genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197081--197544	241	1.9	241	83	2	601	41	7	7	43	1.62
197314--199759	181	13.7	181	78	5	2050	39	7	10	42	1.68
197312--199722	363	6.7	360	77	6	2082	39	7	9	42	1.68
197312--199759	724	3.4	715	79	5	2386	39	7	10	42	1.68
198986--199672	172	3.9	171	76	8	612	40	8	10	40	1.69
199158--199710	179	3.1	178	79	7	570	40	7	9	42	1.66
199703--199832	67	1.9	67	87	0	188	45	4	14	35	1.66
199803--200284	180	2.8	166	75	11	416	38	8	9	44	1.66
199947--200486	180	3.0	180	75	11	452	38	7	8	44	1.65
200771--202036	180	7.1	180	79	5	1138	41	8	9	40	1.68
200771--202036	361	3.5	358	78	6	1213	41	8	9	40	1.68
201897--201944	18	2.7	19	78	12	57	58	4	0	37	1.18
200903--202057	541	2.1	540	81	6	1295	41	8	9	40	1.67
201909--202164	130	1.9	131	80	5	293	40	6	6	46	1.55
202059--202909	181	4.7	177	76	9	670	41	8	8	42	1.65
201276--202888	854	1.9	849	79	6	1773	41	8	9	41	1.67
202942--203998	180	5.9	175	75	9	758	43	9	7	39	1.66
202933--203973	536	1.9	538	79	6	1151	43	9	7	39	1.66
204203--208816	181	25.7	181	76	6	3483	41	10	8	39	1.69
204203--208810	898	5.1	889	77	7	3837	41	10	8	39	1.69
209003--209035	18	1.9	17	88	11	50	33	6	12	48	1.65
208825--212077	181	18.2	181	75	5	2113	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209283--210295	532	1.9	530	79	6	1120	41	9	7	40	1.67
209099--211503	896	2.7	903	78	7	2119	42	10	7	39	1.68
208826--212073	540	6.1	533	75	8	1663	41	9	8	40	1.69
211959--212216	139	1.9	139	81	6	317	45	8	8	37	1.64
212349--212897	294	1.9	294	82	1	688	41	11	7	39	1.68
212645--213846	180	6.7	181	77	7	1054	42	9	7	40	1.66
213190--213222	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
220439--221580	361	3.2	358	79	6	1080	41	10	7	40	1.67
220435--221580	180	6.4	178	78	7	1025	41	10	7	40	1.67
220435--221580	541	2.1	541	80	5	1295	41	10	7	40	1.67
221583--222396	181	4.5	181	78	7	805	41	7	9	41	1.65
221836--223068	672	1.8	672	82	5	1594	41	7	9	41	1.66
222503--223621	181	6.2	178	80	4	968	40	7	10	40	1.68
222589--223621	358	2.9	354	78	6	1020	40	7	10	41	1.68
222499--223581	539	2.0	537	80	5	1238	40	7	10	41	1.68
224637--224669	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
223671--225492	180	10.1	180	75	8	1203	40	8	9	41	1.68
223682--225473	361	5.0	356	75	8	1083	40	8	9	41	1.68
226951--227123	74	2.3	74	86	2	240	34	23	19	23	1.96
227866--228414	181	3.1	175	79	6	537	40	7	8	42	1.65
228290--228566	152	1.8	154	83	10	370	40	7	8	42	1.64
228728--228765	19	2.0	19	89	0	58	47	10	5	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228756--229986	181	6.9	180	75	8	899	40	8	9	41	1.69
228437--229818	528	2.6	527	79	6	1410	41	8	9	40	1.68
229310--229641	180	1.8	179	81	5	411	42	8	9	40	1.66
229835--230098	141	1.8	144	80	6	322	41	7	6	44	1.59
229996--233172	181	17.6	176	69	15	851	40	8	9	41	1.68
230220--230695	169	2.7	170	79	7	451	42	8	9	39	1.68
230039--230695	350	1.9	350	80	5	772	42	8	8	39	1.67
230757--230800	23	1.9	23	100	0	88	27	9	9	54	1.62
230445--231193	385	2.0	383	79	5	816	40	9	9	41	1.68
230780--233172	181	13.3	181	73	9	1456	40	8	9	41	1.68
231037--232371	720	1.9	716	79	6	1518	40	8	9	41	1.68
231836--233172	350	3.7	358	75	9	885	40	8	9	41	1.67
232345--232667	169	1.9	169	86	3	463	41	5	9	43	1.61
233226--233732	181	2.8	180	84	2	622	42	7	9	41	1.65
233741--237362	181	20.1	181	74	7	1596	40	8	9	42	1.67
234008--234690	360	1.9	360	81	3	820	41	8	8	41	1.66
235448--235484	18	2.2	18	90	9	60	43	8	10	37	1.69
233740--239381	362	15.9	361	73	9	2846	40	8	9	41	1.68
234324--237362	899	3.4	882	77	7	2394	39	8	9	42	1.67
237252--237284	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
237486--238777	180	7.2	181	74	10	963	39	8	9	42	1.68
237486--238757	528	2.4	536	80	7	1367	39	8	9	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238438--239090	350	1.9	350	79	3	760	41	8	9	40	1.68
239402--244490	181	28.6	179	73	9	2993	41	9	8	40	1.67
239402--244490	535	9.5	535	73	11	2516	41	9	8	40	1.67
239402--244490	716	7.1	714	74	10	3433	41	9	8	40	1.67
242950--244490	180	8.7	180	72	12	595	40	9	7	41	1.66
243284--243579	163	1.8	163	85	1	414	39	8	6	44	1.62
243508--243548	20	2.0	20	86	9	57	36	7	4	51	1.51
243439--244490	177	5.9	182	74	10	524	40	9	7	41	1.66
244505--244715	7	30.0	7	71	11	137	41	41	0	16	1.55
244608--244760	14	10.9	14	70	11	80	44	40	3	11	1.57
244644--244688	22	2.1	21	84	12	56	40	44	4	11	1.60
245303--245443	58	2.4	58	81	4	156	33	14	7	44	1.73
247230--247257	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
247447--247490	3	14.7	3	95	0	79	63	2	0	34	1.07
247880--248017	62	2.2	62	84	2	170	43	6	22	27	1.78
250019--250081	30	2.1	30	96	0	117	34	11	20	33	1.88
250080--250137	27	2.1	28	87	9	84	51	3	0	44	1.18
250083--250137	28	2.0	28	85	7	76	52	3	0	43	1.18
251635--251708	30	2.5	29	82	6	94	41	21	10	25	1.85
253425--253482	23	2.6	23	83	5	66	37	8	3	50	1.50
253768--253800	14	2.3	15	89	5	50	42	6	6	45	1.53
254108--254154	23	2.0	23	84	8	60	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254341--254405	29	2.2	29	89	5	96	46	1	1	50	1.20
254604--254645	17	2.6	16	92	7	68	50	2	2	45	1.27
254769--254818	17	2.7	20	73	23	54	50	2	0	48	1.12
254812--254860	25	2.0	25	91	0	80	51	6	0	42	1.27
255212--255293	34	2.3	36	74	16	82	63	3	6	26	1.35
255307--255336	10	3.1	10	90	9	53	60	0	0	40	0.97
255308--255337	9	3.2	9	95	4	51	56	0	0	43	0.99
255318--255398	34	2.4	33	77	8	92	46	1	0	51	1.08
255358--255395	16	2.6	14	81	18	51	50	0	0	50	1.00
255365--255411	16	3.0	15	87	9	67	46	0	2	51	1.13
255429--255478	24	2.1	24	100	0	100	58	4	8	30	1.45
262956--262999	20	2.3	19	92	4	70	31	0	0	68	0.90
262956--263001	10	4.7	10	81	5	58	34	0	0	65	0.93
263015--263059	22	2.0	24	86	8	67	53	0	0	46	1.00
266413--266471	29	2.0	29	100	0	118	47	27	0	25	1.52
268926--269045	61	2.0	61	81	0	141	34	15	11	39	1.83
269184--269364	64	2.8	64	84	4	195	39	11	12	37	1.78
269805--269939	62	2.1	63	86	4	182	40	17	7	34	1.77
269783--270015	64	3.7	62	76	11	186	36	15	9	38	1.79
277423--277452	15	2.0	15	93	0	51	43	13	10	33	1.77
286409--286442	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
287447--287496	24	2.1	23	82	17	59	66	0	6	28	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287737--287777	22	2.0	20	85	9	55	51	4	2	41	1.36
287950--287982	9	3.3	10	91	8	50	54	0	0	45	0.99
288659--288704	21	2.1	23	84	11	62	45	4	4	45	1.43
290317--290356	20	2.0	21	90	5	64	42	2	2	52	1.28
290978--291043	33	2.0	33	100	0	132	12	12	18	57	1.64
290982--291056	33	2.4	33	84	6	84	14	12	17	56	1.68
291233--291268	16	2.2	16	90	0	54	16	2	5	75	1.12
292289--292313	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
293549--293604	25	2.2	24	78	12	58	35	7	3	53	1.46
294138--294172	16	2.1	17	89	5	54	57	0	0	42	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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