genome.fa.s135.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167960.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_22, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19587844

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8580927--8581209	58	4.9	57	79	7	259	46	6	12	34	1.68
8580927--8581209	114	2.5	115	77	8	272	46	6	12	34	1.68
8585732--8586127	197	2.0	197	90	1	625	32	10	17	40	1.83
8586180--8586221	19	2.3	19	88	8	61	59	19	2	19	1.49
8593116--8593226	39	2.8	40	79	1	125	27	9	15	48	1.74
8593181--8593288	55	2.0	55	98	0	207	29	8	17	44	1.78
8593138--8593324	94	2.0	95	83	5	236	28	9	17	43	1.81
8593237--8593385	80	1.9	80	86	8	214	29	9	17	43	1.80
8593233--8593407	40	4.4	40	77	12	171	28	10	17	42	1.83
8593233--8593417	82	2.3	79	80	10	207	27	10	16	44	1.81
8600741--8600783	17	2.5	18	77	7	54	67	0	11	20	1.22
8606377--8606415	19	2.0	20	85	5	53	15	2	5	76	1.06
8609330--8609496	88	1.9	86	86	2	235	46	4	5	43	1.47
8610639--8610678	21	1.9	21	84	0	53	32	0	5	62	1.17
8614748--8614853	49	2.2	49	87	1	151	35	9	9	45	1.69
8614837--8614869	13	2.7	12	90	9	57	42	0	0	57	0.98
8616376--8616528	79	1.9	80	87	1	227	28	10	28	33	1.90
8625002--8625047	21	2.2	21	84	7	58	26	26	4	43	1.73
8627338--8627392	27	2.0	28	82	10	69	45	0	1	52	1.11
8627637--8627682	18	2.5	19	79	10	51	73	0	2	23	0.94
8627676--8627744	30	2.3	31	90	7	108	42	2	21	33	1.68
8628811--8628892	33	2.5	33	85	0	101	40	0	9	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8632873--8632903	16	1.9	16	100	0	62	22	0	0	77	0.77
8633199--8633227	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8633226--8633257	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
8639879--8639914	17	2.1	17	89	5	54	55	13	5	25	1.60
8640382--8640407	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
8643033--8643359	47	7.0	47	76	7	240	41	12	9	36	1.75
8643033--8643311	93	3.0	93	82	4	300	42	11	9	36	1.74
8643280--8643483	48	4.2	48	80	5	232	39	19	8	32	1.82
8643853--8643884	12	2.6	13	90	9	50	12	15	0	71	1.14
8650571--8650615	12	3.8	12	78	0	54	22	0	42	35	1.54
8661636--8661664	8	3.8	8	95	4	51	10	0	0	89	0.48
8661954--8662011	30	2.0	30	93	3	100	68	0	6	24	1.13
8663232--8663276	17	2.6	18	82	7	56	71	2	0	26	0.98
8663642--8663726	36	2.4	36	84	4	100	51	1	2	44	1.21
8671308--8671465	83	1.9	84	90	1	255	43	23	13	19	1.86
8671481--8671505	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
8671457--8671557	40	2.5	41	82	4	116	46	15	8	28	1.76
8671483--8671568	40	2.2	40	82	4	111	46	19	8	25	1.77
8675346--8675395	3	16.7	3	95	0	91	32	0	2	66	1.03
8681637--8681674	6	6.3	6	96	0	58	0	44	0	55	0.99
8690074--8690113	20	2.0	20	90	0	62	60	2	0	37	1.11
8703826--8703862	16	2.3	16	90	0	56	40	0	13	45	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8706594--8706632	17	2.3	17	90	0	60	38	30	15	15	1.88
8709830--8709898	33	2.1	33	94	0	120	28	10	26	34	1.89
8711669--8711703	16	2.2	16	90	10	54	82	0	14	2	0.77
8713836--8713876	11	3.6	11	90	3	55	2	7	14	75	1.12
8719917--8719949	15	2.3	15	89	5	50	54	6	30	9	1.56
8728686--8728719	15	2.3	15	89	0	50	2	11	2	82	0.89
8737396--8737435	20	2.0	20	85	9	55	32	5	15	47	1.66
8740331--8740400	22	3.2	22	97	0	131	52	15	18	12	1.74
8742170--8742299	6	20.2	6	72	16	75	46	36	2	14	1.58
8742170--8742299	13	9.5	13	70	17	86	46	36	2	14	1.58
8747081--8747110	11	2.7	11	89	0	51	0	50	0	50	1.00
8750079--8750124	14	3.4	14	72	27	53	19	6	30	43	1.76
8750064--8750126	27	2.3	27	88	0	90	20	6	30	42	1.77
8750127--8750175	6	7.8	6	93	6	80	2	0	48	48	1.12
8751639--8751682	21	2.1	21	91	0	70	22	22	18	36	1.95
8752445--8752478	13	2.5	14	90	4	52	23	0	32	44	1.54
8752453--8752544	20	4.7	20	67	20	50	16	2	33	47	1.58
8752531--8752600	31	2.2	32	85	7	90	11	4	37	47	1.59
8754976--8755436	50	8.8	53	76	10	294	43	14	9	32	1.78
8756221--8756391	40	4.3	40	82	4	193	42	14	11	32	1.81
8756188--8756370	79	2.3	80	81	5	203	44	12	9	33	1.75
8756220--8756391	79	2.2	80	85	3	231	42	14	11	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8756451--8756491	21	1.9	22	85	5	57	26	14	4	53	1.61
8756807--8756846	19	2.0	20	85	4	55	35	12	15	37	1.85
8757990--8758056	18	3.9	17	77	15	66	4	16	0	79	0.90
8759533--8760586	536	2.0	538	86	2	1465	44	13	15	26	1.83
8762243--8762303	20	3.2	18	80	13	68	1	6	9	81	0.92
8777021--8777076	28	2.0	28	92	0	94	37	26	8	26	1.86
8784972--8785016	21	2.3	19	92	7	72	51	0	2	46	1.13
8784969--8785019	19	2.7	19	83	16	70	49	0	1	49	1.12
8785010--8785059	25	2.0	25	92	4	82	64	0	0	36	0.94
8785014--8785069	25	2.2	26	84	9	71	66	0	0	33	0.92
8799297--8799936	259	2.5	260	78	5	610	38	9	8	44	1.66
8799267--8799942	130	5.2	130	78	4	605	38	8	8	44	1.65
8799961--8800200	131	1.8	131	83	3	315	37	8	6	47	1.60
8805227--8805251	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
8805588--8805763	39	4.6	39	71	19	113	44	15	14	25	1.84
8805547--8805763	75	2.8	74	80	11	197	44	15	14	25	1.85
8805588--8805941	79	4.6	75	75	8	230	44	17	12	25	1.83
8805625--8806000	39	9.6	39	76	7	264	44	17	11	26	1.83
8805636--8806000	118	3.1	118	77	5	360	44	17	11	26	1.82
8805675--8805998	79	4.1	79	75	12	238	44	18	10	26	1.82
8805693--8805998	159	1.9	158	80	6	350	44	18	10	26	1.82
8812964--8813093	4	31.0	4	70	18	63	68	3	4	23	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8812964--8813064	18	5.6	18	70	19	68	69	2	4	22	1.22
8812965--8813093	27	4.7	26	75	16	102	68	3	4	24	1.23
8813175--8813224	26	1.9	26	87	0	73	30	20	20	30	1.97
8815254--8815330	34	2.3	34	83	0	100	50	10	3	35	1.55
8815408--8815494	35	2.5	35	78	14	99	47	9	6	36	1.62
8815216--8815543	172	1.9	171	85	4	455	43	10	7	38	1.68
8817865--8817947	20	4.2	20	85	0	103	12	1	37	49	1.48
8817958--8818027	19	3.5	20	77	11	72	20	1	32	45	1.60
8817973--8818045	20	3.8	19	78	7	76	17	0	35	46	1.49
8818107--8818164	20	3.0	19	76	16	57	18	0	34	46	1.50
8818196--8818234	20	2.0	20	85	10	53	20	0	33	46	1.51
8818268--8818322	18	2.9	19	71	15	51	30	1	30	36	1.68
8818248--8818322	39	2.0	37	86	5	105	29	2	32	36	1.72
8820443--8820495	19	3.1	19	77	22	64	49	3	7	39	1.49
8820450--8820521	28	2.4	30	81	13	94	55	2	5	36	1.38
8820464--8820520	28	2.0	28	93	0	96	54	3	5	36	1.40
8823946--8823984	21	1.9	20	84	5	51	20	20	5	53	1.64
8833873--8833915	18	2.4	18	88	7	61	16	11	18	53	1.72
8837391--8837460	34	2.1	34	94	0	122	25	4	25	44	1.72
8837579--8837637	22	2.8	21	87	5	82	27	16	22	33	1.95
8848597--8848857	137	1.9	137	88	1	398	27	23	22	25	2.00
8849322--8849435	56	2.0	56	94	0	201	55	2	10	31	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8851454--8851483	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8851704--8851761	30	1.9	30	100	0	116	43	5	6	44	1.53
8854260--8854371	51	2.2	50	83	1	134	23	19	15	41	1.89
8858013--8858066	19	2.9	19	78	10	58	46	29	3	20	1.68
8858211--8858264	19	2.8	19	83	5	65	48	37	0	14	1.45
8863262--8863322	17	3.5	17	80	11	61	29	11	9	49	1.71
8863281--8863322	16	2.6	16	84	3	57	28	9	9	52	1.65
8863310--8863477	24	7.3	25	73	18	75	32	2	9	55	1.45
8863356--8863465	24	4.6	24	78	10	109	34	2	8	54	1.44
8863325--8863451	47	2.8	45	79	12	145	34	2	8	54	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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