genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87322--87347	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
88811--88852	22	2.0	21	85	4	57	38	7	21	33	1.81
91182--91224	20	2.3	18	88	8	59	48	4	9	37	1.56
90887--93782	181	16.2	181	76	6	2129	39	7	9	42	1.67
91263--91564	157	1.9	160	80	5	351	37	7	9	45	1.66
93803--93831	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
94076--98904	181	27.1	180	72	9	2249	41	8	9	41	1.68
95127--95175	16	2.8	18	72	15	57	44	10	8	36	1.68
95121--95171	18	2.9	18	75	16	54	45	9	7	37	1.67
94037--100689	541	12.5	537	76	8	4501	41	8	9	41	1.67
96696--97120	176	2.4	178	80	8	447	44	6	8	40	1.62
98975--100689	181	9.5	178	78	6	1501	41	8	8	41	1.67
100770--100802	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
100842--101420	180	3.2	179	79	5	477	42	8	9	39	1.68
101307--101575	141	1.9	141	85	3	371	36	6	9	46	1.63
101619--102950	180	7.4	180	77	6	1149	40	9	9	40	1.69
101751--102946	536	2.2	537	81	5	1333	40	9	9	40	1.70
103778--106502	181	15.2	179	73	11	1451	42	9	7	40	1.66
103769--104649	363	2.4	361	80	3	926	43	8	7	40	1.63
104651--106010	357	3.8	354	80	5	1390	42	9	8	40	1.66
106561--110752	180	23.4	177	75	7	2575	42	9	8	40	1.67
107451--110725	181	18.2	179	72	10	552	42	9	7	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106561--113756	360	20.2	361	73	10	3508	42	9	7	40	1.66
110763--113764	359	8.4	355	75	9	2096	41	9	7	40	1.66
110763--113716	181	16.6	181	76	7	2185	41	9	7	41	1.66
106561--114985	541	15.8	535	73	11	3855	42	9	7	40	1.67
111970--112002	18	1.9	17	88	11	50	39	9	3	48	1.50
113836--114951	180	6.2	179	74	9	604	42	10	8	38	1.70
114096--114780	349	2.0	348	80	5	783	41	11	8	39	1.70
113916--114969	529	2.0	532	79	5	1170	41	11	8	39	1.70
115223--122333	181	39.7	174	72	12	1955	42	9	8	39	1.67
115230--118351	181	17.4	178	77	7	2272	42	9	7	39	1.67
115230--122333	362	19.8	360	75	7	4643	42	9	8	39	1.67
115230--122333	718	9.9	717	75	8	4826	42	9	8	39	1.67
118562--121461	541	5.4	538	74	8	1509	42	10	8	39	1.69
115230--122333	898	7.9	887	74	9	3582	42	9	8	39	1.67
122560--124226	181	9.3	180	76	8	1263	40	8	9	41	1.68
122579--123597	358	2.8	349	79	7	1009	39	8	9	42	1.68
126128--126180	25	2.2	25	83	6	65	49	18	13	18	1.80
126714--126748	16	2.2	16	94	0	61	42	11	14	31	1.81
128692--128752	29	2.1	29	100	0	122	37	18	6	37	1.76
130702--130741	19	2.1	19	100	0	80	55	22	15	7	1.65
132452--133471	181	5.7	179	78	6	884	41	8	8	41	1.66
132447--133468	361	2.8	353	76	6	914	41	8	8	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133153--133763	328	1.9	327	81	3	762	40	7	7	44	1.61
133481--134117	180	3.5	180	77	6	548	41	7	8	42	1.63
134130--134729	180	3.3	182	74	8	464	39	6	11	41	1.68
134137--135395	520	2.4	525	76	10	1295	38	7	11	42	1.69
135419--136167	181	4.2	177	75	8	604	39	8	9	41	1.69
136054--136286	125	1.9	127	82	5	303	42	9	9	39	1.69
135864--136468	303	2.0	305	80	4	684	41	9	9	39	1.70
136169--137442	176	7.2	176	75	9	777	40	8	10	40	1.71
136705--137448	357	2.1	356	81	6	878	41	7	10	40	1.69
137385--137515	67	2.0	67	92	0	217	41	6	15	37	1.72
137452--138953	181	8.5	180	72	11	779	40	8	10	40	1.70
138412--138454	21	2.0	21	90	0	68	46	6	6	39	1.58
138649--139290	339	1.9	338	81	5	778	42	8	9	39	1.68
138961--143808	181	27.1	181	75	8	3701	40	8	9	41	1.68
138961--143812	359	13.6	356	75	9	3226	40	8	9	41	1.68
138961--143776	534	9.0	532	76	9	3310	40	8	9	41	1.68
138961--143782	716	6.7	713	75	9	3460	40	8	9	41	1.68
143603--144032	224	1.9	223	80	4	499	40	8	9	41	1.67
144651--146040	180	7.8	181	73	10	847	41	10	8	39	1.69
144651--146040	358	3.9	357	77	8	1070	41	10	8	39	1.69
144713--145690	539	1.8	539	81	2	1237	41	10	8	40	1.70
146226--146880	181	3.6	179	77	6	511	40	10	7	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146229--148321	180	11.4	176	69	12	696	41	9	8	40	1.68
146987--147187	105	1.9	106	83	1	260	47	6	7	37	1.59
147081--148315	180	6.8	181	74	6	982	42	9	8	39	1.68
147081--148315	362	3.4	353	77	7	1133	42	9	8	39	1.68
149066--149257	102	1.9	102	82	4	244	35	11	8	43	1.73
149250--149462	106	2.0	106	82	0	257	47	7	7	37	1.59
149925--149957	13	2.4	14	90	5	50	75	0	3	21	0.93
149356--156935	181	42.2	178	72	10	3755	42	9	8	39	1.68
149356--156935	537	14.1	540	75	8	4621	42	9	8	39	1.68
150925--150965	19	2.2	19	86	0	55	34	9	7	48	1.64
151182--151220	20	2.0	20	85	9	55	53	2	5	38	1.37
154604--154639	18	2.1	18	89	5	56	61	0	0	38	0.96
154368--156935	182	14.4	181	74	8	1658	41	9	8	40	1.68
156661--156692	15	2.1	15	100	0	64	46	6	12	34	1.67
156943--160413	538	6.5	535	76	7	2630	41	10	8	39	1.70
156943--160414	180	19.4	180	76	6	2626	41	10	8	39	1.70
160428--162659	181	12.5	180	75	8	1582	41	10	8	39	1.70
160428--162659	352	6.3	361	75	8	1574	41	10	8	39	1.70
165153--165194	22	2.0	21	85	4	57	47	2	4	45	1.36
167498--167692	40	4.8	41	91	1	286	33	21	20	25	1.97
167498--167692	83	2.4	80	88	2	282	33	21	20	25	1.97
167627--167757	65	2.0	66	89	4	203	35	21	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167693--167773	41	2.0	41	92	0	135	38	20	17	23	1.93
168380--168430	21	2.4	22	80	9	70	37	9	7	45	1.67
168812--168954	63	2.3	63	85	0	196	32	22	9	34	1.87
169635--169683	8	6.1	8	76	9	55	4	14	0	81	0.83
169634--169700	26	2.6	24	76	23	66	5	14	0	79	0.92
169652--169702	12	4.2	12	77	5	50	3	13	0	82	0.81
169633--169681	15	3.2	14	80	13	53	4	12	0	83	0.77
169644--169718	35	2.2	34	83	7	89	8	17	0	74	1.04
173742--173916	58	3.0	58	83	4	201	37	12	5	44	1.65
173747--173922	57	3.1	57	78	8	178	38	11	4	44	1.62
173981--174018	19	2.0	19	85	10	51	73	5	0	21	1.02
176621--176668	17	2.8	17	81	12	53	41	12	0	45	1.42
176987--177058	36	2.0	36	94	0	126	33	13	8	44	1.74
176102--189038	181	72.0	181	73	8	7376	41	10	8	39	1.69
184520--184571	18	2.9	19	77	11	56	42	9	7	40	1.66
186961--187139	90	2.0	91	93	1	306	53	8	7	30	1.59
187126--187566	182	2.4	182	82	3	503	39	10	10	40	1.73
187495--187652	86	1.8	86	84	2	219	32	12	10	44	1.76
188482--188538	18	3.2	18	73	14	64	36	10	7	45	1.66
176102--189038	360	36.0	357	71	11	4296	41	10	8	39	1.69
177240--187035	541	18.2	537	73	10	1673	41	10	8	39	1.68
189040--191165	180	11.7	179	76	7	1401	40	8	9	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189040--190146	542	2.1	538	80	5	1223	41	8	9	40	1.69
190398--190438	18	2.3	18	82	0	55	41	7	9	41	1.66
192197--193551	181	7.6	180	77	7	1090	40	8	9	42	1.67
192435--193493	180	6.0	171	75	9	634	39	8	9	42	1.68
194178--194217	20	2.0	21	85	14	57	42	2	15	40	1.60
193669--196019	181	13.1	181	76	6	1832	39	8	9	42	1.68
194631--194957	168	1.9	168	83	6	421	39	7	10	43	1.67
193710--196000	538	4.3	538	78	7	1580	39	8	9	42	1.68
196246--196617	181	2.1	180	80	3	408	42	8	7	41	1.63
196626--197304	178	3.8	174	74	10	475	43	7	8	40	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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