genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   

This is table  46  of  105  ( 12570 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8863448--8863629	32	6.1	32	69	18	106	31	4	9	54	1.54
8863515--8863578	31	2.1	31	85	5	85	28	7	12	51	1.67
8863635--8863680	22	2.0	22	87	4	65	28	4	6	60	1.40
8863596--8863703	20	5.3	20	68	10	76	31	5	7	55	1.51
8863760--8863798	19	2.1	19	90	0	60	33	5	7	53	1.51
8863768--8863828	24	2.6	23	80	12	70	36	3	8	52	1.48
8863991--8864059	18	3.8	18	74	14	70	36	5	10	47	1.61
8866931--8867025	41	2.3	41	83	5	113	31	7	17	43	1.77
8876125--8876149	11	2.3	11	100	0	50	52	20	0	28	1.47
8877227--8877264	14	2.7	15	84	12	53	57	21	0	21	1.40
8893232--8893263	13	2.5	13	100	0	64	37	0	40	21	1.54
8896396--8896429	15	2.3	15	89	0	50	20	20	5	52	1.67
8901288--8901330	19	2.2	20	87	4	61	16	9	13	60	1.58
8912252--8912296	12	3.9	11	83	11	54	80	4	0	15	0.87
8918345--8918503	59	2.6	61	85	5	216	18	2	19	59	1.49
8920552--8920864	158	2.0	158	87	0	455	25	19	12	42	1.86
8922623--8922676	18	2.8	20	77	8	58	48	7	7	37	1.59
8922623--8922679	20	3.0	20	75	14	66	45	8	7	38	1.62
8925587--8925718	65	2.0	65	85	0	174	45	21	9	22	1.81
8933969--8934004	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
8935019--8935047	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
8940745--8940776	15	2.3	15	89	10	50	62	12	6	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8946239--8946277	21	1.9	20	89	5	60	74	2	17	5	1.12
8947258--8947528	107	2.5	107	84	6	338	19	25	9	44	1.82
8947545--8947616	35	2.0	35	86	2	99	18	19	12	50	1.78
8947266--8947617	107	3.3	104	77	13	331	18	24	11	45	1.82
8947520--8947712	104	1.8	105	80	7	232	17	16	15	51	1.76
8948732--8948962	92	2.5	91	90	2	351	55	11	27	6	1.58
8949906--8949946	14	2.8	15	82	17	59	68	0	2	29	1.03
8950205--8950291	14	6.4	14	77	7	81	55	19	3	21	1.58
8950229--8950326	39	2.5	39	81	6	101	53	24	7	15	1.67
8958592--8958655	17	3.7	17	79	6	58	46	14	12	26	1.79
8962822--8962873	20	2.6	19	85	8	68	63	0	1	34	1.06
8963426--8963470	14	3.1	14	78	6	54	35	2	2	60	1.22
8963790--8963868	31	2.6	30	82	6	95	41	8	10	39	1.70
8963945--8963998	21	2.6	21	84	0	63	33	31	14	20	1.93
8967100--8967159	20	2.8	21	78	14	52	36	8	0	55	1.30
8970515--8970582	6	11.0	6	76	17	50	22	4	1	72	1.11
8970528--8970581	17	3.3	17	76	10	58	24	5	0	70	1.08
8971125--8971169	20	2.2	21	84	4	56	17	2	13	66	1.34
8971700--8971747	13	3.8	13	76	18	57	22	4	14	58	1.54
8971697--8971762	23	2.8	23	82	13	80	24	6	13	56	1.60
8971803--8971884	25	3.3	25	71	19	73	26	4	13	54	1.59
8971792--8971887	49	2.0	49	83	4	122	28	5	12	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8971822--8971888	13	5.6	12	70	18	50	26	2	10	59	1.45
8971803--8971957	49	3.2	49	81	8	165	25	7	12	54	1.62
8971826--8971985	24	6.6	24	75	12	94	24	7	10	57	1.58
8971828--8971984	11	12.9	12	69	17	69	24	7	10	57	1.58
8971875--8971985	48	2.3	49	80	1	116	24	9	9	56	1.60
8973449--8973594	64	2.3	64	74	16	149	36	8	8	45	1.67
8973621--8973929	91	3.3	92	72	7	275	42	10	6	40	1.66
8973526--8973929	186	2.1	190	89	3	620	40	10	7	41	1.67
8978808--8978855	24	2.1	24	88	7	73	14	6	0	79	0.92
8978876--8978912	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
8982809--8982881	28	2.6	27	81	12	69	16	5	4	73	1.17
8982868--8982905	3	12.7	3	89	10	60	28	2	0	68	1.03
8983080--8983118	20	1.9	21	84	5	53	58	2	0	38	1.12
8991370--8991406	10	3.7	10	89	10	58	64	0	10	24	1.25
8991366--8991414	19	2.6	18	78	9	62	71	0	10	18	1.13
8992736--8992794	15	4.0	15	73	4	57	11	3	10	74	1.18
8992736--8992794	29	2.1	28	83	3	73	11	3	10	74	1.18
8993952--8994381	142	3.0	142	98	0	833	30	16	12	40	1.85
9001272--9001317	20	2.3	20	85	3	58	84	0	8	6	0.77
9002326--9002436	49	2.2	48	78	9	116	26	8	18	47	1.75
9002970--9003012	12	3.5	12	81	12	52	18	4	2	74	1.10
9003925--9003967	12	3.3	12	81	12	50	13	0	4	81	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9003922--9003969	17	2.8	17	87	6	62	14	0	4	81	0.84
9004118--9004449	12	27.7	12	65	20	85	26	3	12	57	1.51
9004121--9004208	35	2.5	35	92	5	144	26	1	13	59	1.42
9004174--9004268	24	4.0	24	85	12	115	28	4	11	55	1.54
9004174--9004400	46	5.0	45	76	14	200	26	3	13	56	1.54
9004251--9004285	16	2.2	16	89	0	52	31	5	17	45	1.71
9004179--9004355	88	2.0	87	86	9	245	28	3	13	53	1.57
9004267--9004416	24	6.3	23	78	12	135	26	4	13	56	1.57
9004120--9004370	11	20.9	12	69	25	64	27	3	12	56	1.51
9004170--9004419	47	5.4	47	78	14	218	26	4	12	56	1.56
9005638--9005676	18	2.1	18	95	4	69	61	7	0	30	1.24
9005804--9005853	19	2.7	18	78	9	55	68	10	2	20	1.29
9005843--9005929	18	4.8	18	71	13	63	60	3	2	33	1.26
9005843--9005925	27	3.2	26	68	13	62	61	3	2	32	1.26
9006007--9006056	26	2.0	26	84	11	68	30	8	4	58	1.45
9006089--9006134	20	2.4	19	81	3	56	28	4	6	60	1.40
9008083--9008133	18	2.8	17	85	8	57	47	3	0	49	1.20
9008101--9008174	30	2.4	29	78	10	76	51	1	1	45	1.18
9008119--9008160	21	2.0	21	81	13	50	52	0	2	45	1.13
9008490--9008621	67	2.0	65	88	2	192	46	14	11	27	1.78
9012240--9012277	16	2.4	17	83	16	55	52	0	0	47	1.00
9012243--9012283	18	2.3	18	76	15	50	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9013941--9013996	21	2.6	22	88	8	80	16	3	1	78	0.97
9013941--9013997	14	4.1	13	80	13	60	15	3	1	78	0.96
9013994--9014059	34	1.9	34	82	11	82	18	13	1	66	1.32
9014732--9014885	56	2.7	56	86	4	211	47	9	12	31	1.72
9015001--9015044	16	2.8	15	86	6	52	63	2	4	29	1.26
9019639--9019957	159	2.0	158	96	0	593	39	14	17	28	1.89
9022065--9022142	40	2.0	40	81	0	93	34	5	25	34	1.78
9022438--9022480	21	2.1	21	91	4	70	58	9	23	9	1.58
9024004--9024028	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
9027580--9028082	258	1.9	258	84	3	663	28	16	17	38	1.91
9029466--9029944	188	2.6	184	80	6	484	35	13	16	33	1.89
9031364--9031442	33	2.5	31	76	12	88	39	11	15	34	1.83
9039346--9039398	22	2.5	21	93	6	97	45	9	9	35	1.69
9048275--9048337	22	3.0	22	80	11	80	46	6	7	39	1.59
9048737--9048946	46	4.5	48	80	5	232	44	12	5	36	1.67
9048805--9048931	22	5.5	22	73	16	96	43	11	5	39	1.65
9048707--9048931	94	2.4	95	82	5	260	45	12	4	37	1.63
9048872--9048925	27	2.0	27	85	0	72	48	9	3	38	1.53
9048766--9048992	94	2.4	92	82	7	269	44	13	5	36	1.68
9048911--9049189	148	1.9	146	80	6	321	42	13	9	35	1.76
9049271--9049312	22	1.9	22	85	9	59	47	9	7	35	1.64
9049572--9049691	40	3.1	39	80	4	134	36	17	10	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9049621--9049769	39	3.8	39	83	3	158	36	14	10	37	1.81
9049945--9049976	16	1.9	17	93	6	57	34	12	12	40	1.81
9051261--9051320	28	2.2	27	84	3	75	6	20	1	71	1.17
9051276--9051326	13	3.8	13	73	17	50	3	19	1	74	1.07
9057061--9057086	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
9063076--9063128	25	2.1	25	96	0	97	39	30	11	18	1.86
9067906--9068058	50	3.0	50	78	12	161	26	26	7	39	1.83
9068083--9068114	11	2.9	11	90	0	55	46	28	0	25	1.53
9068803--9068874	36	2.0	36	81	5	83	41	0	1	56	1.07
9068838--9068876	16	2.4	16	82	0	51	35	0	2	61	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105