genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750657--2750699	19	2.3	19	84	8	61	58	0	0	41	0.98
2752619--2752699	40	2.1	39	83	6	101	39	12	12	35	1.81
2754287--2754329	19	2.2	19	84	12	52	53	0	6	39	1.28
2755255--2755296	17	2.4	18	80	15	52	57	0	0	42	0.99
2755240--2755306	25	2.8	24	80	8	73	49	1	0	49	1.10
2768448--2768493	16	2.9	16	80	6	58	78	10	2	8	1.05
2768446--2768480	18	1.9	18	88	0	52	82	5	2	8	0.91
2769829--2769859	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
2774435--2774463	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2777445--2777489	23	2.0	22	95	4	81	44	0	20	35	1.51
2778022--2778049	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2778509--2778543	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2779918--2779958	21	1.9	22	90	5	66	53	0	0	46	1.00
2781586--2781717	16	8.2	16	78	6	124	47	31	2	18	1.61
2781586--2781717	31	4.1	31	86	8	167	47	31	2	18	1.61
2781607--2781717	47	2.3	47	81	1	132	45	32	2	18	1.64
2781586--2781779	15	12.5	15	71	11	115	45	31	1	20	1.60
2781737--2781779	14	3.0	14	80	6	50	46	34	0	18	1.50
2781772--2781820	22	2.2	23	82	10	66	48	28	2	20	1.60
2788823--2788908	42	2.0	42	95	4	156	39	18	16	25	1.91
2794269--2794317	19	2.7	18	80	3	53	24	0	2	73	0.94
2794642--2794713	35	2.1	34	81	2	81	45	36	0	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2794679--2794741	14	4.3	15	80	9	67	50	36	0	12	1.41
2799865--2799909	17	2.6	17	82	10	56	42	0	0	57	0.98
2801443--2801732	72	4.0	71	84	2	364	31	18	21	28	1.97
2803865--2803889	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2803897--2803964	18	3.8	17	75	11	57	1	19	1	77	0.92
2803897--2803970	15	5.2	14	73	22	57	1	18	1	78	0.90
2803928--2803968	4	10.8	4	79	10	50	0	26	0	73	0.84
2803928--2803968	11	3.6	11	90	3	55	0	26	0	73	0.84
2804924--2804970	21	2.1	23	84	7	62	27	0	4	68	1.08
2816412--2816446	18	1.9	18	88	11	54	45	5	8	40	1.58
2817242--2817612	55	7.0	53	77	7	292	29	11	20	38	1.88
2817245--2817666	108	4.0	108	83	6	453	29	11	21	37	1.88
2817243--2817832	46	11.8	49	80	8	403	29	12	20	38	1.88
2818067--2818145	18	4.4	17	74	17	61	1	22	0	75	0.87
2818088--2818135	4	12.8	4	82	12	66	0	22	0	77	0.78
2818066--2818147	37	2.2	37	82	10	103	1	21	0	76	0.85
2818094--2818145	7	7.1	7	86	4	68	0	21	0	78	0.74
2818272--2818317	23	2.0	23	82	0	56	34	15	21	28	1.94
2818380--2818439	23	2.5	25	82	17	74	63	8	11	16	1.51
2818380--2818439	24	2.5	25	81	13	72	63	8	11	16	1.51
2824435--2824459	13	1.9	13	100	0	50	28	32	8	32	1.86
2824468--2824502	18	1.9	18	88	0	52	48	11	17	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2832855--2832895	21	1.9	22	90	5	66	53	0	0	46	1.00
2832999--2833043	15	3.2	15	75	18	51	51	2	0	46	1.13
2833171--2833202	10	3.2	10	90	0	55	28	50	9	12	1.71
2834547--2834621	7	9.9	7	70	16	51	52	25	1	21	1.55
2834537--2834668	15	8.3	16	76	9	110	48	29	1	20	1.59
2834537--2834729	93	2.1	92	80	8	214	46	31	1	20	1.58
2834687--2834729	15	3.0	14	83	6	59	46	37	0	16	1.47
2834688--2834729	14	2.9	15	85	7	59	47	38	0	14	1.44
2834583--2834786	30	6.8	30	68	14	100	45	31	1	21	1.61
2834670--2834843	58	3.0	56	75	12	131	45	33	0	20	1.55
2837497--2837529	14	2.4	14	94	0	57	87	0	12	0	0.53
2843082--2843133	16	3.2	16	71	10	52	40	0	0	59	0.97
2848009--2848294	144	2.0	144	90	1	448	31	20	16	31	1.95
2851027--2851127	50	2.0	50	90	0	157	31	26	16	24	1.97
2852385--2852439	25	2.3	24	84	12	69	50	10	5	32	1.60
2852446--2852505	13	4.7	13	72	12	52	55	13	8	23	1.65
2852612--2852674	24	2.5	25	85	10	76	53	12	1	31	1.48
2852772--2852820	25	2.0	25	84	8	64	79	4	6	10	1.03
2856133--2856295	46	3.5	48	85	5	203	39	23	10	26	1.87
2856271--2856301	13	2.3	14	94	5	55	45	19	9	25	1.81
2856298--2856721	93	4.5	94	86	4	586	36	24	12	27	1.91
2856284--2856721	47	9.2	48	82	8	506	36	23	12	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2868530--2868561	12	2.7	12	95	0	55	28	0	0	71	0.86
2868938--2868998	26	2.3	27	86	8	81	29	0	3	67	1.07
2868952--2869007	26	2.2	26	80	6	60	37	1	1	58	1.19
2870601--2870649	15	3.2	15	76	2	53	77	12	2	8	1.07
2878503--2878740	72	3.3	70	79	6	253	31	18	20	30	1.96
2878536--2878790	72	3.5	72	82	1	305	30	20	22	26	1.98
2881417--2881459	22	2.0	22	90	0	68	48	0	4	46	1.22
2890831--2890864	12	2.7	13	90	4	52	70	0	5	23	1.09
2901396--2901426	12	2.6	12	94	0	53	61	0	6	32	1.21
2905519--2905548	13	2.3	13	94	0	51	6	0	10	83	0.81
2908589--2908708	31	3.1	42	60	26	102	39	14	18	28	1.89
2908503--2908723	72	3.1	72	97	0	415	37	14	22	26	1.92
2908958--2909185	72	3.2	72	59	12	160	35	14	19	31	1.91
2908400--2909851	144	10.1	144	90	2	2177	34	13	20	31	1.92
2922551--2922778	72	3.2	72	62	12	178	35	13	19	31	1.91
2922425--2922869	144	3.1	144	95	0	766	34	14	19	31	1.92
2922425--2922942	288	1.8	285	82	6	625	34	14	19	31	1.92
2940371--2940413	22	2.0	21	86	4	59	48	4	0	46	1.22
2940465--2940506	20	2.1	20	90	0	66	16	9	16	57	1.65
2943065--2943319	72	3.5	72	84	1	332	27	22	19	30	1.98
2943066--2943352	72	4.0	71	81	5	299	30	21	17	29	1.97
2943080--2943350	144	1.9	143	83	4	348	31	21	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2950479--2950522	14	3.1	14	81	15	54	13	2	9	75	1.14
2955610--2955705	24	3.8	26	74	17	78	33	3	13	50	1.58
2955835--2955897	25	2.6	25	85	9	78	28	4	14	52	1.62
2971470--2971508	20	2.0	20	84	0	51	53	17	5	23	1.63
2971569--2971608	18	2.2	18	90	0	62	82	2	10	5	0.91
2973727--2973765	21	1.9	20	84	5	51	46	2	7	43	1.46
2975596--2975642	14	3.2	15	80	14	53	44	0	0	55	0.99
2975594--2975658	29	2.2	30	83	8	89	41	0	1	56	1.08
2976664--2976702	20	2.0	20	85	10	53	46	0	0	53	1.00
2976665--2976732	25	2.8	24	84	6	82	52	2	0	44	1.16
2976701--2976750	22	2.5	19	77	22	50	54	6	0	40	1.25
2978385--2978441	27	2.2	27	84	9	75	29	3	10	56	1.50
2978385--2978466	27	3.2	26	81	11	73	31	3	9	54	1.50
2987022--2987101	39	2.1	39	92	0	133	42	10	26	21	1.84
2989115--2989209	16	5.8	16	68	23	63	49	2	1	47	1.20
2989082--2989224	66	2.2	65	85	3	198	50	2	2	45	1.25
2989400--2989435	16	2.3	16	95	4	65	86	5	0	8	0.72
2990818--2990886	16	4.3	16	80	7	77	50	27	1	20	1.56
2990825--2991039	15	13.8	16	68	16	85	46	30	1	21	1.60
2990819--2991039	48	4.7	46	73	11	173	46	30	1	21	1.60
2990841--2990978	31	4.5	31	71	15	108	47	28	2	21	1.63
2990827--2990894	16	4.2	16	74	12	59	51	27	1	19	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2990823--2991057	93	2.5	92	84	6	287	45	31	1	20	1.61
2990923--2991057	15	8.9	16	75	13	99	45	35	1	17	1.57
2992868--2992961	34	2.6	36	71	18	97	41	2	0	56	1.11
2992993--2993387	81	4.8	80	93	3	630	42	3	21	32	1.68
2998950--2999010	25	2.5	24	82	12	72	52	14	6	26	1.66
2999201--2999257	27	2.2	24	84	9	69	56	10	5	28	1.55
3000832--3000870	20	2.0	20	89	0	60	17	0	33	48	1.48
3000828--3000878	20	2.5	20	74	3	57	25	0	29	45	1.54
3000886--3000935	16	3.3	15	86	11	66	20	2	36	42	1.63
3001212--3001262	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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