genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28202649--28202822	29	6.0	28	82	8	177	41	9	11	37	1.73
28202649--28202811	59	2.8	58	84	4	204	40	9	11	39	1.73
28202649--28202822	28	6.0	28	81	11	172	41	9	11	37	1.73
28205033--28205076	19	2.3	20	85	14	67	15	29	4	50	1.64
28205873--28205991	37	3.2	37	87	3	177	29	9	36	24	1.86
28213537--28213640	37	2.8	37	94	0	190	29	11	37	21	1.88
28216684--28216807	59	2.1	61	89	3	189	31	23	20	24	1.98
28217178--28217296	43	2.8	43	85	2	141	20	35	19	25	1.96
28231866--28231999	42	3.2	42	92	1	205	25	35	15	23	1.94
28233813--28233843	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28236967--28237072	50	2.1	49	87	1	149	33	20	14	32	1.92
28242419--28242462	23	1.9	23	85	0	61	38	15	2	43	1.60
28247667--28247706	19	2.2	19	95	4	73	52	0	5	42	1.23
28248788--28248855	4	16.2	4	71	19	50	73	0	26	0	0.83
28248790--28248847	20	3.0	20	80	7	68	75	0	24	0	0.80
28258705--28258884	75	2.5	70	81	11	220	36	13	10	39	1.79
28261292--28261354	27	2.3	27	100	0	126	28	20	26	23	1.99
28263694--28263720	13	2.1	13	100	0	54	33	0	0	66	0.92
28270861--28270915	9	6.3	9	83	8	62	27	0	0	72	0.85
28270861--28270911	24	2.1	24	82	7	59	27	0	0	72	0.85
28270867--28270915	14	3.6	14	74	17	50	26	0	0	73	0.83
28275826--28275894	35	2.0	34	94	2	120	30	17	7	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28279906--28280539	313	2.0	313	91	3	1044	35	11	12	39	1.80
28287375--28287550	91	1.9	91	90	2	282	35	6	13	43	1.71
28289518--28289562	21	2.1	21	83	0	54	46	11	15	26	1.79
28297931--28297983	20	2.6	20	84	3	61	67	9	1	20	1.28
28299303--28299372	20	3.7	20	75	11	83	60	15	5	18	1.55
28299308--28299382	37	2.0	37	100	0	150	60	16	5	18	1.54
28299511--28299642	6	22.8	6	90	3	123	72	1	2	23	1.04
28299511--28299642	15	9.1	15	79	8	123	72	1	2	23	1.04
28299511--28299642	21	6.5	21	82	8	123	72	1	2	23	1.04
28306326--28306566	121	2.0	119	92	1	401	35	20	12	31	1.89
28306594--28306635	20	2.2	20	86	4	59	69	7	0	23	1.13
28306606--28306644	20	2.0	20	84	0	51	61	10	2	25	1.41
28310310--28310348	20	1.9	21	89	5	62	10	17	7	64	1.48
28322302--28322369	34	2.0	35	82	2	84	32	11	23	32	1.91
28330551--28330586	7	5.1	7	100	0	72	30	0	27	41	1.56
28330551--28330592	21	2.0	21	90	0	66	28	4	26	40	1.76
28334020--28334066	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
28334709--28334770	22	2.9	22	90	2	90	32	16	19	32	1.94
28345304--28345356	25	2.1	25	100	0	106	7	39	3	49	1.49
28346472--28346513	2	21.0	2	95	0	75	50	0	2	47	1.14
28349879--28349930	22	2.4	22	100	0	104	23	25	25	26	2.00
28349862--28349930	22	3.3	20	88	9	70	21	24	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28350191--28350308	44	2.7	43	76	12	116	22	33	17	26	1.96
28350203--28350308	44	2.4	43	83	6	124	21	32	19	26	1.97
28352261--28352289	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
28360319--28360477	54	2.9	54	93	0	273	25	39	14	20	1.90
28360583--28360609	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28363405--28363539	43	3.1	43	82	4	148	22	36	14	26	1.93
28365263--28365302	18	2.2	18	86	0	53	30	5	15	50	1.65
28368885--28368925	21	2.0	20	85	4	55	29	7	2	60	1.36
28369782--28369912	40	3.3	40	89	4	205	32	23	12	32	1.91
28379139--28379199	26	2.3	26	97	0	113	32	40	3	22	1.70
28379213--28379361	43	3.5	43	83	0	181	23	34	16	25	1.96
28392439--28392463	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28392770--28393079	155	2.0	155	99	0	611	25	20	19	35	1.96
28394814--28395016	101	2.0	100	94	0	352	39	12	19	28	1.88
28398315--28398357	19	2.2	20	83	4	52	2	18	2	76	1.00
28398967--28399037	35	2.0	35	97	0	133	29	8	32	29	1.87
28401084--28401117	17	2.0	17	100	0	68	35	23	23	17	1.95
28401659--28401719	27	2.3	27	82	0	77	68	1	1	27	1.08
28401698--28401747	14	3.3	15	80	8	57	58	0	4	38	1.17
28402290--28402360	34	2.2	32	87	10	99	59	11	1	28	1.40
28402583--28402673	40	2.3	39	79	9	96	52	0	2	45	1.13
28402646--28402700	26	2.2	24	83	9	74	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28402650--28402728	22	3.5	22	80	15	65	50	1	0	48	1.08
28402610--28402705	17	5.5	17	65	30	51	54	0	1	44	1.07
28403001--28403076	34	2.2	34	92	0	125	11	40	13	34	1.81
28408960--28409065	53	2.0	53	96	0	194	36	8	6	48	1.60
28409058--28409092	18	1.9	18	94	0	61	45	8	2	42	1.49
28409891--28410098	80	2.6	80	74	11	212	35	24	16	24	1.95
28413454--28413494	21	2.0	21	85	9	57	24	4	2	68	1.22
28416372--28416412	9	4.7	9	93	3	66	56	7	12	24	1.61
28417700--28417747	15	3.2	15	81	0	60	54	16	4	25	1.60
28423850--28424082	54	4.3	54	91	0	367	26	40	15	18	1.90
28423898--28423990	30	3.3	30	63	27	76	25	45	12	16	1.83
28438210--28438249	21	1.9	21	84	0	53	30	22	20	27	1.98
28438139--28438292	60	2.6	58	82	6	191	34	19	21	24	1.96
28438672--28438790	43	2.8	43	81	7	125	19	36	19	25	1.95
28442063--28442096	17	2.0	17	88	0	50	70	5	14	8	1.31
28443622--28443709	43	2.0	43	82	0	104	27	15	31	25	1.96
28444815--28444862	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
28447185--28447226	21	2.0	21	95	0	75	21	23	19	35	1.96
28454222--28454423	30	6.9	28	78	9	163	42	9	11	36	1.74
28454226--28454413	59	3.2	55	83	10	216	40	9	11	38	1.73
28454226--28454412	89	2.1	87	83	11	231	41	9	11	37	1.74
28454554--28454586	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28459892--28460068	42	4.2	42	88	3	257	25	14	33	25	1.94
28460094--28460137	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
28460388--28460486	40	2.5	40	83	3	119	25	25	20	29	1.99
28461644--28461675	15	2.3	15	89	10	50	0	37	0	62	0.95
28467876--28467918	15	3.0	13	86	13	50	69	9	0	20	1.15
28469851--28469955	2	53.5	2	84	7	126	46	0	3	47	1.27
28478485--28478555	34	2.1	33	86	2	97	32	5	12	49	1.64
28479737--28479842	36	2.8	38	79	16	114	30	9	25	34	1.88
28479896--28479969	36	2.2	33	85	11	96	37	12	22	27	1.90
28485807--28485901	36	2.8	35	80	7	115	44	15	7	32	1.75
28492145--28492182	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
28493413--28493437	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28498661--28498730	30	2.3	30	90	2	104	54	7	14	24	1.65
28507889--28507931	13	3.1	14	80	10	52	65	2	32	0	1.06
28507894--28507932	13	2.9	14	84	7	53	64	2	33	0	1.08
28508655--28508702	18	2.5	19	83	13	62	43	12	10	33	1.77
28508666--28508701	18	2.0	18	94	0	63	41	16	8	33	1.78
28510041--28510095	16	3.2	17	75	12	51	74	7	7	10	1.21
28513982--28514019	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
28518671--28518826	55	2.8	54	80	8	181	23	15	36	25	1.93
28529500--28529645	66	2.2	66	81	1	159	39	15	10	34	1.82
28535281--28535316	12	3.0	12	100	0	72	8	8	16	66	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28541117--28541161	20	2.3	19	81	11	54	40	20	13	26	1.89
28541366--28541400	18	2.0	17	88	5	52	45	0	22	31	1.53
28547667--28547936	68	4.0	68	80	5	278	33	21	11	34	1.89
28550165--28550212	16	2.9	16	84	6	69	45	2	2	50	1.25
28550165--28550210	17	2.8	16	87	6	65	47	2	2	47	1.26
28550083--28550308	112	2.0	113	87	4	323	50	3	2	44	1.31
28550165--28550238	27	2.5	29	83	16	82	47	1	1	50	1.18
28550198--28550418	48	4.6	46	69	18	130	52	1	3	43	1.25
28550222--28550435	52	4.4	49	69	19	153	52	1	3	42	1.28
28550316--28550418	27	4.3	22	71	18	71	53	1	2	41	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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