genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7575508--7575961	59	7.7	58	84	5	554	35	12	6	44	1.69
7575508--7575961	58	7.7	59	85	6	566	35	12	6	44	1.69
7575508--7575961	179	2.6	176	87	5	655	35	12	6	44	1.69
7575984--7576041	17	3.5	16	80	2	62	79	1	5	13	0.98
7575976--7576040	11	5.9	11	77	13	62	78	1	6	13	1.01
7576064--7576098	12	2.8	12	91	4	52	80	2	0	17	0.84
7576616--7576664	24	2.0	24	84	7	64	44	16	4	34	1.66
7576616--7576662	25	1.9	24	82	4	58	46	17	4	31	1.67
7576986--7577093	24	4.7	24	75	14	93	65	1	5	26	1.25
7577030--7577170	4	35.8	4	71	14	55	69	0	6	24	1.11
7576982--7577088	19	5.8	18	73	19	64	64	1	5	28	1.26
7576951--7577093	45	3.1	46	80	8	141	67	2	4	25	1.22
7577082--7577131	21	2.5	20	75	18	57	80	0	10	10	0.92
7576999--7577175	25	7.0	25	68	21	73	67	1	6	24	1.23
7585781--7585861	42	1.9	43	87	7	121	24	8	14	51	1.70
7586515--7586570	26	2.2	25	78	12	60	51	5	1	41	1.35
7586659--7586698	21	1.9	21	85	10	55	72	0	0	27	0.85
7587504--7587553	20	2.3	23	83	13	61	38	0	4	58	1.17
7594705--7594768	26	2.5	26	87	2	94	31	12	15	40	1.85
7605610--7605634	13	1.9	13	100	0	50	72	0	8	20	1.10
7606893--7606943	24	2.1	24	82	13	61	54	0	0	45	0.99
7607343--7607381	12	3.1	12	82	13	51	41	2	2	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7609474--7609793	63	5.0	65	74	9	196	37	13	9	39	1.77
7609599--7609794	63	3.1	62	80	7	211	37	12	9	41	1.74
7609599--7609841	63	3.9	61	79	8	204	37	13	9	38	1.78
7612761--7612802	14	2.9	14	80	16	50	59	0	0	40	0.97
7619760--7619798	19	2.1	18	85	4	51	38	0	7	53	1.30
7620756--7620800	20	2.2	21	96	4	83	46	8	8	35	1.66
7622578--7622634	16	3.2	16	70	25	51	12	5	22	59	1.53
7627845--7627892	19	2.6	19	90	3	71	50	12	12	25	1.75
7627980--7628028	20	2.5	20	86	0	71	32	18	8	40	1.80
7628233--7628263	16	1.9	16	93	0	53	45	3	16	35	1.63
7629822--7630035	109	2.0	105	88	3	311	44	5	5	44	1.49
7630175--7630230	29	2.0	28	82	10	69	53	3	0	42	1.18
7631038--7631084	24	2.0	24	84	12	62	57	0	0	42	0.98
7632194--7632225	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7635191--7635220	9	3.3	9	90	0	51	46	33	20	0	1.51
7635945--7635983	16	2.5	15	84	8	51	87	0	12	0	0.55
7641109--7641133	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
7641299--7641327	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7644167--7644216	17	2.9	17	82	11	57	38	2	4	56	1.30
7644806--7644879	35	2.1	35	97	0	139	45	14	2	36	1.60
7646089--7646167	40	2.0	40	100	0	158	39	7	15	37	1.76
7651363--7651392	2	15.0	2	92	0	51	0	53	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7657175--7657209	15	2.3	15	100	0	70	82	5	0	11	0.82
7663778--7663809	9	3.7	9	95	4	57	43	0	0	56	0.99
7666119--7666145	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
7668358--7668551	101	2.0	97	83	4	244	25	12	21	40	1.88
7675901--7675926	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7676146--7676229	21	4.0	21	78	4	80	32	5	9	52	1.58
7676518--7676566	22	2.2	22	85	0	62	44	12	2	40	1.53
7676567--7676646	22	3.7	22	86	5	110	43	6	1	48	1.36
7676576--7676615	11	3.6	11	79	0	53	40	10	0	50	1.36
7676584--7676644	20	3.0	20	82	4	68	44	6	1	47	1.39
7676738--7677050	22	14.2	22	72	13	144	37	7	4	50	1.50
7676762--7676836	25	3.1	24	77	7	82	42	8	2	46	1.47
7676740--7676836	47	2.1	47	90	0	149	41	8	3	47	1.49
7676794--7676847	11	4.9	11	76	0	54	44	3	1	50	1.30
7676917--7676997	32	2.5	30	75	15	74	34	8	2	54	1.45
7676951--7677133	65	2.8	64	76	8	152	34	5	6	53	1.49
7676744--7677088	43	7.8	44	72	8	130	37	7	4	51	1.50
7676983--7677146	22	7.5	22	70	11	68	37	4	6	51	1.48
7677155--7677239	22	3.9	21	72	7	53	34	8	3	54	1.48
7677491--7677739	22	11.3	22	74	3	142	39	8	7	44	1.62
7677541--7677709	66	2.6	65	82	5	189	40	7	7	45	1.59
7677674--7677739	23	2.9	23	75	2	71	39	6	6	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7677750--7677799	22	2.3	22	78	0	55	42	8	4	46	1.52
7677816--7677856	19	2.2	19	86	0	55	41	9	4	43	1.59
7677835--7677878	22	2.0	22	86	0	61	45	15	0	38	1.47
7677838--7677889	22	2.4	21	81	9	59	40	17	1	40	1.60
7680260--7680289	14	2.1	14	100	0	60	43	0	20	36	1.52
7682274--7682304	4	7.8	4	92	0	53	25	3	19	51	1.62
7687315--7687460	22	6.5	22	73	16	106	45	9	15	29	1.78
7687305--7687438	68	2.0	68	85	8	186	44	11	16	28	1.82
7693439--7693468	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
7701180--7701260	42	1.9	42	87	0	117	33	18	12	35	1.88
7703024--7703076	22	2.6	21	82	11	65	69	1	5	22	1.19
7704159--7704235	38	2.1	38	87	7	113	33	23	5	37	1.77
7704706--7704803	50	2.0	50	83	4	126	22	19	16	41	1.90
7704757--7704886	55	2.4	55	81	2	163	25	17	12	44	1.84
7704966--7705084	55	2.2	55	81	0	139	34	10	10	44	1.73
7704679--7705041	159	2.3	160	76	2	363	27	15	11	45	1.81
7707976--7708036	16	3.5	16	70	20	50	62	4	1	31	1.26
7707975--7708035	18	3.3	18	76	13	70	60	4	1	32	1.28
7708003--7708068	30	2.2	31	88	2	98	57	6	1	34	1.33
7715892--7715939	18	2.7	18	77	6	53	62	2	0	35	1.07
7716031--7716086	21	2.7	20	76	23	53	35	0	7	57	1.26
7717128--7717215	29	3.1	28	80	6	88	35	3	2	59	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7720551--7720595	21	2.0	21	87	8	63	15	20	28	35	1.93
7730466--7730494	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
7732027--7732089	32	1.9	32	84	9	83	36	0	1	61	1.05
7732111--7732233	63	2.0	63	93	0	210	39	5	8	46	1.59
7734884--7734919	17	2.1	17	94	0	63	27	8	55	8	1.58
7736494--7736537	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
7737529--7737601	34	2.0	39	84	12	102	13	6	15	64	1.48
7737675--7737729	17	2.9	19	78	13	60	14	5	7	72	1.24
7738422--7738451	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
7738424--7738453	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
7740935--7740974	16	2.3	18	87	12	57	60	0	0	40	0.97
7744722--7744793	4	18.0	4	97	0	117	29	0	20	50	1.49
7754008--7754059	22	2.3	22	75	15	52	55	1	7	34	1.39
7755911--7755989	35	2.5	33	84	12	94	58	1	8	31	1.37
7755998--7756067	29	2.4	29	84	13	83	30	2	4	62	1.28
7756096--7756146	16	3.1	15	83	13	57	29	3	1	64	1.22
7756118--7756153	16	2.3	16	90	4	56	33	0	2	63	1.08
7757102--7757141	21	1.9	21	85	10	55	10	37	2	50	1.50
7764716--7764763	21	2.3	22	85	7	64	62	0	4	33	1.14
7766621--7766653	17	1.9	18	88	11	52	27	6	18	48	1.71
7776961--7777045	42	2.0	43	93	2	145	30	9	7	52	1.60
7782671--7782731	28	2.2	28	84	0	77	50	1	1	45	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7784844--7785118	95	2.9	94	79	10	283	38	8	8	44	1.65
7785052--7785128	39	2.0	38	87	2	109	36	6	11	45	1.67
7785294--7785318	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
7785289--7785330	19	2.3	18	87	4	57	73	2	0	23	0.94
7786657--7786785	45	3.1	41	80	9	143	45	17	10	26	1.80
7786655--7786772	45	2.8	42	85	6	157	47	17	9	25	1.77
7788875--7789086	99	2.2	98	80	10	249	40	8	7	43	1.62
7789235--7789298	15	4.7	14	78	16	64	73	3	0	23	0.97
7789235--7789298	30	2.3	28	77	15	71	73	3	0	23	0.97
7795541--7795598	16	3.6	16	83	0	71	51	6	1	39	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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