genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8133093--8133183	12	7.8	12	68	18	57	13	3	43	39	1.60
8133134--8133219	6	13.3	7	72	19	55	12	2	40	44	1.55
8133075--8133177	30	3.5	29	79	10	111	12	3	42	40	1.61
8133132--8133190	6	9.7	6	77	17	59	11	1	47	38	1.50
8133716--8133791	21	3.7	21	85	1	91	56	15	7	19	1.64
8135085--8135122	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
8135121--8135152	3	10.7	3	100	0	64	34	0	31	34	1.58
8137659--8137698	19	2.1	19	95	0	71	32	0	22	45	1.53
8138322--8138355	9	3.9	9	84	7	52	5	8	2	82	0.93
8141515--8141787	37	7.6	36	68	17	124	32	7	19	39	1.80
8141627--8141766	73	1.9	73	79	5	158	31	10	17	40	1.83
8143734--8143794	30	2.0	31	90	6	97	22	0	11	65	1.24
8147638--8147674	14	2.5	15	91	8	58	0	40	0	59	0.97
8148111--8148160	6	8.5	6	82	4	66	20	2	0	78	0.86
8148433--8148534	44	2.3	43	82	9	118	44	15	13	26	1.84
8149609--8149647	16	2.4	17	86	4	53	12	5	0	82	0.83
8151854--8152404	288	1.9	288	83	2	714	34	17	14	33	1.90
8161270--8161354	44	1.9	44	83	4	109	28	22	18	30	1.97
8161265--8161390	22	5.8	21	74	6	72	28	23	17	30	1.97
8162187--8162325	72	1.9	73	89	4	219	26	12	15	44	1.83
8162260--8162351	43	2.1	43	82	5	114	28	14	14	43	1.84
8162689--8162737	17	2.8	18	81	6	73	30	14	14	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162803--8162988	93	2.0	93	89	0	282	30	16	9	43	1.80
8163013--8163061	25	2.0	26	88	8	75	26	12	4	57	1.53
8163038--8163085	18	2.6	19	78	21	66	27	10	8	54	1.63
8163128--8163206	18	4.4	17	78	13	86	31	12	8	46	1.73
8163037--8163281	123	2.0	124	89	0	375	27	18	9	44	1.81
8163037--8163320	123	2.3	121	84	7	365	28	17	9	45	1.79
8163258--8163328	35	2.0	36	86	2	99	30	11	7	50	1.65
8163264--8163389	55	2.3	55	81	1	146	30	9	7	53	1.60
8163351--8163491	36	3.9	35	75	13	117	29	9	12	48	1.73
8163351--8163456	18	5.9	18	81	3	115	29	9	10	50	1.67
8164669--8164708	9	4.4	9	90	9	64	0	12	0	87	0.54
8164674--8164714	10	4.1	10	84	9	57	0	12	0	87	0.53
8164674--8164715	15	2.8	15	89	10	68	0	14	0	85	0.59
8164669--8164726	19	3.1	19	85	11	68	3	13	0	82	0.79
8165217--8165321	7	15.3	7	68	15	58	19	2	34	43	1.65
8165211--8165342	28	4.6	27	71	17	95	20	3	34	41	1.70
8165217--8165392	89	2.0	89	98	0	343	20	3	33	42	1.69
8165266--8165351	35	2.4	35	80	5	93	20	2	32	44	1.65
8165267--8165392	28	4.3	28	71	16	112	21	2	32	43	1.65
8165387--8165418	13	2.5	13	94	0	55	9	6	34	50	1.60
8166475--8166516	23	1.9	23	85	9	61	0	26	2	71	0.98
8169138--8169197	4	14.8	4	78	16	61	21	0	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169123--8169201	12	6.4	13	78	12	87	18	2	0	78	0.86
8173312--8173387	6	12.8	6	77	13	52	10	1	9	78	1.01
8173312--8173406	12	8.2	11	70	17	50	10	1	10	77	1.03
8173324--8173406	35	2.4	35	78	11	91	9	0	12	78	0.97
8173330--8173403	16	4.6	16	73	20	66	8	0	13	78	0.96
8173358--8173412	22	2.7	21	81	15	62	7	0	10	81	0.86
8173478--8173520	14	3.3	13	81	15	54	18	6	11	62	1.50
8173703--8173754	19	2.9	18	74	5	52	28	7	9	53	1.61
8173775--8173821	18	2.5	19	78	18	53	27	6	14	51	1.67
8180328--8180395	22	3.2	20	80	12	73	79	1	13	5	0.98
8182078--8182216	43	3.3	42	81	9	153	33	17	16	32	1.93
8182104--8182216	40	2.7	41	86	4	147	31	16	16	34	1.92
8182482--8182524	18	2.3	18	80	4	50	13	0	9	76	1.01
8183593--8183648	24	2.4	23	85	14	71	17	7	14	60	1.55
8183678--8183762	25	3.4	25	73	13	77	29	7	10	52	1.62
8183678--8183736	24	2.4	25	83	11	77	23	6	11	57	1.58
8186210--8186251	20	2.1	20	86	8	59	23	4	16	54	1.61
8201724--8201785	14	4.6	14	74	22	60	22	4	0	72	1.03
8201823--8201852	16	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11
8202377--8202401	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
8202703--8202727	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8205708--8205767	28	2.1	28	87	0	84	60	3	0	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8205720--8205777	28	2.1	28	100	0	116	51	3	0	44	1.18
8212430--8212532	31	3.3	30	79	2	116	40	6	7	44	1.60
8213456--8213511	23	2.6	21	80	8	60	50	0	5	44	1.25
8219586--8219685	49	2.0	49	94	0	173	40	13	11	36	1.79
8223108--8223145	13	3.0	12	88	11	58	0	10	2	86	0.66
8225552--8225605	20	2.7	21	78	18	62	64	3	0	31	1.11
8225812--8225852	20	2.0	20	85	4	55	41	0	7	51	1.30
8235814--8235966	76	2.0	76	84	0	198	32	28	5	33	1.81
8240758--8240805	17	2.8	16	84	15	60	27	4	0	68	1.07
8241884--8241933	18	2.7	19	73	11	50	64	0	2	34	1.05
8253473--8253569	42	2.4	39	82	14	126	47	2	1	49	1.20
8253477--8253558	42	2.0	42	90	4	130	48	2	1	47	1.22
8253720--8253752	17	1.9	17	93	0	57	48	0	6	45	1.27
8253721--8253759	17	2.4	16	87	8	53	53	0	5	41	1.23
8253747--8253799	26	2.0	27	81	3	63	54	0	3	41	1.18
8253785--8253827	18	2.3	19	80	4	52	48	2	4	44	1.36
8256520--8256572	23	2.4	24	78	15	60	22	0	3	73	0.99
8256895--8256944	14	3.1	16	81	18	59	76	2	4	18	1.04
8257229--8257282	27	1.9	29	85	7	76	62	1	11	24	1.37
8266918--8267011	46	2.0	46	97	0	179	47	9	7	35	1.64
8268111--8268156	24	1.9	24	82	8	58	76	0	15	8	1.02
8270309--8270342	10	3.4	10	91	0	50	17	0	8	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8271122--8271285	46	3.6	46	80	3	195	26	10	20	42	1.84
8271122--8271357	46	5.1	46	76	7	183	28	12	19	40	1.87
8271137--8271357	92	2.4	91	80	5	230	28	11	18	40	1.86
8279182--8279618	25	17.6	25	70	6	165	29	23	16	30	1.96
8279253--8279430	74	2.4	76	80	4	184	31	23	16	28	1.96
8279581--8279642	25	2.5	25	76	5	63	27	22	20	29	1.99
8279581--8279694	50	2.3	51	80	7	126	31	20	18	29	1.96
8280472--8280557	33	2.6	33	79	3	102	22	12	13	51	1.75
8280543--8280637	33	3.1	30	76	10	102	29	17	10	42	1.83
8280664--8280752	33	2.7	33	77	10	83	25	15	11	47	1.79
8281306--8281349	20	2.2	20	88	8	63	77	4	15	2	1.04
8285060--8285102	21	2.0	22	86	4	61	25	4	0	69	1.07
8288455--8288505	14	3.6	14	81	5	50	80	7	7	3	1.01
8290766--8290798	16	2.1	16	88	5	50	12	12	9	66	1.44
8291914--8292000	43	2.0	44	82	6	106	27	22	20	28	1.99
8291986--8292035	21	2.2	24	86	10	70	32	10	14	44	1.78
8293337--8293459	42	3.0	40	75	10	104	31	16	13	38	1.88
8293352--8293419	21	3.2	21	80	2	73	29	13	14	42	1.84
8294611--8294833	46	4.9	46	81	5	254	34	10	16	39	1.83
8295005--8295078	6	12.5	6	71	21	50	79	14	2	2	0.95
8295005--8295069	10	6.2	10	74	13	51	80	13	3	3	0.96
8295008--8295077	32	2.2	32	83	16	85	78	15	2	2	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8295006--8295080	31	2.4	31	80	10	91	80	14	2	2	0.94
8295005--8295078	21	3.4	21	81	9	78	79	14	2	2	0.95
8295005--8295080	16	4.7	15	75	18	64	80	14	2	2	0.93
8295447--8295497	24	2.1	24	100	0	102	37	27	7	27	1.84
8297031--8297064	16	2.1	16	94	5	59	2	11	0	85	0.71
8297021--8297069	23	2.1	23	82	14	57	2	12	4	81	0.91
8298345--8298382	20	1.9	20	88	0	58	15	5	7	71	1.28
8307476--8307618	50	2.9	48	76	15	132	30	9	18	42	1.81
8307586--8307620	14	2.5	14	85	0	52	37	0	14	48	1.44
8309980--8310006	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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