genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27907216--27907313	38	2.6	37	86	1	124	7	31	0	61	1.23
27907263--27907323	24	2.5	24	76	7	61	4	29	0	65	1.13
27908574--27908599	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27910297--27910321	13	1.9	13	100	0	50	4	24	0	72	1.02
27911671--27912417	165	4.5	165	85	2	953	34	19	14	31	1.92
27913229--27913301	28	2.5	28	78	8	76	35	2	2	58	1.26
27916807--27916868	30	2.1	30	90	0	97	33	11	30	24	1.90
27918294--27918470	22	8.0	22	75	6	142	22	11	24	41	1.87
27918395--27918469	23	3.3	23	84	1	80	22	14	28	34	1.94
27918470--27918526	21	2.6	22	75	2	62	42	17	10	29	1.83
27918669--27918729	32	1.9	32	93	0	104	39	13	3	44	1.60
27919148--27919184	19	1.9	19	88	0	56	35	8	13	43	1.74
27924828--27924989	43	3.8	43	87	0	207	23	17	36	22	1.95
27927117--27927442	161	2.0	162	95	2	593	33	13	18	34	1.90
27928727--27928790	26	2.5	26	97	0	119	23	3	40	32	1.70
27932964--27933074	43	2.6	43	85	0	141	23	18	36	20	1.95
27933082--27933137	23	2.4	23	84	0	85	23	5	42	28	1.76
27941644--27941829	44	4.4	44	76	14	210	25	36	14	24	1.93
27941688--27941883	81	2.4	81	89	2	297	25	36	13	24	1.92
27941597--27941829	125	1.9	125	90	1	378	24	36	15	24	1.94
27947540--27947644	36	2.9	36	85	5	142	35	14	20	29	1.92
27950571--27950700	43	3.0	43	90	2	181	24	16	33	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27953602--27953780	89	2.0	88	96	1	331	43	6	21	27	1.78
27956244--27956282	18	2.2	18	95	0	69	30	5	20	43	1.73
27968264--27968307	20	2.2	20	83	0	52	43	9	25	22	1.82
27968907--27968947	11	3.6	11	81	18	57	36	12	24	26	1.91
27972224--27972365	29	5.0	27	81	9	158	41	8	13	36	1.75
27972225--27972366	58	2.5	57	86	5	187	41	8	13	36	1.75
27972295--27972366	28	2.5	29	80	13	85	43	6	12	37	1.70
27972530--27972562	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
27975428--27975461	14	2.4	14	95	0	59	32	5	5	55	1.48
27977412--27977537	42	3.0	42	89	0	180	22	21	34	22	1.97
27977674--27977721	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
27981885--27981933	6	8.5	6	78	17	59	46	0	2	51	1.12
27982775--27982812	20	1.9	20	100	0	76	34	26	15	23	1.95
27983601--27983698	35	2.8	36	82	3	117	27	17	23	31	1.97
27983631--27983698	36	1.9	35	87	3	100	27	16	25	30	1.96
27983680--27983802	52	2.3	52	84	2	165	30	16	18	34	1.93
27984741--27984951	118	1.8	117	86	6	311	59	2	5	32	1.34
27994041--27994092	17	3.1	17	78	13	54	36	19	32	11	1.87
28002571--28002631	33	1.9	33	83	6	81	31	13	22	32	1.92
28002586--28002657	30	2.3	32	85	7	94	31	9	23	34	1.87
28004339--28004390	20	2.6	20	75	0	59	50	13	5	30	1.65
28012611--28012637	11	2.5	11	100	0	54	40	0	22	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28015599--28015644	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
28015604--28015644	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
28020570--28020615	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
28020575--28020615	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
28023822--28023862	21	2.1	19	86	9	55	29	0	9	60	1.28
28025071--28025131	23	2.6	22	92	5	77	21	24	16	37	1.93
28025082--28025122	12	3.5	12	75	18	50	19	19	17	43	1.88
28042608--28042871	35	7.5	35	84	1	321	37	8	10	42	1.71
28045869--28045939	29	2.4	29	80	4	79	35	21	16	26	1.95
28045989--28046231	27	9.0	27	77	5	188	35	11	16	36	1.84
28045989--28046207	82	2.7	80	80	9	244	35	10	15	37	1.83
28045989--28046231	55	4.5	55	78	4	244	35	11	16	36	1.84
28047400--28047534	26	5.1	26	73	7	101	37	12	18	31	1.88
28047997--28048054	24	2.5	22	74	17	55	27	3	10	58	1.47
28053944--28053983	21	1.9	22	85	10	57	10	20	10	60	1.57
28070927--28070963	17	2.2	17	90	0	56	18	35	8	37	1.81
28073964--28074069	36	2.9	36	87	1	140	30	9	22	37	1.86
28074813--28074839	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28075547--28075588	18	2.3	18	80	8	50	71	4	9	14	1.28
28075668--28075729	31	2.0	32	87	3	90	70	6	9	12	1.31
28086508--28086662	52	3.0	52	97	0	283	21	16	31	29	1.96
28086637--28086712	35	2.1	37	85	4	102	23	17	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28087167--28087209	22	2.0	22	95	0	77	20	13	30	34	1.92
28103526--28103587	23	2.7	24	85	5	74	11	33	25	29	1.91
28115285--28115410	42	3.0	42	94	0	207	22	21	34	21	1.96
28115451--28115480	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
28117776--28117894	43	2.8	43	83	2	132	23	20	36	20	1.95
28117901--28118242	179	2.0	163	99	0	531	30	5	21	38	1.77
28122520--28122623	52	2.0	52	94	0	181	25	14	36	24	1.93
28127250--28127295	23	2.0	23	87	8	67	10	32	23	32	1.90
28127547--28127585	21	1.9	20	89	5	60	66	5	0	28	1.12
28129364--28129397	11	3.2	11	91	4	52	26	29	8	35	1.87
28131067--28131699	316	2.0	314	93	0	1086	34	9	17	38	1.83
28133854--28133888	18	1.9	18	88	11	54	28	22	0	48	1.51
28134348--28134388	21	2.1	19	86	9	55	29	0	9	60	1.28
28134351--28134397	21	2.3	21	78	10	53	27	0	8	63	1.23
28135806--28135836	14	2.3	14	94	5	55	35	3	9	51	1.51
28143692--28143886	92	2.1	92	97	0	363	42	14	18	24	1.88
28146387--28146489	37	2.8	37	86	5	154	25	39	8	26	1.84
28149374--28149597	73	3.1	73	94	0	385	21	12	35	30	1.90
28149375--28149585	34	5.9	35	70	17	148	21	11	36	29	1.90
28150423--28150466	22	2.0	23	86	4	63	11	22	9	56	1.62
28153505--28153530	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
28162193--28162228	18	2.0	18	88	0	54	22	0	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28162793--28162879	8	10.1	8	69	17	50	1	20	0	78	0.82
28162795--28162884	11	7.5	11	71	19	56	2	20	0	77	0.87
28162806--28162899	30	3.2	30	81	6	129	2	23	0	74	0.93
28162816--28162899	20	4.2	20	74	8	73	2	25	0	72	0.96
28162823--28162906	19	4.3	19	72	10	53	1	28	0	70	0.95
28162943--28162984	14	3.1	14	82	3	50	0	26	2	71	0.98
28163180--28163223	18	2.4	19	76	7	54	2	38	0	59	1.10
28163345--28163386	21	2.0	22	90	4	68	2	7	14	76	1.10
28163777--28163823	16	2.9	16	78	9	51	25	0	2	72	0.96
28164071--28164707	58	10.9	58	83	3	724	37	16	13	32	1.87
28164069--28164700	234	2.7	233	85	2	822	37	16	13	32	1.87
28164071--28164707	176	3.6	176	84	4	761	37	16	13	32	1.87
28165638--28165678	18	2.3	18	91	0	64	7	2	9	80	0.99
28172548--28172615	21	3.2	21	80	0	73	36	20	17	25	1.94
28174498--28174536	17	2.2	18	95	4	71	56	0	20	23	1.42
28174500--28174536	18	2.1	18	94	0	65	59	0	18	21	1.38
28184433--28184469	17	2.2	17	100	0	74	35	16	8	40	1.78
28185588--28185680	27	3.4	28	75	18	97	4	30	0	65	1.12
28185605--28185679	26	2.8	26	79	14	91	4	33	0	62	1.14
28185588--28185683	28	3.6	27	73	21	94	4	30	0	65	1.11
28185766--28185807	15	2.6	16	81	11	59	2	21	0	76	0.90
28185785--28185877	37	2.6	36	75	10	91	2	29	3	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28185981--28186046	34	1.9	34	84	6	89	7	42	7	42	1.61
28188209--28188239	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28188310--28188346	15	2.2	17	86	13	51	67	2	0	29	1.04
28188238--28188452	113	1.9	113	81	10	260	57	3	0	38	1.20
28190330--28190487	55	2.9	55	89	0	226	30	36	11	21	1.89
28191726--28191786	2	30.5	2	96	0	113	49	0	1	49	1.10
28191799--28191861	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
28191860--28191978	43	2.8	43	88	2	159	21	37	19	21	1.94
28199667--28199729	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
28199728--28199846	43	2.8	43	88	2	159	21	37	19	21	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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