genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1637--1691	22	2.5	22	85	5	76	38	12	16	32	1.86
1763--1817	22	2.5	22	78	0	56	32	12	20	34	1.90
1572--2009	126	3.5	126	81	8	473	37	13	13	35	1.84
2779--2885	42	2.6	43	82	7	114	31	12	17	38	1.87
2775--2885	43	2.7	40	81	12	125	32	11	18	37	1.87
2856--2987	38	3.4	38	78	5	131	37	11	15	34	1.84
3270--3376	38	3.0	36	81	9	114	33	10	15	40	1.82
3238--3360	38	3.0	42	75	12	121	31	9	19	39	1.84
3318--3381	33	1.9	33	93	0	110	29	12	15	42	1.84
3413--3500	33	2.7	33	82	7	106	35	14	20	29	1.93
4400--4442	18	2.5	17	82	17	54	4	13	0	81	0.84
4400--4442	17	2.6	17	85	10	54	4	13	0	81	0.84
4420--4455	12	2.8	13	91	4	56	5	13	0	80	0.88
4404--4459	12	5.0	11	77	10	51	5	12	0	82	0.83
5356--5559	22	9.2	22	70	10	94	46	4	9	38	1.59
5456--5587	44	3.0	44	75	3	115	46	3	12	38	1.57
6360--6944	290	2.0	292	90	4	919	30	20	16	32	1.95
8100--8279	22	8.2	21	74	9	119	52	4	4	38	1.42
8034--8201	88	1.9	88	81	2	203	48	6	5	38	1.53
8039--8263	44	5.1	44	75	9	147	49	5	5	38	1.51
8100--8282	66	2.8	66	77	7	167	52	4	4	38	1.41
13443--13476	15	2.2	16	94	5	61	35	5	0	58	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14616--14641	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
16715--16758	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
16949--18245	141	9.0	139	81	9	1286	35	23	13	27	1.93
16949--18241	46	26.8	48	82	8	1368	35	23	13	27	1.93
17554--17582	13	2.2	13	100	0	58	37	20	13	27	1.91
17567--18241	49	14.1	48	84	7	786	35	23	13	27	1.92
18005--18244	101	2.4	100	89	7	373	34	21	13	30	1.92
30694--30729	13	2.8	13	91	0	63	8	19	38	33	1.82
31711--31740	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
34703--34773	33	2.2	31	85	5	88	53	0	2	43	1.15
34728--34773	15	2.9	17	81	15	62	60	0	2	36	1.09
35186--35254	21	3.2	20	80	10	66	44	10	5	39	1.62
35279--35340	22	2.8	23	80	9	67	61	1	8	29	1.34
35532--35612	21	3.8	21	77	9	67	45	12	6	35	1.67
36033--36083	21	2.4	21	93	0	84	52	13	0	33	1.41
36079--36151	36	2.1	35	87	7	103	47	17	6	27	1.73
36239--36299	20	3.2	20	76	17	58	54	13	1	31	1.49
36380--36405	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
38113--38213	43	2.3	43	86	0	130	39	9	10	39	1.74
41931--42434	144	3.5	143	76	6	466	37	13	16	31	1.88
42961--43015	22	2.5	22	82	5	67	36	12	18	32	1.88
43087--43141	22	2.5	22	81	0	65	34	12	18	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42896--43333	126	3.5	127	81	7	464	37	13	13	35	1.84
44095--44205	42	2.7	43	79	12	115	32	11	17	38	1.86
44176--44306	38	3.4	39	77	4	124	37	11	16	35	1.84
44558--44679	38	3.0	41	77	11	126	31	9	19	38	1.85
44638--44700	32	1.9	33	90	3	101	30	12	15	41	1.85
44732--44819	33	2.7	33	82	7	106	35	14	20	29	1.93
45742--45795	12	5.0	11	81	18	69	0	11	5	83	0.80
47126--47168	20	2.2	19	87	4	59	0	16	6	76	0.99
47124--47170	21	2.3	21	85	7	71	0	17	6	76	0.98
51829--51966	22	6.2	22	68	10	84	50	7	6	36	1.56
51929--52060	44	3.0	44	75	3	115	46	3	12	38	1.57
51913--52032	22	5.5	22	76	7	93	43	2	12	41	1.56
52082--52129	22	2.2	22	81	7	53	50	2	10	37	1.49
56459--56487	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
56705--56752	24	2.0	24	83	0	60	41	4	2	52	1.32
57367--57415	22	2.2	22	78	7	55	51	0	12	36	1.40
57469--57512	15	2.9	15	80	10	54	56	2	4	36	1.32
57400--57529	65	2.0	65	86	1	179	53	6	6	33	1.50
57400--57545	65	2.2	65	84	2	168	54	5	6	34	1.49
57595--57647	11	4.9	10	76	17	52	64	3	3	28	1.28
57620--57731	22	5.2	21	69	12	68	52	5	6	35	1.49
57620--57733	41	2.7	41	78	4	120	52	5	6	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57867--57908	22	1.9	22	85	0	57	50	4	7	38	1.51
57919--57966	22	2.2	22	81	7	53	54	2	8	35	1.42
58255--58451	22	9.0	22	72	9	73	48	5	8	38	1.56
58234--58715	44	11.0	44	69	9	162	47	5	9	36	1.59
58260--58452	66	2.9	63	74	12	174	48	5	8	37	1.57
58416--58494	22	3.5	22	70	20	56	50	10	8	30	1.66
58592--58632	22	1.9	21	85	5	55	58	7	9	24	1.55
58601--58721	22	5.5	22	82	3	120	49	3	8	38	1.49
62209--62379	22	7.8	21	71	6	108	52	6	4	37	1.46
62209--62379	44	3.9	44	76	6	132	52	6	4	37	1.46
62608--62641	15	2.3	15	89	0	50	64	5	0	29	1.17
64493--64538	14	3.3	13	82	11	56	17	6	0	76	1.00
69047--69084	20	2.0	20	94	5	69	47	10	0	42	1.38
69985--70355	113	3.2	115	76	10	324	36	9	6	47	1.62
70045--70372	59	5.6	59	73	13	207	36	9	5	49	1.58
73159--73225	32	2.1	32	83	5	82	50	13	16	19	1.77
73137--73636	85	6.0	85	74	12	374	47	14	17	21	1.83
73340--73634	81	3.6	78	74	10	243	46	15	17	20	1.84
73819--73945	17	7.5	17	74	0	101	39	9	17	33	1.82
73814--73987	68	2.6	67	81	1	186	37	9	18	34	1.83
73871--73996	17	7.5	17	72	0	74	36	8	21	33	1.84
73814--73987	34	5.1	34	82	1	161	37	9	18	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75349--75385	15	2.4	16	82	13	51	13	2	0	83	0.74
75350--75384	7	4.9	7	86	6	52	14	2	0	82	0.77
79384--79599	60	3.7	59	76	9	196	34	10	6	49	1.62
79435--79606	59	2.9	60	78	7	190	34	9	5	50	1.59
80843--80893	24	2.0	27	81	11	63	25	3	41	29	1.73
81369--81436	21	3.2	21	80	15	79	57	14	1	26	1.46
81363--81425	9	5.9	11	75	20	62	53	15	3	26	1.57
81402--81488	36	2.5	35	84	5	104	54	11	3	31	1.53
81391--81488	35	2.8	36	83	6	112	55	11	3	30	1.50
81442--81509	23	2.9	23	84	2	82	52	10	4	32	1.55
81546--81590	20	2.2	20	84	7	56	66	11	0	22	1.22
81586--81624	20	2.0	20	89	0	60	58	2	5	33	1.33
81633--81671	20	1.9	21	89	5	62	46	12	12	28	1.79
83139--83180	3	13.7	3	95	5	75	66	0	2	30	1.04
83581--83682	37	2.7	38	81	7	118	39	17	11	31	1.86
85189--85247	17	3.2	17	78	9	55	3	10	11	74	1.18
85867--85914	24	2.0	25	87	4	71	43	16	8	31	1.78
90529--90576	19	2.5	20	93	3	80	54	10	6	29	1.59
90545--90601	20	2.9	20	73	26	59	52	14	5	28	1.62
90820--90870	17	2.8	17	85	8	57	82	5	3	7	0.94
92152--92217	6	11.0	6	73	0	60	62	6	1	30	1.29
92153--92217	18	3.6	17	78	10	67	61	6	1	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94281--94327	22	2.1	22	88	4	67	72	4	6	17	1.22
94860--94921	32	2.0	31	84	9	81	66	1	9	22	1.30
96341--96770	124	3.4	125	85	3	544	32	9	10	47	1.70
99084--99174	27	3.2	27	62	14	65	43	6	14	35	1.71
99066--99412	116	2.9	118	89	5	524	44	9	12	32	1.75
99067--99412	59	5.9	59	91	3	515	44	9	13	32	1.75
103237--103268	10	3.1	11	86	13	50	84	0	9	6	0.78
103964--103997	12	2.8	12	90	0	59	32	0	17	50	1.47
104529--105144	83	7.5	83	89	5	905	22	17	23	37	1.94
104529--105144	41	14.9	42	88	6	888	22	17	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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