genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21037538--21037728	74	2.6	74	84	3	258	20	17	18	42	1.89
21038460--21038509	23	2.2	23	96	0	91	22	38	0	40	1.54
21047954--21048017	19	3.4	19	68	8	58	21	17	40	20	1.91
21047950--21048050	38	2.6	40	87	3	143	19	15	41	22	1.90
21049518--21049558	19	2.2	19	100	0	82	41	24	9	24	1.85
21051418--21051455	20	1.9	20	88	0	58	36	7	15	39	1.77
21054281--21054340	25	2.4	25	91	0	93	26	30	15	28	1.96
21056880--21056930	25	2.0	25	96	0	93	31	33	3	31	1.76
21061395--21061432	19	2.0	19	94	0	67	21	13	31	34	1.91
21066592--21066637	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
21066597--21066637	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
21068601--21068765	82	2.0	82	97	2	314	29	6	18	45	1.73
21068787--21068904	42	2.8	42	84	0	164	23	17	34	23	1.96
21072813--21072855	22	2.0	22	85	0	59	44	9	13	32	1.76
21073678--21073796	57	2.1	57	89	6	179	34	6	18	40	1.77
21078779--21078806	11	2.5	11	100	0	56	32	0	14	53	1.41
21091958--21091982	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21093136--21093199	28	2.2	29	83	2	76	43	20	7	28	1.79
21096731--21096755	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21097907--21097975	30	2.4	30	82	4	88	42	18	7	31	1.78
21100953--21100992	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21101110--21101145	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21100845--21101145	157	1.9	156	100	0	593	40	16	7	35	1.77
21101570--21101793	62	3.6	61	85	3	277	31	23	23	21	1.99
21101565--21101791	124	1.8	125	86	2	332	31	22	23	21	1.98
21104897--21104978	40	2.0	40	88	0	119	51	21	13	13	1.75
21105569--21105622	5	11.2	5	73	15	51	1	22	0	75	0.89
21105568--21105622	19	2.9	19	76	15	60	1	23	0	74	0.91
21105569--21105642	14	5.2	13	72	21	51	2	22	0	74	0.95
21105570--21105626	29	2.0	29	89	6	89	1	22	0	75	0.90
21110917--21110970	24	2.3	24	90	3	83	35	3	18	42	1.68
21114000--21114080	28	2.9	28	92	1	128	29	23	17	29	1.97
21114124--21114161	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
21118892--21118944	24	2.2	24	83	3	63	37	5	16	39	1.73
21123970--21124067	29	3.3	29	78	10	101	45	5	14	34	1.67
21128402--21128426	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21128450--21128573	42	3.0	42	87	0	176	23	22	32	21	1.98
21128614--21128654	2	20.0	2	95	5	73	48	0	0	48	1.01
21129873--21130026	61	2.6	58	79	5	166	25	16	31	26	1.96
21131406--21131599	74	2.6	74	86	3	264	42	16	18	23	1.89
21131412--21131639	74	3.1	72	78	7	233	41	15	17	25	1.89
21135614--21135712	19	5.1	19	64	9	65	21	40	17	21	1.91
21135614--21135716	38	2.6	39	86	6	138	22	40	16	20	1.91
21135831--21135867	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21138382--21138511	66	2.0	65	95	0	224	30	32	21	15	1.94
21139095--21139362	64	4.2	64	88	2	387	27	29	12	30	1.93
21142300--21142373	37	2.0	37	100	0	148	27	10	37	24	1.88
21144197--21144238	19	2.2	19	91	0	66	35	7	33	23	1.82
21151035--21151077	20	2.2	20	91	4	70	13	23	23	39	1.90
21156772--21156815	20	2.1	21	83	4	54	27	2	25	45	1.65
21156818--21156929	37	3.0	38	89	5	183	31	9	36	22	1.87
21159024--21159081	18	3.3	18	72	13	57	32	5	13	48	1.65
21159020--21159088	35	2.0	35	91	0	111	33	5	13	47	1.66
21159025--21159112	35	2.5	35	84	1	104	37	5	13	43	1.68
21159124--21159157	13	2.6	13	95	0	59	50	0	0	50	1.00
21164182--21164222	11	3.5	12	83	12	50	60	0	29	9	1.28
21181507--21181669	32	4.9	32	71	13	116	35	26	13	23	1.92
21181483--21181669	67	2.8	65	83	7	232	35	27	13	22	1.93
21183320--21183497	42	4.2	42	85	6	234	25	32	16	25	1.96
21184955--21185107	42	3.6	42	81	4	173	22	32	18	27	1.97
21191803--21191921	2	58.0	2	87	3	139	47	5	2	44	1.38
21205124--21205175	21	2.7	20	80	11	63	46	5	1	46	1.38
21214604--21214634	15	2.1	15	93	0	53	32	16	12	38	1.86
21216042--21216163	51	2.4	51	98	0	235	37	10	18	33	1.85
21221983--21222091	54	2.0	54	94	0	191	33	20	13	32	1.92
21222049--21222175	68	1.9	68	98	0	245	37	18	9	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21222109--21222225	28	4.2	28	65	18	82	39	17	6	35	1.77
21221934--21222159	122	1.9	122	95	0	407	35	19	11	34	1.87
21222160--21222190	15	2.1	15	100	0	62	41	19	0	38	1.51
21222092--21222259	83	2.0	83	100	0	336	38	17	7	36	1.78
21225153--21225234	42	1.9	43	90	2	130	24	36	14	24	1.93
21229751--21229799	24	2.0	24	96	0	89	20	18	28	32	1.96
21241820--21241938	37	3.2	37	85	4	177	29	8	36	26	1.86
21245213--21245252	20	2.0	20	90	0	62	15	30	7	47	1.72
21246035--21246164	43	3.0	43	93	0	224	23	17	34	23	1.96
21246279--21246326	24	2.0	24	84	8	62	39	10	12	37	1.77
21255755--21255816	26	2.4	26	94	0	106	24	3	40	32	1.71
21256857--21256896	19	2.2	19	86	4	55	50	2	2	45	1.28
21257965--21258073	54	2.0	53	87	1	155	38	12	15	32	1.85
21261136--21261165	5	6.0	5	92	0	51	36	0	20	43	1.52
21268696--21268765	35	2.0	35	85	0	95	24	11	34	30	1.90
21268805--21268860	21	2.7	21	83	2	69	39	10	16	33	1.83
21273150--21273311	54	3.0	54	88	0	243	24	43	12	19	1.86
21274347--21274385	20	2.0	20	85	5	53	43	7	25	23	1.80
21281108--21281213	38	2.7	38	83	2	140	25	38	12	23	1.90
21281108--21281205	40	2.5	40	86	3	137	24	39	11	24	1.88
21281889--21281936	24	2.0	24	84	8	62	33	31	0	35	1.58
21282506--21282536	13	2.3	14	94	5	55	77	0	16	6	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21294760--21294797	19	2.0	19	100	0	76	47	10	5	36	1.61
21298083--21298123	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
21298083--21298127	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
21298081--21298128	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
21302270--21302368	42	2.4	42	81	6	119	21	21	33	24	1.97
21302422--21302454	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
21306058--21306093	5	7.2	5	96	0	63	38	0	22	38	1.54
21312010--21312034	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
21318484--21318564	35	2.3	35	91	0	126	29	8	30	30	1.87
21318633--21318683	21	2.5	21	90	3	77	37	5	15	41	1.72
21325314--21325362	19	2.5	19	73	3	53	30	10	40	18	1.84
21326888--21326933	20	2.3	20	84	0	56	34	19	8	36	1.83
21331865--21331933	35	2.0	35	94	0	120	42	18	14	24	1.88
21333682--21333764	42	2.0	42	83	4	105	22	28	24	24	1.99
21334534--21334570	19	1.9	19	94	0	65	48	16	13	21	1.80
21337026--21337070	20	2.4	19	88	7	65	40	11	13	35	1.80
21342168--21342213	20	2.3	20	88	0	65	30	2	23	43	1.66
21342177--21342214	20	1.9	20	94	0	67	31	0	28	39	1.57
21343435--21343460	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
21345621--21345703	27	3.1	27	96	0	148	34	6	16	42	1.73
21352717--21352998	64	4.4	64	85	1	343	26	15	28	29	1.96
21356230--21356266	19	1.9	19	88	0	56	29	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21357988--21358140	80	1.9	80	84	5	202	34	23	10	31	1.89
21364414--21364565	37	4.0	37	82	9	182	22	36	13	28	1.91
21381594--21381699	35	3.1	34	77	6	115	27	33	12	26	1.92
21400179--21400228	19	2.6	19	75	12	57	56	8	26	10	1.60
21405475--21405584	38	2.9	38	89	2	159	24	14	32	28	1.94
21410932--21411151	80	2.8	80	85	1	307	33	24	11	30	1.91
21416056--21416174	42	2.8	42	77	5	132	21	18	32	26	1.97
21416215--21416255	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
21416287--21416346	2	29.0	2	93	6	102	48	0	3	48	1.18
21424123--21424168	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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