genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21424128--21424168	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
21426795--21426914	42	2.9	42	88	0	168	21	18	35	25	1.96
21430162--21430325	64	2.6	64	83	1	204	34	23	14	27	1.94
21431756--21431898	28	5.0	28	81	6	169	40	8	13	37	1.75
21431756--21431929	59	3.0	57	80	8	199	40	8	13	37	1.74
21432071--21432103	17	1.9	17	88	11	50	42	3	12	42	1.57
21435053--21435184	43	3.1	43	86	2	176	21	18	38	21	1.93
21435179--21435237	3	20.7	3	81	10	52	23	0	42	33	1.55
21435176--21435237	23	3.0	21	83	11	83	22	0	43	33	1.54
21435182--21435240	20	2.8	20	90	10	84	22	0	44	33	1.53
21438328--21438409	43	1.9	43	89	0	128	21	34	17	26	1.95
21438405--21438583	42	4.3	42	97	0	331	50	13	11	24	1.74
21442585--21442621	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
21445647--21445774	43	3.0	43	83	4	177	28	17	32	21	1.97
21445647--21445809	86	1.9	83	86	3	227	28	15	32	23	1.95
21471431--21471464	18	1.9	18	94	5	61	50	0	17	32	1.47
21483668--21483707	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21486348--21486423	36	2.1	36	97	0	143	27	7	18	46	1.77
21489511--21489550	21	1.9	21	84	0	53	27	20	25	27	1.99
21491210--21491262	27	2.0	26	85	10	72	41	20	0	37	1.53
21491324--21491410	42	2.0	43	84	2	113	18	32	22	26	1.97
21491449--21491481	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21496310--21496357	20	2.5	20	82	3	62	50	2	29	18	1.59
21499881--21499930	20	2.5	20	80	3	57	50	8	30	12	1.68
21501236--21501332	29	3.4	28	87	8	133	39	11	11	38	1.77
21501482--21501514	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
21511999--21512043	21	2.1	21	84	12	56	40	13	6	40	1.71
21517004--21517059	28	2.0	29	82	3	69	41	17	5	35	1.73
21517389--21517542	60	2.5	63	82	6	181	29	24	16	28	1.97
21521119--21521162	22	2.0	22	95	0	79	27	9	25	38	1.86
21533499--21533640	32	4.2	32	79	11	133	31	25	14	28	1.94
21533458--21533640	35	5.4	34	72	13	137	32	25	13	28	1.94
21533472--21533660	67	2.8	67	86	1	236	34	26	12	25	1.92
21533543--21533663	35	3.6	34	72	18	101	37	30	10	21	1.88
21547349--21547394	21	2.2	21	81	11	60	67	4	2	26	1.21
21547365--21547427	31	2.0	31	84	6	83	63	6	3	26	1.34
21547388--21547431	15	2.8	16	79	6	54	65	6	2	25	1.28
21551062--21551106	23	1.9	24	90	4	74	46	8	31	13	1.74
21561315--21561457	60	2.4	60	85	0	187	34	22	18	24	1.96
21561315--21561479	60	2.8	60	79	7	181	32	21	20	25	1.97
21563883--21563983	38	2.6	40	87	3	143	21	16	39	21	1.92
21570308--21570408	31	3.3	31	88	0	139	22	31	20	24	1.98
21570547--21570792	68	3.7	68	78	8	245	32	19	11	36	1.88
21574307--21574432	62	2.0	62	96	0	234	23	19	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576099--21576124	12	2.2	12	100	0	52	61	0	19	19	1.35
21578238--21578296	21	2.8	21	81	0	82	35	20	20	23	1.96
21578457--21578571	37	3.1	37	88	5	178	24	35	11	28	1.90
21580495--21580571	39	2.0	39	92	0	127	37	19	22	20	1.94
21581759--21582026	60	4.5	60	85	3	355	26	30	17	25	1.97
21581753--21582026	120	2.3	118	88	3	406	26	31	17	24	1.97
21582569--21582612	21	2.1	21	83	8	54	0	31	0	68	0.90
21582571--21582618	24	2.0	25	87	4	71	0	31	0	68	0.90
21582647--21582681	16	2.2	16	90	10	54	0	28	0	71	0.86
21582596--21582739	58	2.5	58	86	5	193	0	36	5	57	1.27
21582708--21582746	16	2.5	15	87	8	51	0	33	0	66	0.92
21582645--21582807	71	2.3	73	80	11	187	1	36	4	57	1.26
21596341--21596396	20	2.8	20	97	0	103	41	12	10	35	1.78
21604542--21604584	19	2.2	20	87	4	61	2	18	2	76	1.00
21605391--21605543	52	3.0	52	90	2	229	26	14	28	30	1.95
21606884--21607150	68	3.9	68	79	3	268	35	17	8	37	1.82
21606901--21607150	136	1.8	136	80	0	302	35	17	9	37	1.83
21608565--21608669	54	1.9	54	90	0	165	34	17	8	40	1.80
21611165--21611283	37	3.2	36	80	10	125	28	10	35	25	1.90
21611375--21611565	100	1.9	101	96	1	357	22	16	23	37	1.93
21614455--21614481	12	2.2	12	100	0	54	22	18	14	44	1.86
21616747--21616876	43	3.0	43	89	2	190	23	34	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21619860--21619899	19	2.1	20	86	9	57	57	0	0	42	0.98
21620132--21620156	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
21631481--21631584	8	13.4	8	75	14	76	67	0	30	0	1.04
21631481--21631572	15	6.4	14	80	11	98	68	0	30	1	0.97
21634070--21634132	3	21.7	3	75	18	53	34	39	1	23	1.65
21634068--21634135	23	3.0	23	91	4	102	33	42	1	22	1.62
21644535--21644594	23	2.6	23	91	0	93	33	40	1	25	1.66
21646931--21646998	35	2.0	35	94	2	120	48	10	4	36	1.57
21648055--21648098	22	2.0	22	86	8	63	38	13	6	40	1.71
21648088--21648245	28	5.4	29	77	14	146	39	12	9	38	1.75
21648088--21648251	29	5.6	28	80	7	157	39	12	9	39	1.76
21650596--21650630	16	2.2	16	94	0	61	71	8	0	20	1.11
21659026--21659067	19	2.2	19	100	0	84	9	26	33	30	1.88
21665636--21665688	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
21665733--21665778	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
21674211--21674262	28	1.9	27	81	14	63	30	19	17	32	1.95
21674677--21674702	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21674741--21674893	42	3.6	42	80	0	171	23	20	32	23	1.98
21674741--21674895	84	1.8	84	86	2	222	23	20	32	23	1.98
21679500--21679528	14	2.0	15	93	6	51	48	10	20	20	1.79
21682036--21682065	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21699243--21699279	11	3.4	11	88	0	56	43	2	0	54	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21704805--21704839	16	2.2	16	100	0	70	42	11	20	25	1.85
21711847--21711881	18	1.9	18	88	11	54	42	5	17	34	1.73
21729131--21729250	58	2.1	57	93	1	204	35	9	17	37	1.82
21731453--21731477	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
21736796--21736841	15	3.1	15	81	12	58	56	17	2	23	1.52
21738040--21738064	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
21739438--21739475	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
21742314--21742348	13	2.7	13	90	0	52	14	8	11	65	1.46
21745676--21745784	43	2.5	43	83	7	141	20	35	19	24	1.95
21759254--21759346	47	2.0	47	93	0	159	15	22	13	48	1.80
21759428--21759466	19	2.0	20	90	5	62	5	28	0	66	1.12
21769561--21769655	43	2.3	40	91	8	156	45	4	6	43	1.48
21769566--21769635	2	33.5	2	80	8	77	45	2	4	45	1.37
21770474--21770578	35	3.1	35	71	8	108	35	29	11	23	1.90
21776603--21776660	20	2.6	23	76	18	68	36	20	5	37	1.75
21781418--21781550	67	2.0	67	90	0	212	32	27	14	25	1.94
21781442--21781547	35	3.1	34	75	8	117	33	28	13	24	1.93
21781958--21782120	73	2.2	72	81	10	181	20	17	19	42	1.89
21792441--21792502	26	2.4	26	94	0	106	32	40	3	24	1.71
21792522--21792664	42	3.4	42	96	0	259	22	33	23	20	1.97
21794950--21795046	36	2.5	38	81	13	117	20	12	37	29	1.89
21794976--21795051	36	2.1	36	92	0	125	22	10	34	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21797434--21797460	14	1.9	14	100	0	54	44	14	7	33	1.73
21799018--21799128	57	1.9	57	88	0	168	22	38	18	20	1.93
21800682--21800719	18	2.2	17	86	13	51	44	2	0	52	1.14
21803002--21803088	42	2.1	42	91	0	138	22	18	34	24	1.96
21803011--21803100	42	2.1	42	87	0	126	24	20	32	23	1.98
21804711--21804827	42	2.8	42	79	7	130	24	35	17	22	1.96
21805410--21805457	23	2.1	23	84	7	62	35	31	0	33	1.58
21807537--21807594	25	2.3	25	87	0	80	27	17	31	24	1.97
21809268--21809308	21	2.0	21	86	9	59	43	19	12	24	1.85
21810461--21810502	21	2.0	21	86	9	59	21	21	21	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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