genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   

This is table  46  of  106  ( 12717 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7993507--7993537	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
7993727--7993784	20	3.1	19	76	14	57	75	0	1	22	0.89
7993877--7993912	18	1.9	19	88	5	56	38	13	13	33	1.85
8004246--8004401	73	2.1	73	86	2	215	28	15	16	39	1.89
8004240--8004398	40	4.2	39	72	14	125	28	15	16	39	1.89
8004358--8004424	34	2.0	34	87	0	98	26	16	19	37	1.93
8004246--8004428	73	2.5	73	80	8	212	27	15	17	39	1.90
8004526--8004597	33	2.2	33	82	0	81	27	13	16	41	1.87
8004588--8004833	40	6.2	40	74	8	173	25	13	18	42	1.87
8005974--8006001	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8005933--8005983	24	2.1	24	85	10	68	17	5	5	70	1.28
8006182--8006208	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8007678--8007730	3	17.7	3	88	0	79	66	0	3	30	1.10
8009531--8009573	13	3.4	13	81	12	54	25	2	11	60	1.43
8009519--8009573	25	2.2	25	78	12	60	25	1	9	63	1.34
8009533--8009639	47	2.3	47	77	12	112	24	3	14	57	1.53
8009610--8009651	21	2.0	20	86	13	59	23	4	14	57	1.56
8012943--8013023	34	2.3	35	83	6	103	32	25	8	33	1.86
8012946--8013023	18	4.5	17	74	16	63	32	25	7	34	1.84
8014519--8015967	323	4.5	321	81	3	1366	42	15	9	32	1.80
8014524--8015884	484	2.8	480	81	4	1526	42	15	9	32	1.80
8014519--8015966	161	9.0	161	80	5	1216	42	15	9	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8019359--8019405	21	2.2	21	80	0	58	42	21	8	27	1.81
8026499--8026523	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
8037937--8037973	14	2.6	14	91	0	56	32	0	5	62	1.18
8038522--8038624	53	1.9	53	94	0	179	42	6	13	36	1.71
8044605--8044637	14	2.4	14	85	14	50	45	3	0	51	1.16
8044647--8044679	17	1.9	17	93	0	57	42	3	0	54	1.15
8044695--8044739	23	1.9	23	82	13	56	40	4	2	53	1.33
8044736--8044800	18	3.5	19	74	15	64	35	1	1	61	1.15
8044891--8044961	37	1.9	37	85	5	99	43	2	1	52	1.24
8045113--8045199	29	2.8	30	79	13	79	57	3	3	35	1.32
8045833--8045872	17	2.4	17	88	12	57	55	2	2	40	1.27
8045874--8045914	14	2.7	15	88	7	57	48	0	0	51	1.00
8045994--8046080	33	2.5	33	78	15	88	43	3	1	51	1.26
8045956--8046203	7	35.4	7	69	20	119	41	2	2	52	1.29
8046135--8046197	12	4.8	13	76	20	51	41	1	4	52	1.32
8046211--8046250	10	4.3	10	78	15	50	47	2	0	50	1.14
8046136--8046244	52	2.1	52	81	14	127	42	2	2	52	1.30
8046280--8046409	30	4.5	30	72	13	101	50	4	0	44	1.22
8046361--8046418	25	2.4	23	84	15	82	46	1	0	51	1.11
8046626--8046676	17	2.9	17	80	8	50	80	5	0	13	0.89
8046643--8046675	12	2.8	12	95	0	57	78	3	0	18	0.87
8047092--8047135	10	4.5	10	81	16	56	29	0	2	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053416--8054739	188	7.1	185	83	4	1349	42	10	11	35	1.76
8054223--8054489	62	4.3	62	68	12	161	42	9	11	35	1.75
8062557--8062620	33	1.9	33	84	6	85	40	18	7	32	1.80
8067958--8067987	15	1.9	16	93	6	53	53	3	10	33	1.51
8068246--8068279	11	3.0	11	91	4	50	17	5	0	76	0.98
8068219--8068279	19	3.1	19	75	17	54	21	4	0	73	1.01
8070594--8070628	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
8075965--8076012	21	2.3	21	96	0	87	31	12	22	33	1.91
8079354--8080220	161	5.4	161	80	5	883	33	9	14	42	1.78
8080101--8080357	137	1.9	137	86	4	367	35	9	13	41	1.76
8080236--8081547	161	8.1	161	79	4	1174	34	9	14	41	1.79
8080236--8081547	323	4.1	322	81	4	1327	34	9	14	41	1.79
8079463--8081543	789	2.6	787	80	6	2140	33	9	14	41	1.79
8080238--8081547	482	2.7	479	80	4	1432	34	9	14	41	1.79
8082997--8083031	11	3.2	11	100	0	70	34	8	11	45	1.71
8083370--8083412	15	2.7	15	85	7	50	67	11	0	20	1.22
8085923--8085962	20	2.0	21	85	5	55	50	5	2	42	1.37
8087457--8087561	50	2.1	50	83	1	129	35	14	10	40	1.80
8089128--8089165	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
8090048--8090097	26	2.0	25	92	4	82	42	0	8	50	1.32
8090096--8090189	34	2.7	34	84	12	104	52	1	0	46	1.07
8090128--8090189	15	3.9	15	73	21	54	50	1	0	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8090253--8090301	21	2.3	21	83	10	64	46	0	2	51	1.12
8090383--8090435	27	2.0	27	81	7	63	64	1	0	33	1.05
8090455--8090559	42	2.5	42	80	13	117	46	2	1	48	1.27
8090662--8090698	20	2.0	20	89	10	60	48	0	0	51	1.00
8092885--8092931	22	2.2	21	81	11	51	51	0	2	46	1.13
8092810--8092938	24	5.2	25	68	19	65	51	5	5	37	1.48
8092884--8093184	115	2.7	111	79	9	299	46	6	8	38	1.61
8093063--8093141	41	1.9	42	86	2	115	41	5	12	40	1.65
8092991--8093214	115	2.0	114	81	7	267	45	7	9	37	1.65
8093522--8093590	18	4.0	18	74	11	63	27	4	13	55	1.57
8093836--8093885	24	2.0	24	84	7	64	30	8	12	50	1.68
8100947--8100987	2	21.0	2	85	5	57	48	4	0	46	1.23
8108728--8108757	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8111203--8111247	24	1.9	23	86	13	65	44	2	0	53	1.13
8118923--8119030	15	7.3	15	72	20	68	11	1	8	78	1.03
8118940--8119030	7	12.6	7	75	13	60	13	2	6	78	1.04
8118925--8118980	22	2.4	23	77	13	62	8	1	8	80	0.98
8118939--8119030	35	2.5	36	94	5	159	13	2	6	78	1.04
8119540--8119603	23	2.8	23	88	4	85	40	15	20	23	1.90
8119700--8119744	22	2.0	22	91	0	72	17	8	31	42	1.80
8119749--8119810	23	2.5	25	74	15	65	38	16	16	29	1.90
8119826--8119887	23	2.7	23	85	2	72	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8122345--8122387	3	14.0	3	95	4	77	65	2	0	32	1.06
8126152--8126262	47	2.4	47	89	1	170	29	18	13	37	1.90
8132738--8132777	6	6.1	7	85	11	50	75	0	10	15	1.05
8132738--8132777	13	3.2	13	82	7	55	75	0	10	15	1.05
8132738--8132777	19	2.1	19	90	9	64	75	0	10	15	1.05
8132761--8132969	115	1.9	109	90	6	328	49	7	15	27	1.71
8133140--8133491	170	2.0	174	92	4	595	32	15	17	35	1.90
8141973--8142004	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
8143396--8143434	16	2.4	17	86	4	53	35	5	0	58	1.20
8143434--8143473	22	1.9	21	85	10	55	27	7	0	65	1.20
8143521--8143578	21	2.8	21	75	0	53	32	6	5	55	1.49
8144945--8144970	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8145286--8145321	5	7.8	5	85	14	51	86	0	0	13	0.58
8145284--8145331	10	4.7	10	79	10	53	83	0	2	14	0.74
8145285--8145331	11	4.2	11	78	13	51	85	0	2	12	0.70
8146175--8146270	3	31.3	3	76	15	90	58	1	3	37	1.21
8146185--8146298	31	3.6	31	78	15	126	56	3	4	35	1.37
8146182--8146270	34	2.6	34	92	3	144	57	1	3	38	1.23
8158309--8158376	3	22.3	3	79	8	75	61	4	1	32	1.24
8158309--8158365	16	3.7	16	85	2	73	61	5	1	31	1.28
8158308--8158404	43	2.3	42	83	13	126	59	4	3	32	1.32
8158309--8158404	37	2.6	38	76	18	96	59	4	3	33	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8164991--8165028	18	2.1	18	95	0	67	5	7	26	60	1.46
8165868--8165900	17	1.9	17	88	11	50	27	6	0	66	1.15
8166256--8166285	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8169294--8169323	5	6.0	5	92	0	51	83	0	16	0	0.65
8170254--8170657	143	2.8	143	81	4	481	32	15	12	39	1.85
8176348--8176388	19	2.2	19	86	0	55	24	2	21	51	1.60
8176426--8176483	19	3.1	19	85	7	75	8	1	37	51	1.43
8176544--8176592	20	2.5	20	96	0	89	18	4	32	44	1.68
8176473--8176633	19	8.4	19	75	7	112	16	5	37	40	1.72
8176578--8176653	38	2.0	37	85	10	100	18	2	36	42	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106