genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7--16603	181	91.5	181	69	12	4095	39	8	10	41	1.69
1898--3450	177	8.7	175	75	11	732	40	8	10	41	1.69
425--8735	361	23.2	352	71	11	2280	39	8	10	41	1.69
3136--3170	15	2.3	15	90	0	52	40	2	0	57	1.14
3417--3502	35	2.5	35	82	0	100	40	6	12	39	1.70
3240--3683	214	2.1	214	82	4	547	40	8	9	41	1.68
3455--7715	180	23.8	182	73	11	1493	39	8	10	41	1.70
4236--4546	171	1.8	172	82	8	402	37	9	11	41	1.72
5738--5783	22	2.0	22	87	4	65	50	6	8	34	1.59
7996--8294	156	1.9	156	84	2	404	43	7	9	39	1.65
8152--9200	180	5.9	177	75	11	740	40	7	9	42	1.66
9015--9056	16	2.7	16	85	3	50	33	2	2	61	1.21
9227--10090	359	2.4	349	78	8	854	40	6	10	42	1.66
10260--16615	539	11.9	536	73	10	2397	39	8	9	41	1.69
10259--16603	358	17.8	357	74	8	4137	39	8	9	41	1.69
13920--13961	19	2.2	19	83	8	50	42	4	2	50	1.36
15191--15226	17	2.1	17	90	10	56	38	2	5	52	1.39
12886--16460	180	20.1	177	73	10	1100	39	8	10	41	1.69
15490--15804	162	1.9	162	80	9	358	38	9	9	42	1.71
16535--16706	85	2.0	85	93	0	290	37	9	8	44	1.68
16736--19691	181	16.2	181	72	10	1598	38	7	10	43	1.68
16735--23700	180	38.8	180	70	12	2496	39	8	10	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18227--18299	34	2.1	34	97	0	137	49	10	5	34	1.61
18059--18480	215	2.0	215	80	1	479	41	7	9	40	1.67
20412--20821	182	2.2	180	88	2	606	40	7	10	41	1.68
20707--21539	359	2.3	359	78	4	799	42	8	9	39	1.68
19964--23706	721	5.3	720	73	10	2610	39	8	9	41	1.69
23730--25646	181	10.7	181	77	7	1499	41	9	8	40	1.68
25393--25995	325	1.9	327	84	4	824	44	9	6	40	1.62
25662--27063	181	7.8	179	78	6	1210	41	9	7	41	1.65
25234--26151	507	1.8	505	80	5	1120	43	9	7	40	1.65
25662--27062	544	2.6	539	79	5	1452	41	9	7	41	1.65
27096--28048	181	5.3	180	78	6	843	41	9	8	40	1.68
28079--29079	180	5.6	179	75	7	712	41	10	7	39	1.70
29016--29146	67	2.0	67	90	0	208	35	14	5	44	1.68
29076--29897	181	4.6	180	77	6	671	40	10	7	40	1.68
28470--29646	606	1.9	605	78	7	1273	41	10	7	39	1.68
29131--29887	362	2.1	358	79	5	830	41	9	8	40	1.67
28287--29866	787	2.0	783	80	6	1739	41	10	7	40	1.69
29924--30974	351	2.9	353	78	8	1065	43	9	7	39	1.67
29928--30972	180	5.8	178	77	8	867	43	9	7	39	1.67
31318--31938	181	3.5	179	77	7	568	43	11	7	37	1.68
31963--33300	179	7.5	181	77	7	997	41	8	7	42	1.64
33183--33445	145	1.8	144	86	4	386	45	9	6	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33183--33475	145	2.0	144	84	4	376	44	9	7	38	1.65
32813--33782	503	1.9	505	79	5	1104	41	9	8	40	1.68
33316--36143	180	15.8	181	76	6	2285	42	10	8	38	1.70
32468--34165	863	2.0	862	80	6	1965	42	9	8	40	1.67
33316--36138	542	5.2	535	78	7	2395	42	10	8	38	1.70
35998--36300	148	2.1	147	86	1	428	46	12	5	35	1.65
36146--39148	181	16.7	181	78	5	2477	41	9	8	40	1.68
37008--37056	18	2.9	16	81	9	53	42	8	2	46	1.45
36222--39148	540	5.4	537	77	6	2557	41	9	8	40	1.68
36146--39161	721	4.2	715	76	6	2583	41	9	8	40	1.68
39558--40928	180	7.6	180	79	6	1212	40	8	8	42	1.66
39530--51252	361	32.6	360	72	12	4754	40	8	9	41	1.69
40930--46492	181	31.3	179	74	10	3439	40	8	9	41	1.69
42627--42659	16	2.1	16	88	11	50	33	9	6	51	1.58
42777--42808	15	2.2	15	94	5	57	21	0	0	78	0.76
41673--49573	358	22.0	354	72	11	3301	40	8	10	41	1.69
41769--46443	528	8.8	528	74	11	2067	40	8	9	41	1.68
44853--44885	17	2.0	17	88	5	50	42	0	18	39	1.50
44904--47312	180	13.7	180	72	11	1355	40	7	9	42	1.67
46675--46970	163	1.8	163	82	5	384	43	7	6	42	1.60
47339--51249	181	21.5	179	73	10	2339	39	8	10	41	1.70
47339--51246	538	7.1	537	72	11	2144	39	8	10	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47459--49569	357	5.9	350	75	9	1363	39	8	10	41	1.71
51149--51368	119	1.8	120	84	0	298	46	8	11	33	1.70
50787--51720	477	1.9	480	81	6	1106	41	9	10	37	1.73
51324--52557	181	6.9	177	75	8	833	41	9	9	39	1.70
51844--51899	18	3.1	19	76	23	59	46	1	12	39	1.52
51580--52414	358	2.3	354	79	7	879	42	8	9	39	1.68
51324--52337	539	1.9	534	81	5	1233	40	9	9	40	1.70
51580--52505	357	2.6	362	79	6	820	41	8	9	40	1.68
52574--53145	180	3.2	181	80	6	626	38	9	9	41	1.72
53149--56651	180	19.7	179	73	10	1916	39	7	10	42	1.68
54708--56648	181	10.9	178	73	10	853	39	7	10	42	1.68
55397--55773	177	2.1	176	79	5	406	42	6	9	40	1.64
56697--59103	180	13.3	181	74	7	1355	39	7	10	42	1.67
56697--59106	181	13.3	181	75	6	1400	39	7	10	42	1.67
56699--59133	541	4.5	539	78	5	1979	39	7	10	42	1.67
56802--66898	721	14.3	713	69	14	2237	39	7	10	42	1.67
59726--59774	16	2.8	18	75	15	57	44	8	8	38	1.64
59738--59770	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
59616--60073	180	2.6	177	80	10	502	39	7	10	43	1.67
60097--60995	180	5.0	179	77	6	732	40	8	9	41	1.68
60661--61290	338	1.9	337	80	6	756	40	6	10	43	1.64
61110--61443	164	2.0	163	81	6	381	39	6	10	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60592--62297	354	4.9	337	75	11	938	39	7	10	42	1.66
60592--61988	682	2.0	687	78	9	1434	40	6	10	42	1.66
61282--64103	180	15.7	177	71	11	1193	40	7	9	42	1.67
62089--62511	213	2.0	213	90	1	670	39	8	10	41	1.70
62710--62760	18	2.8	19	74	17	63	43	7	11	37	1.71
62338--64104	177	10.0	178	74	8	1067	40	7	9	41	1.67
63834--63878	23	2.0	23	82	8	56	37	8	2	51	1.46
63966--64253	146	2.0	146	80	4	328	37	6	11	44	1.67
64233--64719	176	2.8	173	77	10	484	40	7	10	41	1.68
64863--65138	146	1.9	143	79	10	305	40	7	10	40	1.68
64987--66956	180	10.9	180	74	8	1124	39	8	10	42	1.69
64994--65696	370	1.9	369	81	4	864	38	7	11	42	1.71
64989--66876	361	5.2	362	74	9	933	38	7	10	42	1.69
66879--67063	99	1.9	99	82	5	232	48	5	9	36	1.59
66968--70108	181	17.4	179	75	7	2359	41	8	9	41	1.67
66984--70108	361	8.7	356	75	8	2151	41	8	9	41	1.67
70171--72515	181	13.1	180	75	8	1500	40	7	9	42	1.67
71153--71522	183	2.1	179	81	9	434	37	8	10	44	1.69
72500--77672	181	29.1	180	71	11	1709	39	8	9	42	1.68
72629--73292	354	1.9	349	80	4	780	38	7	10	42	1.69
73191--73488	164	1.8	164	87	2	447	39	7	9	43	1.66
73431--77672	537	7.9	537	74	10	2250	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76259--76569	169	1.8	169	81	2	383	37	7	11	42	1.70
76408--77345	182	5.2	179	76	8	477	39	9	9	42	1.69
77875--77960	29	3.0	29	96	0	154	23	9	43	24	1.83
78021--78062	16	2.8	16	85	7	52	45	2	0	52	1.13
78222--79351	167	6.4	178	77	9	746	40	8	9	41	1.68
79423--79467	23	2.0	23	81	0	54	35	6	2	55	1.38
79361--80811	181	8.1	177	75	7	1006	40	8	8	41	1.68
79361--80779	359	4.0	355	76	9	1158	39	8	9	42	1.68
79355--80811	721	2.0	713	79	6	1581	40	8	8	41	1.68
83756--83807	26	1.9	27	84	7	70	32	9	17	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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