genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41236440

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25507501--25507557	9	5.9	9	78	15	60	15	5	0	78	0.91
25507516--25507569	14	3.8	14	82	2	63	18	1	0	79	0.82
25509057--25509102	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
25514273--25514347	21	3.5	21	90	1	105	25	10	18	45	1.82
25514330--25514371	22	1.9	22	85	0	57	33	14	7	45	1.72
25514382--25514466	23	3.7	23	82	0	116	34	27	14	24	1.94
25514470--25514700	26	9.4	26	77	12	96	37	25	12	25	1.90
25514452--25514633	95	1.9	95	91	0	301	36	26	12	24	1.91
25514496--25514679	48	3.9	47	75	16	173	37	25	11	25	1.90
25514496--25514700	74	2.8	73	87	5	274	37	25	11	25	1.90
25514565--25514708	26	5.7	26	82	8	136	36	25	12	25	1.91
25523251--25523282	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
25528536--25528610	16	4.7	15	75	20	55	24	2	0	73	0.96
25528536--25528612	26	3.0	26	80	19	74	23	2	0	74	0.95
25528524--25528596	21	3.5	20	77	14	76	21	2	1	73	1.03
25530540--25530826	37	7.6	38	90	2	427	42	19	14	24	1.88
25546241--25546296	29	1.9	29	88	0	85	23	17	41	17	1.90
25569528--25569590	2	31.5	2	86	0	81	49	6	1	42	1.37
25571185--25571210	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
25572385--25572444	30	2.1	29	81	6	68	30	6	23	40	1.80
25575002--25575052	15	3.4	15	83	0	66	31	3	15	49	1.63
25575087--25575126	5	8.2	5	86	5	55	40	2	22	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25577513--25577572	30	2.1	29	81	6	68	30	6	23	40	1.80
25582768--25582830	21	2.9	22	68	13	58	23	12	1	61	1.39
25583392--25583434	20	2.2	20	95	0	77	27	4	23	44	1.73
25590389--25590418	14	2.2	13	94	5	51	20	0	0	80	0.72
25591380--25591447	21	3.1	22	68	8	59	29	10	0	60	1.30
25591369--25591435	22	3.1	21	71	4	53	23	10	0	65	1.23
25591368--25591459	43	2.1	42	84	9	123	25	9	1	64	1.31
25591398--25591714	157	2.0	158	97	0	600	31	11	3	53	1.53
25593789--25593841	23	2.2	24	80	3	63	67	5	0	26	1.12
25593968--25594024	22	2.6	22	73	13	55	54	1	1	42	1.21
25594102--25594143	10	4.1	10	84	6	57	30	7	16	45	1.74
25594110--25594143	11	3.2	11	91	4	52	26	5	17	50	1.69
25594102--25594143	21	2.0	20	86	4	57	30	7	16	45	1.74
25597355--25597425	31	2.3	31	100	0	142	45	26	7	21	1.77
25600722--25600910	49	3.8	49	75	8	177	24	9	25	40	1.85
25611356--25611384	14	2.0	15	93	6	51	20	13	10	55	1.68
25616065--25616186	37	3.3	36	90	4	190	23	36	10	28	1.88
25619830--25620017	49	3.8	50	77	6	170	25	7	25	42	1.81
25619928--25620038	49	2.2	49	85	4	143	27	6	26	40	1.80
25621828--25621853	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
25622737--25622842	33	3.1	33	84	7	131	33	34	9	22	1.86
25626007--25626076	30	2.5	28	77	18	76	35	7	0	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25628627--25628690	33	2.0	33	84	3	85	64	0	6	29	1.18
25646635--25646668	11	3.1	11	86	0	50	67	0	0	32	0.91
25647593--25647707	59	1.9	61	82	3	144	46	8	30	14	1.75
25662660--25662698	2	19.5	2	100	0	78	51	48	0	0	1.00
25670136--25670201	20	3.5	20	73	12	75	59	3	0	37	1.13
25672715--25672741	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
25673439--25673499	30	2.0	30	100	0	122	67	9	9	13	1.43
25673615--25673717	35	2.9	35	77	4	89	29	23	15	32	1.95
25679189--25679237	2	24.5	2	91	8	82	46	0	2	51	1.12
25679189--25679237	17	3.1	16	91	8	82	46	0	2	51	1.12
25689401--25689494	47	2.0	47	91	0	152	37	15	11	35	1.85
25690900--25690950	20	2.5	20	96	0	93	25	17	7	49	1.74
25691898--25692049	35	4.3	35	77	9	157	48	15	3	32	1.63
25691900--25692049	71	2.1	70	86	6	205	47	15	4	33	1.64
25694045--25694213	40	4.3	40	78	11	181	31	9	24	34	1.87
25694056--25694203	78	1.9	79	84	10	205	33	9	23	33	1.87
25696718--25696779	21	3.0	21	72	11	56	45	11	14	29	1.80
25699952--25700037	40	2.2	40	95	0	154	32	5	19	41	1.75
25708185--25708240	20	2.8	20	88	0	94	37	12	39	10	1.78
25716624--25717015	134	2.9	134	92	0	651	29	12	22	34	1.92
25725540--25725581	15	2.9	14	80	16	50	78	0	2	19	0.86
25726036--25726076	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25734352--25734441	2	45.5	2	89	10	141	47	1	0	50	1.08
25744445--25744557	43	2.6	43	85	2	147	22	33	16	27	1.95
25751907--25752046	3	46.7	3	89	0	217	37	0	27	33	1.62
25753482--25753508	14	1.9	14	100	0	54	25	0	7	66	1.17
25757098--25757135	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
25763121--25763161	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
25763121--25763165	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
25763119--25763166	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
25769131--25769162	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25769455--25769482	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25773162--25773215	17	3.2	17	86	0	81	11	31	24	33	1.90
25788631--25788664	17	2.1	17	88	5	52	41	29	8	20	1.82
25797632--25797656	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25799699--25799763	33	2.0	33	90	0	103	30	13	18	36	1.90
25799778--25799834	25	2.2	25	81	12	62	28	17	14	40	1.88
25799865--25800066	97	2.1	99	82	1	246	31	16	13	38	1.88
25800021--25800122	27	3.6	29	76	6	111	32	14	15	37	1.88
25799735--25800209	252	1.9	250	82	5	600	32	15	13	38	1.86
25800881--25800919	19	2.1	19	85	4	53	51	0	2	46	1.14
25802735--25802759	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25807046--25807458	207	2.0	207	92	1	686	39	14	18	27	1.89
25808143--25808257	43	2.7	42	83	1	140	24	20	35	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25808623--25808712	39	2.3	39	79	7	94	22	27	20	30	1.98
25814316--25814360	19	2.3	20	84	3	56	33	15	6	44	1.73
25814836--25814865	14	2.1	14	93	0	51	6	23	0	70	1.11
25818827--25818873	15	2.9	16	78	15	60	29	4	0	65	1.11
25818906--25818931	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25818978--25819003	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25819749--25819794	23	2.0	23	87	8	67	0	21	0	78	0.76
25821260--25821380	60	2.0	60	100	0	242	28	11	20	39	1.87
25822199--25822277	40	2.0	40	90	5	124	36	24	21	17	1.94
25823617--25823715	19	5.1	19	66	9	65	21	17	40	21	1.91
25823613--25823715	38	2.6	40	84	6	140	20	16	40	22	1.91
25830278--25830310	3	11.3	3	87	6	50	63	0	0	36	0.95
25832006--25832030	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
25833084--25833147	29	2.2	29	88	2	94	43	18	7	29	1.78
25838721--25838745	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
25839435--25839492	20	2.8	20	78	17	57	62	3	0	34	1.12
25861994--25862020	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
25868634--25868679	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
25874363--25874443	42	1.9	42	87	5	119	16	20	35	27	1.94
25881518--25881570	22	2.3	23	84	9	65	28	5	16	49	1.69
25885025--25885148	42	3.0	42	89	0	194	21	20	33	24	1.97
25885383--25885444	26	2.4	26	91	0	97	25	3	38	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25887609--25887654	10	4.4	11	78	18	53	36	0	2	60	1.09
25891522--25891576	25	2.2	25	83	6	67	41	14	14	29	1.85
25891802--25892040	127	1.9	127	79	1	273	30	13	12	42	1.83
25891992--25892094	27	3.7	27	79	7	102	36	11	10	40	1.76
25891881--25892174	153	1.9	153	82	4	369	31	11	11	45	1.76
25892157--25892228	25	2.8	25	85	8	83	29	11	13	45	1.78
25895084--25895121	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
25895084--25895129	20	2.3	20	92	0	74	28	4	23	43	1.73
25912530--25912564	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
25914936--25914976	18	2.2	19	86	4	57	78	2	0	19	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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