genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015713--2015913	44	4.6	44	77	1	145	49	8	5	36	1.58
2015790--2015910	22	5.5	21	81	5	107	47	7	6	38	1.58
2016209--2016253	22	2.0	22	95	0	81	48	6	8	35	1.61
2016287--2016378	22	4.2	21	72	12	78	48	5	7	38	1.55
2016390--2016422	16	2.1	15	94	5	57	51	6	6	36	1.51
2016406--2016455	21	2.3	22	86	10	68	48	2	8	42	1.44
2016427--2016499	22	3.4	22	69	12	62	39	4	12	43	1.61
2016642--2016803	22	7.4	22	77	6	96	43	7	8	40	1.63
2017155--2017265	21	5.2	22	80	5	113	49	9	3	37	1.52
2017172--2017265	10	9.0	10	71	8	71	46	8	4	40	1.54
2021426--2021455	9	3.2	9	95	4	51	63	0	0	36	0.95
2021428--2021457	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
2021967--2022024	26	2.2	27	78	6	66	55	1	0	43	1.10
2024058--2024180	56	2.2	56	84	4	151	34	4	15	46	1.65
2024997--2025021	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2027354--2027398	20	2.3	20	88	3	65	33	11	4	51	1.58
2032456--2032491	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2037643--2037671	9	3.3	9	95	4	51	0	0	6	93	0.36
2040188--2040218	14	2.2	14	100	0	62	41	0	22	35	1.54
2041063--2041105	21	2.0	23	86	9	63	60	2	0	37	1.10
2041216--2041281	30	2.2	31	83	8	82	62	3	3	31	1.26
2041588--2041645	18	3.0	20	73	14	59	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041570--2041631	18	3.3	18	75	8	52	48	0	0	51	1.00
2041593--2041690	25	3.9	25	71	12	76	43	0	0	56	0.99
2041671--2041755	38	2.2	41	81	8	97	43	3	0	52	1.18
2041698--2041756	19	2.9	22	75	17	72	42	5	0	52	1.23
2041662--2041743	11	7.8	11	69	22	52	42	2	0	54	1.13
2041949--2042005	30	1.9	30	85	7	80	42	3	0	54	1.17
2042487--2042533	17	2.7	18	70	9	53	17	6	6	70	1.30
2042797--2042860	24	2.8	23	81	11	69	53	3	1	42	1.26
2043720--2043754	18	1.9	18	94	0	61	42	5	0	51	1.25
2044719--2044821	32	3.1	32	76	9	100	50	0	0	47	1.14
2044688--2044842	69	2.3	65	77	16	152	47	1	0	50	1.14
2044730--2044808	37	2.1	36	82	13	90	45	1	1	51	1.17
2052901--2052965	28	2.3	28	89	0	103	60	0	3	36	1.13
2052903--2052965	13	4.5	14	71	13	51	60	0	3	36	1.13
2052955--2053003	22	2.2	22	92	0	80	40	0	0	59	0.98
2052952--2052996	20	2.3	20	77	14	58	44	0	0	55	0.99
2062054--2062101	25	1.9	25	83	8	62	60	0	2	37	1.09
2062152--2062206	28	2.0	27	86	10	76	58	0	0	41	0.98
2067335--2067411	39	2.0	39	94	0	136	20	12	31	35	1.91
2069996--2070056	30	2.1	30	87	3	88	42	3	4	49	1.40
2070718--2070776	30	2.0	30	83	9	77	33	0	0	66	0.92
2070736--2070799	23	2.8	22	77	11	58	32	1	0	65	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083982--2084040	28	2.2	27	87	6	84	62	0	1	35	1.05
2083990--2084054	28	2.2	29	89	5	96	66	0	3	30	1.07
2084307--2084344	19	2.0	19	89	0	58	39	13	15	31	1.86
2085071--2085108	11	3.2	12	81	11	51	65	0	0	34	0.93
2085062--2085118	24	2.6	22	84	15	66	68	0	0	31	0.90
2085111--2085174	30	2.1	32	85	5	87	48	1	0	50	1.10
2085802--2085908	25	4.5	24	68	15	71	54	0	0	44	1.06
2085818--2085864	21	2.3	21	85	7	62	59	0	0	40	0.97
2085789--2085910	46	2.6	48	80	12	119	57	0	0	41	1.04
2086281--2086310	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2087179--2087229	12	4.2	12	82	9	68	37	0	1	60	1.08
2087124--2087229	25	4.1	25	75	13	90	40	0	0	58	1.04
2093011--2093042	13	2.5	13	94	0	55	50	25	12	12	1.75
2104595--2104628	13	2.6	13	90	0	50	61	5	29	2	1.34
2108486--2108528	22	1.9	23	90	4	70	20	4	6	67	1.33
2111172--2111238	33	2.0	33	100	0	134	40	14	20	23	1.90
2115701--2115739	18	2.2	18	85	0	51	51	7	2	38	1.44
2126608--2126711	32	3.0	32	72	14	82	45	0	3	50	1.26
2128803--2128878	25	3.2	25	76	14	97	61	3	1	32	1.22
2128810--2128879	21	3.1	21	76	20	79	64	2	1	31	1.17
2132523--2132589	30	2.2	29	78	17	73	40	2	2	53	1.31
2132525--2132589	31	2.1	32	85	8	89	38	3	3	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132601--2132644	21	2.1	20	83	8	52	22	0	2	75	0.92
2132654--2132692	20	1.9	21	84	5	53	48	0	0	51	1.00
2133467--2133510	15	2.8	16	86	6	54	65	0	0	34	0.93
2133486--2133523	18	2.2	18	90	4	60	60	0	2	36	1.11
2139205--2139243	7	5.6	7	85	8	53	12	15	30	41	1.85
2139204--2139243	21	1.9	21	90	10	64	12	17	30	40	1.86
2140182--2140230	22	2.2	22	100	0	98	69	0	26	4	1.06
2151290--2151333	6	7.3	6	85	10	63	18	65	0	15	1.27
2151274--2151333	12	4.7	13	78	13	54	16	65	0	18	1.28
2153449--2153494	18	2.5	18	82	13	58	32	0	0	67	0.91
2169147--2169199	21	2.4	22	93	6	90	49	0	0	50	1.00
2178951--2178994	20	2.2	20	96	4	81	47	0	0	52	1.00
2181130--2181154	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2185136--2185169	16	2.1	16	100	0	68	17	5	26	50	1.69
2186560--2186602	2	21.5	2	85	0	59	41	0	0	58	0.98
2191139--2191214	39	1.9	39	100	0	152	43	11	21	23	1.85
2194246--2194318	22	3.4	22	74	22	64	53	1	2	42	1.23
2194277--2194313	18	2.1	18	94	0	65	51	2	0	45	1.15
2196581--2196630	15	2.9	18	85	14	70	78	14	0	8	0.97
2206402--2206431	10	3.0	10	90	0	51	86	0	10	3	0.67
2206402--2206439	20	1.9	20	88	0	58	84	0	10	5	0.77
2207179--2207469	48	6.1	48	79	7	317	27	11	24	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207179--2207787	96	6.2	97	78	12	570	26	13	24	36	1.92
2207179--2207787	48	12.5	47	73	14	305	26	13	24	36	1.92
2207452--2207486	16	2.1	17	89	5	54	25	17	28	28	1.97
2207468--2207787	48	6.7	48	81	9	359	25	14	23	36	1.93
2207403--2207534	65	2.0	65	86	2	185	25	15	25	33	1.95
2207361--2207574	113	1.9	113	87	3	315	24	14	24	36	1.93
2207313--2207757	161	2.9	160	79	10	452	25	14	24	35	1.93
2207474--2207787	141	2.2	141	86	5	427	25	13	23	36	1.92
2207736--2207847	60	1.9	60	85	3	156	27	8	23	41	1.82
2212938--2212970	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2212970--2212996	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2215557--2215638	30	2.7	31	86	3	114	43	8	28	19	1.80
2217444--2217470	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2226587--2226638	25	2.1	25	85	7	70	11	21	3	63	1.43
2230949--2231312	50	7.3	50	78	5	308	31	11	17	40	1.85
2230949--2231312	100	3.7	100	78	4	380	31	11	17	40	1.85
2230949--2231312	150	2.4	148	79	7	378	31	11	17	40	1.85
2231559--2231589	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2231593--2231624	9	3.6	9	100	0	64	0	18	0	81	0.70
2231593--2231634	9	4.8	9	94	2	50	0	21	0	78	0.75
2231591--2231642	18	2.8	18	85	2	68	0	21	0	78	0.74
2233165--2233197	5	6.6	5	100	0	66	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2234307--2234346	22	1.9	21	90	10	64	35	7	2	55	1.42
2236678--2236844	83	2.0	84	90	1	264	29	22	15	32	1.95
2237605--2238829	236	5.2	237	74	9	862	32	8	5	53	1.55
2241084--2241130	22	2.0	24	84	8	62	55	0	2	42	1.12
2248561--2248614	17	3.2	17	75	0	63	27	1	3	66	1.19
2248647--2248712	32	2.0	32	85	11	89	31	3	3	62	1.26
2250492--2250596	52	2.0	52	81	3	122	44	7	20	27	1.78
2251447--2251507	30	2.0	30	90	0	95	29	19	24	26	1.99
2252343--2252404	21	3.0	20	77	17	72	80	0	11	8	0.90
2252714--2252747	9	3.8	9	84	0	50	85	11	2	0	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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