genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8465746--8465784	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
8471053--8471098	2	23.0	2	95	0	83	47	0	0	52	1.00
8471192--8471222	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
8471183--8471222	8	4.9	9	82	17	52	45	0	7	47	1.31
8472922--8472965	18	2.6	16	82	13	52	31	2	2	63	1.19
8474283--8474378	46	2.1	46	94	0	165	36	10	5	47	1.60
8483563--8483617	6	8.8	6	76	7	56	76	0	3	20	0.94
8483562--8483619	13	4.5	13	78	4	64	75	0	3	20	0.94
8496681--8496727	16	2.8	17	84	12	53	82	8	0	8	0.83
8497627--8498106	60	8.0	59	88	1	636	32	11	19	36	1.88
8497627--8498106	179	2.7	179	88	0	683	32	11	19	36	1.88
8498355--8498423	10	6.6	10	73	14	59	73	0	2	23	0.96
8499822--8499869	21	2.4	19	80	13	51	70	6	8	14	1.31
8511187--8511230	22	2.0	22	86	8	63	38	4	0	56	1.20
8515626--8515670	18	2.4	18	81	3	54	62	13	20	4	1.48
8517961--8518002	2	22.0	2	90	9	70	47	0	0	52	1.00
8537087--8537171	30	2.9	29	79	10	100	27	20	8	44	1.79
8537088--8537222	29	4.6	30	82	7	134	30	18	10	40	1.84
8537123--8537222	30	3.4	30	87	4	114	31	17	12	40	1.85
8540185--8540268	42	2.0	42	100	0	168	52	14	14	19	1.75
8554933--8555104	29	6.1	29	67	23	82	45	9	8	36	1.67
8556225--8556263	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8561298--8561353	12	4.7	12	84	4	60	14	62	1	21	1.40
8561290--8561353	24	2.7	24	79	13	62	15	62	1	20	1.40
8563763--8563796	12	2.8	12	90	0	50	26	35	0	38	1.57
8563776--8563808	15	2.2	15	100	0	66	33	33	0	33	1.58
8564400--8564460	26	2.3	26	88	0	86	18	31	16	34	1.93
8571239--8571377	74	1.9	74	87	0	206	43	12	24	20	1.86
8580997--8581035	14	2.7	14	84	4	51	12	10	2	74	1.17
8581033--8581103	28	2.5	28	86	0	88	28	15	14	42	1.86
8583907--8583970	18	3.7	18	72	14	55	50	0	3	46	1.17
8585996--8586054	29	2.0	30	83	9	77	55	13	8	22	1.64
8585996--8586054	30	2.0	30	87	9	86	55	13	8	22	1.64
8597482--8597769	142	2.1	139	97	2	549	38	23	17	20	1.93
8599210--8599243	18	2.0	18	88	11	54	32	0	55	11	1.36
8600055--8600080	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8600081--8600142	2	31.0	2	100	0	124	50	0	50	0	1.00
8606737--8606774	17	2.2	18	90	4	60	68	2	18	10	1.30
8610610--8610662	6	9.3	6	82	17	60	0	26	0	73	0.83
8610610--8610653	11	4.0	11	88	5	63	0	27	0	72	0.85
8610613--8610653	21	2.0	21	85	9	57	0	26	0	73	0.84
8614307--8614497	105	1.8	105	85	4	269	30	11	22	35	1.90
8634324--8634352	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
8634352--8634381	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8634756--8634816	14	4.4	14	75	8	54	73	1	21	3	1.06
8634768--8634818	24	2.1	24	89	7	77	68	1	25	3	1.17
8637399--8637487	2	45.0	2	95	2	162	49	0	0	49	1.00
8642967--8643033	25	2.7	26	74	6	66	40	5	8	44	1.60
8651088--8651122	16	2.2	16	90	5	54	54	0	0	45	0.99
8651292--8651344	27	2.0	27	88	0	79	49	5	0	45	1.26
8651299--8651354	27	2.1	27	83	6	69	55	1	0	42	1.10
8651429--8651621	22	8.3	23	70	21	127	58	1	1	38	1.14
8651289--8651594	157	2.0	154	84	7	404	55	2	1	39	1.26
8651418--8651659	118	2.1	118	90	4	384	58	2	1	38	1.18
8651432--8651589	69	2.3	68	78	14	173	58	1	1	38	1.17
8651561--8651612	27	1.9	27	92	7	88	57	0	1	40	1.10
8651776--8651845	20	3.5	20	75	9	70	58	0	1	40	1.07
8660625--8660685	2	30.5	2	93	0	104	49	3	0	47	1.18
8660782--8660834	28	2.0	26	85	7	70	60	1	0	37	1.08
8661171--8661238	29	2.3	30	76	18	72	32	13	5	48	1.66
8661555--8661610	29	1.9	29	85	7	78	53	3	10	32	1.53
8662154--8662311	86	1.8	86	91	0	262	15	20	17	45	1.85
8677880--8677906	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8677971--8677998	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8691297--8691394	49	2.0	50	89	2	153	33	12	10	43	1.76
8692882--8692964	43	1.9	43	95	0	148	15	32	2	49	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8696989--8697043	26	2.2	24	81	12	58	52	1	5	40	1.35
8697666--8697713	20	2.4	19	80	19	53	45	0	4	50	1.21
8697661--8697713	19	2.8	17	76	23	52	43	0	3	52	1.19
8698942--8698985	20	2.1	21	88	12	65	18	2	4	75	1.09
8703838--8703886	21	2.3	21	89	0	71	20	28	16	34	1.94
8703839--8703893	21	2.6	21	85	0	65	23	25	16	34	1.95
8705498--8705538	16	2.7	15	80	20	50	78	2	4	14	1.03
8710748--8710938	86	2.3	83	81	6	206	41	10	6	40	1.67
8711526--8711558	13	2.5	14	85	14	52	45	33	9	12	1.73
8712437--8712524	24	3.5	24	68	22	72	50	6	17	26	1.71
8712430--8712529	52	1.9	52	97	0	191	50	6	18	26	1.69
8713166--8713219	20	2.7	20	78	18	58	55	3	20	20	1.58
8722083--8722136	26	2.1	26	89	0	81	22	7	29	40	1.81
8736160--8736197	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
8749281--8749324	15	2.9	15	80	16	54	52	4	0	43	1.22
8748886--8749736	336	2.4	349	84	7	1058	40	7	7	45	1.59
8759432--8759516	42	2.0	42	100	0	170	56	7	14	22	1.62
8759859--8759941	34	2.4	35	80	9	91	42	8	2	46	1.47
8763345--8763406	31	2.0	31	90	0	97	35	4	19	40	1.73
8764687--8764760	32	2.3	32	92	2	121	55	2	2	39	1.28
8766570--8766655	42	2.0	42	88	0	127	29	3	39	27	1.73
8774889--8774936	25	2.0	23	84	8	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8778920--8778959	21	1.9	21	100	0	80	45	15	32	7	1.74
8778944--8779016	14	4.8	14	72	18	65	53	15	21	9	1.70
8778976--8779036	20	3.3	20	68	25	62	54	16	18	11	1.71
8778958--8779039	34	2.4	34	93	0	137	53	14	20	10	1.71
8784905--8784935	12	2.5	13	94	5	55	67	0	3	29	1.06
8784918--8784969	18	2.8	19	78	18	56	69	1	1	26	1.10
8786322--8786627	153	2.0	154	96	1	560	44	16	12	26	1.84
8789841--8789981	59	2.4	60	80	7	171	34	14	15	35	1.89
8792513--8792683	85	2.0	85	90	0	270	33	11	11	43	1.77
8802869--8802901	14	2.4	14	90	5	50	75	0	24	0	0.80
8821441--8821482	16	2.7	15	85	10	50	83	0	2	14	0.75
8821447--8821484	8	4.8	8	81	12	51	84	0	0	15	0.63
8821455--8821488	16	2.1	16	94	0	59	79	0	0	20	0.73
8821458--8821671	119	1.8	117	89	4	340	60	1	5	32	1.27
8822289--8822328	13	2.8	15	81	14	57	42	0	0	57	0.98
8823294--8823328	17	2.0	18	88	5	54	88	8	2	0	0.61
8833460--8833505	23	2.0	23	91	0	74	41	13	8	36	1.75
8837083--8837126	22	2.0	22	95	0	79	47	9	11	31	1.71
8837369--8837461	44	2.1	44	90	4	143	22	13	10	52	1.71
8837296--8837570	132	2.1	132	86	4	378	26	18	11	42	1.85
8837501--8837655	82	1.9	80	84	5	204	27	14	11	46	1.79
8837566--8837842	143	1.9	143	91	0	455	29	12	12	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8838837--8838890	23	2.3	23	93	0	90	33	7	24	35	1.83
8843511--8843568	21	2.8	21	89	0	80	29	46	6	17	1.74
8843900--8843968	29	2.4	29	83	11	88	34	30	10	24	1.89
8846302--8846512	87	2.4	88	83	4	257	30	21	14	33	1.93
8846347--8846484	30	4.7	30	70	12	97	28	21	15	34	1.94
8846606--8846728	30	4.1	30	77	1	122	35	21	12	30	1.90
8849172--8849204	15	2.1	16	88	11	50	45	6	0	48	1.27
8849120--8849204	18	5.1	17	69	19	54	47	10	0	42	1.38
8849259--8849299	20	2.0	20	90	0	64	51	9	0	39	1.35
8849679--8849715	9	4.0	9	92	3	56	72	0	2	24	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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