genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   

This is table  5  of  106  ( 12678 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171651--2171703	26	2.0	26	82	7	63	47	0	0	52	1.00
2177619--2177676	28	2.1	28	96	0	107	43	8	18	29	1.80
2178728--2178770	23	1.9	22	85	4	59	51	2	0	46	1.13
2179381--2179437	28	2.0	28	100	0	114	47	3	0	49	1.18
2179439--2179476	12	3.2	12	85	7	51	23	5	2	68	1.23
2181593--2181985	212	1.9	212	89	3	612	36	9	19	34	1.84
2193413--2193447	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2202441--2202465	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
2203959--2204076	28	4.2	28	80	8	118	46	10	13	29	1.76
2203959--2204076	27	4.3	27	78	14	116	46	10	13	29	1.76
2204052--2204131	29	2.9	28	77	17	78	42	13	7	36	1.73
2206973--2207090	48	2.5	48	88	0	173	11	27	15	45	1.81
2208571--2208692	54	2.2	54	81	12	135	3	27	14	54	1.56
2217509--2217566	27	2.1	28	84	15	77	41	15	12	31	1.84
2227142--2227176	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2230183--2230291	54	2.0	54	100	0	218	22	22	18	36	1.95
2239293--2239337	19	2.2	19	84	11	54	40	8	4	46	1.55
2258776--2258848	31	2.5	29	80	14	87	52	4	2	41	1.35
2288216--2288275	17	3.6	17	72	20	56	61	0	0	38	0.96
2288236--2288280	23	2.1	20	84	12	54	66	0	0	33	0.92
2288477--2288583	55	1.9	57	83	7	139	29	5	0	63	1.23
2288542--2288622	38	2.1	38	81	11	92	29	2	2	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2288604--2288648	22	1.9	23	82	13	56	53	0	0	46	1.00
2309016--2309046	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
2311991--2312047	2	28.5	2	85	0	78	43	49	7	0	1.29
2312063--2312129	32	2.1	32	100	0	134	50	13	17	17	1.77
2316355--2316422	28	2.5	28	92	2	111	36	4	10	48	1.57
2322066--2322105	16	2.5	16	100	0	80	42	12	20	25	1.86
2327923--2327954	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2328235--2328285	2	27.0	2	78	11	54	47	1	1	49	1.24
2328236--2328278	11	3.7	11	82	11	59	46	0	2	51	1.13
2328235--2328283	13	3.9	13	77	20	59	46	2	2	48	1.25
2328235--2328311	17	4.9	16	72	24	51	45	2	2	49	1.29
2328283--2328332	23	2.3	22	80	16	59	42	4	2	52	1.31
2328432--2328492	25	2.5	25	72	17	65	47	4	1	44	1.34
2328477--2328529	21	2.6	19	80	19	54	47	1	1	49	1.23
2328264--2328881	208	3.0	205	90	1	966	41	7	4	46	1.51
2332965--2333017	22	2.5	21	74	17	54	39	0	1	58	1.09
2333007--2333092	31	2.5	34	76	18	97	37	0	6	54	1.28
2333026--2333090	31	2.1	30	91	8	112	35	0	9	53	1.33
2341087--2341132	23	2.0	23	95	0	83	39	13	10	36	1.79
2343568--2343627	2	30.5	2	79	3	50	40	1	5	53	1.33
2343568--2343626	12	4.7	12	75	19	57	38	1	5	54	1.33
2348249--2348306	29	2.0	29	93	6	100	31	20	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352615--2352682	15	4.5	15	79	0	73	35	8	22	33	1.85
2356583--2356921	24	14.1	24	86	2	412	41	18	17	21	1.91
2356984--2357123	58	2.4	57	80	13	162	40	12	14	32	1.84
2357012--2357164	29	5.2	29	88	3	202	39	13	13	33	1.84
2357324--2357353	15	2.0	15	93	0	51	56	26	3	13	1.52
2357528--2357560	16	2.0	17	88	5	50	84	0	12	3	0.72
2359724--2359780	29	2.0	29	96	0	105	31	22	21	24	1.98
2360917--2362170	627	2.0	626	99	0	2499	36	13	13	36	1.84
2378865--2378901	2	18.5	2	88	0	56	51	0	0	48	1.00
2386141--2386226	28	3.0	28	73	18	72	31	1	0	67	0.98
2392042--2392085	18	2.4	19	82	17	58	4	9	0	86	0.70
2399589--2399905	104	3.0	103	89	4	456	33	21	15	29	1.94
2402198--2402461	115	2.3	114	87	4	399	44	12	10	32	1.77
2405905--2405945	13	3.3	12	86	13	57	80	0	2	17	0.82
2405904--2405945	12	3.5	12	84	15	52	78	0	2	19	0.86
2450409--2450460	6	8.7	6	78	14	54	80	0	0	19	0.71
2450408--2450462	22	2.5	22	88	5	85	80	0	0	20	0.72
2450409--2450456	18	2.6	18	87	12	71	79	0	0	20	0.74
2451058--2451164	47	2.2	47	81	6	124	50	12	33	3	1.57
2451907--2451941	12	2.9	12	86	0	52	74	0	0	25	0.82
2460824--2460886	31	2.0	33	84	12	87	26	11	11	50	1.71
2460816--2460888	31	2.4	30	77	11	76	24	13	9	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461043--2461110	30	2.3	31	87	5	95	60	7	2	29	1.39
2462111--2462172	30	2.1	30	90	6	99	35	4	4	54	1.43
2465197--2465252	29	1.9	29	96	0	103	51	19	0	28	1.47
2473877--2473914	15	2.3	17	82	17	53	57	0	2	39	1.12
2477596--2477620	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2482017--2482106	30	3.1	30	85	3	112	28	5	8	56	1.52
2486467--2486567	2	51.5	2	73	11	75	43	2	2	49	1.33
2494654--2494791	71	2.0	70	80	12	158	60	2	6	29	1.36
2496544--2496743	105	1.9	105	97	0	382	19	20	13	46	1.83
2496890--2496942	23	2.3	23	83	6	63	52	0	0	47	1.00
2498411--2498443	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
2500380--2500423	21	2.2	20	83	4	52	68	2	0	29	1.02
2508403--2508428	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2508570--2508654	44	1.9	44	92	0	143	31	27	15	25	1.95
2529958--2530033	2	38.0	2	97	0	143	50	1	0	48	1.09
2530083--2530159	2	38.5	2	100	0	154	49	0	0	50	1.00
2540662--2540732	29	2.4	29	81	4	81	56	5	1	36	1.32
2545658--2545683	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2571653--2571678	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2584892--2584928	18	2.1	18	90	10	58	2	45	10	40	1.53
2587081--2587135	29	1.9	29	85	3	76	32	7	3	56	1.44
2587134--2587167	17	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2587875--2587925	15	3.7	15	75	20	65	39	13	1	45	1.55
2587865--2587924	26	2.3	26	97	0	111	40	13	3	43	1.60
2607311--2607401	45	2.0	45	91	4	148	40	5	8	45	1.58
2609006--2609042	2	19.5	2	89	10	60	51	0	0	48	1.00
2609627--2609661	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2622079--2622116	2	19.5	2	83	5	51	47	2	0	50	1.15
2622131--2622199	36	1.9	36	93	0	120	40	10	5	43	1.62
2625922--2625953	16	1.9	17	93	6	57	81	0	3	15	0.82
2625927--2625977	17	3.1	16	75	13	50	70	0	1	27	0.98
2626037--2626083	23	2.1	22	84	7	60	78	4	6	10	1.06
2631130--2631401	134	2.0	134	94	0	481	14	23	16	45	1.83
2635154--2635183	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2642739--2642780	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
2642886--2642919	3	11.3	3	87	0	50	61	32	2	2	1.26
2645934--2645969	2	18.5	2	94	5	65	52	47	0	0	1.00
2646093--2646124	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
2646152--2646177	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2668019--2668062	12	3.7	12	90	0	70	38	13	29	18	1.89
2668019--2668062	6	7.3	6	84	0	61	38	13	29	18	1.89
2668029--2668082	15	3.4	15	82	7	54	33	11	33	22	1.89
2667934--2668064	18	7.3	18	70	11	81	35	7	32	24	1.84
2674856--2674893	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2678968--2678997	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
2682639--2682694	29	2.0	28	82	10	69	51	1	5	41	1.35
2693142--2693188	22	2.1	22	84	0	58	27	0	6	65	1.16
2707549--2707592	22	2.0	23	86	13	65	0	9	13	77	0.99
2707836--2707864	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
2712371--2712401	7	4.6	7	96	4	55	48	41	0	9	1.36
2716598--2716628	15	2.1	15	100	0	62	38	54	0	6	1.26
2717667--2717714	2	23.5	2	91	4	78	50	0	2	47	1.12
2718023--2718062	2	20.5	2	85	14	57	52	2	0	45	1.14
2718997--2719026	11	2.7	11	100	0	60	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106