genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1870937--1870972	19	1.9	18	88	5	54	72	0	0	27	0.85
1870953--1870985	12	2.7	13	90	9	52	72	0	0	27	0.85
1885210--1885344	48	2.8	48	89	1	198	24	11	22	40	1.88
1885303--1885498	45	4.4	43	80	12	211	31	12	14	41	1.82
1885303--1885498	88	2.2	88	84	9	240	31	12	14	41	1.82
1885303--1885498	44	4.4	43	79	12	177	31	12	14	41	1.82
1888682--1888739	26	2.1	28	81	6	66	53	0	3	43	1.17
1889934--1890045	59	1.9	59	88	3	172	38	8	4	49	1.53
1895288--1895401	59	1.9	59	89	0	174	42	8	3	45	1.52
1897214--1897249	18	2.0	18	100	0	72	44	5	16	33	1.71
1898364--1898394	13	2.3	14	94	5	55	35	9	0	54	1.33
1900973--1901028	17	3.3	16	78	9	58	69	1	3	25	1.14
1901278--1901517	42	5.7	43	82	2	263	44	12	17	26	1.83
1901278--1901517	85	2.8	85	83	3	277	44	12	17	26	1.83
1901633--1901748	59	2.0	60	86	5	164	48	15	17	18	1.82
1901756--1901788	16	2.1	16	94	0	57	57	0	15	27	1.38
1902096--1902255	74	2.2	74	87	2	223	45	14	10	30	1.79
1903620--1903678	27	2.1	28	84	3	75	3	10	3	83	0.89
1903620--1903684	17	3.6	19	74	17	59	3	9	3	84	0.83
1910927--1910965	19	2.0	21	90	10	64	66	0	0	33	0.92
1911894--1911933	19	2.0	20	85	4	55	50	0	2	47	1.14
1919960--1919995	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1921195--1921252	26	2.3	25	76	8	64	8	12	6	72	1.28
1921197--1921251	25	2.2	24	75	15	58	9	10	7	72	1.27
1921494--1921711	108	2.0	105	86	2	301	49	13	13	23	1.78
1921641--1922075	43	10.2	42	74	10	330	44	13	15	26	1.84
1921641--1922074	85	5.1	85	79	5	421	44	13	14	26	1.83
1921641--1922073	128	3.4	127	78	3	465	44	13	14	26	1.83
1922316--1922519	65	3.1	64	79	5	212	48	9	17	24	1.76
1922348--1922552	65	3.2	64	81	2	230	48	11	17	22	1.78
1922929--1923008	23	3.6	23	68	11	67	45	7	8	38	1.64
1923039--1923098	23	2.7	22	72	7	59	46	8	11	33	1.70
1922996--1923224	114	2.0	114	100	0	458	44	9	8	36	1.68
1923153--1923212	23	2.7	22	72	7	59	46	8	11	33	1.70
1924220--1924274	25	2.1	27	77	12	62	16	7	1	74	1.12
1924230--1924275	13	3.6	13	88	2	58	15	8	0	76	1.02
1924561--1924617	6	9.3	6	74	11	53	5	15	0	78	0.91
1924568--1924608	16	2.6	15	85	11	55	7	17	0	75	1.02
1924562--1924614	19	2.8	19	77	5	63	5	16	0	77	0.96
1928575--1928617	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
1932512--1932623	59	1.9	59	88	0	170	39	7	4	49	1.51
1937874--1937988	59	1.9	60	91	1	187	38	8	6	46	1.59
1939799--1939865	17	3.9	17	82	5	91	17	0	38	43	1.50
1939799--1939884	16	5.1	17	74	7	77	18	0	37	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1939784--1939884	33	3.1	33	88	7	136	18	0	36	44	1.50
1939802--1939888	17	5.2	17	75	6	79	18	0	33	48	1.48
1939827--1939905	33	2.4	33	78	6	79	24	1	27	46	1.60
1941306--1941342	18	2.1	18	89	0	56	8	2	5	83	0.88
1941597--1941640	23	2.0	22	86	4	61	43	20	11	25	1.85
1941728--1941796	22	3.1	22	82	2	93	27	14	24	33	1.94
1941628--1941927	132	2.3	131	88	3	440	35	16	22	26	1.94
1941862--1941994	22	6.0	22	81	1	131	28	19	24	27	1.99
1941869--1941994	45	2.8	45	80	5	141	29	19	24	26	1.98
1942671--1942933	33	8.1	33	81	5	268	34	16	19	29	1.94
1942914--1942952	19	2.1	19	95	0	69	33	17	12	35	1.88
1942931--1943570	33	19.4	33	84	2	838	32	16	21	29	1.95
1942847--1943019	85	2.0	85	88	2	258	32	16	19	31	1.94
1951134--1951211	32	2.4	32	91	6	122	16	0	37	46	1.48
1951149--1951215	17	3.9	17	82	5	91	16	0	37	46	1.47
1952252--1952301	18	2.5	20	81	18	68	42	0	0	58	0.98
1954404--1954471	32	2.1	32	83	0	82	42	2	7	47	1.46
1954580--1954622	13	3.5	12	81	15	52	32	6	0	60	1.23
1955891--1955925	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
1957126--1957171	24	1.9	23	83	16	58	8	8	8	73	1.24
1957468--1957707	42	5.7	43	82	2	263	44	12	17	26	1.83
1957468--1957707	85	2.8	85	83	3	277	44	12	17	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1957823--1957938	59	2.0	60	84	5	155	46	15	18	18	1.84
1957948--1957978	16	1.9	16	93	0	53	54	0	16	29	1.42
1958286--1958445	74	2.2	74	87	2	223	45	14	10	30	1.79
1959820--1959877	1	58.0	1	78	0	62	1	6	1	89	0.61
1959821--1959877	26	2.3	25	87	6	80	1	7	1	89	0.62
1964132--1964197	25	2.7	25	88	9	93	74	6	0	19	1.03
1974309--1974355	24	2.0	22	84	8	58	70	2	14	12	1.26
1975102--1975145	20	2.3	19	92	4	70	31	0	0	68	0.90
1975102--1975147	10	4.7	10	81	5	58	34	0	0	65	0.93
1975170--1975204	19	1.9	19	88	11	56	51	0	0	48	1.00
1976017--1976221	104	2.0	106	87	7	303	42	3	6	46	1.47
1978297--1978346	19	2.6	19	82	17	68	50	0	0	50	1.00
1978300--1978344	21	2.2	21	92	7	76	51	0	0	48	1.00
1978338--1978372	18	1.9	18	94	0	61	62	2	0	34	1.10
1978952--1978985	16	2.1	16	89	10	52	32	0	0	67	0.91
1980241--1980288	24	2.0	25	88	12	73	31	0	4	64	1.12
1980248--1980296	24	2.0	24	81	14	57	32	0	6	61	1.21
1980829--1980872	11	4.0	11	81	0	52	52	4	4	38	1.42
1980827--1980871	22	2.0	22	91	0	72	48	4	6	40	1.49
1981089--1981258	22	7.9	22	69	12	75	51	4	8	35	1.52
1981177--1981242	19	3.3	19	72	12	60	53	1	6	39	1.35
1981186--1981249	19	3.2	20	75	12	51	50	1	7	40	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1981177--1981282	22	5.0	22	80	3	101	48	0	9	41	1.42
1981344--1981492	22	6.8	22	76	4	122	51	8	5	34	1.56
1981346--1981517	44	4.0	42	76	5	137	48	9	6	35	1.61
1981348--1981517	22	7.8	22	76	6	121	48	9	6	35	1.61
1983465--1983507	22	2.0	22	95	0	77	48	6	9	34	1.62
1983538--1983673	46	3.0	45	77	11	143	48	5	8	37	1.57
1983471--1983693	22	10.0	22	69	10	80	46	4	9	39	1.56
1983665--1983737	22	3.4	22	72	12	71	42	2	12	42	1.56
1983936--1983991	22	2.5	22	82	2	67	50	5	5	39	1.48
1983960--1984139	22	8.2	22	84	0	180	43	6	9	40	1.63
1984522--1984612	21	4.3	21	77	5	85	48	10	6	34	1.64
1984584--1984637	27	2.0	27	85	7	74	53	9	3	33	1.50
1984566--1984668	48	2.1	48	82	10	122	50	6	4	37	1.50
1985037--1985123	45	1.9	45	92	0	147	41	5	12	40	1.67
1989592--1989637	18	2.5	19	73	16	51	47	2	4	45	1.34
1991369--1991399	15	2.1	14	94	5	53	70	0	0	29	0.87
1997991--1999230	357	3.5	354	80	5	1351	37	12	13	36	1.82
2001296--2001337	21	2.0	21	85	4	57	33	11	21	33	1.90
2005649--2005680	9	3.6	9	100	0	64	68	9	0	21	1.17
2005688--2005766	38	2.1	38	97	0	149	41	18	12	26	1.87
2009744--2009798	24	2.4	22	76	11	56	41	1	0	56	1.10
2009845--2009888	18	2.3	20	88	11	67	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010197--2010241	15	3.1	15	80	3	56	60	2	4	33	1.29
2010381--2010589	106	2.0	107	86	8	295	43	3	5	46	1.45
2011717--2011751	16	2.3	15	90	5	52	77	0	0	22	0.78
2012653--2012685	17	1.9	17	100	0	66	45	0	0	54	0.99
2015174--2015218	22	2.0	22	91	0	72	51	6	4	37	1.49
2015274--2015335	22	2.8	22	87	0	88	45	1	16	37	1.57
2015517--2015652	22	6.4	21	73	11	91	48	3	11	36	1.56
2015552--2015594	19	2.3	19	95	0	77	46	0	9	44	1.35
2015713--2015783	21	3.3	22	82	3	74	54	9	2	32	1.48
2015766--2015888	22	5.6	22	79	3	95	49	8	6	34	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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