79	33	18	18	28	1.95
24712476--24712601	42	3.0	42	88	0	189	24	35	20	19	1.95
24722549--24722674	42	3.0	42	80	4	155	25	32	21	20	1.98
24722698--24722761	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
24723438--24723487	19	2.6	19	75	12	57	42	6	38	14	1.70
24724033--24724179	73	2.0	73	85	5	199	30	5	23	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24732123--24732235	36	3.1	36	96	3	201	50	5	19	24	1.68
24736976--24737021	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
24737492--24737549	28	2.1	27	81	12	73	31	22	22	24	1.99
24738669--24738693	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24740482--24740527	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
24746880--24746921	22	2.0	21	85	4	57	7	16	0	76	1.00
24749066--24749107	16	2.8	15	78	7	50	14	33	4	47	1.65
24749240--24749293	26	2.2	24	87	12	76	31	14	12	40	1.84
24754568--24754609	21	2.1	20	86	8	59	59	9	0	30	1.29
24756101--24756145	22	2.0	22	86	0	63	31	24	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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