genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687194--2687402	106	2.0	106	79	3	224	16	18	16	48	1.81
2687317--2687413	35	2.7	37	79	9	112	17	16	13	52	1.75
2689207--2689258	3	16.7	3	80	7	59	61	7	0	30	1.24
2692498--2692562	9	7.8	9	75	19	61	81	15	0	3	0.81
2692498--2692570	13	5.3	15	73	17	61	79	16	0	4	0.88
2692502--2692562	22	2.7	22	85	14	88	81	14	0	3	0.80
2692653--2692695	22	2.0	22	90	0	68	34	51	4	9	1.55
2692785--2692834	24	2.1	24	92	0	82	18	42	8	32	1.79
2694058--2694100	14	3.0	14	83	6	50	48	32	0	18	1.48
2694058--2694124	16	4.4	16	80	9	70	47	32	1	17	1.57
2699853--2699923	1	71.0	1	74	0	61	87	1	4	7	0.72
2699851--2699923	21	3.7	20	78	17	82	86	1	4	8	0.75
2699853--2699923	29	2.4	30	86	6	92	87	1	4	7	0.72
2699853--2699918	31	2.2	31	88	2	98	87	1	4	6	0.70
2701800--2702038	23	10.7	22	76	12	188	27	21	21	29	1.99
2701809--2702040	45	5.2	45	85	3	258	27	22	21	28	1.99
2701851--2702040	90	2.1	90	89	0	290	27	23	21	27	1.99
2701851--2702040	45	4.2	45	88	0	263	27	23	21	27	1.99
2702989--2703165	95	1.9	94	87	10	265	25	11	27	35	1.91
2702990--2703168	46	3.8	48	91	5	260	25	11	27	35	1.90
2703093--2703244	80	1.9	81	93	1	261	25	11	25	37	1.89
2702995--2703343	175	2.0	176	87	6	512	27	11	26	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703170--2703364	47	4.1	48	81	6	238	28	11	24	35	1.90
2703170--2703358	95	2.0	96	90	1	299	28	11	24	35	1.90
2703498--2703533	9	4.0	9	86	13	56	80	19	0	0	0.71
2703498--2703533	14	2.6	15	83	16	51	80	19	0	0	0.71
2704575--2704625	17	3.0	16	81	16	50	15	1	3	78	0.99
2705014--2705102	16	5.9	16	78	10	98	49	32	1	16	1.54
2705014--2705093	32	2.6	31	88	7	121	50	33	0	16	1.45
2705015--2705109	8	12.2	8	69	22	51	49	31	1	17	1.54
2706674--2706722	25	1.9	25	87	4	71	42	30	4	22	1.72
2706687--2706738	25	2.1	25	88	0	77	40	25	3	30	1.73
2716544--2716588	2	22.5	2	90	0	72	55	0	0	44	0.99
2722170--2722221	21	2.5	21	81	3	70	42	15	26	15	1.87
2733201--2733227	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
2738048--2738091	22	2.0	22	81	0	52	40	11	11	36	1.77
2740604--2740647	21	2.0	24	86	13	67	65	0	6	27	1.17
2740620--2740710	33	2.7	32	75	12	94	74	2	4	18	1.09
2740618--2740710	5	18.2	5	72	16	59	74	2	4	19	1.09
2740640--2740701	23	2.7	22	80	14	63	75	3	3	17	1.07
2740631--2740704	28	2.6	29	83	14	91	75	2	4	17	1.07
2741942--2742469	43	12.4	42	77	4	294	41	14	14	29	1.85
2741981--2742470	86	5.7	86	83	5	469	41	13	14	30	1.85
2741937--2742470	129	4.2	129	77	9	459	41	14	14	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754141--2754203	22	2.9	21	79	11	56	61	3	4	30	1.32
2754174--2754217	21	2.0	24	86	13	67	63	0	9	27	1.24
2755647--2755715	32	2.2	32	100	0	138	47	5	18	27	1.71
2758432--2758587	81	1.9	81	90	0	249	44	9	22	23	1.82
2759362--2759565	101	2.0	101	96	0	372	33	19	7	39	1.79
2764912--2765083	63	2.7	63	78	2	195	37	14	12	35	1.84
2768032--2768075	22	2.1	20	83	8	52	2	27	4	65	1.23
2769032--2769085	28	1.9	28	88	0	81	25	12	25	35	1.92
2769058--2769354	33	9.1	33	72	6	174	34	16	16	32	1.91
2769118--2769179	31	2.0	32	83	3	81	40	20	14	24	1.90
2769625--2769688	33	1.9	33	83	0	83	31	15	17	35	1.91
2770685--2770752	24	2.9	22	77	16	66	4	14	2	77	1.04
2771266--2771310	21	2.2	20	88	4	63	8	6	0	84	0.78
2771991--2772034	12	3.9	12	82	14	58	4	13	0	81	0.83
2771995--2772034	10	3.7	10	84	15	53	5	12	0	82	0.82
2776646--2777215	297	1.9	298	94	2	1004	41	10	10	37	1.74
2777382--2777434	20	2.7	20	81	0	61	24	9	18	47	1.78
2777946--2777982	11	3.4	11	85	14	58	29	0	2	67	1.04
2777935--2777986	22	2.4	21	75	9	59	21	0	3	75	0.97
2778012--2778050	7	5.4	7	90	6	51	23	0	0	76	0.78
2789411--2789512	47	2.2	45	81	10	116	75	3	15	4	1.12
2799404--2799550	51	2.9	51	84	3	170	40	9	14	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2800016--2800052	16	2.2	18	90	9	60	18	2	0	78	0.87
2803321--2803355	15	2.3	15	90	5	52	57	0	5	37	1.23
2803234--2803506	58	4.8	58	88	4	385	39	13	6	41	1.69
2803234--2803500	115	2.3	115	87	4	371	40	13	6	40	1.70
2803519--2803603	6	14.8	6	87	7	115	80	0	3	16	0.86
2803521--2803606	23	3.8	22	86	8	120	80	0	3	16	0.85
2803519--2803603	29	3.0	29	84	8	120	80	0	3	16	0.86
2804451--2804695	22	11.9	20	71	18	114	67	1	4	26	1.19
2804434--2804564	42	3.4	39	79	11	128	67	0	5	25	1.16
2804482--2804670	4	46.8	4	69	18	99	66	1	3	28	1.18
2804481--2804675	36	5.2	38	75	15	138	67	1	3	27	1.16
2804578--2804676	41	2.4	41	82	14	109	70	1	2	26	1.04
2804423--2804705	24	12.6	22	70	20	101	69	1	4	24	1.16
2804494--2804684	92	2.1	91	79	10	203	68	1	3	26	1.16
2804613--2804699	7	12.3	7	76	9	54	74	2	2	20	1.03
2804619--2804706	8	10.0	8	73	20	52	76	2	2	19	1.01
2804909--2805163	42	6.1	42	87	1	329	41	19	12	25	1.87
2806173--2806209	12	3.2	11	92	7	56	2	10	0	86	0.67
2806196--2806226	16	1.9	16	100	0	62	9	12	0	77	0.99
2806194--2806226	9	3.9	9	84	15	52	9	12	0	78	0.95
2806179--2806236	27	2.1	27	84	6	73	5	13	0	81	0.86
2816699--2816914	58	3.8	58	91	1	337	37	13	6	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816927--2817000	6	13.0	6	85	5	93	79	0	4	16	0.87
2817854--2818047	31	6.2	31	76	16	143	67	1	3	28	1.15
2817851--2818043	4	48.5	4	69	16	109	66	1	3	28	1.15
2817850--2818016	38	4.4	37	75	12	119	65	1	2	29	1.15
2818029--2818097	21	3.4	20	83	13	88	78	7	0	14	0.96
2818037--2818080	7	6.4	7	97	2	81	75	11	0	13	1.06
2817994--2818061	32	2.1	32	86	5	93	72	4	1	22	1.11
2817991--2818092	7	14.0	7	80	12	73	74	5	0	18	1.07
2819556--2819598	18	2.4	18	81	11	54	76	6	0	16	0.99
2820563--2820616	5	10.8	5	80	7	65	57	0	5	37	1.22
2820563--2820638	35	2.2	34	88	2	107	56	2	5	35	1.36
2820996--2821345	114	3.1	113	78	6	264	37	14	24	24	1.93
2821550--2821589	17	2.4	17	86	0	53	40	12	20	27	1.88
2821703--2821738	16	2.1	18	90	10	58	38	16	8	36	1.79
2821720--2821939	82	2.6	84	84	2	282	41	12	17	27	1.86
2822867--2822920	17	3.2	18	87	7	69	0	12	3	83	0.78
2822873--2822920	18	2.8	17	87	9	71	0	10	4	85	0.73
2826947--2827004	20	3.0	20	76	20	68	29	0	6	63	1.20
2827032--2827073	22	1.9	22	90	0	66	30	2	11	54	1.49
2827135--2827188	18	3.2	18	73	21	53	75	7	1	14	1.09
2827191--2827230	19	2.1	19	85	0	53	80	2	5	12	0.98
2827130--2827224	12	7.9	11	69	24	50	75	6	2	15	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827129--2827218	25	3.7	23	78	12	92	75	6	1	16	1.07
2827664--2827710	20	2.4	20	79	10	53	44	31	6	17	1.73
2828107--2828282	3	62.0	3	77	12	95	53	1	2	42	1.23
2828241--2828318	24	3.3	23	80	13	88	50	6	6	37	1.54
2830433--2830469	17	2.2	17	90	0	56	45	21	5	27	1.73
2830393--2830595	86	2.4	86	84	5	241	33	18	12	35	1.88
2830451--2830612	86	1.9	86	81	6	195	35	18	11	34	1.87
2831078--2831221	51	2.8	52	76	8	141	38	9	15	36	1.80
2831715--2831777	27	2.4	26	78	19	69	22	7	1	68	1.24
2831715--2831781	26	2.6	27	76	21	72	20	7	1	70	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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