genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7958997--7959139	36	4.0	36	76	13	134	48	12	10	28	1.74
7958997--7959230	55	4.3	54	75	12	153	49	11	10	29	1.71
7958997--7959161	36	4.6	35	76	14	131	49	12	9	28	1.71
7959038--7959230	55	3.6	54	77	5	176	50	9	10	29	1.68
7959192--7959454	124	2.1	124	89	1	402	44	9	18	26	1.81
7959284--7959371	19	4.8	17	77	13	77	45	9	15	29	1.77
7959050--7959371	18	17.8	19	66	16	71	47	9	14	28	1.76
7959277--7959435	18	8.9	17	69	18	83	43	9	19	27	1.82
7959406--7959508	37	2.8	37	75	20	108	54	10	8	26	1.64
7959222--7959491	124	2.2	123	86	4	357	45	10	17	27	1.80
7959388--7959508	18	6.6	19	76	19	82	51	10	11	26	1.71
7959496--7959690	93	2.1	94	87	0	275	45	10	13	30	1.77
7959702--7959787	19	4.6	19	81	7	88	41	13	15	29	1.85
7959721--7959778	17	3.2	18	82	7	82	41	13	15	29	1.86
7961049--7961094	22	2.1	22	87	0	65	41	13	10	34	1.79
7965070--7965125	26	2.1	27	83	9	71	44	7	10	37	1.67
7965410--7965442	12	2.6	13	85	9	50	81	9	0	9	0.87
7969976--7970536	286	2.0	287	83	3	727	33	15	17	33	1.91
7972731--7972784	7	7.9	7	85	10	60	87	0	1	11	0.63
7972729--7972792	8	7.9	8	84	10	85	85	0	3	10	0.69
7972739--7972792	1	54.0	1	77	0	54	88	0	1	9	0.58
7973510--7973580	33	2.2	33	86	0	97	29	14	18	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7973813--7974007	44	4.4	43	78	5	187	27	15	13	42	1.85
7973813--7974014	88	2.3	88	83	2	257	27	15	13	42	1.85
7974204--7974250	24	2.0	24	87	8	69	78	4	4	12	1.04
7974195--7974244	12	4.3	11	78	12	55	82	2	2	14	0.86
7975332--7975385	27	2.0	28	82	7	67	44	12	9	33	1.75
7978543--7978612	30	2.3	30	87	9	97	62	12	1	22	1.38
7979241--7979282	21	2.0	21	90	0	66	21	11	7	59	1.56
7980098--7980156	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
7980608--7980840	37	6.3	37	73	6	143	40	19	7	32	1.80
7980859--7980943	37	2.3	38	83	2	109	36	15	7	41	1.74
7983362--7983399	16	2.4	17	82	13	53	81	0	15	2	0.80
7984042--7984081	16	2.6	16	81	18	57	82	2	10	5	0.91
7988339--7988386	21	2.2	24	78	17	59	47	4	0	47	1.21
7988345--7988386	20	2.0	23	86	13	63	45	4	0	50	1.23
7994475--7994959	244	2.0	242	89	2	740	48	11	15	24	1.78
8000682--8000985	164	1.9	163	81	4	369	38	13	12	35	1.82
8008530--8008862	122	2.7	123	77	10	272	37	13	13	35	1.84
8008948--8009131	65	2.9	62	75	8	142	33	13	14	38	1.86
8010049--8010078	9	3.2	9	95	4	51	63	0	0	36	0.95
8010051--8010080	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
8010107--8010147	21	2.0	21	85	9	57	43	9	14	31	1.78
8011775--8011840	20	3.3	20	75	16	66	60	12	1	25	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8011775--8011857	22	4.0	22	73	17	77	59	10	2	27	1.44
8011765--8011857	11	8.9	11	72	17	56	58	9	3	29	1.46
8011993--8012040	17	2.7	18	80	6	62	52	2	0	45	1.12
8013121--8013226	22	5.1	20	70	18	74	60	7	6	25	1.48
8013154--8013214	22	2.7	23	87	5	81	63	6	4	24	1.38
8013341--8013390	25	2.1	25	85	10	70	74	2	4	20	1.08
8014787--8014836	25	2.0	25	88	7	75	62	16	6	16	1.52
8014824--8014891	34	1.9	34	82	8	82	60	13	5	20	1.54
8014858--8014937	20	3.9	19	76	13	88	58	7	6	27	1.49
8014869--8014929	22	2.9	22	78	9	65	59	4	6	29	1.44
8015960--8015993	15	2.3	15	89	0	50	11	5	5	76	1.14
8016755--8016799	14	3.2	14	90	0	63	42	8	20	28	1.82
8016755--8016791	19	1.9	19	89	10	58	43	5	21	29	1.75
8023920--8024134	59	3.6	59	77	11	226	45	6	11	36	1.66
8023922--8024134	119	1.8	117	87	5	313	45	6	11	36	1.67
8028082--8028187	28	3.7	30	76	12	98	73	0	16	10	1.09
8028114--8028185	8	9.1	8	80	17	64	77	0	13	8	0.98
8028882--8029001	63	1.9	63	89	0	186	36	6	22	34	1.80
8030016--8030189	40	4.3	40	78	5	172	26	13	20	39	1.90
8030226--8030348	65	1.9	65	89	3	194	23	15	17	43	1.86
8030289--8030458	42	4.0	42	83	6	207	28	14	15	41	1.86
8030476--8030547	9	8.0	9	74	13	51	83	9	5	1	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8030483--8030544	12	4.9	13	72	20	51	83	9	6	0	0.79
8030476--8030547	28	2.7	26	79	10	74	83	9	5	1	0.86
8033675--8033826	60	2.6	61	87	5	222	47	4	9	38	1.58
8038367--8038434	29	2.3	29	90	5	102	41	5	20	32	1.76
8038325--8038446	30	4.1	29	80	5	111	37	5	19	36	1.76
8040448--8040479	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
8043082--8043108	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
8043724--8043768	24	1.9	24	86	4	65	51	4	2	42	1.34
8045871--8045909	14	2.8	14	84	0	60	51	10	2	35	1.50
8048459--8048686	112	2.0	115	95	2	417	44	7	30	18	1.76
8054480--8054668	61	3.1	60	71	17	163	28	11	12	47	1.76
8054458--8054683	124	1.8	124	80	7	271	27	14	12	45	1.80
8070774--8070853	31	2.6	31	76	7	81	22	16	21	40	1.91
8071686--8071838	56	2.8	55	85	7	202	29	16	9	44	1.79
8071692--8071936	55	4.4	55	79	7	237	29	13	11	45	1.79
8072219--8072254	15	2.4	15	85	0	54	61	16	8	13	1.56
8072757--8072888	68	2.0	67	84	1	174	43	14	6	36	1.70
8074634--8074698	30	2.1	31	91	2	105	56	10	1	30	1.42
8074837--8074901	19	3.5	19	75	12	80	61	7	0	30	1.24
8075008--8075178	86	2.0	85	89	2	263	43	7	5	44	1.54
8078474--8078571	48	2.0	48	86	0	133	25	32	8	33	1.85
8079092--8079174	31	2.7	31	83	3	105	24	16	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8079429--8079522	48	2.0	48	85	4	127	20	31	11	36	1.88
8080122--8080147	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8083097--8083166	36	1.9	36	82	0	86	22	0	32	44	1.53
8083272--8083368	19	5.2	19	75	8	92	27	8	24	39	1.84
8085429--8085461	17	1.9	17	93	0	57	36	21	6	36	1.78
8088220--8088261	16	2.6	16	85	7	50	7	16	4	71	1.26
8089014--8089085	31	2.3	32	81	9	87	41	2	1	54	1.23
8089448--8090078	159	4.0	155	82	6	621	40	16	9	32	1.81
8090160--8090186	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
8098827--8098869	20	2.2	20	87	8	61	65	4	4	25	1.32
8099247--8099286	17	2.4	17	91	4	64	45	0	0	55	0.99
8100126--8100167	19	2.1	21	86	8	61	28	0	0	71	0.86
8101443--8101627	100	1.8	101	97	1	354	41	15	12	30	1.85
8102562--8102816	137	1.8	140	81	7	324	36	13	16	33	1.88
8102690--8102862	62	2.8	62	72	3	168	37	13	15	33	1.86
8110260--8110407	61	2.4	60	71	9	147	35	14	12	37	1.85
8110324--8110966	352	1.8	351	79	6	748	36	13	13	36	1.84
8116958--8117057	25	3.8	25	75	10	92	28	22	12	38	1.89
8116960--8117069	54	2.0	54	83	0	139	27	22	11	38	1.89
8123516--8123557	20	2.0	23	86	13	63	50	0	4	45	1.23
8123516--8123563	21	2.2	23	82	14	57	47	0	4	47	1.21
8125412--8125443	16	2.0	16	93	0	55	40	6	0	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8125596--8125643	19	2.5	19	83	10	53	14	0	37	47	1.44
8125676--8125802	7	19.3	6	73	16	76	22	2	29	44	1.65
8125748--8125784	12	3.0	12	92	4	56	24	0	27	48	1.51
8125735--8125818	39	2.2	38	85	6	107	23	0	28	47	1.52
8126018--8126101	29	2.9	28	77	13	80	53	15	11	19	1.72
8126820--8126987	50	3.2	50	78	11	156	48	12	10	28	1.74
8126875--8126988	60	1.9	60	89	1	176	49	10	11	28	1.72
8128270--8128571	143	2.1	143	79	2	338	40	12	14	33	1.83
8129171--8129224	22	2.4	23	78	12	67	14	18	0	66	1.25
8130051--8130101	24	2.2	23	92	3	84	0	17	0	82	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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