genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21447436--21447480	23	2.0	23	82	8	56	6	11	8	73	1.25
21454521--21454568	24	2.0	25	84	12	64	52	0	4	43	1.20
21456993--21457169	30	5.8	30	74	12	139	40	3	2	53	1.30
21456997--21457132	60	2.3	60	83	5	168	38	4	2	55	1.32
21457160--21457232	24	3.3	23	77	11	71	60	2	0	36	1.11
21458987--21459046	27	2.3	25	77	11	66	43	1	0	55	1.10
21468743--21468819	16	4.7	17	69	19	56	63	2	1	32	1.16
21473172--21473196	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
21475690--21475792	54	1.9	54	86	4	145	38	6	10	43	1.66
21479372--21479403	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
21482330--21482449	63	1.9	63	91	0	195	55	10	9	25	1.63
21484895--21484926	16	2.0	16	93	0	55	18	34	0	46	1.49
21485755--21486055	141	2.2	137	79	9	315	46	4	3	44	1.42
21488709--21488733	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
21490015--21490052	19	2.1	19	90	5	60	21	0	10	68	1.19
21490046--21490107	3	20.7	3	77	6	63	59	0	0	40	0.97
21490046--21490120	27	2.8	27	86	8	100	57	0	0	42	0.98
21490412--21490443	14	2.4	14	94	5	57	75	9	6	9	1.20
21494512--21494566	25	2.2	26	81	12	62	49	1	0	49	1.11
21495808--21495846	18	2.2	18	86	9	53	35	0	0	64	0.94
21500594--21500619	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
21508492--21508560	30	2.3	29	80	11	86	39	11	4	44	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517261--21517329	33	2.1	33	88	0	102	57	13	7	21	1.59
21519781--21519808	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
21535708--21535750	21	2.0	21	81	9	50	34	2	0	62	1.08
21539351--21539394	17	2.6	17	82	3	54	27	0	4	68	1.09
21540623--21540665	19	2.2	20	87	4	61	51	0	2	46	1.13
21541168--21541251	37	2.3	36	77	6	87	47	0	0	52	1.00
21541206--21541254	23	2.1	23	96	0	89	48	0	0	51	1.00
21549301--21549347	18	2.6	18	86	0	58	27	6	6	59	1.46
21556995--21557026	13	2.5	13	95	5	57	40	12	6	40	1.68
21568412--21568577	46	3.6	45	76	6	120	44	16	5	33	1.71
21569028--21569075	24	2.0	25	83	4	62	41	16	14	27	1.87
21573262--21573288	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
21574056--21574086	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
21573945--21574215	56	4.8	56	78	4	244	36	9	4	50	1.53
21573908--21574215	112	2.8	113	78	8	328	36	9	4	50	1.55
21582951--21583004	24	2.2	24	96	0	99	50	12	22	14	1.77
21584033--21584080	3	16.0	3	91	8	80	66	0	0	33	0.92
21584498--21584528	16	2.0	16	93	6	55	74	12	6	6	1.21
21585451--21585558	3	33.7	3	76	10	90	62	0	4	33	1.16
21585649--21585739	3	30.7	3	83	8	116	67	1	2	29	1.10
21588051--21588090	16	2.5	16	83	0	53	22	22	2	52	1.59
21589104--21589153	21	2.5	20	87	12	75	84	4	12	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21589104--21589154	16	3.2	16	76	15	52	82	3	13	0	0.81
21589646--21589687	18	2.3	17	84	15	57	71	0	21	7	1.09
21589636--21589695	19	3.1	18	79	13	66	70	0	23	6	1.11
21589636--21589695	20	3.1	18	79	13	66	70	0	23	6	1.11
21590049--21590078	10	3.1	10	90	9	53	90	0	10	0	0.47
21590052--21590077	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
21591238--21591291	26	2.1	26	86	10	76	38	12	14	33	1.85
21591519--21591562	23	1.9	23	86	9	63	61	4	11	22	1.48
21591519--21591569	21	2.3	21	83	10	57	56	3	9	29	1.49
21591620--21591958	120	2.8	120	77	12	286	35	15	12	37	1.84
21591620--21592442	41	20.4	41	70	8	302	36	15	11	36	1.83
21592183--21592391	80	2.6	79	80	5	222	37	15	11	36	1.83
21592659--21592765	46	2.3	46	83	3	126	37	10	6	45	1.64
21592689--21592808	46	2.6	46	81	5	136	39	10	8	41	1.70
21593651--21593703	16	3.3	15	75	17	52	77	9	3	9	1.11
21594655--21594740	3	28.7	3	70	13	61	61	1	3	33	1.20
21594673--21594741	26	2.7	26	70	18	63	62	1	4	31	1.24
21594831--21594879	3	16.7	3	78	16	50	67	2	0	30	1.02
21594829--21594876	14	3.2	15	77	17	55	66	2	0	31	1.03
21597312--21597383	28	2.6	27	84	6	83	44	0	0	55	0.99
21602233--21602356	52	2.4	52	87	0	176	28	25	8	37	1.86
21602233--21602389	52	3.0	52	83	5	167	25	24	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21602406--21602452	22	2.1	22	88	0	67	48	23	2	25	1.62
21602414--21602456	11	3.9	11	96	0	77	46	27	0	25	1.53
21602539--21602641	51	2.0	51	90	0	161	47	8	25	18	1.77
21603403--21603470	33	2.1	33	100	0	136	19	8	29	42	1.81
21606683--21606768	45	1.9	45	87	0	127	17	29	5	47	1.71
21607942--21607988	24	1.9	25	82	4	60	25	25	2	46	1.64
21611103--21611167	34	1.9	34	93	0	112	38	6	7	47	1.57
21621978--21622030	23	2.3	23	77	9	54	41	7	1	49	1.42
21625725--21625754	7	4.3	7	100	0	60	0	46	13	40	1.43
21639505--21639558	28	1.9	28	88	0	81	42	16	11	29	1.83
21648421--21648454	1	34.0	1	87	0	50	0	94	0	5	0.32
21653387--21653440	28	1.9	28	88	0	81	42	16	11	29	1.83
21660049--21660099	18	2.7	19	77	11	61	47	0	0	52	1.00
21660749--21660801	27	2.1	26	86	10	74	49	7	3	39	1.49
21661665--21661704	20	2.0	20	85	4	55	60	2	2	35	1.24
21663290--21663314	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21663643--21663749	55	1.9	55	100	0	214	42	23	8	26	1.82
21665620--21665689	35	2.0	35	83	5	88	37	8	17	37	1.80
21669113--21669222	34	3.2	34	75	0	85	37	21	9	31	1.85
21669808--21669846	18	2.3	18	86	8	55	76	5	0	17	0.96
21670090--21670206	39	3.0	39	64	26	93	47	2	2	47	1.29
21670340--21670389	26	1.9	26	92	8	84	50	4	2	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21673833--21673866	15	2.2	16	89	5	52	55	0	0	44	0.99
21675139--21675169	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
21678277--21678346	18	3.8	19	72	14	58	44	1	1	52	1.18
21678409--21678435	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
21680040--21680085	21	2.2	20	82	14	58	58	0	0	41	0.98
21683981--21684019	21	1.9	21	89	5	62	30	10	0	58	1.31
21683976--21684056	37	2.2	37	84	4	101	25	7	2	64	1.33
21688719--21688828	47	2.3	47	77	11	118	25	9	20	44	1.81
21689614--21689670	22	2.7	20	80	20	62	45	1	1	50	1.22
21691060--21691210	58	2.6	57	85	5	187	37	11	5	45	1.66
21691061--21691219	59	2.7	58	85	5	187	35	11	5	47	1.63
21691793--21691834	18	2.3	19	83	4	50	61	7	4	26	1.42
21691812--21691862	22	2.3	22	79	0	57	62	9	1	25	1.36
21691831--21691873	21	2.0	22	86	13	63	55	16	2	25	1.53
21692063--21692092	15	2.0	15	93	0	51	10	0	3	86	0.67
21692111--21692148	5	7.8	5	83	16	53	78	0	0	21	0.74
21692112--21692148	14	2.5	15	86	4	58	81	0	0	18	0.70
21692111--21692148	19	2.0	19	90	10	60	78	0	0	21	0.74
21696101--21696131	2	16.0	2	93	6	55	48	0	51	0	1.00
21696100--21696130	15	2.1	15	100	0	62	45	0	54	0	0.99
21696103--21696128	13	2.0	13	100	0	52	46	0	53	0	1.00
21703632--21703662	16	1.9	16	100	0	62	19	22	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21704118--21704147	5	5.8	5	92	7	51	76	0	0	23	0.78
21705120--21705155	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
21713064--21713119	28	2.0	29	86	10	80	32	8	7	51	1.60
21713463--21713492	13	2.3	13	94	0	51	66	0	0	33	0.92
21713812--21713853	19	2.3	19	87	4	59	40	9	9	40	1.70
21714227--21714265	19	2.1	19	85	9	53	35	2	0	61	1.10
21714430--21714482	25	2.1	25	92	0	88	56	5	5	32	1.46
21716200--21716250	21	2.5	21	96	3	95	50	0	0	49	1.00
21717747--21717808	31	2.0	31	96	0	115	45	17	9	27	1.80
21720088--21720163	32	2.4	32	84	8	111	42	10	9	38	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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