genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   

This is table  50  of  106  ( 12717 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8741596--8741644	8	6.6	7	80	19	55	4	12	0	83	0.77
8741590--8741692	10	9.5	10	75	17	64	5	13	0	80	0.88
8741590--8741692	20	4.8	20	76	19	93	5	13	0	80	0.88
8741596--8741689	15	5.7	16	75	19	79	6	13	0	79	0.91
8741608--8741669	25	2.7	23	90	9	99	8	11	0	80	0.90
8741633--8741667	16	2.3	15	95	5	61	11	11	0	77	1.00
8748923--8748954	15	2.1	15	94	0	55	46	0	25	28	1.53
8752077--8752109	16	2.1	16	88	11	50	81	3	9	6	0.95
8752076--8752118	21	2.0	22	86	4	61	81	2	9	6	0.95
8752289--8752329	5	7.8	5	89	10	64	80	0	2	17	0.82
8752307--8752383	10	7.6	10	76	12	52	67	5	0	27	1.12
8753220--8753293	6	11.8	6	76	18	71	77	0	1	21	0.85
8753226--8753294	11	6.4	11	72	14	54	76	0	1	21	0.86
8753306--8753370	24	2.9	23	79	20	68	56	0	6	36	1.24
8753359--8753415	29	1.9	30	86	10	82	73	1	1	22	1.02
8753829--8753881	19	2.8	19	80	2	54	81	3	3	11	0.96
8766552--8766594	8	5.4	8	86	8	52	41	2	0	55	1.12
8774226--8774256	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8776257--8776307	25	2.0	25	96	0	93	33	21	11	33	1.90
8777558--8777592	17	2.0	18	88	5	54	31	0	0	68	0.90
8779153--8779192	14	3.2	13	86	13	57	72	5	0	22	1.04
8779154--8779195	22	1.9	22	85	9	59	71	4	0	23	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8779128--8779184	19	2.9	21	78	14	59	68	3	5	22	1.25
8779516--8779605	39	2.3	39	80	0	108	48	21	10	20	1.78
8780722--8780765	19	2.2	20	84	4	63	0	20	2	77	0.88
8780925--8780994	18	3.9	18	85	12	92	32	24	0	42	1.55
8780936--8780997	19	3.2	20	91	8	103	37	25	0	37	1.57
8791235--8791274	9	4.2	9	87	12	62	15	0	0	85	0.61
8792770--8792831	20	3.6	16	76	21	54	66	6	6	20	1.38
8792812--8792853	22	1.9	22	85	9	59	69	7	0	23	1.13
8792823--8792854	14	2.2	15	94	5	57	65	6	0	28	1.16
8792920--8792966	6	7.5	6	77	17	51	72	0	0	27	0.85
8792918--8792972	19	2.9	18	78	21	60	72	0	0	27	0.85
8798254--8798326	28	2.6	28	76	4	76	35	0	1	63	1.04
8799594--8799644	26	2.0	26	96	0	93	52	3	19	23	1.62
8800195--8800225	14	2.2	14	100	0	62	6	38	12	41	1.69
8806983--8807049	35	1.9	35	93	0	116	29	1	29	38	1.66
8816937--8816990	15	3.7	15	80	12	67	31	1	0	66	1.02
8817891--8817958	22	3.2	21	80	17	79	60	1	0	38	1.06
8817889--8817955	17	4.1	16	81	12	73	56	1	0	41	1.08
8817902--8817979	34	2.2	36	84	8	99	58	0	2	38	1.12
8817979--8818026	19	2.5	19	86	6	62	45	2	0	52	1.12
8818053--8818110	25	2.3	25	82	5	73	44	5	1	48	1.35
8818633--8818666	14	2.4	14	90	0	50	35	0	2	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8831493--8831541	22	2.2	22	89	7	73	34	0	0	65	0.93
8831486--8831547	11	6.0	10	78	17	56	35	1	0	62	1.05
8832960--8833000	22	1.9	22	85	5	57	31	0	0	68	0.90
8833147--8833213	15	4.4	15	79	7	64	52	20	2	23	1.61
8833935--8833968	15	2.2	16	90	10	54	76	5	17	0	0.98
8834227--8834256	12	2.4	12	94	5	51	3	20	0	76	0.92
8851847--8851871	13	1.9	13	100	0	50	96	0	4	0	0.24
8851846--8851872	14	1.9	14	100	0	54	96	0	3	0	0.23
8860333--8860875	269	2.0	269	94	0	960	31	13	27	27	1.93
8871099--8871173	38	2.0	38	84	10	100	45	5	5	44	1.49
8871305--8871451	65	2.3	63	82	8	172	39	8	6	44	1.62
8871570--8871599	13	2.2	14	94	5	53	40	10	0	50	1.36
8878077--8878132	6	9.5	6	83	9	53	21	5	1	71	1.15
8878077--8878115	12	3.2	12	88	0	60	23	7	0	69	1.14
8878785--8878853	34	2.1	33	81	7	79	36	11	17	34	1.86
8878854--8878906	27	2.0	27	100	0	106	18	11	20	49	1.78
8879566--8879606	21	2.0	21	85	0	55	14	31	14	39	1.87
8887039--8887684	187	3.5	185	84	3	769	35	11	11	41	1.77
8888492--8888537	12	3.8	12	79	0	56	28	10	19	41	1.85
8888489--8888545	24	2.4	24	87	0	87	22	10	24	42	1.85
8890230--8890274	21	2.1	21	84	8	56	28	2	6	62	1.33
8891773--8891842	35	2.0	35	91	0	113	32	15	14	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8893933--8893961	14	2.1	14	93	6	51	17	0	0	82	0.66
8895295--8895324	15	2.0	15	93	0	51	0	0	10	90	0.47
8895423--8895461	17	2.3	17	86	8	53	33	25	2	38	1.70
8900482--8900855	84	4.5	82	76	6	292	33	15	13	37	1.86
8901462--8901495	18	1.9	17	88	5	50	8	2	17	70	1.25
8910710--8911502	187	4.3	186	85	3	929	34	10	11	42	1.77
8910710--8911500	373	2.1	370	83	4	984	35	10	11	42	1.76
8911560--8911755	97	2.0	97	100	0	392	30	15	7	46	1.72
8915634--8915703	35	2.0	35	88	0	104	35	17	11	35	1.85
8915753--8916664	308	3.0	303	82	5	1016	35	14	14	36	1.86
8923024--8923054	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8924026--8924095	13	5.5	12	74	17	61	47	12	8	31	1.72
8924079--8924162	24	3.7	23	77	19	81	48	10	3	36	1.55
8924078--8924161	43	2.0	42	90	2	132	50	10	3	35	1.55
8924651--8924726	24	3.3	24	80	7	79	53	6	5	34	1.49
8924698--8924802	45	2.3	45	81	6	131	54	10	2	32	1.49
8924779--8924821	21	2.0	21	90	0	68	55	11	2	30	1.48
8924791--8924847	17	3.4	17	72	11	55	52	8	7	31	1.59
8925495--8925530	12	2.8	13	87	4	56	72	8	0	19	1.10
8926554--8927077	118	4.4	117	86	8	683	33	13	8	44	1.74
8926554--8927068	58	8.7	58	86	9	679	33	13	8	44	1.74
8927189--8927214	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8927529--8927572	20	2.2	20	88	4	63	27	20	25	27	1.99
8927625--8927695	31	2.3	31	90	0	106	25	25	23	25	2.00
8927704--8927757	25	2.2	24	83	6	63	40	18	5	35	1.74
8928467--8928561	1	95.0	1	72	0	64	6	0	8	85	0.75
8928467--8928562	16	5.8	17	73	21	78	6	0	9	84	0.78
8928487--8928558	15	4.7	15	80	16	78	4	0	9	86	0.70
8928474--8928562	33	2.7	31	83	10	99	5	0	10	84	0.78
8928474--8928559	8	10.6	8	77	18	72	5	0	9	84	0.76
8928570--8929266	41	17.0	41	87	6	979	37	21	17	23	1.94
8928570--8929244	163	4.1	162	91	4	1011	36	22	17	23	1.94
8930282--8930399	8	14.0	8	77	13	53	10	12	0	76	1.07
8930284--8930383	17	5.9	17	82	13	118	11	14	0	75	1.06
8930284--8930382	9	11.8	8	84	13	103	11	14	0	74	1.07
8930285--8930382	44	2.3	41	89	5	142	11	14	0	74	1.07
8930278--8930399	9	14.2	9	79	16	102	10	13	0	75	1.09
8930301--8930398	26	3.9	25	75	6	83	11	11	1	76	1.07
8930354--8930401	15	3.1	15	87	3	69	8	2	2	87	0.70
8932550--8932661	56	2.0	56	85	3	154	53	10	6	29	1.60
8932622--8932742	24	5.0	24	74	10	113	55	8	4	32	1.49
8933123--8933152	12	2.5	12	94	0	51	70	13	6	10	1.34
8934880--8934914	2	17.5	2	87	0	52	45	5	0	48	1.26
8936207--8936272	31	2.2	30	86	13	91	33	0	4	62	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8936467--8936530	28	2.3	28	86	0	83	18	17	32	31	1.94
8941375--8941424	15	3.4	15	78	13	59	60	6	6	28	1.44
8941385--8941448	19	3.5	19	76	19	73	60	7	4	26	1.44
8941556--8941586	11	2.8	11	95	0	53	38	3	3	54	1.32
8942790--8942867	4	19.5	4	89	0	84	39	1	0	58	1.06
8947718--8947754	14	2.4	16	82	8	51	56	0	13	29	1.37
8949328--8949411	18	4.7	18	77	4	71	33	30	5	29	1.81
8949826--8949853	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
8950728--8950785	5	12.0	5	81	7	57	58	0	36	5	1.20
8950725--8950785	24	2.6	23	84	5	77	60	0	34	4	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106