genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25137665--25137710	21	2.4	19	83	16	60	21	19	30	28	1.98
25139686--25139723	20	1.9	20	84	10	51	2	18	5	73	1.14
25145577--25145986	205	2.0	205	89	3	630	36	13	20	30	1.90
25146214--25146416	46	4.4	45	72	13	146	25	15	34	24	1.94
25146239--25146445	46	4.4	47	75	2	202	26	14	34	24	1.94
25146433--25146543	53	2.1	53	91	1	179	23	19	30	26	1.98
25147017--25147313	31	9.6	31	83	2	321	23	16	21	37	1.93
25147017--25147305	93	3.1	93	85	3	359	23	16	22	37	1.94
25148957--25149437	156	3.1	156	87	1	685	34	19	18	26	1.95
25149793--25150091	31	9.6	31	76	3	280	21	20	18	39	1.93
25149790--25150057	93	2.9	93	85	1	331	21	19	18	39	1.92
25151555--25151631	14	5.2	15	75	10	61	33	10	6	49	1.63
25152723--25153059	31	11.0	31	77	6	328	23	18	20	38	1.93
25156588--25156666	23	3.4	23	85	0	113	25	30	20	24	1.98
25156700--25156863	55	3.0	55	76	7	154	43	31	11	13	1.79
25160966--25162218	626	2.0	626	96	0	2301	34	16	15	33	1.91
25167303--25167348	19	2.4	20	82	10	60	56	0	0	43	0.99
25171904--25171950	14	3.4	14	72	16	53	40	19	6	34	1.77
25171918--25171965	13	3.6	13	73	15	53	35	20	6	37	1.78
25171903--25171963	27	2.3	27	100	0	122	37	19	8	34	1.82
25172060--25172196	54	2.6	53	81	4	152	27	22	13	36	1.91
25172186--25172246	25	2.4	25	84	10	72	32	22	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25174858--25174928	30	2.4	29	86	4	106	43	8	1	46	1.42
25177665--25177692	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
25181439--25181489	16	3.2	16	78	13	52	72	3	15	7	1.23
25182192--25182317	35	3.6	35	92	2	200	43	15	12	27	1.83
25183776--25183832	28	2.0	28	93	0	96	36	14	21	28	1.92
25185806--25185904	37	2.7	37	85	3	128	25	36	9	29	1.87
25185882--25185927	23	2.0	23	87	8	67	23	43	6	26	1.78
25185845--25185964	60	2.0	60	93	0	204	25	39	9	26	1.85
25187991--25188026	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
25188160--25188194	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
25189664--25189749	34	2.4	36	84	9	115	26	10	25	37	1.88
25193323--25193377	29	2.0	28	89	10	87	58	0	7	34	1.26
25206045--25206087	17	2.6	16	78	10	50	25	0	11	62	1.29
25205909--25206433	262	2.0	262	98	0	1016	31	14	13	40	1.84
25206308--25206349	17	2.5	17	84	0	57	26	0	9	64	1.24
25211298--25211340	17	2.6	16	78	10	50	25	0	11	62	1.29
25219396--25219531	71	2.0	65	90	9	202	41	19	3	33	1.69
25219625--25219686	32	1.9	32	90	6	99	35	9	6	48	1.62
25220593--25220625	15	2.3	15	89	5	50	48	9	9	33	1.66
25220934--25221386	216	2.1	218	86	4	648	46	5	7	39	1.56
25223242--25223294	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
25223468--25223560	36	2.7	36	83	5	111	30	37	10	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25224333--25224380	20	2.4	21	76	13	57	68	2	25	4	1.18
25227534--25227872	168	2.0	168	95	1	608	35	13	13	37	1.85
25231142--25231177	11	3.4	11	88	7	56	66	11	22	0	1.22
25238656--25238701	15	3.1	15	84	3	58	28	2	13	56	1.48
25238743--25238787	5	9.0	5	88	9	65	40	0	20	40	1.52
25239088--25239136	24	2.0	26	88	8	75	38	8	24	28	1.84
25247599--25247623	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
25254778--25254837	23	2.6	23	75	15	61	75	3	0	21	0.95
25254795--25254840	10	4.7	9	82	17	56	73	2	0	23	0.94
25254795--25254840	19	2.3	21	85	14	62	73	2	0	23	0.94
25255507--25255543	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
25259552--25259593	21	2.0	20	90	4	66	38	9	11	40	1.75
25263960--25264198	118	2.0	117	93	0	406	30	22	16	29	1.96
25264565--25264597	17	1.9	17	88	11	50	42	12	3	42	1.57
25264740--25264907	59	2.9	58	85	7	216	38	10	7	42	1.68
25264740--25264907	29	5.8	28	84	7	192	38	10	7	42	1.68
25267861--25268095	117	2.0	117	94	0	407	24	34	19	21	1.97
25269524--25269560	19	1.9	19	100	0	74	43	29	0	27	1.55
25271880--25271918	20	2.0	20	89	0	60	69	7	17	5	1.32
25276860--25276895	18	1.9	19	88	5	56	77	0	22	0	0.76
25276965--25277002	20	1.9	20	88	0	58	18	7	2	71	1.23
25277286--25277315	16	1.9	16	93	6	53	26	3	3	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25287784--25287848	32	2.0	32	93	0	112	40	20	6	33	1.77
25287848--25287880	16	2.1	16	88	5	50	36	24	15	24	1.93
25289028--25289065	16	2.3	17	81	9	51	73	0	13	13	1.09
25295240--25295421	73	2.5	73	82	7	201	22	18	18	40	1.91
25303260--25303433	29	5.9	28	81	8	177	37	12	10	39	1.78
25303270--25303433	59	2.8	57	82	5	211	40	12	9	37	1.76
25309929--25310813	443	2.0	442	95	1	1605	34	18	13	33	1.90
25313121--25313150	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25315726--25315848	37	3.2	39	87	10	200	25	36	9	28	1.88
25323000--25323108	35	3.2	33	72	7	94	34	23	10	31	1.88
25322957--25323128	67	2.6	66	86	5	240	36	23	11	28	1.90
25323028--25323131	32	3.1	33	75	8	111	39	24	11	25	1.88
25339671--25339764	45	2.1	45	82	4	109	36	19	18	26	1.94
25339805--25339855	21	2.4	21	100	0	102	23	19	19	37	1.94
25339733--25339914	97	1.9	97	94	0	319	34	18	16	30	1.93
25339876--25339951	26	3.0	25	79	7	82	39	15	17	27	1.90
25342349--25342382	16	2.1	17	88	5	52	38	0	14	47	1.45
25353449--25353505	21	2.7	21	91	0	96	36	21	17	24	1.94
25373162--25373186	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
25377458--25377881	144	2.9	141	79	6	436	22	10	12	54	1.67
25392953--25393104	42	3.6	42	77	1	153	24	19	32	23	1.97
25403894--25403933	18	2.2	18	86	0	53	50	17	2	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25408136--25408160	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25411931--25411969	12	3.4	11	85	3	51	82	2	2	12	0.89
25412011--25412301	149	2.0	147	96	1	537	43	9	26	20	1.81
25416567--25416607	4	10.2	4	83	0	55	48	4	0	46	1.23
25416567--25416607	6	6.8	6	85	0	55	48	4	0	46	1.23
25416607--25416637	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
25418692--25418780	37	2.4	36	74	23	85	46	8	4	40	1.56
25420089--25420179	29	3.1	29	90	0	137	39	13	6	40	1.70
25422292--25422324	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
25427338--25427391	18	3.1	17	78	7	63	16	14	5	62	1.49
25428488--25428608	29	4.1	29	91	4	190	38	11	9	40	1.75
25432076--25432107	14	2.1	16	88	11	50	34	18	25	21	1.96
25437128--25437196	1	69.0	1	100	0	138	0	0	0	100	0.00
25437315--25437349	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
25439928--25440003	38	2.0	38	89	0	116	28	34	10	26	1.90
25444321--25444486	42	4.0	42	89	1	235	23	32	21	22	1.98
25448939--25448969	16	1.9	16	93	0	53	29	6	6	58	1.48
25457553--25457649	30	3.7	25	76	18	92	70	0	1	28	0.94
25457538--25457592	18	3.0	18	82	12	76	76	0	0	23	0.79
25457536--25457650	31	3.7	32	73	16	91	70	0	0	28	0.93
25457530--25457601	6	11.5	6	76	16	58	70	0	0	29	0.87
25460312--25460338	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25469548--25469641	45	2.1	45	83	0	116	45	5	4	44	1.45
25469743--25469810	22	3.1	22	70	17	61	50	0	7	42	1.30
25477568--25477607	19	2.0	20	95	4	73	30	0	27	42	1.56
25488617--25488690	35	2.1	35	87	0	103	47	14	16	21	1.82
25488915--25489020	29	3.7	30	74	5	94	19	25	6	48	1.73
25489288--25489322	13	2.8	13	87	12	56	17	31	0	51	1.45
25496072--25496146	2	38.5	2	73	15	59	4	48	0	46	1.21
25496242--25496289	6	7.8	6	82	13	53	2	37	0	60	1.09
25506904--25507101	103	1.9	103	87	2	290	9	38	23	28	1.86
25507187--25507232	23	2.0	22	91	4	74	17	8	4	69	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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